按照达延汗所定的法统，他的长子嫡裔才可继承蒙古大汗汗位。因为长子图鲁博罗特早逝，在他去世后，其孙博迪继位，号“阿剌克汗”，因为年幼被三叔巴尔斯博罗特废黜，直到三年后才恢复汗位。
阿剌克汗在位期间，汗权甚为巩固。由于兀良哈万户的突畦诺颜、格儿博罗特反叛，阿剌克汗废兀良哈万户建制，并在1524年、1531年、1533年、1538年先后四次讨伐，最后与三叔巴尔斯博罗特的儿子们一起瓜分了兀良哈万户。兀良哈人一部分残余向西北逃窜，潜入唐努山和阿尔泰山。17世纪末，他们中的一部分徒至合木吉克地方栖居。如今的唐努兀良哈、阿尔泰兀良哈、合木吉克兀良哈就是原来的兀良哈万户的后裔。
在此之后，阿剌克汗封巴尔斯博罗特三个儿子为小汗，埋下了日后汗号满天飞的伏笔。
1547年，博迪阿剌克汗死，长子达赉逊继位，号“库腾汗”。在位期间，蒙郭勒津万户逐渐被土默特所取代，成为土默特万户，掌管土默特万户的俺答汗日益强大，对汗位产生威胁。
达赉逊处处与之较量，但终不能压服，以至于施行惹不起躲得起方针，将汗廷迁往辽东以避锋芒。虽然在东迁过程中吞并了朵颜三卫中的泰宁、福余两卫，但大汗权威已经开始衰微，各部或多或少都开始离心离德，稍有实力的贵族都开始称汗，虽然都还承认蒙古共主，大乱之象已经显露。
1557年，达赉逊长子图门继位，号“扎萨克图汗”，大汗的权威有所恢复。对于各部的控制加强，并颁布法典形成内政外交的统一。同时征服了达斡尔人和今鄂温克族先民额里克特人。。
1592年，图门长子布延继位，号“彻辰汗”，汗权再次衰落。除了本部察哈尔之外，已经到了“政令不出午门”的地步。布延甚至做了出示元朝传国玉玺来让各部承认自己是共主的事情，可算可笑复可悲了。
1604年，布延去世，因为长子莽古斯早逝，便由长孙林丹巴图尔继位。
达延汗后，蒙古大汗的权威日益下降，有些时候只能控制察哈尔万户。到布延彻辰汗时，蒙古大汗便仅仅是名义上的。他们是“蒙古可汗”还是“察哈尔汗”？
历任可汗都要选择前者，为此不惜付出一切代价，林丹汗便是为之奋斗终生并恨水东逝，成为北元蒙古的末代大汗。
最终的结局，发生在达延汗去世109年后。