四月五日，凤全死难。四月二十二日，清廷下旨“委明干晓事大员，添派得力营伍，飞驰前进，查察情形，会同马维骐分别剿办”。和过去的迟缓迁延相比，反应真是够迅速了。
马维骐，云南人，参加过1883年的中法战争，多有战功。时任四川提督。得令后，马率新军五营出打箭炉，于六月中旬就进到巴塘。
同马维骐进剿的“明干晓事大员”就是建昌道赵尔丰。
此次巴塘战事，时任成都将军的绰哈布奏报平定巴塘的奏文描述甚详：
“维时巴塘喇嘛土司等誓众祭旗，出而抵御，节节关隘，扼险设伏，圮桥掘堑，拒我师徒。马维骐以为歼寇必贵神速也，亟于六月十一二三日亲率五营，次第开拔，分道前进。十八日师次二郎湾，其山后头殿喇嘛寺地势高峻，已有悍匪啸聚，竟图横袭我军，马维骐先派中营黄启文、马德昌带队往攻，炮石雨下，我军张病奎等受伤。次日，马维骐亲往应援搏战，军土攀木猱升而上，毙匪数十名，阵斩首要喀殊达哇、恻忍、吉村三名，而照珠等二名亦属魁酋，并为枪毙，余匪始各逃散，夺获枪械，并有开垦官物在内。是日，后营马汝贤，甫至三坝关，诸营会围兜击，勇气百倍，酣战两时之久，阵斩逆目日根彭错、喇嘛因句夹伙等四名，遂夺其关。二十日，副中营马德，又在喇嘛寺突遇贼队三百骑劫取官粮，该营夺其精锐以败之，于是群匪皆退据大所关，并力扼守。关本石壁峭峙，盛夏犹积冰雪，尚恐仰攻不易，密遣马德暨帮带江定邦、马荣魁等，绕道六十里，以拊其背。马荣魁于二十三日丑刻，途遇匪粮，夺获糌粑八驮。是日午刻，诸营前后夹击，匪等拥众扑犯，把总陈天恩等，连发巨炮，冲分中道，因各突驰而上，克取雄关，要逆喇嘛工布汪阿那等俱被歼。是役也，毙匪数百名，我军亦有伤亡。由此迭破要隘，直捣奔察木。二十四日，各营克复巴塘。喇嘛本踞丁林寺为巢穴，及是势不能支，举火自燔，率众渡河，拆桥而遁，我军追逐江干，枪毙淹毙者百余名。”
二十六日，马维骐抵达巴塘。这时，建昌道赵尔丰还未到前线。
马维骐当即着手调查巴塘事变的前因后果：“诘究倡乱本末，安抚被难商民，解散胁从，分别良莠，立将正土司罗进宝、副土司郭守扎保，一并从严拘禁。查知戕害凤全之喇嘛阿泽、番匪隆本郎吉，并寺中堪布坝哥未格，以及稔恶最著之阿江及格桑洛米、阿松格斗等，犹多窜逸。且肇乱之由，原因沟内七村之番烧毁垦场而起，该番现犹散伏象山一带，若不痛加惩创，将虞灰尽复燃，马维骐分派营员，带队四出，期于剪巨憝而清余孽，七月初三至初十等日，马汝贤搜匪于阿奶西，生擒格桑洛米、罗戎却本二名，惟林箐深密，马汝贤搜匪遇伏，受伤甚重，裹创以还。而张鸿声则于三岔路擒获阿江，李克昌则于象山擒泽昌汪学，马德则于河西吗呢热山生擒阿泽，与汪定邦、贾廷贵等，均多斩获。各营搜剿殆遍，日有俘获，共拿缴九子枪七十余杆，并在阿江身旁搜获凤全顶珠翎管。泽昌汪学身旁，亦有殉难各员衣具。又在土司处，搜获教堂银物，两司铎尸骸，均经寻获，辨视无误。主教倪德隆单开最要之匪玠休硬不，及往盐井调兵打毁教堂之喇嘛格桑吉村，先后弋致。共有擒到各匪孰为凶逆，悉经当时目击之粮员吴锡珍等指认的确，缉获隆本郎吉，供认枪中凤全脑后不讳，而阿松格斗等亦就获。”
说到巴塘事变，奏文中说：“伏查凤全遵旨筹办边务，虽欲振兴屯垦，亦未尝以峻急行之，只因拟请限制寺僧人数一疏，喇嘛闻之中怀怨怼，飞诬构谤，蛊惑愚顽。正副土司初不过潜预逆谋，继则公然助恶，屡投印文于奴才等署，竟称凤全操练洋操，袒护洋人，应即加之诛谬，若川省派兵压境，惟有纠合台众，联聚边番以死抗拒等语，狂悖实为至极。”
马维骐将巴塘正副土司及丁林寺参乱喇嘛等人在巴塘处决后，“酌留所部，凯旋回省”，“善后诸务暨应归剿捕匪犯，即饬赵尔丰统兵留驻，详加审度，妥筹办理”。
再用文字记录这个过程，已经很老套了。清军几次进兵瞻对不就是这样吗？不就是得胜以后，再册封一个愿意听命于朝廷的地方豪强为土司，事情就结束了吗？不就是等待下次什么地方再有同类事情发生，再把同样的故事重复一遍吗？
不，历史是严峻的。
历史的教训是严峻的，历史提供的选择也是严峻的。
历史让你必须做出选择。
清廷错过了许多选择机会，但终于做出了新的选择。噶厦政府与川属土司们则放弃了更多的选择，或者说，在世界格局发生了天翻地覆变化的时候，依然拒绝选择。土司们、喇嘛们还在人性消极的惯性中继续下坠着，而不自知。
马维骐镇伏了巴塘，得胜回省。
留下赵尔丰善后经营。
赵尔丰上任时，就已胸怀“治边六策”，其内容为：
一、设官，就是改土归流；
二、练兵；
三、屯垦；
四、通商，就是开发当地资源，促进商业流通；
五、建学，兴办新式学校，开启民智，培养建设人才；
六、开矿。
兴边六策中，所有事情，都需要以第一条为基础。要无意改变现状的土司们腾出地面来，做他施行藏区新政的舞台。不只是土司，还有势力更为强劲的寺院。
巴塘事变发生时，周围各土司寺院也骚动不宁。“云南维西厅属番夷勾结叛乱，焚教堂，戕教士，围困官军”。居于打箭炉到巴塘要道上的里塘土司也拒绝为进剿巴塘的马维骐运送军粮，供应柴草。而雍正年间岳钟琪请设里塘土司正是为了保障川藏大道运输流畅。
任乃强《康藏史地大纲》载：“赵尔丰诛里塘抗差头人，拘其土司……遂清查户口粮赋，准备改流。里塘正土司四朗占兑，杀看守兵，逃至稻城贡噶岭，啸聚土民作乱。乡城乱民皆应之。中乡城桑披寺僧普中扎哇者，怙恶不法，曾叛里塘土司，诱杀守备李朝富。川督鹿传霖派兵往讨，游击施文明被生擒，剥皮实草，供岁时逐祟刺击。赵定巴塘，使人招之，回书侮慢。十一月，赵派兵攻乡，并剿稻城。稻城平，而乡师无功。三十二年（1906）正月，赵亲攻桑披寺，至闰四月，破之。”
史料之中，说赵尔丰雄才大略，建立勋业者多，同时也说他手段残暴，嗜杀过度。与赵同时代人吴光耀《西藏改流本末纪》对此就有记载：“赵尔丰报克服桑披寺，尽抄没所有，令屠降夷七千余。行刑百人，有坠泪者至于罢极。”就是说，他用百人的刽子手杀几千人，这些刽子手中，有人杀到后来杀不下去了，流着眼泪而放下屠刀。“富顺知县熊廷权时管粮台，为夷人请命不得，而出坐石上，见行刑如此”。
不只是对“降夷”残暴，对自己的士兵也相当酷虐。攻克桑披寺后，自然取得了相当多财物，他下令官兵上缴后，全部摆放一起，对官兵说，可以按自己的功劳大小，随意拿走与自己功劳相当的财物。“黠者知其性情不敢取，愚者遵令自取物。明日，尽斩自取物者官兵数十人”。
吴光耀说：“张俊生统师归，为予言暴骸骨遍野。”
桑披寺战后，赵尔丰即在原巴塘土司和里塘土司地面重新规划行政区域，请设巴安、定乡、理化三县，派出流官，管理民事。
民国年间，一位湖北的中学教员叫贺觉非，于日本侵占东北后入国民党中央军校学习，结业后被派往四川，1941至1944年，出任原里塘土司地面的理化县长，有《西康纪事诗本事注》一书传世。其中对清末至民国年间，川边地面的重大事件及民情风俗多有记录。他在该书中说：“赵尔丰之治边也，先之以兵威……而遂其改流大计。”
“边地既定，赵即从事各种建设。”
贺觉非在理化县长任上，研读史志，遍访高僧老吏，修成该地第一部地方志《理化县志》。他编县志时，距赵尔丰主政川边不过三十多年，由他记叙赵尔丰事迹，应该是比较切实的。贺总结赵尔丰从事边地各种建设举措，也颇为精当。
“以言内政：则慎选官吏，改良礼俗，规定支给乌拉章程，颁发百家姓氏，延医购药。
“以言教育：则奏派吴嘉谟为学务局总办，于改流各地，遍设学校，并购印刷机至巴安（巴塘的新名字）印课本。
“以言交通：则修建关外台站，平治康川道路，敷设川藏电线，雇比利时工程师建河口钢桥。
“以言实业：则招募垦民，改良农业，踏勘矿藏，购置纺纱机、磨面机器等。”
这时的清廷，已把川属土司地面看成一个战略性的整体。随着这种新思维的出现，一个新词出现了：“川边”。这是一个地理名词，囊括了康巴地区所有川属土司地面。从清初开始的土司时代，清廷在这个地面上只求平安无事，所以“多封众建以分其势”，从此开始，却要将这些地方视为一个整体，加以经营开发了。
在此新思维下，一个新官职也随之出现：“川滇边务大臣”。为何设置川滇边务大臣，清廷说得明明白白：“四川、云南两省毗连西藏，边务至为紧要。若于该两省边疆开办屯垦，广兴地利，选练新兵，足以固川滇之门户，即足以保西藏之藩篱，实为今日不可缓之举。”
1906年，赵尔丰出任新设的川滇边务大臣。
清廷有旨：“四川建昌道赵尔丰著开缺，赏给侍郎衔，派充督办川滇边务大臣，居中擘画，将一切开垦防练事宜切实筹办。”
并拨银一百万两，作为开办之费。
新政，不只在川边。
1906年，在印度进行了一年多的关于《拉萨条约》谈判没有结果，又改到北京举行，终于签订《中英续订藏印条约》。其主要内容除减少了对英赔款数量，主要还是中国对西藏主权的重申：“英国国家允不占并藏境及不干涉西藏一切政治。中国国家亦应允不准他国干涉藏境及其一切内治。英藏所立之约第九款内之第四节所声明各项权利，除中国独能享受外，不许他国国家及他国人民享受。惟经与中国商定，在该约第二款指明之各商埠，英国应得设电线通报印度境内之利益。”
同年，清廷任命曾在印度参与《中英续订藏印条约》谈判的张荫棠从印度直接入藏，任驻藏帮办大臣。
张荫棠到西藏就任，第一件事，就是整顿吏治。他十月到达拉萨，十一月十八日便上《为沥陈积弊，请旨革除惩办，以维边圉人心》一折，道出了驻藏官吏的腐败不堪，对藏人作威作福的情形。
“查驻藏大臣历任所带员弁，率皆被议降革之员，钻营开复，幸得委差，身名既不足惜，益肆无忌惮，鱼肉藏民，侵蚀库款。”时人总结西藏以及朝廷派驻藏区官员的这种情形，叫“贤者不往，往者不贤”。朝廷认为自己对藏人施恩甚多，而彼方却离心离德，甚至有官员说这是“藏人畏威而不畏德”，其实，这种局面的造成，除了是由清朝国力衰微的大势所定外，这些贪官酷吏在藏区胡作非为，也是一个非常重要的因素，有时甚至是唯一的因素。
不唯下层官吏如此，驻藏大臣往往就是贪腐之首。
噶厦政府在达赖或摄政王下，有四位噶伦管理全藏政务，每有缺额，都要由达赖喇嘛会同驻藏大臣上奏朝廷提名新人，这就给了驻藏大臣卖官鬻爵的机会。据张荫棠调查，一噶伦官职“陋规一万二千两”是半公开的行市，“额外犹需索不止”。其他官职也明码实价：“挑补代本、甲本各官，陋规二三千两至数百不等”。而这些费用藏官们并不自己出钱，“皆摊派于民间”。所以，张荫棠慨叹，“民之何辜，罹此荼毒！”
驻藏大臣如此作为，致使“一切政权得贿而自甘废弃”。
英军第二次入侵西藏，驻藏大臣有泰的作为更是自毁长城。英军抵拉萨，有泰往见荣赫鹏，“自言无权节制商上，不肯支应夫马等情，以告无罪，媚外而乞怜，荣赫鹏笑颌之，载入蓝皮书，即以为中国在藏无主权确证，庸懦无能，误国已甚！”
更令人可气可笑的是，英军到了拉萨，有泰忙着“犒赏牛羊柴薪”，而且出手大方，用去银子一千五六百两。最后，张荫棠查出，有泰报销的这笔接待费用是四万两！
首官如此，下属可知。少支出多报销有之，向西藏官民索贿受贿者有之，侵吞驻藏清军兵饷者有之。当时，有泰信任驻藏大臣衙门的门丁刘文通，“以之署理前藏游击，领带两院卫队，又总办全藏营务，凭权纳贿，卖官鬻爵，其门如市，各台汛员弁，纷纷借端更调，下至挑补兵丁台粮，需索银四五百不等”。张荫棠奏书中举了一个例子，一个叫李福林的都司被撤职，向刘文通行贿五千两，不降反升，做了游击。
英军入侵，前线战事紧张时，“警报屡至，催赴敌前开议”，有泰不肯去前线处理危机。这时，刘文通便来给主子散心：“购进藏姬五六人，献媚固宠，白昼挈随员等赴柳林子召妓侑酒，跳唱纳凉，该大臣醉生梦死，一唯其所愚弄。”
清朝历代皇帝，对西藏以致整个藏区，恩威并用，但始终提倡的，还是两个关键词，曰“惠远”，曰“德化”。而派驻当地官员，行事糜烂骄横如此，都走向这两个词的反面去了。想要因此“以服远人”，自是痴心妄想。
我没有统计过有清一朝派驻西藏的大臣和帮办大臣的准确数字，但肯定已有好几十位，而对西藏日渐糜烂的吏治大力下手全面整治的似乎只有张荫棠一位。
他呈报了清朝驻藏官吏种种腐败情事后，上奏“可否请旨将刘文通、松涛、李梦弼、恩禧、江潮、余钊、范启荣七员先行革职，归案审办，分别监追，以警贪赎”。至于有泰，“系二品大员，应如何示惩之处，圣明自有权衡，非臣所敢擅拟”。
不只中央派出官员贪腐，这个问题也是噶厦政府的痼疾。
张荫棠也查出：“噶布伦彭错旺丹，贪赎顽梗，勒索百姓，赏差银两，任意苛派。浪仔辖番官阳买，贪酷素著，民怨沸腾，均请先行革职查办。”
对张荫棠的处置，清廷一概同意。本来清廷已下令有泰“来京当差”，此时下旨将有泰“先行革职，不准回京，停候查办”。
张荫棠此举，受到西藏各阶层的拥护与欢迎，对贪腐成风、怠惰成习的汉藏官场，也震动不小。张荫棠自己也说，“全藏极为震动，屏息以观我措施，以为臣系奉旨查办藏事人员，与寻常驻藏者不同”。这句话反过来说，就是在藏人眼中，寻常驻藏官员都是大同小异。
对清朝驻藏官场稍有整顿后，张荫棠又提出新治藏政策大纲十余条，上报清政府外务部。
第一条，就是对达赖喇嘛优加封号，厚给岁俸后，另立俗官为藏王，专管地方政府事务，而以汉官监之。其要义是结束西藏政教合一的政权。
第二条，改革噶厦政府体制，重新设置官职，分理内治、外交、督练、财政、学务、裁判、巡警、农、工、商、矿等局事务。也就是要将旧政府改变为一个现代政府。
第三条，添拨北洋新军驻藏。
第四条，以现代方式训练藏兵。
以下若干各条，兴学筑路，架设电线，教藏民在当地种茶等，都体现开化与强盛西藏的意图。清廷照准之外，并无具体支持措施。而噶厦政府首先就成为张荫棠治藏新政的改革对象，自然也是消极应对。英国人柏尔在其《西藏之过去与现在》一书中说：“此最高委员所行改革，不适合拉萨大多数官吏之脾胃……故初甚得人心，其后计划未有结果。”
更何况，他在西藏查办贪腐，触动的岂止是一个二品大员有泰，而是触动一张大网。正如时人所说：“朝中枢纽腐败，官员互为攀缘，结党营私，同蚀国本。”不是如此的话，有泰这样的人，又怎么可能做到二品大员？张在西藏大张旗鼓行事时，清政府已接到密奏，诬告他在拉萨“有令喇嘛还俗，改换洋装之事”，以及种种举措失当，“深恐激成事变”。
1907年五月，张荫棠奉清政府外务部电示，要他前往印度西姆拉与英国人会商英国在西藏江孜开办商埠的具体事宜。
有材料显示，上密奏使得张荫棠离藏者，是新任驻藏大臣联豫。但在挤走张荫棠后，这位出过洋的驻藏大臣还是努力推进张所设计的治藏新政。
他向清廷提出将原有驻各驿站的文武官员全部裁撤，仅留传递奏折、公文和管理驿站的吏卒，每年节约银十万两，以此为经费训练新军两营，“以练兵先行，以树声威”。同时，还奏请从广东、四川拨银各十万两，用以扩练新军。而朝廷批来的银子，比他要求的多了一倍有余。于是，他当即一面在外采买新式武器，一面开办陆军学堂，从驻藏清军中挑选二十余人，又从驻藏大臣直辖的藏北三十九族中调青年十名，再由噶厦政府调派藏人十名，加上廓尔喀人十名，同入陆军学堂学习，为将来的新式军队培养军官。
接着，他又在拉萨设立巡警局，训练了步巡警一百二十名，骑巡警二十四名。
联豫也与张荫棠一样，把兴办教育、开发民智放在极其重要的地位。在西藏开办两所初级小学堂，汉、藏人子弟一同授课，一律不收学费。学制六年，计划这些学生毕业后，送往四川继续深造。两年后，全藏办起了十六所初级小学。
联豫又筹办藏文传习所和汉文传习所，派汉人学习藏文，藏人学习汉文，为西藏培养翻译人才。
如此一来，川边赵尔丰，西藏张荫棠、联豫励精图治，遥相呼应，使得藏地一改上千年的沉闷郁闭，局面焕然一新。但这种焕然一新的表象下，却又动荡不安。除新旧歧见之外，更关涉汉藏间族际关系，稍微操作不当，事情便因治而乱，走向其反面。
1909年11月，十三世达赖喇嘛率一众随从回到拉萨。驻藏大臣联豫亲自到郊外迎接。达赖喇嘛早已获悉赵尔丰在川边改土归流废除土司世袭权力，限制寺院特权，以及张荫棠、联豫在西藏实施治藏新政的种种情状，心里自是相当不快。在归藏途中，更听说联豫为稳固治藏新政，上奏朝廷，请调川军入藏，心中更是极其不满。遇到亲自迎到郊外的清朝驻藏第一命官联豫，视若无人，不曾有一言一语，恼怒之下，连起码的表面礼节也不顾了。
联豫更将此视为奇耻大辱，气愤难平之际，便失去一个朝廷命官的应有风范，不顾全局，只想施以报复，找回驻藏大臣的颜面。当下就指控达赖喇嘛私购俄国军火，亲自带人到布达拉官搜查，结果一无所获。继而又派人北上那曲，检查达赖喇嘛尚未运到拉萨的行李，也没有搜到所说军械。
达赖喇嘛也是睚眦必报，马上命令噶厦政府停止向驻藏大臣衙门供应柴草、粮食、人役和驮畜等。
如此一来，清廷驻藏的第一命官和噶厦政府首脑两人见面，不要说共商西藏改革大计，见面后连话都没有说过一句，便互相视为仇敌。西藏局面，因此渐渐失控。看此情形，清廷便委任赵尔丰为新任驻藏大臣，并派出两千多川军前往西藏。这支军队进军之初却不顺利，在察木多波密一带受阻，后赵尔丰亲率所编边军助战，击溃藏军和地方民兵，才又重新整顿队伍，前往拉萨。藏方不但反对川军进藏，更坚决反对在川边藏区改土归流而声名大振的赵尔丰任驻藏大臣。为此，西藏方面除了在藏东武力抗拒，同时上书清廷吁请阻止川军入藏。在给清政府的信中说：“我们受压迫的西藏人向你们呈上这封信，尽管表面上看来一切都好，但是内部却在大鱼吃小鱼……军队已开进了西藏，这正引起西藏人巨大的恐慌。我们已经派了一位信使到加尔各答去详细电告事情的细节。恳请召回最近到达康区的清朝官员和军队，如果你们不这样做将会带来不幸。”
同时，西藏方面又致信英国人请求外交斡旋：“虽然大清与西藏亲如一家，但是清朝官员赵尔丰和驻藏大臣联豫却在策划共同对付我们的阴谋，他们没有把我们表示抗议原件副本呈送给大清皇帝，而且他们还加以篡改，俾使其罪恶目的得逞。他们正在派军进藏，企图消灭我们信仰的宗教。恳请你们电告清朝皇帝，要求他阻止现在正在进入西藏的军队。我们对目前的局势非常担心，请求列强们进行干涉，敦促清朝军队撤出西藏。”
清廷接受了西藏方面的一半请求，解除了对赵尔丰的新任命，令其继续留在川边经营，军队则继续向西藏前进。同时，清廷对英国方面说明，派川军入藏，是为了强制达赖服从条约，保护新开商埠，维持治安。
1910年2月，这支川军进抵拉萨。
这时，距达赖结束逃亡返回拉萨不过两个月时间。见英国人斡旋无效，川军长驱直入，达赖喇嘛才肯与驻藏大臣衙门洽谈。但直到此时，达赖喇嘛仍然不愿与联豫相见，便邀驻藏帮办大臣温宗尧相见。答允不再以武力阻止进藏川军，恢复对驻藏大臣衙门的一切物资供应。温则许诺：川军抵达后，不骚扰地方，改革藏政诸事和平办理，不侵犯达赖喇嘛教权，不危害喇嘛。不过，允诺归允诺，入藏川军军纪松弛，刚刚抵达拉萨，即在一个叫琉璃桥的地方枪杀喇嘛，进而在经过布达拉宫时胡乱射击。达赖喇嘛惊惧不安，趁夜再次出逃。只是出逃方向与前次不同，他一路向南，逃往英国殖民地印度去了。