在申时行南下后不久，朱翊钧这里就收到了御史寻文善弹劾刑部尚书严清的奏疏，疏劾严清收受因在扬州作乱而被处决之贾家与章家贿赂，故才上疏为贾家与章家求情，且附上了严清索贿的亲笔信为实证。
朱翊钧在收到这奏疏后，一开始想到的是，可能是因为严清本是赵贞吉的门人，而和张居正不是很亲近，严格意义上来讲不是张居正的心腹，如今被攻讦可能是张居正的授意，要在刑部尚书的位置上换成自己的人，以便于对这次阻挠新政的犯事人员进行严办。
但朱翊钧又想到眼下海瑞正在南直搞得官绅不宁，就突然觉得可能是有人项庄舞剑意在沛公。
跟着张居正读书这几年，朱翊钧也从张居正这里知道了不少朝臣们玩弄政治的手段。
而知道当一件事在朝堂上发生时，很大可能说明有人早就在布下一局棋，故为君者需谨慎处事。
正所谓，大风起于青萍之末。
所以，朱翊钧没有因此就让锦衣卫把严清下狱，而是下旨再开政事堂廷议，且让御史寻文善出席。
“严卿家，你告诉朕，你对朕是否足够忠心？”
而待政事堂再开廷议时，朱翊钧就先故作愠怒地问了严清一句。
严清听后慌忙匍匐在地：“臣岂敢对陛下有半点不诚！”
朱翊钧哼了一声，就把御史弹劾他的初本丢在了严清面前，连带着严清的那封亲笔信：“你自己看看吧，然后再给在场公卿们看看。”
“是！”
严清便拾起弹劾他的初本和亲笔信来。
而严清待看了后，顿时面色大惊，忙叩首在地道：“陛下，臣冤枉！臣就算昔日为贾家与章家等求情，是因收了其赃款，也绝不会如此不慎，留下这样的实证啊。”
朱翊钧则道：“朕也不会轻易因此就处置伱一公卿之臣，故今日才会在政事堂，当着诸公卿问你。”
严清顿时大拜在地：“陛下为政谨慎，是臣等福气，臣谢陛下相信臣！”
张居正这时也接过了侍御司舍人送来的寻文善弹劾严清的奏疏和呈递上来的严清亲笔信，而没有看，只嘴角微扬，面带喜色，暗想皇帝真的比以前沉稳了，且瞥了张四维等在场公卿们一眼。
张四维则面色寡淡，只是藏于袖里的手指头微微颤抖，且斜眼紧张地瞥着寻文善。
朱翊钧则也在这时看向寻文善：“寻卿，你弹劾严卿的罪证从何而来。”
“回，回陛下，臣是，臣是。”
寻文善有些吞吞吐吐起来。
他没想到朱翊钧没有直接将严清下狱，而是选择了在政事堂诘问严清，来了一场廷审。
所以，寻文善即便做了这方面的准备，但也还是有些紧张。
朱翊钧“嗯”了一声，就道：“说话！”
寻文善则才颤声说道：“是臣早上起来在门口发现的，发现了有一封信投进了臣的门内。所以，臣就信了这话，才上疏弹劾大司寇的。”
“这么说，你是不知道这信从何而来？”
朱翊钧问道。
寻文善颔首：“是的。”
朱翊钧道：“那这事便是没有人证，只有物证。”
朱翊钧接着就看向其他公卿：“诸卿有何意见？”
这时，张居正起身奏道：“陛下，严公乃能臣，昔日为巡抚时，痛绝强宗悍吏且不提，不久前就促成了永废凌迟于本国子民的诏旨，使陛下仁德大施于天下子民，而利国家长远，可见其为通达不迂腐。故臣认为，不能轻罢，也不宜因查无明证之事重责，何况对于公卿，当以信任为主而少猜忌，疑罪宜当从无。”
“准奏！”
“朕也正是这个意思。”
朱翊钧说了一句，就问向其他公卿：“诸卿有何异议？”
张四维等自然皆称无异议。
朱翊钧便看向严清，说道：“严卿，朕希望你能对得起你名字里的清字，不要真的让朕失望。这次朕且相信你，也只认为御史寻文善是风闻奏事，而无实证，留你继续在刑部，掌天下刑名。但卿为官需要谨慎，既不要真的失于廉耻，或者为一二不得罪人的虚名使小人有可乘之机。”
满头是汗的严清忙叩谢了朱翊钧，并表示会谨记朱翊钧的话。
而待政事堂廷议结束，离开乾清门后，严清就如蒙大赦，且忙走到张居正面前来，对张居正拱手一拜：
“谢元辅刚才为下僚执言。”
“公不必如此！这是陛下圣明，为政谨慎，且不轻责大臣，才有此恩。”
张居正忙扶住了严清。
“皇恩需记，但元辅执言之恩，亦不能忘。”
严清说了一句，就道：“请元辅放心，虽吾厌倦官场倾轧已久，但在自劾去职前，会做好刑部该做的事的，既报皇恩，也报公执言之善举。”
“有公此言，仆就放心了。”
张居正笑着说了一句。
“项庄舞剑意在沛公。”
“有人想让海公回京！”
王国光这时走过来说了一句，且随即就和方逢时一起离开了。
严清不由得一愣，随即颔首。
而严清因此当日就上本题请吕藿等逆犯由锦衣卫审讯后，押到刑部，并由三法司会审，而可早日定罪处置。
原来，镇江副总兵舒大运、操江提督吕藿等被抓进京后，厂卫就一直在审讯他们，且如今也快审出来更多的与吕藿等有勾结的权贵豪绅。
尤其是在王锡爵等送到锦衣卫的罪证被急递进京后，吕藿等犯人更是无法再隐瞒。
严清这个时候上这道本，则是为定这些人罪，而在司法程序上更正义做准备。
因为如果通过三法司定的罪，文官士大夫们也不好说是厂卫屈打成招，在故意栽赃陷害人。
且说，镇江副总兵舒大运在定海被锦衣卫抓回京城时，张鲸就奉旨亲自提审了他，且问道：“你叛逃定海是不是要投靠倭寇？”
舒大运听张鲸这么问，吓得魂飞魄散，忙否认道：“不是，真的不是，卑职只是。”
“只是什么？”
“说实话！”
“否则，你自己知道后果有多严重！”
张鲸问后就厉声呵斥起来。
舒大运道：“是怕海部堂遇袭的事被算到卑职头上，卑职也就准备先逃到定海去。”
“这事难道还不是你干的？”
张鲸问道。
舒大运直接否认道：“不是！”
“你在欺君，且在鄙视我厂卫的能力！”
“你舒大运再不说实话，只怕真的没人能救你。”
“你要知道，我厂卫能收买你身边的人，那自然也能知道你和谁来往，而如果你不如实交待，咱家就只能报你舒家举族谋逆了！”
“你的炮手虽然逃了，但也被我锦衣卫抓了回来，你也不要问我锦衣卫怎么抓到的！你只需要清楚，我锦衣卫能在你身边埋眼线，会不知道炮手有多重要，不知道在炮手中埋眼线？”
张鲸问了起来。
舒大运听后，一是真的因为之前锦衣卫能抓住他而相信锦衣卫有这个能力，二是也怕连累族人，心理防线也就直接崩溃，便忙磕头：
“公公明鉴啊！我舒氏一族不知此事，也非我谋逆啊，我不过是受操江提督吕公威胁，才做了此事的。”
“很好，把你的供状写出来，看在你还算实诚的份上，咱家到时候会请陛下对你从宽处理的。”
张鲸因此笑了起来。
而吕藿在被抓进京后，张鲸也亲自提审了吕藿。
不过，张鲸一见到吕藿就道：“吕公，你应该知道自己犯了什么事。”