库伦伯勒奇尔会盟大会从一开始便矛盾重重。
没等开会，便先在会议主持上出现分歧——喀尔喀最高大喇嘛哲布尊丹巴一世活佛受康熙皇帝委托欲主持大会，土谢图汗察珲多尔济也大为支持。而作为西藏教廷代表的噶尔亶席勒图则被扎萨克图汗沙喇等人认为是主持大会的不二人选。
按藏传佛教的传说，哲布尊丹巴活佛最早降生在印度，为释迦牟尼佛的五百佛徒之一，后转世在西藏觉囊派，传世十五世至多罗那他。1614年，多罗那他应蒙古喀尔喀部的邀请前往库伦一带传经约20年，深得喀尔喀部诸领袖人物的信奉和支持，逐渐成为当地宗教领袖，被尊称哲布尊丹巴，藏语意为“尊胜”。1634年，多罗那他圆寂，次年，喀尔喀诸汗王认定于1635年诞生于土谢图汗衮布多尔吉之子札那巴札尔为其转世，法号罗桑丹贝坚赞，这便是哲布尊丹巴一世。
1649年，罗桑丹贝坚赞赴西藏学法，并于1651年改宗格鲁派，受达赖喇嘛承认其为第一世哲布尊丹巴活佛。待回到喀尔喀后，在诸部汗王的拥戴下，成为喀尔喀最高活佛，管辖一切宗教事务。这样的身份地位，由他来主持大会看似理所当然。
然而，噶尔亶席勒图是达赖喇嘛坐下大弟子，在藏传佛教中地位高于哲布尊丹巴活佛，又是受最高教主达赖喇嘛之命前来，按照传统和宗教秩序应该由他主持大会。两方各持己见，相持不下。
清廷全权代表，理藩院尚书阿尔尼秉承皇帝旨意，意图控制大会，便强行让噶尔亶席勒图与哲布尊丹巴活佛并列，同坐一席，会议才勉强召开。哲布尊丹巴活佛是土谢图汗察珲多尔济的弟弟，他作为主持，明显缺乏公正。阿尔尼并不知道，自己的作为给了日后噶尔丹最好的动兵借口。
经过四天的讨价还价，土谢图汗察珲多尔济与扎萨克图汗沙喇终于在压力下缔结盟约，与佛像前宣誓，互不侵害，永世友好。
没有强制力约束的盟约，只是废纸。
会盟后，土谢图汗只归还了扎萨克图汗一半的属民和牲畜，其余的全部免谈。而面对扎萨克图汗的屡次要求，土谢图汗察珲多尔济干脆厉兵秣马，准备给予武力打击了。
清廷偏向土谢图汗一方，作为扎萨克图汗的沙喇无处申诉，实力又不济，正在走投无路间，噶尔丹恰到好处的出现了。
在得知了库伦伯勒奇尔会盟的详细情况后，噶尔丹写信给察珲多尔济和哲布尊丹巴活佛，要求他们对会盟时与噶尔亶席勒图同席而坐的“大为非理”事件做出解释。察珲多尔济毫不在意，回信进行侮辱。
噶尔丹也许对这样的反应并不生气，而且感到高兴，这让他有了充分的理由介入喀尔喀事务了。他向处于劣势的扎萨克图汗沙喇发出邀请，希望与他结盟。
需要外援的沙喇对于噶尔丹的帮助完全看作是雪中送炭，毫不犹豫地答应了。就在清廷主持的会盟不到一年时，1687年，噶尔丹和沙喇等扎萨克图汗部贵族在三赫格尔进行会盟，矛头直指土谢图汗察珲多尔济。
为了协助盟友，噶尔丹派侄子杜噶尔阿拉布坦率军与沙喇一起游牧，谨防土谢图汗的进攻，同时为了下一步的行动，一千多名喇嘛以礼佛为名进入喀尔喀各地，为噶尔丹收集情报。
1687年在平静之中迎来了结尾。
冬季来临，牧群需要迁移到过冬的草场，噶尔丹前往额尔齐斯河过冬，与扎萨克图汗一起游牧的部队也随之撤走。几乎与此同时，得知情报的土谢图汗察珲多尔济向康熙皇帝上书，告知自己打算出兵攻打扎萨克图汗，康熙皇帝命他“守前约，勿复兴兵端”，可认为胜券在握的察珲多尔济根本听不进康熙的劝告。
1688年正月，察珲多尔济率骑兵一万突然杀入扎萨克图汗部，将毫无准备的扎萨克图汗沙喇俘杀，归并了他的部众。
因为路途遥远，噶尔丹并不知道自己的盟友已经败亡，还派自己的胞弟多尔吉扎布率400骑兵前去和沙喇联系。这只小部队刚进入扎萨克图汗部便遭遇变乱，被察珲多尔济的人马包围，屠戮殆尽。
盟友被杀，胞弟遇害，噶尔丹勃然大怒，将牙帐迁往科布多，着手准备全面进攻。而北京的康熙皇帝得知察珲多尔济起兵之后，知道必然会导致准噶尔汗国的报复，连忙派人晓喻噶尔丹和察珲多尔济等人，提出“厄鲁特、喀尔喀均系本朝职贡之国”，之间的纠纷应由作为宗主国大皇帝的他来调解，要求“敕书到日，即为息争修好”。
一个并不公正裁判，想用一纸敕书解决争端，无疑是徒劳。
1688年五月，噶尔丹命侄子策妄阿拉布坦留守科布多，亲率30000军队兵分两路征伐土谢图汗察珲多尔济和哲布尊丹巴活佛。
察珲多尔济也知战争决不会因为康熙的调解而平息，一面集结所有军队准备迎战，一面要求哲布尊丹巴活佛派兵支援。哲布尊丹巴活佛调集察珲多尔济长子噶尔旦台吉的5000军队和巴额尔克戴青的5000军队与察珲多尔济汇合，准备迎战。
噶尔丹起兵后，一路由他亲自率领，首先在杭爱山后掠取了右翼喀尔喀部众，然后攻入左翼，打败了噶尔旦台吉的军队，噶尔旦台吉仅率8人逃脱。另一路由他的三个侄子丹津鄂木布、丹吉拉、杜噶尔阿拉布坦率领直取额尔德尼召，将召庙烧毁，占领土谢图汗居地后继续推进。哲布尊丹巴活佛带着土谢图汗的家眷遁至车臣汗部境内的额古穆台。
在与侄子的军队汇合后，噶尔丹再次分兵越过土拉河，追击到克鲁伦河，进入车臣汗部境内，车臣汗乌默克的军队一触即溃，纷纷向南部清朝边境的苏尼特喀伦逃奔。
土谢图汗察珲多尔济此时已经所有能征调的部队全部集中起来，面对着来势汹汹的博硕克图汗噶尔丹，在鄂罗多诺尔摆开了阵势。
8月28日，双方大军展开决战，准噶尔军装备精良，训练有素，而察珲多尔济的部队占有主场优势且人数众多，双方激战三日未分胜负。
第三日夜，噶尔丹派奇兵夜袭巴额尔克戴青的营地，一举破之。喀尔喀军阵形大乱，部队失去控制，纷纷星散逃遁。
察珲多尔济见大势已去，无奈率残部退至与清朝相邻的苏尼特地区，与哲布尊丹巴活佛会合后向清朝寻求保护。
数月之间，噶尔丹席卷喀尔喀全境，兵锋抵达清朝控制的漠南蒙古。再往前走，就要和清军遭遇了。为表示礼节，噶尔丹致信北京：“倘哲布尊丹巴往投皇上，或拒而不纳，或擒之送我”。
而清朝的康熙皇帝另有打算，在准、喀交战时，已经敕命国舅佟国纲、内大臣明珠、尚书阿尔尼等，调派“八旗骁骑营兵丁，及下五旗护军先锋”到张家口一带“以听调遣”，并征调内蒙古各旗兵丁7000余人随时备战。现在，面对着喀尔喀贵族战败穷途之后的归降，康熙皇帝和大臣们议定的结果是“喀尔喀国破，土谢图汗、哲布尊丹巴呼图克图等诚心请降，应受而养之”。
康熙皇帝明显站在喀尔喀一边。对噶尔丹来说，和清朝的战争已经不可避免，但是否就是现在？
噶尔丹没有犹豫多久，后方便有消息传来：原叶儿羌汗国的两个贵族在拘禁地伊犁发动暴乱，抢劫寺庙，他必须回师前去平定。
清朝的边境压力骤然减轻，1688年9月，正式同意喀尔喀诸汗率部入境，并发物资救济。
当噶尔丹率军回到科布多时，策妄阿拉布坦已经将暴乱平定，这本是值得欣慰的事情。可策妄阿拉布坦这次果敢的行动，几乎让所有人交口称赞，这使得噶尔丹对这位侄子产生了警惕：
策妄阿拉布坦是僧格的长子，父亲遇害时年仅7岁，如今已经是24岁的青年了。他是僧格的合法继承人，他对自己久居汗位难道没有不满？他现在声望如此之高，难道对自己还会俯首帖耳？何况，自己所纳的侧妃阿海，原本是他的未婚妻，他难道对自己没有怨恨？
疑心，可以毁掉一个人，如果这个人还是一个帝国的统治者，就足以毁灭一个帝国。
噶尔丹和策妄阿拉布坦这对叔侄之间，已经暗流汹涌。