回到大本营的博硕克图汗噶尔丹，很快就被疑心、谣言和诽谤所包围，这一切，都源于他出色的侄子策妄阿拉布坦。
那场小规模的叛乱之后，一些谣言便不胫而走，内容让噶尔丹心绪不宁：僧格的长子策妄阿拉布坦，次子索诺布阿拉布坦是这次叛乱的始作俑者。甚至身为两位阿拉布坦亲弟弟的丹津鄂木布也出于嫉妒，对两个哥哥极尽诋毁。
身为佛教徒，心中的疑惑，必然要找全能的佛祖来排解，噶尔丹请由西藏前来的奈冲鄂木布喇嘛占卜吉凶。
占卜的结果，透着浓重的血腥气：策妄阿拉布坦和索诺布阿拉布坦是叛乱篡权的根苗，应该除掉。
疑心一旦得到证实，哪怕是不符合事实的证实，都会演变为可怕的行动。
一天夜里，索诺布阿拉布坦喝奶茶的碗里被放入了不知名的药粉，这个不幸的年轻人便不明不白的死在了自己的帐中。
当策妄阿拉布坦外出返回的时候，面对的，除了弟弟僵硬的尸体外，还有无处不在的肃杀气氛。
再不设法自保，自己也会很快步弟弟的后尘。可该如何自保呢？
僧格的七个旧臣在此时来到了少主身边，劝他立即脱离噶尔丹另谋发展。策妄阿拉布坦于是在暗中积极召集父亲的旧部，准备举事。
准噶尔汗国的大分裂从此时开始出现第一个豁口。噶尔丹作为可汗，要负全部的责任，他要么对侄子们继续信任并给予恩赏，使之与自己和衷共济，要么干脆斩草除根，以绝后患。这种杀一个，而对另一个迟迟不采取行动的做法，是绝对的愚蠢。
愚蠢的后果往往极为严重。
1689年春，做好准备的策妄阿拉布坦与七位僧格旧臣一起，率领5000部众离开科布多西走，明白的表明与噶尔丹分庭抗礼。
仓促之间，噶尔丹亲率2000军队前去追击，深得叔叔战法的策妄阿拉布坦青出于蓝，在乌兰乌苏击败了噶尔丹，迫使他返回科布多。
从此，策妄阿拉布坦逐渐扩展势力，招兵买马，逐渐控制了阿尔泰以西的准噶尔地区，在西部对噶尔丹形成了巨大威胁。
准噶尔汗国虽然还只有一位可汗，但已经分为实际上的两部分，而噶尔丹征战多年获得的属国，尤其是富庶的河中地区，重要的商业城市撒马尔罕等都与自己切断了联系，兵员、物资尤其是战争最为重要的枪、炮、火药都没有了可靠来源。
噶尔丹并非不想解决这个侄子，但他知道，自己进一步控制喀尔喀的战略必须迅速地继续推行，否则，已经势穷力竭的喀尔喀完全倒向清帝国可以说是必然之局，他不得不把精力全部专注于东面。
于是，噶尔丹的使臣屡屡出访俄罗斯，希望从俄罗斯那里获得援助，他必须一鼓作气拿下喀尔喀——而这也就成为一些所谓“通俄卖国”史论的由来。
作为“天朝上国”的统治者，康熙皇帝初期并没有弄清噶尔丹的真正意图，在他心中，不过是两个藩国为了争夺财富和土地发生的冲突罢了。自己只要恩威并施的让他们和好，便可解决边境上的骚乱。
在策妄阿拉布坦出走后不久，清廷以理藩院尚书阿尔尼为首的使臣团到达科布多，传达康熙皇帝希望准噶尔与喀尔喀和好的建议。
噶尔丹坚持要康熙皇帝交出土谢图汗和哲布尊丹巴活佛，对他来说，这两个人必须去死，或者控制在自己手中，这样喀尔喀才能完全归属于自己，因此拒绝议和。而在阿尔尼使团出发时，康熙皇帝已经料到噶尔丹决不会答应议和，便同时派总管京城喇嘛班第扎萨克大喇嘛伊拉古克三活佛到西藏，希望获得西藏教廷的支持，说服噶尔丹。
康熙皇帝哪里知道，现在的五世达赖喇嘛早已经不在人世，真正掌握教权的是其弟子，噶尔丹的同窗好友桑杰嘉措。而伊拉古克三活佛也是桑杰嘉措的好友，关系密切，且是噶尔丹统一蒙古，建立以黄教为国教大帝国蓝图的热情支持者。
因此，伊拉古克三活佛在西藏不但不传达康熙的谕旨，反而与桑杰嘉措商定了如何支持噶尔丹的计划，并随即启程赶往科布多，全力协助噶尔丹。另派人返回北京，告知康熙皇帝，达赖喇嘛希望他将土谢图汗和哲布尊丹巴活佛交给噶尔丹，教廷将保证他们的安全。
康熙皇帝已经感到了不对，觉得“未必为喇嘛之言”，但在无法证实的情况下，也只能看作西藏教廷并不支持自己。这对于有着“天下共主”身份的大皇帝来说，无疑是非常危险的信号：西藏在支持噶尔丹吞并喀尔喀，实现蒙古的统一。
喀尔喀之后会是哪里？只能是漠南蒙古！卧榻之侧，岂容他人酣睡？！漠南蒙古是努尔哈赤、皇太极等祖先耗费数十年时间，经过多次血战得来的，绝不容他人染指，再姑息下去，开战总是不能避免，与其在噶尔丹吞并喀尔喀实力大增时开战，不如立即出兵。
康熙皇帝开始全力进行战争准备，除了征调蒙古各部兵丁以及八旗官兵备战外，还加快了与俄罗斯边境谈判的进程。1689年8月27日，康熙皇帝派议政大臣、领侍卫内大臣索额图，国舅佟国纲，旗管章京郎坦等在尼布楚与俄国代表签订了《尼布楚条约》，划定了中俄东部边界，清朝放弃了以尼布楚为边界，而以额尔古纳河为边界，牺牲了大量土地。在战胜的前提下做出如此让步，决不是康熙皇帝不知道土地的宝贵，而是以此换取俄罗斯在日后的清准战争中倒向自己一边，最坏也要保持中立。这样，放弃了尼布楚地区二十四万平方公里土地，但却可以不受干扰的去获得外蒙古和新疆三百余万平方公里的土地。对于清廷来说，这是非常合算的。
康熙皇帝的目的圆满地达到了。
俄国虽然从噶尔丹继位之日起便频频希望从噶尔丹手中获得从其父兄那里得不到的东西，噶尔丹也一改父兄的政策，对俄罗斯颇为和善，但对于俄罗斯的种种许诺都是暂时有求于俄国权宜之计，在属民和领土问题上始终不肯割让。而面对俄国提出的要他臣服，一切行动告知“全权大使及沙皇陛下所属各城堡”，“只有在这种条件下”，“才愿意援助”的诱惑时，噶尔丹更是只同意以平等的地位与俄国交涉，拒绝归顺。
两相比较，最讲究实际的俄国很容易便选择出自己该偏向哪方。一直主张联合噶尔丹的俄国西伯利亚总督戈洛文被调离，边境各关卡也接到了禁止向噶尔丹输出军火的命令。
时局已经严重不利于噶尔丹，但他已经没有退路。首先，1689年12月，伊拉古克三活佛和另一位教廷代表济隆活佛到达科布多，向噶尔丹传达“达赖喇嘛”之谕，要他立即东征，逼迫清廷交出土谢图汗和哲布尊丹巴活佛，完全控制喀尔喀。教主和老师的旨意，噶尔丹不能拒绝。
何况，此时科布多正值大旱，噶尔丹也需要用战争获得物资补充。
于是，噶尔丹命丹津鄂木布留守科布多，自己率20000军队开始了第二次东征。
1690年3月，东征军到达克鲁伦河，顺流而下，逼近清朝边境。噶尔丹向俄国要求联兵进军喀尔喀，俄国表面答应，实际上未派一兵一卒。
康熙皇帝在得知噶尔丹的动向后，命理藩院尚书阿尔尼、兵部尚书纪尔塔布率蒙古各部军20000人为左翼，理藩院侍郎文达、都统额赫纳率军6000余为右翼，向土拉河、克鲁伦河前进夹击噶尔丹。
按康熙皇帝的意思，是想两路军会合后，全歼准噶尔军，但左翼总指挥阿尔尼贪攻冒进，6月6日，自率军沿喀尔喀河右岸直奔贝尔湖，而此时准噶尔的东征军已经渡过乌尔逊河，沿贝尔湖和喀尔喀湖东岸绕到阿尔尼南面。阿尔尼闻讯后，立即调转马头，直取索约尔济山。
6月21日，长途跋涉甚为疲惫的清军与准噶尔军终于在乌尔会河遭遇，而准噶尔军已经将营寨扎好，以逸待劳的等候多时了。
急躁的阿尔尼不考虑军队的体力，一见到敌人立即组织进攻。
清准双方第一次交锋的乌尔会大战开始。
阿尔尼不懂噶尔丹的战法，见其结阵迎战，便派部队从正面发起进攻，并派偏师袭击其后营辎重。
受到噶尔丹专门训练的准噶尔军用火枪、弓箭交替射击，清军死伤惨重，根本无法撼动营盘。
等清军已经被打得士气颓靡之际，噶尔丹命主力从山上绕到清军侧后，发动突然袭击。清军腹背受敌，死伤不计其数，全面溃败，阿尔尼和纪尔塔布率残部勉强突围逃走。准噶尔军大获全胜，“缴获大车五百多辆以及全部辎重”。
这一仗，使得噶尔丹信心大增，率部长驱直入，抵达克什克腾旗的乌兰布通。这里距北京仅700里，北京城里一片慌乱，“京师戒严……城内外典廨尽闭，米价至三两余”。
康熙皇帝倒显得很是沉着，一方面派人晓谕噶尔丹：“阿尔尼不请旨而击汝，非本朝意也”，另一方面动用全力积极调兵遣将。
8月5日，康熙皇帝命皇兄和硕裕亲王福全为抚远大将军，皇长子胤是副之，组成一路大军出古北口；命皇弟和硕恭亲王常宁为安北大将军，和硕简亲王雅布等副之，二路大军出喜峰口。内大臣佟国纲、佟国维、索额图、明珠等参赞军务。
8月9日，两路大军10万人先后出发。
8月底，清军抵达目的地巴林。为了完成对噶尔丹的包围，康熙皇帝屡屡派使者与他交涉，作出想要谈判，交出土谢图汗和哲布尊丹巴活佛的姿态。
早已经得知清军动向的噶尔丹向康熙皇帝派来的使者言道：“今虽临十万众，亦何惧之有！”率军倚险结营，诵经祭旗，准备迎战。
9月2日，清军集结完毕，十万大军将噶尔丹包围。
这是双方都达到战略目的遭遇。清军要以优势兵力将噶尔丹包围消灭，而噶尔丹则是想以自己身经百战的军队奋力一搏，予敌重创，让清军放弃对喀尔喀的控制。
军队人数的比例是一比五，对于这样人数上的劣势，噶尔丹已经不是第一次遭遇，他并不担心。何况，他选择易守难攻的乌兰布通驻扎，就是为了充分发挥准噶尔军的威力。
对于他来说，如果这次得胜，自己的一切困境便迎刃而解，一切的理想也都会应运达成。
9月3日，清军开始了攻击。准噶尔军“缚驼结阵以待”，将大量骆驼横卧于地，上盖以湿毡，背上加箱架，作为工事，从中施放火枪、弓箭。
清军起初并未吸取乌尔会之战的教训，用密集的骑兵阵形向准噶尔军阵地发起进攻，这正撞在噶尔丹的战法上，在“排枪的强大火力”下，骑兵死伤惨重，国舅佟国纲被火枪击中战死，清军被迫退出战斗。
随后清军运用大炮猛轰准噶尔的驼阵，准噶尔军随军携带的火炮较少，威力也相差很多，无法进行火力压制。结果，驼阵被轰出缺口，清军蜂拥而入，进行贴身肉搏。
清军的护甲一般为皮甲和棉甲，只有少量精锐才配有铁甲，而准噶尔军几乎人人穿戴轻便而防护极佳的锁子甲，因此在肉搏中，人数少的准噶尔军硬是顶住了清军的轮番进攻。
如按噶尔丹的战法，应该在酣战之时，派出奇兵袭击清军侧后。但清军兵多，进攻持久不断，准噶尔军能够坚守营盘已经不易，根本没有兵力实施奇袭。
双方战士混战一天，各自均有损失。清军始终不能摧毁准噶尔军的抵抗，时至傍晚，双方罢兵。
经过一天鏖战，噶尔丹明白在人数的劣势下陷入消耗战，对准噶尔军极为不利。自己无法战胜清军，只能在尚未受到重创时尽快退出战斗。于是先后派伊拉古克三活佛和济隆活佛到清军大营，面见抚远大将军福全，提出休战，表示愿意撤退到有水草之地等待议和，希望福全能下令清军各部停止攻击。福全也感到准噶尔军骁勇，难以一战而胜，打算等由盛京、乌喇、科尔沁等地前来的援军到来后再进行决战，便同意暂时休战，准备议和。
噶尔丹争取到休整时间后，于当天夜里，便率部迅速撤离乌兰布通，自什拉磨楞河载水横度大碛山，连夜遁走刚阿脑儿，成功撤离。等到福全发现上当，派军追击时，准噶尔军早已不见踪影。
乌兰布通之战落下帷幕。此后的160余年间，作为清帝国首都的北京再也没有收到过外敌的威胁。直到1854年，由南而北攻来的太平军逼近保定，才又一次让京城的官民尝到了戒严和慌乱的滋味。
正史上，都说清军在乌兰布通重创噶尔丹，使其一蹶不振。实际上，参看众多当时在中国传教士的笔记和日后清朝的记载，噶尔丹并未受到严重损失，可说全身而退。而使他的人员、牲畜损伤殆尽的原因，却是在回军科布多途中遭遇的瘟疫。回到大本营时，所部仅剩数千人。
明朝因为天灾连年、瘟疫盛行导致内部农民起义给予清军入关的机会，北元林丹汗在青海准备东山再起时遭到瘟疫英年早逝，如今，噶尔丹也被瘟疫打击。冥冥之中不可捉摸的天意，足可让读史者浩叹。
好不容易保住主力的噶尔丹，却被天灾夺走了自己大半的战士和给养，心情的郁郁可想而知。
然而，更让他想不到的打击还在大本营等着他。