叶尔马克很快发现自己有些高兴的太早了。
虽然占领了汗国的首都，但西伯利亚的统治中枢并没有被破坏，汗王库楚姆、王子马麦特库尔、重臣卡拉恰酋长这些坚决与俄罗斯为敌的人一个都没有死或者被俘虏。
在首都伊斯凯尔城墙之外的广阔土地上，他们随时都在进行着反击。
在占领伊斯凯尔还不到一个月，二十名哥萨克出城到湖里捕鱼时遭到马麦特库尔的突然袭击，只有一个人侥幸逃脱。
当叶尔马克派手下的五十人长勃利亚兹去招抚额尔齐斯河下游的各个酋长国，收取贡赋时。原本以为会顺利的哥萨克迎头便遇到了忠于库楚姆汗的捷米扬酋长和罗曼酋长率领奥斯卡克人拼死抵抗。为了震慑敌军，勃利亚兹将抓到的酋长倒悬吊死，其他俘虏则被枪毙或斩首，用血腥的手段才使当地人屈服。
叶尔马克和库楚姆汗的地位对调了，原本主动的他在获得胜利后反而陷入了被动挨打的境地。库楚姆汗却可以灵活机动的组织对他的进攻。
对付游击战的方法就是情报战，如果掌握了情报，小股骚扰的游击部队便会成为猎物。曾经是匪首的叶尔马克深谙此道，为了扭转局势，他对于臣服的汗国贵族极尽笼络，从而掌握了很多有关库楚姆汗的情报。
1583年2月19日，一个汗国贵族巴赫塔向叶尔马克报告，马麦特库尔王子正带着小股部队在离额尔齐斯河不远的库拉尔湖活动。叶尔马克立即派出60名哥萨克前去埋伏，夜晚偷袭了马麦特库尔的宿营地。毫无准备的王子被生俘，身边的战士全部被杀。
为了避免更激烈的反抗，叶尔马克没有杀死马麦特库尔，而是把他送往莫斯科。在那里王子受到了礼待，后来还成为了一名俄军上校。
马麦特库尔的被俘使库楚姆汗失去了重要的将领，为了报复，他与卡拉恰酋长一起商定了以牙还牙的计策。
是年9月，卡拉恰酋长派出使节向叶尔马克投降，并提出希望他能帮助自己巩固领地，避免库楚姆汗的进攻。得知卡拉恰和库楚姆汗已经分裂，叶尔马克大喜过望，没有过多考虑便派伊凡·科里佐带领40人前去。
卡拉恰酋长对来访者进行了热烈的欢迎，不但设宴款待，还在宴会上将他们全部砍了脑袋。
科里佐是叶尔马克麾下的大将，向沙皇报捷时在莫斯科更是受到了最高礼遇，每天享受国宴。可没想到最后竟死的如此窝囊，而且还在被杀死之前说出了伊斯凯尔城中的俄军缺粮而且坏血病流行的消息。
这个消息对于一直准备反攻的汗国军太重要了。卡拉恰酋长立即开始调集部队，向着伊斯凯尔城开拔。汉特人、沃古尔人、巴什基尔人从四面八方汇集而来。
汗国军聚集的时间长达5、6个月，直到1584年3月才集结完毕，如此长的时间，俄军本该察觉得到，但这时军中的灵魂人物叶尔马克正在额尔齐斯河上游扫荡不愿纳贡的村寨，没有人负责情报工作。等到哥萨克们发觉四周到处都是密密麻麻的人群时，城市已经被围得水泄不通。
卡拉恰酋长知道俄军火器厉害，强攻只能徒增伤亡，于是围而不打，将俄军围困在城里。原本就缺粮的俄军顿时陷入绝境，不到一个月，粮食便完全吃完，只能以死尸果腹。
只要再有几天，不用卡拉恰动手，哥萨克们就会活活饿死。
就在此时，哥萨克们再次发挥了他们职业军人的素质和亡命徒的性格，为了不坐以待毙，在卡拉恰的军队士气最高而又放松警惕的时候发动了一次夜袭。
组织夜袭的是两个百人长马维特和麦舍利雅克，经过观察，他们了解到卡拉恰酋长的大营所在地，在一天夜里，只用百余人对围城大军的心脏发起了进攻。
原本以为胜券在握的卡拉恰酋长根本没有想到本应该饿得拿不动武器的俄军会突然出现在自己面前，而且凶神恶煞般势不可挡。他的两个儿子当场战死，卡拉恰酋长只带着两三个仆人逃脱了追杀，抛下自己的军队仓惶而走。
没有了首脑的围城部队顿时乱作一团，虽然俄军已经没有余力再进攻他们，但仍然逐渐散去。
库楚姆汗的苦心再次付诸流水。
当年11月，由莫斯科出发的500名射击军到达了伊斯凯尔城，这是由伯爵鲍尔霍夫斯基率领的帝国正规军。但与叶尔马克相比，这些军爷根本不适合与西伯利亚的抵抗军打交道，不但对小股游击队的袭击束手无策，还很快患上了坏血病，成群地死去。到最后，连指挥官鲍尔霍夫斯基都一命呜呼。
而叶尔马克却继续着征服的使命，继续向西伯利亚深处挺进，一路上凡是抵抗的酋长国和村寨一律实行三光政策，缴获的珍宝、毛皮不计其数。直到到达塔拉河口后，才因为补给问题不得不退回了伊斯凯克。
面对着无能的帝国正规军，叶尔马克除了鄙夷，就是自豪——自己才是这片土地的主人，帝国的利益，只有靠自己才能在西伯利亚实现！
但还有些事情让他不安，一个是因为坏血病，一个便是库楚姆汗。那个顽固的汗王现在在哪里？
围城战失败后，库楚姆汗所能够调动的部队已经很少了，得力助手马麦特库尔、卡拉恰都已不在。他的处境已经很不乐观，但这个倔强的汗王仍然随时在关注着叶尔马克。即使已经无力恢复国家，他也要为死在其手下的子民复仇。
当叶尔马克从塔拉河口返回后，库楚姆汗再一次开始了运筹。
1585年8月，一个情报在俄军占领区传播着：有一个布哈拉的商队将渡过瓦卡依河前来伊斯凯克城，库楚姆汗率兵劫击，商队正在瓦盖河一带，急需救援。
保护商队是叶尔马克分内的职责，得到情报后，他立即出发。上过当的他，这次非常谨慎，率领了300个哥萨克，这是他剩下的老部下中的大部分。对于用840人长驱直入征服汗国的他来说，这300人足以应付任何情况。
但库楚姆汗没有再与叶尔马克硬拼，而是完全使用了游击战术。
叶尔马克走到瓦盖河口后，遭到了一支小部队袭击，将其击退后，却并未打听到布哈拉商队的任何消息，于是沿额尔齐斯河向上游挺进。在伊施姆河的河口附近，他又一次击退小股敌人的骚扰，在塔沙特干城了停下来。可是派出去的探子仍然没有得到商队的消息。叶尔马克隐隐感到会有个圈套等着他，他下令调头返回。
一直在暗处窥视着哥萨克军动向的库楚姆汗连忙再一次派人在周围的村寨中散步消息：布哈拉商队沿瓦盖河向下游走去。这种散布的消息比派人伪装奸细去通报更能让叶尔马克相信，他急忙赶往该河的下游。
迎着假想的商队，叶尔马克和他的哥萨克一路不停，但总是未能找到。这种诡异终于让叶尔马克决定放弃自己的职责，不再寻找下去了。但多日的行军和战斗让部队很疲劳，于是，8月14日，在瓦盖河口附近的额尔齐斯河岸边停下来宿营。
这天晚上倾盆大雨下个不停，哥萨克们都沉沉睡去，连哨兵都打起了盹。在一片鼾声中，一个身影溜进了营地偷走了熟睡的俄国哨兵的三支火绳枪和三袋子弹。
这是一个库楚姆汗的侦察兵，他将这些东西作为俄国人完全没有防备的证据交给了不远处密林中的汗王。
得知对手已经完全松懈，库楚姆汗率领自己的部队向俄国人的营地移动，半夜到达时，包括叶尔马克在内的所有俄国人仍然在梦乡里浑然不知。
一场屠杀开始了。
库姆汗的士兵们用刀矛将睡梦中的哥萨克一个个刺死，为了不引起骚动，有的干脆扼住熟睡的俄国人的咽喉。这支在西伯利亚横行无忌的军队霎时间成为了一具具死尸。
凭借着多年养成的机警，叶尔马克醒来了，饶是他多么善于应付突发事件，也无法挽回，除了逃走，他什么也做不了。也许他再一次看到了库楚姆汗，但与当年在楚瓦什岬遥遥相对不同，那时他是征服者，而现在却成了俎上鱼肉。
凭借着高强的武艺，叶尔马克一面用佩剑击退围攻者，一面奔向河岸，靠着沙皇御赐宝甲的保护，他冲到了河边，向着停泊在岸边的一只舢板跳去。
只要能登上船，他就逃出生天了。可笨重的铠甲让他失足落水。在顿河、伏尔加河闯荡的他原本是会水的，但仍是那身铠甲让他根本无法游泳，一代枭雄挣扎了几下便沉了底，溺死在额尔齐斯河中。
一周之后，一个渔人在瓦盖河的下游某地发现了叶尔马克的尸体，那件带给他荣耀又将他拖入死亡的宝甲再一次发挥作用，证明了他的身份。
整支部队只有一个哥萨克幸运的乘小船逃生，回到了伊斯凯尔城，并把叶尔马克和部队人员死亡的消息带给这里的守军。
库楚姆汗终于消灭了这个几乎让自己失去一切的仇敌，当他坐镇首都指挥全国的军队抵抗入侵时，往往牺牲数千人只能让哥萨克付出不到百人的伤亡，如今自己四处游击，居无定所，却轻而易举地消灭了300个哥萨克。面对满地死尸，心中的苦辣酸甜可想而知。
在伊斯凯尔城中还有150名俄军，由伊凡·格鲁霍夫率领。得到叶尔马克全军覆没的消息后，全城一片震惊和沮丧。灵魂已经没有了，他们根本没有信心再坚持下去。叶尔马克死后十天，所有俄国人撤出伊斯凯尔城，然后乘船返回俄国。
当俄国人消失在地平线后，库楚姆汗派自己的儿子阿莱王子率军进驻了伊斯凯尔，光复了沦陷3年的首都。
国家已经糜烂的不成样子，无论什么部族都已经被剥夺的一无所有，曾经的统一也已不复存在，面对着似乎从天而降的胜利，库楚姆汗有些茫然。
但毕竟俄国人已经走了，也许一切都会再好起来的。
也许。