大正六年九月二十五日，东京地方法院的刑事法庭，进行了对支仓喜平的第一次公开审判。
审判长是少壮派法官宫木钟太郎，检方检察官是小冢，辩方辩护律师是能势。此外，还有提出私人控告的，两家公司代理人等……
各居其席位后。支仓喜平则是一副毫无所惧的模样，坐在被告席。当时他三十六岁。
审判长静静地开始讯问。先是依照法规问明身份、职业、姓名等，然后才进入犯罪事实的审理。
支仓喜平似乎已经有所觉悟，口若悬沔地回答审判长的质问，彻底否认一切犯罪事实，并极力申述，在警方的自白，乃是虚伪的。审判长边颔首，边穿针引缝，继续讯问后，宜告闭庭。
在那之前，辩方律师能势提出申请，要求检方准备证据后，再继续审理。
十月四日第二次开庭，自审判长以下，列席人物皆同。审判长详细讯问了，关于支仓喜平与小林贞子的关系。之后，能势辩护律师提出，上大崎空地古井的勘验、同址公墓挖掘出的头盖骨之鉴定、调阅支仓的旧宅发生火警当时，辖区警察署的调査报告、传唤神户牧师以下，八位证人接受讯问……
以上四项申请。审判长经与合议庭开会后，允许头盖骨的鉴定、调阅调査报告、传唤神户牧师以下八位证人，接受讯问等，其他则予以拒斥后，宣告闭庭。
宫木是当时少壮有为的司法官。审理过本事件之后，他长期游历欧美，亲自研究当地的司法制度，回国后，目前在司法部（司法院）内担任要职，并兼任外务书记长官。其人英姿飒爽，温容以待人，不浮于辞令之巧，兼且头脑清晰，眼光如能透人纸背般精明。
但是，他承审刑事审判，则是以此支仓事件为始终。唯一一次的承审，就负责像本事件这种、自有刑事审判以来，屈指可数的难决事件，也不知是他的幸运或不幸？
另外，本事件的揭发者——神乐坂警察署的庄司利喜太郎署长，是其多年知交，在审理上更是必须慎重又慎重。事实上，宫木法官在本事件上，已经倾尽了其刑事审判方面的智慧，得以进行判决，完全靠其明晰头脑与充沛的精悍之气。
不论是庄司署长或是宫木审判长，皆是公正无惧的司法界勇猛之士，支仓会碰上，应该说是他的气数已尽。
宫木审判长日夜都在思索着，该如何解决本案。支仓所犯的罪行中，最严重者是杀人，但在确认这点之前，必须先确定被害尸体，是否为小林贞子。被害尸体若非小林贞子，问题根本就从中心被推翻。但是，就算确定是小林贞子的尸体，还是有着是自杀、他杀或失足致死的问题存在。
不过，主要还是以确认尸体为优先。并且，依预审调査报告所见，很难说已经证实。这是宫木法官的看法，加上能势辩护律师，似乎也有相同心思，因此，他立刻允许辩护人提出的鉴定申请，同时指定头盖骨，由一位鉴定人负责，一部分衣物破片，由两位鉴定人负责。
十月二十五日第三度开庭，立刻传唤上述的鉴定人。
一位是受命鉴定头盖骨的帝国大学医学系助教——友长医学士，对这门学问有着丰富经验；另一位是本乡的裁缝女学校校长——田边，他是此道的专家，声名远播，受命鉴定布片。
关于头盖骨的鉴定事项如下：
鉴定事项
一、关于大正六年，在押第二八八号、二十八项的头盖骨，鉴定此人之性别、年龄、容貌特征、营养程度和可能死因。
特别是上颚门牙，是否几分前突，下颚犬齿是否较普通人为长，犬齿是否为俗称的“鬼齿”。
下颚、犬齿咬合时，上颚齿列是否突出？智齿是否存在？……
以上——
裁缝女学校校长，受命鉴定的事项如下：
鉴定事项
一、关于大正六年，在押第二八八号，十五项的布片之质料和底色。
是否为衣带使用之物？
若是衣带，由布片观之，衣带宽度如何？
若是衣带，是否为腹合带？
如果是腹合带，其所能想象的原形如何？
是否能够算是，毛织片折叠于其上、一侧缝合（不知是否一侧的全部）的破片？
以上
鉴定人承诺之后，立刻退席。
另一位鉴定人，是高工教授佐藤，他虽是在晚了四、五天的十月二十九日，第四度开庭时被传唤出庭，但是为了方便起见，在此一并叙述。
其鉴定事项很简单：
一、关于大正六年，在押第二八八号，十五项的布片之质料、染色、图案如何？
在十月二十五日的第三次开庭中，鉴定人退席后，接下来依序传唤证人出庭。
首先入庭的是古井的浚渫工人，审判长讯问时，他答讯的内容，与预审法庭时大同小异。随后入庭的，是尸体打捞出井时，负责验尸的医师，他的陈述，也和预审法庭的时候相同。
接着出庭的人是神户牧师。神户牧师紧抿着嘴，两道浓眉高耸，站上证人席。被传唤出席公开审判庭，他绝对不会觉得愉快。
当然，他与被告不同，并未犯下任何罪行，是丝毫没有羞耻感的，但依我国的民情，上法庭本身，就不是一件愉快之事，何况还得受到审判长，充满权威性的讯问，只要有一点错误，立刻被严厉追究，有时候，更必须受到居于反对立场的辩方律师，极具讽刺的质问。身为牧师，这样的遭遇让他觉得，这是一种侮辱。而且，证言涉及的尽是支仓喜平的私行，还牵扯到是否强奸女人，实在是非常令人不快！
可能没有人像神户牧师这般，因为本事件而受到严重困扰吧！有不少人因支仓事件而苦恼，但他们都是基于职务，或是直接与事件有关系者。只有神户牧师是单纯因小林贞子的事情，介入了支仓喜平和小林贞子的叔父之间，受托调解纠纷。
可是站在审判的立场，神户牧师的证言，却是非常重要的。即使确定从井里打捞起来的尸体，就是小林贞子，接下来的问题是，是否是支仓喜平杀害她之后，再行推落井中呢？却欠缺不可撼摇的有力证据，而且，支仓是否真有，必须杀死小林贞子的迫切需要？这个也变成了重点，这么一来，详细了解支仓与小林贞子关系的神户牧师的证言，就非常具有分量。何况，他还见证过支仓喜平的自白！
以神户牧师而论，他既然身为证人，不可能扭曲事实的陈述，而且，以他的为人，也不会扭曲事实。问题在于，神户牧师的每一句话，都会对支仓喜平的命运，造成重大的影响，因此，应该没有像他这样，感到困扰的证人吧！
神户牧师咽下一口唾液，小腹用力，抬头面向审判长。
审判长依惯例询问后，转为严肃语气，问及证人与被告的关系。
神户牧师如在预审法庭陈述的那样，述及了和支仓的浅交关系，继而述及小林贞子的事，以及调解支仓与小林定次郎的经过。
“刚开始的时候，支仓喜平一直不愿意说出，他与小林贞子的关系，后来才当着我面前，羞耻忏悔地逐一申述。”
说着，神户牧师闭上嘴，低头沉默不语。
审判长紧接着问：“当时被告向证人坦白，使用暴力侵犯小林贞子吗？”
此一回答相当重要，法庭上所有人的视线，全部集中在了神户玄次郎牧师的身上。
支仓可谓始终一贯地，否认强暴凌辱之事，坚称乃是彼此情投意合之下所为。是情投意合？抑或强暴？乃是掌埋支仓死命的关键！支仓对神户玄次郎牧师，自预审法庭以来的证言，深感怨恨，而在往后长达数年间，对他曾尊之为师，也在小林贞子事件充分帮过他，让他在请愿书上，特别强调“依靠可敬的牧师调解，将事情解决”，备感恩义的神户牧师，极尽咒骂之能事，咒其为假牧师，是与庄司署长同流合污、意图陷他于死地，到了最后更是恐怖诅咒。
支仓会诅咒并吶喊说“庄司署长与神户牧师，连手企图陷害我”，其中有些许理由。那是因为署长和牧师，同样毕业于北国某高等学校，神户玄次郎是学长，彼此虽非同届，却在东京的同学会上，经常碰面，有着相当的交情。
听说此事过后，支仓喜平忍不住怒叫说，神户牧师为了庇护庄司利喜太郎署长，而做出对自己不利的证言。
再怎么说，都是有关一个人生命的大事，仅仅只是因为，曾经就读同一所高等学校，就在法庭上扭曲证言，何况又是身为牧师，绝对没有这种道理，应该说，这只是支仓喜平一个人偏激的想法吧。
不过，关于两人就读同一所高等学校，在此略述一则有趣的插曲。支仓事件稍后不久，某部会官员山田健，以棒球棒殴杀御用商人的事件，相信诸位读者，应该都还记忆犹新吧？山田也是与庄司利喜太郎同一所高等学校，只是晚了好几届。山田个性豪爽，乐于助人，学生时代，他经常替朋友背黑锅，某次，一位同学喝醉酒闹事，被警方拘捕了，事情相当棘手，山田找上母校前辈、当时担任警视厅官房主事的庄司，请他帮忙。庄司利喜太郎也因为该事情，仅仅是起因于酒醉闹事，找当地警察署长官说，释放了该学生。
其后不久，山田又脸色苍白地，前来警视厅求见庄司，说是朋友杀了人，事情即将曝光，想逃往满洲，希望警方能睁只眼闭只眼，让对方逃亡。
庄司利喜太郎当然摇头了：“不可能！ ……”
后来，庄司曾经告诉别人：“酒醉闹事和行凶杀人，岂能一概而论，哈……哈……哈……！”
可以相信，神户牧师也是如此，陷人于杀人罪，和庇护同一母校的朋友，两件事根本不可同日而语！
对于审判长问及的，被告是否强暴之点，庭上所有人专注全神，等待牧师回答。但是.他说出的，却是令人出乎意料的回答：“这件事我无法回答。”
满庭哗然。
在公开审判庭上，证人堂堂拒绝证言，可谓史无前例！
宫木审判长对神户牧师之言，深感意外，立刻严肃地提高声调问：“是有什么理由吗？”
神户牧师毫无怯色地说：“支仓喜平因为我是牧师，才会说出其秘密，亦即，他并非自白，而是忏悔，我只不过是他向神告白过程中的中介人，我不能随随便便地在公开的审判席上，陈述已经向神忏悔的人的罪行。”
“这么说……”审判长为牧师的理由堂皇之言，而面露难色，“证人打算在法庭上，拒绝证言？”
“我既是神的仆人，”神户牧师回答道，“同时也深知，应该尊重法律。如果法令强制，我一定遵从。”
“原来如此。”审判长沉吟片刻后，立刻宣布休息，朝着陪审法官们眨眨眼，缓步退庭。
没过多久，合议似乎有了结论，审判长和刚刚一样，缓步出现。入座后，立刻传呼证人。
“本席再问一次，证人真的拒绝，基于法律的证言吗？”
“不！……”牧师回答，“未必如此。”
“那么，本审判长依照职权，要求证人在本庭陈述，支仓喜平当日向证人的告白。”宫木法官宣告。
神户玄次郎牧师紧咬下唇，脸色苍白地沉默不语，不过，看似很快下定决心地开口说：“既然如此，那也是无可奈何的事。支仓当着我面前，告白以暴力侵犯小林贞子。”
“嗯，”审判长满意地颔首，“他是怎么样告白的？”
“支仓述说，在家中二楼，趁妻子不在时，要求小林贞子按摩，不知不觉间，他被勾起了情欲，终于违反小林贞子意志地，进行了性侵犯。证人也知道，支仓向小林贞子的父亲道歉之事。”
神户牧师额头冒出冷汗，脸上浮现苦闷的表情，回答之后，又和方才同样低头默然。
对于支仓喜平相信，自己所做的告白，但自己却不得不在公开审判庭上申述，神户牧师的内心，一定忍受着相当煎熬。
数年以后，当神户玄次郎回顾起当时的情景时说：“基于我的立场，我希望当着社会公众面前，申述一件事情，那就是，法院是否能够强制要求，牧师以证人身份，讲出被告向牧师精神告白的内容？在初审法庭上，面对当时的审判长，我曾经拒绝，但是庭上合议的结果，挟其权威，强制要求我证言，导致必须当庭详述，被告支仓有关奸淫事实的告白。这是我身为牧师，迄今为止，仍旧感到不服之点。”
从上述文章，和当时在法庭上，所说之语可知，神户玄次郎牧师的个性相当强硬。他的拒绝证言，绝非为了庇护支仓，只是展现身为牧师的良心之一。当然，如果成功地拒绝证言，对支仓喜平来说，其秘密不会被揭开，绝对有很大的好处，也就是说，即使牧师并非积极想庇护支仓，还是能够减轻支仓的困扰。
但是，结果牧师仍旧非说不可，而且，反而因他曾经拒绝的事实，加重了证言的分量！
代表被告利益的能势律师，当然不可能漠视这样的变化。
当发现神户牧师证言的加重分量，对被告权益构成严重影响，能势律师当场站起来，向审判长提出质问证人的要求。
“若真是如证人，刚才所陈述的内容，问题非常严重，所以，证人能够说明，所谓被告道歉的方法，是怎么一回事吗？”
这是能势律师提出的第一个问题。
“那是……”神户牧师瞥了律师一眼，“第一，要写道歉函给小林兄弟；第二，负责治愈小林贞子的病。”
“证人有对小林兄弟说过，如果被告坚持是通奸，就要对被告提出控诉吗？”
“因为被告已经向我自白，他是暴力侵犯。”牧师冷冷回答。
“那不是问题的重点。不过，被告似乎一直向小林兄弟，坚持说是通奸。”
能势律师停止质问。追问太多并没有用！虽然证人陈述，被告强暴侵犯，只要让法官了解，小林兄弟并不太在乎这个问题，就已经算是成功了。
神户牧师的讯问，到此结束。
审判长接下来，继续传唤小林兄弟、高町医师和其他几位证人出庭。
最后，审判长则问被告，对于之前证人们的陈述内容，是否有意见、辩驳、反证等等，被告支仓回答没有，于是审判长宣告：当日闭庭。
十月二十七日，宫木法官对有纵火嫌疑的支仓旧宅进行实地验证。
十月二十九日和十一月八日，分别继续开庭，主要针对与窃盗《圣经》相关的证人进行讯问。
其间，中央气象台对于有关小林贞子，行踪不明的大正二年九月二十六日，当天天候的答复也被送达。内容洋洋洒洒地写了一堆，但是，最后一行却是“没有月光”几个字。有月光的话，还能当成消极的反证，亦即，就算是在原野里，月光之下也是很难行凶，可是“没有月光”的话，什么都不必再说了。
进入十一月，前述的鉴定结果，纷纷出来。每份鉴定结果，皆是精细人微，描述详尽，不过在此只列举结论。有关布片的鉴定如下：
▲鉴定
第一要点：一侧是深蓝底、有褐色图案的友禅毛织质料，另一侧是黑色毛纺编成的昼夜女带的一部分。
第二要点：与第一要点的深蓝底、有褐色图案的友禅毛织质料相同。
第三要点：肉色或白褐色底，上有红色或金茶色图案的友禅毛织质料。
第四要点：祧色底，上面有红色图案的友禅毛织质料，组成的缝线之一部分。
第五要点：与第三要点的布片相同。
第六要点：毛织质料与黑色毛纺交叠缝合的一郜分。
大正六年十一月七日
以上是髙工教授佐藤的鉴定部分。裁缝女学校校长田边的鉴定如下：
▲鉴定
如以上所详述，推定主要是黑色毛纺，搭配蓝鼠色鹿子形捺染毛织的腹合带，宽九寸，内外长八、九尺，一侧全部为黑色毛纺，另一侧将黑色毛纺折叠，不足部分缝上毛织质料，接合而成，通常是将黑色毛纺朝内对折系上。
大正六年十一月十日
从死亡经过六个月后，由井里打捞起来的尸体，再埋葬土中三年后挖掘而出，所穿着已经褪色破烂，完全不知原形的衣物破片，居然能够推测出原来的状态，只能惊异于科学的力量。
而且，推测出来的服装，和小林贞子离家当时，所穿着的服装完全一致。所谓因果，其可怕之处在于，如果小林贞子，是穿很寻常的服装，可能很难以断定吧？但是，从田边校长的鉴定可知，她当时系着很特异的衣带，所以，借着残存的衣带破片，能够确认她的身份。这大概只能说，支仓喜平气数已尽了吧！
尸体打捞起来之际，陪同验尸的品川警察署桦太探长，三年后的现在，虽然已经调任真冈分厅，仍在东京地方法院的请托下，接受当地地方法院的调査。
对于小林贞子系着怪异衣带之事，他如此陈述：“衣带当然并非普通的女用衣带，也非细绳带，而是稍微宽一些、女人应该可以使用的细带。由于经过太长时日，其他大部分过程，皆已忘记，但却清楚记得，并非普通的女用衣带。”
友长医学士的鉴定书，是在十二月十九日送达。循例，只列举结论。
▲鉴定
依前述检查记录，说明的理由鉴定如下：
一、本头盖骨为女性。
二、本头盖骨的年龄，推测为十六岁至二十岁。
三、本头盖骨的头盖为中高型，颜面稍微显长，鼻梁为中型，下颚为前翘型。
四、本头盖骨的性年龄，已经相当发育。
五、本头盖骨的死因不明。
六、本头盖骨的上颚切齿，看起来或许有几分前突。
七、本头盖骨的下颚犬齿比普通人长。
八、本头盖骨的下颚犬齿，能够被称为鬼齿。
九、本头盖骨的下颚犬齿咬合时，突出于上错齿列前。
十、本头盖骨的智齿下颚，有存在齿槽内，上颚则不明。
根据上述诸位专家的鉴定可知，被挖掘出的尸骸，乃是小林贞子无误。
接下来的问题是：支仓喜平是否真的杀死了她？
这一点完全要看，他在警察署的自白的真实性，再综合各证人的证言，然后，根据法官的心证，再予以判断。
持续开庭、讯问证人、听取鉴定人答询之间，支仓多事缠身的大正六年，终于过去了。
大正七年一月十九日，公开审判初审第六庭开庭。此时，能势辩护律师提出，实地验证“号称埋葬小林贞子之人遗骨的坟塞”，和鉴定遗骨身体部分的申请。
他的想法应该是：如果携回神乐坂警察署，首度挖掘时挖错的骨骸，或许能够从中，找到有利于被告的辩护材料，也不一定。
审判长当庭允许，遗骨的身体部分，立刻再度交由友长医学士鉴定。
但是鉴定结果，遗骨的身体部分为四尺二寸，乃是十六岁至二十岁女性的正常骨架，证明是先前带返的头盖骨之身体部分。
二月十六日、五月六日、六月十日、同月的二十五日、同月的二十六日连续地开庭，进行证人的传讯，和对被告的讯问，又历经检察官和辩护律师的交叉质问，到了七月九日，合议庭终于做出判决。
所下的判决，是冷冰冰的两个字——“死刑”。