萨亦德汗去世时，只有一个名叫阿里·海塔的将军在他身边，而这位将军与萨亦德汗所倚重的赛义德不和。作为唯一一个有机会亲听遗命的人，他趁机假传汗命给萨亦德汗的长子，现任阿克苏总督的拉失德，要他一定要铲除赛义德家族，否则“政权一日不能归于我儿之手”。
拉失德王子与他的父亲一样，也是从小历经磨难，一出生就和父亲一起坐牢。萨亦德汗起兵后，他一直在父亲身边，参与了许多重要战役，是一个果敢坚韧的人。虽然他知道这道汗命未必就是父亲的遗命，但也知道赛义德是汗国创建的头号功臣，身受父亲所赐的十二大特权，现在不仅官居“兀鲁斯别吉”高位，同时身兼喀什噶尔总督，整个家族在汗国的势力如日中天。何况，自己的弟弟亦斯干达尔王子与赛义德家族关系非凡，现在和勇将马黑麻·海达尔领兵在外，自己不采取突然手段，继承汗位的便会是自己的弟弟。
拉失德王子以奔丧的名义赶到叶尔羌，而赛义德已经先于他到达，这个智勇双全的人物根本没有想到，自己已经成为拉失德王子必须铲除的目标。7月23日，赛义德到萨亦德汗陵墓前迎接拉失德王子，被拉失德当场下令处死，随后全家被杀。这一切的发生，距他所效忠的萨亦德汗去世仅14天。
可以说，没有赛义德，就没有叶尔羌汗国的建立，他的无端被处死实可看作悲剧。但也因为他的死，汗国内乱的种子泯灭，拉失德汗开创了汗国的辉煌时代。一个能臣，用自己的血为自己参与建立的国家做出了最后的贡献。
而马黑麻·海达尔在进入乌斯藏后，一路杀向拉萨，沿途缴获甚丰，但也遭到佛教徒们英勇的抵抗，再加上气候严酷，士兵们疲惫不堪。最后，虽然离拉萨只有8天的路程，仍然不得不折返。
当军队行进到拉达克时，新任可汗拉失德汗发来了敕令，要他留原地任职，同时命令解散军队。一夜之间家破人亡的马黑麻·海达尔自然不愿奉命，但士兵们纷纷逃走，亦斯干达尔王子也经受不住磨难返回了叶尔羌。武力对抗已无所依仗，马黑麻·海达尔只好流亡到了印度，后来成为克什米尔的统治者。
在克什米尔期间，他撰写了巨著《拉失德史》，详细记载了从1347年到1541年东察合台汗国、叶尔羌汗国的历史，成为研究中亚史的经典著作。虽然拉失德汗害得他背井离乡，但他仍在前言中写道：将此书献给我祖国的统治者拉失德汗。对拉失德汗的功绩给予了客观评价。
拉失德汗在位27年，是一个治国有术，统兵有方，而且能诗会文，擅长音律的可汗。统治期间联合乌兹别克汗国发动多次对哈萨克汗国的圣战，一度占居了蒙古斯坦，并屡屡击败前来挑衅的满素尔汗，摆脱了与东察合台汗国的臣属关系。在国内继续推行父亲的轻徭薄赋政策，使得经济进一步恢复。
除了内政外交上成绩斐然，拉失德汗还与唐朝的唐玄宗李隆基颇为相似，因为对于音律和诗歌的通晓，让他在生活中甚为多情。一个偶然的机会，他邂逅了平民女子，也是精通音律的阿曼尼莎罕，惊叹于她的美丽和聪慧。便不顾传统，以可汗之尊，在众多大臣陪同下携带聘礼向其求婚。抱得美人归后，夫妻二人琴瑟和鸣，恩爱非常。而阿曼尼莎罕也是一个杰出的女诗人和音乐家，一朝飞上枝头变凤凰，却没有让她迷失自己，仍然痴迷于诗歌和音乐，在宫中创作了大量的诗歌和其他著作，仅流传至今的作品便有诗歌《乃斐斯诗集》，有关女性伦理的《美丽的情操》，有关诗歌、音乐、书法评论的《心灵的协商》等等。维吾尔音乐集大成的《十二木卡姆》便是在她的整理和倡导下，得到拉失德汗的支持，由宫廷乐师卡德尔罕编纂完成。
可惜，这位奇女子仅活到34岁，便因为难产去世，据说，拉失德汗为爱妃的死悲痛不已，从此郁郁寡欢，几乎在同一年也随之去世。
拉失德汗一生当中三次微服巡游全国，了解民情，这不但让他治理汗国井井有条，更让他收获了爱情，在其中的一次巡游中遇到了阿曼尼莎罕。而成也巡游，亡也巡游，在1560年的第三次巡游时，拉失德汗病逝于和田近郊，享年52岁。
拉失德汗的长子阿不都·拉提夫王子在与哈萨克人作战中阵亡，次子阿不都·哈林王子即位。这位可汗注重文治，强调法制，并宽和多谋。在他即位时，汗国中最有军权的是他的四弟，喀什噶尔总督琐非王子。在他进入叶尔羌被宣布为可汗后，琐非王子领兵来到首都，虽然没有明确的表示，但觊觎汗位的意图昭然若揭。
若是别的君主，面对这样的情况，要么发动内战，要么用阴谋将弟弟置于死地，总之，都是要以血来捍卫自己的宝座。但阿不都·哈林汗则是将弟弟请进汗宫，当着母亲哈尼木太后和众大臣的面，和颜悦色地对他说道：“弟弟啊，根据古老的习惯，（人们）把寡人拥上了汗位。如果您希望子得到它，那我的国家这就（给您）。寡人乐意和平相处，不会反对您。”
这话看起来柔弱无力，但却暗示弟弟自己即位既符合传统又受到拥护，而且自己并不贪恋，愿意主动让出，这就把琐非王子放在了一旦反对便会为传统和臣下不容的地位上，并且落得个逼人太甚，醉心权位的恶名。
琐非王子身为一地总督，自然不是有勇无谋的人。哥哥这样的态度给足了自己面子，再要得寸进尺只能让自己彻底被动。于是便向哥哥表示效忠，撤兵回了自己的领地。
而阿不都·哈林汗也没有秋后算账，将自己即位前的领地英吉沙尔城赏给了琐非王子，并指定他作为自己的继承人。
这么一位可汗统治汗国达三十三年之久，致力于发展生产和社会的公平，对于高利贷者盘剥百姓的行为进行严厉打击。在司法方面，所有的案件都由可汗亲自审问，“从来未发生一点很小的错误”。叶尔羌汗国秩序井然，百业兴旺。
当然作为虔诚的穆斯林，阿不都·哈林汗也对外发动圣战，而且获得了祖父和父亲都没有获得的成功，吞并了东察合台汗国。
与蒸蒸日上的叶尔羌汗国相比，东察合台汗国可说是江河日下。萨亦德汗的大哥满素尔汗在拉失德汗时代失去了对叶尔羌汗国的宗主权，虽然在日后多次攻打阿克苏，欲图迫使叶尔羌汗国重新臣服，但最终也未能获得成功。
1544年，60岁的满素尔汗在遗憾中离开人世，他的儿子沙王子继位。这时，天山草原的卫拉特人屡屡南侵，沙汗没有余力再理会叶尔羌汗国，全力抵御北部的压力，但最终于1565年战死沙场。沙汗没有子嗣，贵族们为争夺汗位争执不休，最后由沙汗叔伯弟马速王子自立为汗，局势才稍稍稳定下来。
可这新立的马速汗既不是沙汗的嫡系子孙，又不是长者即位，这下给了叶尔羌汗国东征的借口。
1570年，阿不都·哈林汗提出，马速汗并非按照蒙古传统继承汗位，属于非法。这个指控听起来义正词严，但实际上并不能站住脚，叶尔羌汗国已经不再是东察合台汗国的臣属，两家已成敌国，有什么资格来插手人家的家务事？但强者是从来不给弱者以抗辩的机会的，不等马速汗做出任何反应，阿不都·哈林汗便派遣四个弟弟琐非、马黑麻、阿布撒亦和忽来失率军东征。
早已被内外战争折磨得奄奄一息的东察合台汗国根本没有了还手之力，东征军一路上拔城夺寨，攻入吐鲁番，将马速汗俘虏，归并了东察合台汗国。
这次征战，不但使得汗国疆域囊括了吐鲁番、哈密、察力失等地，有了空前扩大，同时意味着，叶尔羌汗国是察合台汗国唯一的，合法的继承人。
至此，叶尔羌汗国疆域固定了下来，东面直至嘉峪关，与明朝邻接；南面以昆仑山、阿尔金山为界；西南以喀喇昆仑山为界，与西藏的拉达克、博洛尔相邻；西面包括整个帕米尔及希瓦和瓦罕地区，与莫卧儿帝国相邻，与乌兹别克汗国的边界则是阿赖山；北面，以天山山脉为界，与哈萨克、吉利吉思、卫拉特相邻。也就是说，汗国疆域囊括了今天新疆南部的所有地区，以及甘肃和中亚塔吉克斯坦部分土地。
阳光下总有阴影，在形势一片大好的“阿不都·哈林汗时代”，日后会给汗国带来无尽灾难的病根也在慢慢孕育。
作为伊斯兰教苏菲派一支的纳克什班底教派分裂成为势不两立的黑山、白山两派，黑山派进入叶尔羌传教，在贵族和百姓中产生重大影响。
不知什么原因，在阿不都·哈林汗、琐非王子等汗国政要对前来叶尔羌传教的黑山派的和卓，也就是“圣裔”兼教长伊斯哈克很不感冒的时候，阿不都·哈林汗的五弟马黑麻王子却对其极为礼敬，自愿拜其为师，成为黑山派信徒。若只是如此，也不过是在汗室成员中多了一个宗教信徒而已。可偏偏在阿不都·哈林汗在1592年以63岁高龄去世时，他原本指定的继承人四弟琐非王子已经先于他病死。按照长者继位的传统，五弟马黑麻继承汗位。
这样一来，黑山派就成为了可汗的导师，被推崇备至，开始对汗廷施加影响。
马黑麻汗继承了父兄留下的丰厚基业，自己也颇有作为。1595年，乌兹别克汗国阿布达拉赫汗率军十万进攻叶尔羌汗国，马黑麻汗率领军民顽强作战，将其击退。乌兹别克军损失四万余人，惨败回国。在这场卫国战争中，黑山派协助可汗进行爱国宣传，号召了大量志愿军，为胜利立下汗马功劳，从此更加为马黑麻汗所倚重。
击退了乌兹别克汗国的入侵后，马黑麻汗偃武修文，“厚待普通人民，压制高利贷者”。在位的十八年中，使国家达到极盛，“商贾如鲫，百货交汇”，如“天堂一样”。
可正是由于他对黑山派的扶持推崇，到他去世时，黑山派的沙迪和卓（此时伊斯哈克已死）已经拥有了众多的信徒和庞大的财产，对整个汗国事无巨细，都有了发言权。
中亚的统治者往往寿命都不长，到60岁便已经很是难得，阿黑麻汗可说是难得的寿星，72岁高龄才离开人世。临终前，他也许会庆幸自己信仰了黑山派，扶助他们，庇护他们，让他们茁壮成长，自己才会在创造辉煌后得享天年。
遗憾的是，如果真有天堂的花园，在那里看到日后叶尔羌汗国的局面，马黑麻汗必定会后悔的捶胸顿足。
从萨亦德汗开始，“圣战”便是历任可汗必定修习的科目，这使得汗国国势在九十六年中蒸蒸日上。马黑麻汗去世后，对外的圣战几乎停止了，并不是汗王们不再对真主虔诚了，而是因为过于虔诚，对真主在人间的代言者都低下了头颅。宗教首领染指政权，可汗、贵族、将军们在教权的阴影下自相残杀，汗国在同室操戈的血泊中，迅速走向了衰落。