孙鑨、杜若佳等参与的屠戮寒士案在被处理好的同时，许多科场舞弊案因为朱翊钧要求锦衣卫等精力去查，最终也被查出许多来。
左中允闵守正主考应天乡试期间涉及的舞弊案更是被查得证据确凿，不但有朱卷为证，还有陈中庸、龚鼎孝等人证。
陈中庸在当时同行寒士被诛戮而跳入水中后还是脱了险，并在钦差李如松到来后，主动见了李如松，告知了李如松关于科场舞弊的事。
因而。
朱翊钧下旨直接将闵守正和一应犯事官员皆斩立决，其中闵守正更因为灭口擅杀朝廷命官，且纵火杀其家，而被判车裂极刑，涉案的仕宦子弟皆斩，其家族三代禁考。
但申时行在朱翊钧下这旨时，不由得提醒道：“陛下，本朝科举舞弊，按例最多令致仕，纵闵守正涉嫌杀人，也当改为充军，因为如果真要照此下去，几乎所有主考过的都得被杀！”
朱翊钧听后说道：“朕知道师傅的意思，无非是天下就没有不舞弊的考官，本朝清流素来自称廉洁
申时行颔首称是，脸色有些挂不住。
要不是因为皇帝要严格处理在科场舞弊的清流文官，他都不想说出来。
因为承认天下主考的清流文官很多也都不干净，实在是也有些尴尬。
毕竟他自己也是翰林清流出身。
而这个时代，翰林清流又一向自诩道德最为崇高，而也一向以此为荣鄙夷其他部院京官与外官。
但事实又的确如此。
科场就没有不舞弊的。
因为翰林院、詹事府、国子监这些清流文官，平时在京里也没什么职权，可谓是清水衙门，所以获得的收入哪怕是正当的奖掖收入都不够，除非个别才能卓越善编书写书搞文字工程外，大多数就等着当主考官时捞一笔，即便不捞钱也得捞政治资源，讨好几个大的仕宦家族。
朱翊钧对此也承认，也就没有愤怒，只道：“都说元以宽失天下，朕看来，本朝士风不正，就是之前几代过于宽纵了，尤其是对清流儒臣，身为清流儒臣，既然是靠品德才行得天下礼重，那在这方面违了法就更该严惩，如此才能纯洁整个清流队伍。”
“陛下！话虽如此说，但这样的话，恐天下就没多少清流了，也会令天下人笑话的。”
许国这时说了一句，他也是翰林清流出身，自然也是要为翰林清流说说话的。
朱翊钧听后笑道：“卿何必掩耳盗铃，翰林院的文章早让天下人笑话了，说他们是京城四大不靠谱之一，现在另外三大不靠谱，都有所改善，唯独这翰林院的文章还有翰林清流的品格还没改善，就该严加管理。”
许国只得拱手称是。
但刘应节虽不是清流出身，却在这时也站出来道：“陛下，这事其实不仅仅涉及清流，也涉及到天下官宦豪右能不能让富贵长存的问题，故一旦科场舞弊的事要严办，恐天下官僚不愿再为官啊！”
刘应节说着就又道：“故臣请陛下收回成意，不杀负责考试而舞弊之清流官，也不严办涉嫌参与舞弊的士子与其宗族，使天下不至于崩坏，凡是当循序渐进的来，只要朝廷追求公正，底下只会跟着公正起来的。”
朱翊钧突然起身道：“科举乃朕取天下贤士的抡才大典，不是达官显宦垄断权力的工具！是关系社稷能否长治久安的大计！哪能任由心术不正之人侵蚀，故朕不能依卿之言。”
“那臣只能先请辞！”
刘应节突然咬牙说了一句。
朱翊钧沉声道：“那你就辞！”
阁臣许国这时见此也站出来道：“陛下，臣亦只能辞官。”
阁臣张学颜也跟着站出来：“臣附议！”
礼部尚书于慎行也跟着道：“臣附议！”
一时。
许多新党的执政公卿都接受不了皇帝在科举舞弊这事上过于严苛，因为他们虽然是新党，但也是官僚，也希望自己家族能在地方上垄断政治上的权力进阶资源。
没有请辞的执政公卿也都沉默不言，似乎也对科场舞弊的事主张宽容为主。
唯独海瑞这时侧身看着这些人：“你们这是干什么，恃功威胁君父？！”
朱翊钧也在这时跟着呼应道：“海阁老说的对，你们都是要威胁朕要辞官吗？！”
刘应节、许国等皆沉默不言。
大殿内一时极为宁静，宁静的能听得清海瑞急促的呼吸声，听得清外面摇动帘幔的风声。
气氛也一时很压抑，烈烈燃烧着的炭火把殿内君臣的脸都映得通红。
谁也没想到，君臣和睦许久的侍御司还是因为地方上地主官宦与新兴阶层的矛盾产生了冲突。
朱翊钧见这些人沉默不言，就坐了回去，沉吟片刻后就突然拍案而起。
啪！
“那伱们就辞！”
朱翊钧突然厉声喝道。
“哪怕全部辞官了也可以，朕可以看在你们有功的份上，不计较你们不再尽忠王事之罪！”
“朕就不相信，这天下只有一个海刚峰！”
朱翊钧接着就又挥手说了两句，明显也没打算让步。
而彼时。
刘应节、许国等因此一怔，随即皆看向了申时行，等着申时行说句话，希望申时行能和他们一起，代表官僚集团，让皇帝让步，别把天下仕宦之家得罪的太狠。
申时行这时倒也站了出来，他知道他作为首辅是不可能保持沉默的。
当然，历史上也有首辅对任何大事不表态沉默不言的，哪怕皇帝因此大怒也不表态的，而那个首辅就是大明最后一任首辅。
话转回来。
申时行这里则开口说道：“圣意即天意，纵容臣等现在有不明白的地方，但陛下既然要这么做，那肯定是对的，只是臣等现在还不明白而已，故臣不请辞，但臣亦请陛下勿要因此严办辞官者，毕竟这些年改革，他们对朝廷也算是没有功劳也有苦劳，如今这样选择，也算是人之常情。”
“准元辅所请！”
“想要辞官的直接上奏，朕不挽留，也不苛责，大家君臣一场，好聚好散。”
“但还留下的就照原旨处理，参与科场舞弊的一个也不能轻留！”
朱翊钧说着就挥袖就离开了这里。
“臣谢恭送陛下！”
刘应节含泪说了一句，然后就转身对申时行侧目而视，且皆离开了这里。
许国也跟着喊了一句“恭送陛下”，并转身问申时行：“元辅何故给陛下底气？”
“你们就没有想过，在你们辞官之后，陛下要是也跟着辞了天子之任呢？”
申时行问道。
“你就这样惯着吧，天下人只会以为你阿附谄媚。”
许国沉默半晌后就叹了一口气就对申时行拱手而别。
申时行也拱手而别，且回了侍御司，而对叶向高说：“今日的旨，还是仆亲自来拟。”
叶向高笑着道：“上次是立太子，这次是何旨，要元辅亲拟？”
“涉科举舞弊者，考官士子皆斩，家族三代禁考的严旨。”
“你这样的后生辈若拟此旨，后果不堪设想，因为你来拟的话，最好的方式其实是烧了他。”
申时行回道。
叶向高听后瞠目结舌起来：“陛下为何如此？”
“自然是为新礼真正的推行下去！”
“想把天下子民真正当人，进而亦想天下子民将他也当人，也想天下子民也将天下子民当人，而这一切首先要保证的就是公正！”
“一切都是为了公正，不容特殊！”
申时行回道。
叶向高则问道：“那如果允许陛下特殊呢？”