虽然有着赛义德的战略分析，但萨亦德的进军仍然要面对敌人的严阵以待。
那位原本想趁火打劫阿巴·癿乞尔在兵败安集延后，知道萨亦德早晚要找自己算账，刚一回到根据地便时刻准备应对萨亦德的反攻。
他拆毁了喀什噶尔古城及其近郊的房屋，将居民迁往叶尔羌。在听说萨亦德进军的消息后，更是在土曼河岸上修建了45000平方米，132米高的城堡，储存了几年的粮草，派大将玉思番率军1000驻守，自己则坐镇首府叶尔羌。
萨亦德的部队到达边境的阿忒彭八失城后，将家属和辎重安置在城里，自己率主力4500人轻装前进，迅速推进到土曼河岸边，喀什噶尔城守军出城迎敌被萨亦德击败，从此闭门不出。面对着城高壕深的城堡，萨亦德没有强攻，而是绕道向英吉沙尔城进发。
英吉沙尔的守军也坚守不出，萨亦德强攻失败，便将部队驻扎在城外，准备围城打援。
可苦等了两个月，阿巴·癿乞尔的部队仍没有来。萨亦德有些焦急，正在这时，吉利吉思部首领马黑麻率军前来投效，对于自己刚出道时便跟随自己的老部下的来投，萨亦德很是欢喜，更让他高兴的是，马黑麻带来了阿巴·癿乞尔的消息，这位敌手正在竭力召集军队，可除了强迫农民、工匠、市民入伍之外，他根本没有一支可靠的野战军。
打蛇打七寸，萨亦德马上下令从英吉沙尔撤围，前去攻取阿巴·癿乞尔的心脏叶尔羌。
这是正确的战略，但正确并不等于可行。
自从入境以来，萨亦德还没有攻陷一座城市，有的部下对前途产生了怀疑，密谋逃走。事情很快败露，为了稳定军心，萨亦德没有惩处肇事者。但他知道，不打一场大的胜仗，这样的事情还会发生。既然阿巴·癿乞尔连像样的军队都召集不起来，也就没有必要着急先打击他的首府，经过重新部署，萨亦德回军攻打英吉沙尔。
这一次，他势在必得，将大帐扎在城下，亲自指挥，这大大鼓舞了斗志，士兵们连续五天挖掘隧道，用地雷炸开城墙。守军也拼命防堵，双方互不相让。
与此同时，阿巴·癿乞尔总算调集齐军队，向英吉沙尔开来。消息传到军中，所有将军都主张撤围迎战。而萨亦德则向全军宣布，自己的箭既要射城堡，又要射阿巴·癿乞尔，直到战死为止，谁不愿意跟从，请自便。将军和士兵被他的决心感染，继续猛攻英吉沙尔。第六天，守将阿明·达鲁花顶不住攻势，在萨亦德保证保护他家人财产后，开城投降。
英吉沙尔的投降，很快出现了连锁反应，喀什噶尔的守军也弃城而逃。萨亦德率军向叶尔羌进发。
阿巴·癿乞尔新征集的军队完全是一群乌合之众，大多数人连马都骑不稳，甚至不会射箭。他自己都知道“带领这样的军队去打劫菜园都不保险”。随着喀什噶尔、英吉沙尔等城相继陷落的消息传来，这个残暴的老人再没有了斗志，命儿子贾汗杰尔留守叶尔羌，自己逃往和田。
贾汗杰尔是个胆小怕事的人，根本没有“留守”的信心，父亲逃走5天后，他自己也弃城而逃，并下令任何人都可以随意带走财物。全城军民都开始抢劫，叶尔羌一片混乱。在他逃走后第四天，萨亦德的先锋火者·阿里率军进入叶尔羌，两天后，萨亦德也率军到达。他派单·阿黑麻攻取和田，并另派军队追击阿巴·癿乞尔。
阿巴·癿乞尔逃到和田后，听说萨亦德的部队正在开来，便再次逃走。沿途丢弃不方便携带的珍宝，仅带细软逃到拉达克，这里本是他的属地，但现在已经不再服从他。阿巴·癿乞尔无奈，只得折返向萨亦德投降，迎面遇上追兵，不等表明来意便被砍掉了脑袋。
1514年9月3日，历经磨难的萨亦德在叶尔羌受众将拥戴，登上汗位，叶尔羌汗国从此诞生。这一年，他26岁，是名副其实的少年英雄。
所有的将领都得到了丰厚的封赏，尤其是赛义德，萨亦德汗赐给他十二大特权，最为重要的是两项，其一，所有的公文都必须赛义德副署后，才能生效；其二，在宴会时，赛义德的侍卫可以随侍在萨亦德汗身边，这是连汗的生命都交到赛义德手中。
权力，是最忌讳和人分享的，可以想见，赛义德获得如此大的特权，君臣之间已经难以如患难相交时那么融洽了。
汗国建立后，萨亦德立即和自己的长兄，东察合台汗满素尔取得联系，他没有记恨这位哥哥当年的赶尽杀绝，而是主动要求和睦相处，并甘愿自称臣属。这样的态度自然获得了满素尔汗的响应，兄弟二人言归于好，东察合台汗国在名义上恢复了统一。
解除了东部的威胁，萨亦德汗开始整理内政，励精图治。废除阿巴·癿乞尔的严刑酷法和横征暴敛，实行公正清明的统治，并为了休养生息，免收赋税6年。到1520年，汗国出现了“如果一个老妪头上顶着一坛金子在这些路上行走，也不会被人抢”的景象。
但是，要让游牧民族出身，又信奉伊斯兰教的萨亦德汗和他的将军们从此安于守成，不再兴兵，那是无论如何也做不到的。
1522年，萨亦德汗开始了对外扩张，从此，汗国历任汗王，都在“圣战”的旗帜下，发动了一次又一次战争。
叶尔羌汗国，成为了圣战者的国度。