军中的生活变得越来越愉快。有了孙坚和将士们的尊敬，有了一群志同道合的同伴学生，闲时与范桥他们闲聊，忙碌时也有那些黄巾军俘虏的主动帮忙……
尤其是没有危险，方仁等医者被保护的很好。江东猛虎秋风扫落叶般，真特么的……就是一头猛虎。
然而某一天，方仁正为一位普通士兵治疗，突然却冲入了几名豪奴。他们要求方仁中断治疗，因此有位贵人抱恙，需要方仁过去救治。方仁大发雷霆，直接开口想把他们轰走。没想到那普通士兵却害怕了，他主动放弃治疗，不敢去招惹那个贵人。
豪奴洋洋得意，方仁变得更加恼火。他直接与那几个豪奴发生冲突，并且认为医疗区域就是自己的地盘，甚至连孙坚都无权过问。而那几个豪奴同样恼羞成怒，他们骑虎难下，就准备对方仁动手。
就在闹的不可开交的时候，孙坚陪同着一群贵人出现，他们立刻阻止了豪奴的举动。
原来那群贵人都是高门大族子弟，结伴而行去往都城洛阳。领头的那位，正是大将军何进的族侄何虞，他对同行的一位女子很有好感。而那女子就是蔡琰蔡文姬（蒋琴琴扮演。由于比较熟悉蔡文姬这个名字，以后就专用这个）。
蔡文姬嫁入卫家未满一年，无奈丈夫卫仲道病故，俩人又没有子嗣。并且与婆家的关系很差，新寡的蔡文姬就被卫家赶出家门，只能回到洛阳父亲蔡邕的家里。
然而天下纷乱，路途不怎么安全，于是就与何虞等人同行。而何虞同样对蔡文姬这位天下闻名的才女产生爱意，于是一路上在不断的追求她。
蔡文姬他们恰好遇上了孙坚大军，孙坚就出面招待了这一行人。就在宴会上，蔡文姬突然感觉身体不适，于是何虞就派了自己家的豪奴，想要召唤方仁这位医者。可谁也没想到，方仁却一点儿不给那些大族子弟面子。
何虞顿时很生气，毕竟他是大将军何家的人，难道一个卑微的医者就敢得罪了吗？
孙权就想和缓关系。他同样不想得罪何家，但对方仁的那种坚持还是相当敬佩。
反而是蔡文姬，她倒是没看轻方仁，对豪奴的失礼行为相当羞愧。并且对方仁大礼相待，态度很诚恳，希望能够获得方仁的原谅。
然而面对蔡文姬，方仁早已经惊呆住了。
并非是其他什么原因，而是蔡文姬的容貌。她与那位新人小护士长的一模一样，甚至形态举止都很类似。方仁脑中一片混乱，甚至产生了错乱感。他突然想到：是否能通过蔡文姬，寻找到回归现代的办法呢？
方仁的那种失态，显得相当失礼。这就让蔡文姬有所误会，还以为方仁同样垂涎她的美色。幸好方仁很快清醒过来。为那位普通士兵治疗后，他接着就为蔡文姬看病。
没想到诊断后，结果让人大吃一惊——蔡文姬已经怀孕了？
方仁再次变得风中凌乱，因为这与他记忆中的历史完全不同。
可是蔡文姬同样变得心乱如麻，因为她是被恶婆婆赶出卫家的。情急之下，蔡文姬就要求方仁保密。并且俩人互留了洛阳的地址，似乎有了个共同的秘密。
短暂的停留后，蔡文姬等人告别了孙坚大军，俩人暂时的分手道别。
终于接到了卢植的军令，孙坚的江东军与朝廷主力汇合。他们准备与黄巾军决战，彻底剿灭此次席卷全国的黄巾军造反。
在卢植军中，方仁巧遇刘关张。刘关张刚刚桃园三结义，并且率领着自己的部曲，到老师卢植这里投军报效。几位底层的年轻人意气相投，他们几个很快就成为了好友。
然而某一天，一位将军突发恶疾，军中的医者诊断后，认为已经病入膏盲，无药可救。
孙坚就向卢植推荐了方仁。抱着死马当作活马医的心态，卢植就让方仁前来诊治。但他并不信任方仁，依然派遣收下，到附近去寻找刚崭露头角的华佗。
方仁诊断后，发现这就是急性阑尾炎，需要手术治疗。
没想到这个治疗方案，立刻就捅了马蜂窝。其他名医根本就不信这种治疗办法，并且从学术之争，上升到了人身攻击。他们认为方仁很有问题，如果不偷盗尸体解剖，又怎么知道人体的结构呢？
而那位将军的部下们同样气急败坏。东汉讲究的是孝道——身体发肤受之父母，不敢毁伤，孝之始也！
连头发都不能损伤，哪里来的傻大胆，还想要割断将军的一段肠子？
突然之间，方仁的人身安全就受到了威胁。卢植同样将信将疑，就把方仁暂时关押起来。
刘关张立刻出面求情，但他们人微言轻，根本在卢植面前说不上话。范桥同样求到孙坚跟前，孙坚也向卢植求情，于是卢植就给了一个机会，寻找到了一个普通老百姓的病例，让方仁试着动个手术。
没想到手术很成功，伤口却恶化了。那是细菌感染，目前并没有很好的特效药。方仁的处境立刻变得岌岌可危。为了治疗伤口恶化，方仁就提出了新的治疗方案，清理伤口的腐肉脓血，直接用高度白酒茅台消毒。
在一番抢救后，方仁总算救回了患者的性命。但结果却很无奈，谁也不敢信任他，不敢让他对那将军进行手术。
幸好此时华佗赶到。他并没有什么门户之见，反而主动与方仁交流，并且在讨论后，最终出面担保了方仁的手术。卢植他们最终被勉强说服，再次给了方仁机会。
这回准备就充分了许多。有了华佗的麻沸散，还有术后的茅台消毒，那位将军很快就恢复健康。
并且这样新奇的治疗方法，让所有人都对方仁惊为天人，一下子就有了神医的美名。
华佗同样对方仁的医术很好奇，俩人就不断的借鉴讨论，使得华佗心痒不已。他就有了决定，留在方仁身边，继续学习那些来自现代的先进医术。
就是方仁身边的东西，用的已经差不多。现在他只剩下一瓶茅台，还有一支抗生素。如果全部用完后，对许多病真的就束手无策了。
而大军也包围了黄巾军主力，开始了最终围剿。
由于卢植对汉灵帝很愚忠，他万分痛恨那些祸乱天下的乱臣贼子。作为大军统帅，他就下令：不留俘虏，斩尽杀绝！
黄巾军的余孽被包围在黄河边上，里面有许多的老幼妇孺。朝廷大军开始了大屠杀，方仁却忍受不住这样的惨剧。他主动拦到大军跟前，想要阻止这场屠杀，并且向卢植和其他将军求情，留给这些人一条活路。
刘关张勒住了战马，孙坚同样阻止了江东军的战斗……，越来越多的将士停下脚步，最终让卢植长叹一声：“罢了，收俘吧！”
然而令人震撼的一幕出现了。黄巾军的主帅带着一群父老，惨笑着向方仁叩拜感谢，接着高唱：“苍天已死黄天当立！”毅然决然的转身跳河自尽。
随着这个举动，所有的黄巾军都是齐声高唱，带着彻底的绝望，他们全部跳入滚滚波涛之中。没一会儿，河面飘满了那些人的尸体……
“何至于此？何至于此？”方仁流着泪高喊。他垂头顿足，内心是相当的失望。
而卢植这些将士也同样沉默不语。这样的大胜又有什么可夸耀的呢？
黄巾之乱虽然得到平息，但天下大乱很快就要降临了……