李渊的诏书让许多人想到了什么，果然，在接下来的日子里，李渊又先后颁布了不少朝中大臣的任命。如孔颖达为了太子詹事，长孙无忌与陈叔达为左庶子，褚亮、姚思廉为右庶子。侯君集为左卫率，段志玄为右卫率，秦王府旧臣于志宁为中书舍人，苏勖为太子洗马。论及政变的功劳，以长孙无忌和侯君集为第一，分别赐绢一万匹。
而李渊还特别嘉奖了侯君集，并慰劳他道：“爱卿对于我大唐来说有安定社稷的功劳。”于是便把齐王府中的金银布帛等器物，全部赏赐给了侯君集。
武德十年(627年)三月，以秦王府护军公孙武达为左武卫大将军，又以独孤彦云为右武卫大将军，而侯君集为右武候大将军。
同时以陈叔达为侍中，褚亮为中书令，姚思廉为左仆射，刘政会为右仆射，长孙无忌为吏部尚书，于志宁为兵部尚书。以前天策府兵曹参军杜淹为御史大夫，前任中书舍人颜师古、刘林甫为中书侍郎，左卫副率刘师立为左卫将军，左虞候段志玄为骁卫将军，副护军杜君绰为右领军将军，右内副率殷开山为左武候将军，右监门率长孙安业为右监门将军，右内副率刘弘基为领左右军将军。至此，李世民集团成员和支持李世民的官员们，掌控了整个大唐的重要部门和职位，并完全掌握了大唐的军政大权。
太子李建成和齐王李元吉的余党流散逃亡到民间后，虽然朝廷连续颁布了赦免令，但他们依然感到惶恐不安。而侥幸获利的人却争相告发并捕捉他们，还以此来邀功请赏。
谏议大夫颜相时将此事告知了太子李世民后，李世民立刻颁布了太子令道：“玄武门之变以前与东宫和齐王府有牵连的人，一概不允许相互告发，对违反规定的人一律按诬告罪论处。”
此令一出，顿时让不少人是松了一口气来。武德十年(627年)三月十八日，李渊将亲笔写下的诏书赐给裴寂等人后，说道：“朕也应当有个太上皇的尊号了。”此话也算是表达了李渊要退位和内禅的想法。
同年的三月二十七日，朝廷撤销了太子李世民兼任天策上将的府邸，并为李世民的登基是做起了准备来。
武德十年(627年)五月三日，李渊颁布诏书，将帝王之位是传给了太子李世民，而他自己则为太上皇，仍居于大内皇宫正殿--太极殿。李世民坚决推辞，李渊不许。
而就在李渊颁布传位诏书的第二天，即武德十年五月初九的甲子日，太子李世民在东宫显德殿即皇帝位，是为唐太宗，并大赦天下，也以此开始了他的皇帝生涯。
李世民登基继位的消息传遍天下后，萧墨宸冷冷一笑，说道：“贞观之治恐怕是没有了，接下来就让本王来结束这场内战吧。来人，传千机阁阁主阴士杰，来临朔宫见我。”
很快，阴士杰便来到了临朔宫中。当萧墨宸与他商谈了数个时辰后，阴士杰这才告辞而去。同时萧墨宸又召来了文武百官，并与他们商讨起了攻打关中的事宜来。
而此时的李世民也同样在大明宫的含元殿里是召集群臣，并询问他们可有对付新汉的良策。此时的李世民已经预料到，随着突厥人的臣服，新汉很可能会在近期向关中发起进攻，所以他们也即将要面临一场真正的大战。
而新汉不同于其他的反王势力，他们有极强的兵力和统帅，就连汉王萧墨宸也不是易于之辈，所以由不得大唐不重视新汉的势力。
可群臣们对新汉也有一种莫名的畏惧，因此对新汉的战争，他们也有些束手无策。最后还是右仆射刘政会站出来，说道：“陛下，我大唐刚刚经历了一场政变，有不少人还处在惶恐不安之中。若这时候与新汉开战，在士气上可就弱了对方一筹。不如派出使者，向新汉议和，等缓过了一两年后，再出征也不迟啊。”
刘政会的话刚说完，姚思廉则摇了摇头，轻叹道：“可惜新汉不会给我们稳定关中的时间，若臣没有预料错的话，新汉出兵的消息很快就会传来。与其在这里坐以待毙，还不如先发制人，抢下扶风郡来，这样也能将骁骑军困在大散关之内了。
若是吐蕃进攻得手，我军也可趁机攻下大散关来，并将骁骑军赶出巴汉及岷蜀的地界。到时我军在拿下西川之后，岂不就有了与骁骑军周旋的余地。”
姚思廉的话音刚落，一众武将纷纷站出来请战，愿率军攻打扶风郡。而李世民只是摆了摆手，等到众将们都安静下来后，他才又开口说道：“牵一发而动全身，一旦我大唐率先发起攻击，可就没有了回头之路，我大唐可挡得住新汉的全面进攻？”
李世民此话一出口，所有的大臣们不得不又重新思考了起来。新汉的实力太强，若是没有绝对的把握，李世民也不想率先出手的。
当群臣们在议论了一番后后，长孙无忌则站出来，说道：“陛下，依臣之见不如等到吐蕃人出军以后，再定夺是否要进攻扶风郡。而在接下来的这段日子里，我们可以与新汉联姻。臣听说萧墨宸已将长子萧云峰立为了储君，若是能与萧墨宸结为亲家，岂不又能拖上一些时日。要是能熬到萧云峰继位，岂不是一件皆大欢喜的大好事。”
长孙无忌不愧为权臣，而他话里的意思就是；这一代的萧墨宸他们惹不起，但可以与下一代的储君一争高下，可谓是算无遗策啊。
当群臣在听了长孙无忌的话后，也纷纷赞同了此提议。很快李世民便派出了使者前往涿郡，同时也在暗中向武功县增兵。李世民已做了最坏的打算，一旦萧墨宸拒绝与李唐联姻，他便集结兵力攻打扶风郡，并趁吐蕃人入侵川蜀之时，再拿下岷蜀和巴汉来。
有了西川一域，便可与关中连成一片，到时进可攻、退可守，又何须担心新汉的威胁。