战争结果自然可想而知。
战胜的英国军队进驻拉萨，拿出早已拟定的条约。这个条约史称《拉萨条约》，共十条。
内容无非还是鸦片战争以来外国强制中国签订的诸多条约的一个翻版：被侵略者向侵略者赔偿军费，英国人提出赔款额五十万镑；开辟新的通商口岸；削平西藏通往印度要道上的一切武备；要求西藏开放，但是只对英国开放。
在英军大兵压境的情形下，所谓谈判其实就是在别人定好的文本上签字画押。荣赫鹏签了字，达赖喇嘛任命的摄政甘丹赤巴也签了，驻藏大臣有泰也准备签字盖印，但被他的秘书何文燮力阻，理由是没有清政府外务部批准，他无权签字盖印。
有泰这才把条约内容呈报清廷。
清政府认为此条约有辱大清主权，复电有泰，拒绝签字。“藏约十条，尚须妥酌，第九条尤为窒碍，其有损中国利益”。
英国人自己谈到这个条约时说，“条约虽不能使大英帝国确立为西藏的宗主国，至少也居于西藏保护者的特殊地位”。但英国人也知道，这个只有噶厦政府签字，而没有清政府代表签字的条约是一个无效条约。
荣赫鹏《印度与西藏》（中文译本名《英国侵略西藏史》）对在布达拉宫签约时的情形有详细记述：
“驻藏大臣坐于中央，摄政王在其左方，余则坐于右方。就座后，藏人以香茗进客，中英官吏各送一杯，并以矮几罗列干果，置诸中央官吏之前。茶点毕，余即开始请命驻藏大臣，进行公务。”
这个公务就是条约的签字仪式。
“余先命人用藏语宣读条约全文，并询藏方官吏对于签字一层有无异议，答云无有。于是出示条约稿本，中英藏三种语言同时缮写一纸，盖依藏人之习惯也。余请藏方先签，藏人遂依次履行手续。当噶布伦、三大寺及国会代表先后用印完毕时，与摄政同趋案前，驻藏大臣及全场官员亦同时起立。摄政遂代盖达赖喇嘛之印章，余最后签字盖印。手续既毕，余将约章递交摄政，并言今既实行媾和，望能永守弗渝。”
这里有两点引起我注意。一个是荣赫鹏提到的“国会”，那时的西藏地方政府遇到一些大事，会召集一个更多僧俗官员参加的扩大会议，有时这个扩大会议也被称为“民众大会”，或“扩大的民众大会”，藏语叫作“春都杰错”。美国人梅·戈尔斯坦详考过“民众大会”是哪些人参加，他指出这个大会分成大小不同的两种规模。他说，对扩大的民众大会外界“可能有些误解，因为其组成人员并不是来自西藏各地”。他详列了会议的出席者为：一、格鲁派三大寺即甘丹寺、色拉寺和哲蚌寺的全体现任堪布和卸任堪布；二、西藏地方政府管理宗教事务的机构译仓的四位名叫“仲译钦莫”的僧官和西藏地方政府管理财政税收的四位名叫“孜本”的官员；三、召集会议时正在拉萨的全体官员；四、西藏三大寺以外一些重要寺院的代表；五、驻扎拉萨的藏军代表；六、在拉萨征收住宅税和安排差役税的大约二十名低级官员；七、西藏地方政府一般职员大约三十名。这样的会议“都是应噶厦的请求而非正式召开的，会议的宗旨是对噶厦所提供的特殊问题进行协商并发表意见”。
“最小型的‘民众大会’的固定出席者包括译仓的四位仲译钦莫和孜康的四名孜本。通常由噶厦召集，目的在于对达赖喇嘛所提供的特殊问题进行协商并发表意见。”参加这个小型“民众会议”的人，可不是一般民众，而是地位仅次于四位政府噶伦的重要办事机构“译仓”和“孜康”的行政首领。
想必出席条约签字仪式的应是这八位官员组成的“民众大会”。荣氏把这当成“国会”，是别有心裁的有意提升，还是无心之过，就不得而知了。
再一个，驻藏大臣未在条约上签字，却出席了签字仪式。
在清政府的坚持下，关于这个条约的谈判改到加尔各答进行。这回，清廷派唐绍仪作为全权代表与英国人直接谈判，噶厦政府没有再参与谈判。加尔各答的谈判也没有结果。英国方面其实也清楚单独与西藏方面签署的《拉萨条约》是无效的，所以如此重视，按荣赫鹏的话说是“完成藏印直接交涉”。这个“印”，不是今天的印度，而是那时由英国殖民地总督所统治的印度。荣赫鹏知道接下来就是“进而要求清政府正式承认《拉萨条约》之有效”。
但“唐绍仪奉使印度，毫无结果，未几因病回国”。直到1906年4月27日始在北京签订《中英条约》六款。英国应允不占并西藏领土或干涉西藏内政，但有权在西藏各商埠敷设电线，联络印度。清廷经过力争，主要争得的还是一个条约的签字权，最重要的意义就是以此方式重申了对西藏的主权。
1904年西藏军民抗英战争失败，西藏地方政府这次直接与英国人进行的条约谈判，成为“藏独”意识与行动的发端，也是西藏问题国际化的一个开端。
荣赫鹏的书中说：“《拉萨条约》缔结后，藏人对我态度和好，逾于寻常。”
自此，西藏地方部分僧俗上层见清朝因国力衰微而无力再如康雍乾时代那样，有强力保护西藏，便渐渐疏远清廷，而亲近英印。此前藏区地面种种动乱，多是因为藏区社会内部不同宗教派别，不同地方势力为争权夺利而发生。他们不听中央节制，甚至武力反抗，也不过是地方豪强和寺院势力，为扩张地盘争夺人口而发生的局部冲突，背后并没有什么明晰的政治理念支撑。但从此开始，藏区发生的很多事情，就跟整个世界大势有了更深广的关联。西藏乃至藏区地面发生不安定的事件时，民族、国家等概念开始包含其中，因此便具有了深长的政治意味。
西藏军民第二次抗英失败，十三世达赖喇嘛在英军进入拉萨前，慌忙出逃。其原因与目的，至今各种说法不能达成一致。
比较多的说法是说达赖此行，因为对清廷无力庇护西藏大感失望，企图从外蒙转投俄国，寻求沙皇支持，以此抗衡英国。只是因为沙皇俄国和日本在争夺大清朝“龙兴之地”东北的战争中失败，自顾不暇，达赖喇嘛无奈放弃了打算。
据近年发掘整理的藏方史料，达赖离开拉萨前，曾接到正率军前往拉萨的英军统帅荣赫鹏信件，言明进兵拉萨是要签订新的条约，“一经达赖签字，即当立即退出拉萨”。
达赖说：“我与洋人的观点行为截然相异，实不能聚首会谈。”这肯定不是虚伪之言，不然，此前就不会有一败再败而坚持抗英的举动。现今谈论往事，历史学家们提倡要抱“同情之理解”，以此知人论事。十三世达赖喇嘛身为西藏宗教与行政的双重领袖，固然具有很大的事权。但清朝节制西藏地方的权力，除达赖班禅等宗教领袖的名号封赐予转世的认定，达赖未成年时摄政与地方政府官员任免外，就体现在军事与外交方面。过去，清朝国力强势时，几次对西藏用兵，多数是为驱除侵略，保卫西藏疆土。战后条约缔结，也是清廷驻藏大臣作为中方的当然代表。荣赫鹏是知道这个定例的，但他偏偏致信达赖，要迫他签订城下之盟，自然怀有疏离清廷与西藏关系的打算。而达赖喇嘛既不愿与英国人媾和，而且即便愿意，也无权在条约上签字，只有一走了之，才能回避这尴尬的局面。
达赖出走外蒙，或许也有借助俄国力量抗衡英国入侵的打算，但他自己似乎并没有什么明确的说法与举动。驻藏大臣有泰上奏说“该达赖违例远出，并未咨报，究竟有无狡谋，实难悬揣”。当时，西藏地方的政治现实是复杂的，达赖喇嘛恐怕很难像日本人山口县君在其《西藏通览》中所说那样，一下就做出非此即彼的选择。日本人这时也开始觊觎西藏，他们这样说，或许是基于某种事实根据，更大可能还是基于当时日俄关系和日本自身的利益。
近年来，渐渐有西藏当地的藏文史料披露出来，给我们提供新的参考。
2007年民族出版社《西藏文史资料选辑》中《第十三世达赖喇嘛年谱》就属于这样的史料。该文长达数万字，没有作者或译者署名，但从行文风格可知是从藏文译出，或是基于藏文史料整理而成。
该文对达赖喇嘛出走一事也有详细记载：“入侵英军到达曲水铁索吊桥渡口，基巧堪布帕西·阿旺欧珠受达赖喇嘛派遣，带着六月八日达赖喇嘛签发并盖有内府印章的指示前去与英军军官荣赫鹏谈判，但是英军坚持要到拉萨与达赖喇嘛直接谈判。达赖喇嘛考虑，如果会见英国军官，谈判时只能屈从于英方条件，这样本人难以承担由此而给政教大业的现今和未来带来危害性的责任。于是产生了出走内地，向皇太后和天子以及内臣面奏佛业遭难的念头。六月十二日，突然中断修行，直赴布达拉宫，任命甘丹赤巴·洛桑坚赞为摄政王，并对政事详尽叮嘱。十五日后半夜时分，向所依靠和供奉的护法神做嘱托后，带了少量随从人员离开拉萨。”
六月三十日，在那曲往唐古拉山中的半途中，达赖喇嘛又致信给他指定的摄政王甘丹赤巴，其实还是在诉说他内心的委屈：“正如我以前告诉过代噶伦的一样，对于重要官员的派出和边境问题，应由全藏大会负责处理。但是，过去我个人为公事竭尽全力，现在又先后收到英国官员要求我亲自做出决定的信件，他们仍然把责任推给我一个。”也就是说，他觉得荣赫鹏要和他直接谈判并签约，是他个人不能也不应承担的责任，所以只能选择出走。
十一月，外蒙古。
还是《第十三世达赖喇嘛年谱》记载，光绪皇帝和慈禧太后“专派一位钦差大臣带着赐给达赖喇嘛的织有九幅彩云盘龙图案的名贵黄缎僧衣和各种礼品以及颂扬册封敕文来看望达赖喇嘛”。
“达赖喇嘛接受皇帝赏赐后，面朝北京方向行九叩礼。”
“第二天，钦差大臣和满族大臣前来会见，达赖喇嘛谈了此次去京向皇帝面奏政教前途一事。”
同时，达赖喇嘛也接到西藏方面关于“英国官员同驻藏大臣会见并进行磋商等情”。复信摄政的甘丹赤巴说，“我抵此地后，皇上和皇太后特派一位钦差大臣带来皇上问候，同时还恩赐给满族服装一套和十匹锦缎及六千两银子，目前正请钦差大臣向皇上详细禀奏西藏情况……待接到圣旨后准备速返拉萨”。达赖此说看起来并不是虚应故事，因为他还要求噶厦政府准备相关材料。他索要的材料计有：一、藏英战争期间，噶厦政府各级致英方的信件；二、向驻藏大臣通报的文件副本；三、全藏大会发表的意见书等。同时，还要求递送银票一万两，作为“重大活动经费”。由此看来，达赖喇嘛有心与清廷中央政府认真讨论西藏问题。
同时，不由噶厦政府管辖的川属土司情况也在他关注之中。
1907年，达赖喇嘛给霍尔五土司地面上的甘孜寺执事喇嘛复信，表示知道了“朱倭地区的苦乐情况”，“今后，同样要保卫本土，安居乐业”。
又有答复道孚灵雀寺信件。1905年，灵雀寺在地震中毁坏，伤亡僧侣二百余人。这时正在“上下各部募捐钱财，用于新建寺院、经堂”，其间，为寺院服劳役的“三百脚力驮畜听信外道人的欺骗，随其前往，未能追回”。外道人是谁，我们并不知道。
达赖喇嘛没有表示态度，只答复说，“已知晓”。
这说明在川属各土司管辖下的寺院，特别是格鲁派寺院，虽然在川属土司地面，但跟政教合一，以达赖喇嘛为最高领袖的噶厦政府有着非常深广的联系。
然后，达赖喇嘛经五台山准备转道北京。在此达赖喇嘛“接见美国驻京外交官主仆二人……美国官员离席告辞时用藏语说：‘请达赖喇嘛摸顶。’并表示愿意为释教效劳。达赖喇嘛高兴地为他们摸顶加持”。
在这里，他也与俄国人见了面，“接见了一名俄罗斯巡视军官，并和他们举行了友好的会谈”。
瞻对藏官也出现在了五台山。这位藏官是“来自多康地区瞻对的扎林巴代本”——“呈送呈文者”，达赖喇嘛为他们摸顶加持。
后来，十三世达赖喇嘛到达北京。
“八月二十日，是最吉祥的日子，达赖身披金红袈裟，头戴通人冠，于晨鼓二响时分，乘上黄色大轿，在军机大臣、理藩院大臣陪同下，到午门下轿，进入紫禁城，在仁寿殿觐见慈禧太后。向慈禧太后献哈达请安，献善逝佛像一尊。太后回敬洁白哈达后，赐座。慈禧太后垂询达赖喇嘛离藏有多久，沿途劳顿否，来京后接待如何等语，达赖一一奏对。慈禧太后赏赐达赖喇嘛宝石念珠一串，达赖喇嘛谢恩告退。”
“然后由理藩院京堂引导达赖喇嘛在别殿休息片刻，再到仁寿殿觐见光绪皇帝。达赖喇嘛献哈达、佛像，皇上回敬黄色哈达。光绪皇帝询问了达赖来京途中的起居情况，藏中大事，来京是否安适等，达赖喇嘛均一一奏对。”
“六日，皇帝和皇太后在中南海宴请达赖喇嘛。”
“宴会设大桌，茶菜丰盛，气氛欢乐。宴会上数名汉族演员演出蒙古族舞蹈等节目。”
当然，达赖喇嘛此行不是去吃宴会和领礼品的，他向皇帝和皇太后面禀噶厦政府的要求：
一、为了西藏的政教和臣民，应帮助西藏抵抗外道国家的侵犯，保全西藏。
二、西藏一切重要大事，达赖喇嘛自己可向朝廷上奏，也可由驻藏大臣和噶厦政府联合上奏。
清朝以往定制，达赖喇嘛本人和噶厦政府有文书上达中央，都需经驻藏大臣转呈，这是强化驻藏大臣权力的一个措施。但到清末，驻藏大臣与噶厦政府官员间关系日渐疏离，互不信任。西藏方面往往怀疑，他们递呈给驻藏大臣的奏文未被如实转奏，也怀疑驻藏大臣所施行种种举措，是不是真的出于皇上皇太后的谕旨。达赖喇嘛此次流亡途中就曾致信藏区某寺院堪布说：“皇上不会不对我们赐以圣恩。不要害怕汉人大臣播弄是非。”
但是，这一切都太迟了。
皇帝、皇太后赐宴后不及一月，光绪皇帝死去。两天后，皇太后死去。
十月九日，清朝最后一位皇帝宣统登基，达赖喇嘛参加了登基大典后两月，出京回返西藏。关于他提出有事可以直接上奏中央的要求未获批准。
1909年11月9日，失望的达赖喇嘛，真实看到清廷已处于风雨飘摇中的达赖喇嘛回到拉萨。距他1904年6月离开西藏，已是五年多时间。
这份年谱还明确记载，当年十二月，噶厦政府设立外事局，这就意味着，达赖喇嘛与噶厦政府已打算抛开驻藏大臣，自行处理对外事务。
这时，隔清王朝覆灭只剩两年。
而在正史记载中，噶厦政府设立外事局是在1942年，这时，十三世达赖喇嘛早已经去世多年了，而意在取得独立地位的频繁外交活动也是这个时候方才出现。但地方史料中既有如此一笔，也写在这里，以备专业人员考证。《第十三世达赖喇嘛年谱》确实如此记载：“十二月二十七日，从罗布林卡返回布达拉宫，观看了年终驱魔送祟跳神会。当年新设外事局，任命堪穷坚赞平措和四品官凯墨仁钦旺杰二人负责。”