在与兀良哈的征战中，俺答汗已经将自己的部落经营的兵强马壮，在拆分兀良哈万户时又获得了更多的属民。这样一来，除了大哥衮必力克之外，他成为了右翼三万户最强大的贵族。
不久，俺答汗便兼并了四叔阿尔苏博罗特的土默特部，仅留了一个鄂托克给他的儿子。土默特部占了蒙郭勒津万户的大半，俺答控制了土默特部，也就间接控制了蒙郭勒津万户。在这之后，右翼三万户中便出现了土默特万户，而蒙郭勒津万户则不再为人们提起。
有了这样的实力，又有了大汗赐予的汗号，俺答汗开始了以拱卫汗廷为名义的东征西讨。
当年达延汗评定右翼叛乱，亦不剌、满都赉虽然败死，但其残部却与卫拉特的也力克部合流，在青海、河西走廊一带盘踞，将那里的曲先、罕东等蒙古卫蹂躏得四处逃亡，成为西部一大势力，被称为“撒里畏兀儿”，多次向东侵扰。
俺答汗首先将他们作为自己的主要打击目标，与大哥衮必力克多次发兵西征，撒里畏兀儿的首领卜儿孩抵挡不住，所部几乎解体，被迫将女儿奉献给衮必力克换取暂时平安。从此，右翼三万户的势力扩展到青海一带。
1542年，右翼三万户济农、“默尔根汗”衮必力克去世，虽然他的儿子继承了济农职位，但在强大的二叔面前只有俯首帖耳的份。俺答汗遂成为右翼三万户实际上的首脑。
既然成为首脑，便要作出比前任更杰出的成绩才行。1543年，俺答汗率领土默特、鄂尔多斯两万户军队渡过黄河，穿越星忽拉（今内蒙古乌拉特中旗新忽热乡所在地）山口，绕道贺兰山再经古浪所（今甘肃省古浪），穿过黑松山（今甘肃冷龙岭）从扁都口进入青海，继续征讨蛰居在三角城（今青海省海晏县治）一带的卜儿孩。
此时的卜儿孩虽然已经没有多少抵抗意志，很快投降。但已经习惯自由自在的撒里畏兀儿人却不愿意就此臣服，与俺答汗所部发生激烈交战，混战中，俺答汗腿部受伤，为了不动摇军心仍端坐马上指挥作战。属于自发作战的撒里畏兀儿人没有统一指挥，终于不敌军令严明的讨伐军，逐渐溃散逃遁，其余均缴械投降。俺答汗敬佩他们的英勇，没有处罚他们，将他们归属自己的幼弟恩克迪尔岱青管辖。
青海、河西走廊一带完全纳入俺答汗的势力范围。在他回师后，将大量缴获的财物奉献给博迪汗，这既是炫耀，也是一种威胁。
博迪汗继承了祖父的勇气和果断，却也继承了祖父不尽人意的身体，此时的他已经身染重病。为了安抚俺答汗，他不得不打破常规，再次赐予其“土谢图汗”封号，这已经几乎与蒙古大汗的汗号相似。
1547年，44岁的“阿剌克汗”博迪去世，竟然与祖父的年寿一样。他的长子达赉逊继位，号“库腾汗”。
达赉逊汗知道自己无法与俺答叔叔较量，而汗廷所在地又离俺答太近，于是下定决心，率领汗廷及左翼诸万户东迁，到辽东一带驻牧，离开这个危险越远越好。
作为臣下，俺答汗亲自送别大汗车驾，并给予很多礼物。而作为叔叔，他迅速将侄子原来的地盘妥善保管——全部收归囊中。
达延汗留下的江山，已经有大半成为了俺答汗的领地，他向着大汗之位又跨进一步。
1558年，“库腾汗”达赉逊病逝，其子图门即位，号“札萨克图汗”。年轻的大汗一登基便开始了加强汗权的种种举措，并对辽东一带的女真、达斡尔、鄂温克等部族进行征服，扩大汗廷实力。
但对于俺答汗来说，这个年仅20岁的侄孙要想对自己构成威胁还差得远。他没有理睬图门汗要求他到汗廷“述职”的旨意，而是再次西征青海，清缴撒里畏兀儿的残部。
这次出兵没有什么难度，很快便达到目的返回，但在回军途中，俺答汗遭遇了一支土伯特的商队，因为互不了解，发生冲突，商队全被俺答汗的部下俘虏。
这本是一个极为细小的事件，甚至都不值得在史书上记下一笔。对于每天都在面对战争的蒙古人来说，这么一次战斗算得了什么？
但在商队中有1000名喇嘛。这些饱读经书的佛徒见到了俺答汗，他们向他表达了佛祖的祝福，让他知道他面前的这些俘虏不是可以成为他的奴隶的，因为他们已经侍奉了伟大的神明。
这是14世纪中叶以后，蒙古人第一次接触到藏传佛教的僧侣。也许是佛徒们的话让俺答汗感到震撼并随之平静，也许是对于祖先曾经甚为推崇的宗教的尊重。俺答汗释放了这些喇嘛。
这个时候的他，也许还没有意识到，自己以后会与藏传佛教发生多么大的关系。甚至改变了蒙古人的历史。
一年后，俺答汗率领右翼各部首领和部众数万人再次进入青海，这一次，他停留了两年之久。
在这两年中，他招降了卫拉特人的中明安部，与东察合台汗国的沙汗建立联系，互派使节，稳固了自己的西部根据地。而最大的收获，则是娶到了卫拉特的奇喇古特部首领的女儿做自己的侧妃，这个女人便是蒙古历史上著名的钟金夫人，汉文史籍中称为“三娘子”。
1560年秋末，俺答汗起程回返。抱得美人归之余，他把自己的儿子丙兔台吉留驻于青海，占据了原罕东左卫的驻牧地。行至大、小松山时，阿勒坦汗让鄂尔多斯万户的爱达必斯达延诺延、贝玛图台吉和鄂克拉罕伊勒登诺延率部留驻这处咽喉要地，保证自己往返青海的道路畅通。
这一年，俺答汗已经52岁，他的势力已经压过了所有蒙古贵族，即使是札萨克图汗也要逊他三分。但他还是不能成为全蒙古的可汗。他不能如父亲那样贸然行事，他知道自己不能应付所有人的反对。他还需要支持，重要的支持。
这个支持到底是什么？应该来自何方？俺答汗还很迷惘。