元祐二年（1087）七月，告下，诏苏轼兼官侍读。苏轼对于此一参加经筵的任命，衷诚地欢喜接受。
一则是皇帝的教育成败，直接影响未来的国运，他要用循循善诱的功夫，将少年皇帝引向对知识、对历史、对治术逐渐发生兴趣的路子上去，培植圣学，陶铸人格。
二则照当时的制度，臣子要陛见进言，并不容易。太皇太后垂帘以来，除了执政的宰辅、台谏、开封府尹和经筵讲官外，其他一切臣工，都不易得到面见的机会。翰林学士虽说是侍从近臣，平常亦只能从内侍手中承受文件，无由当面论政。现在得此侍读经筵的机会，就可以面向皇帝说自己要说的话，随时有进言的机会，提供任何必要的意见。《辞免侍读状》说：“入侍迩英，其选至重，非独分摘章句，实以仰备顾问。”皇帝年纪还小，苏轼要将自己的思想、史识和政见，灌输给少年皇帝，培养皇帝知人论事的能力，则五六年后亲政时，希望以皇帝的权力与他所肯定的拯物济时的见解互相结合起来，就可使理想变成现实。这是儒者最高的机会，苏轼热烈向往。有人劝他少在皇帝面前说话，免被别人疑忌，苏轼认为以他所受恩礼之重，若复喑默不言，则是耳目尽废了，拒不接受。
据说当时程颐在经筵说书的情形，非常糟：“借无根之语，以摇撼圣听；推难考之迹，以眩惑聪明。上德未有嗜好，而常启以无近女色；上意未有信向，而常开以勿用小人。岂惟劝导以所不为，实亦矫欺以所无有。每至讲罢，常自夸道：‘虽孔子复生为陛下陈说，不过如此。’”（元祐二年八月孔文仲疏语）当时哲宗皇帝还只有十二岁，不但不能接受他这种无影无踪的说教，对他那种高岸不逊的态度，尤其反感。
苏轼力矫程颐之弊，逢到他轮值进讲的时候，就拣选历史故事做教材，以夹叙夹议的方式，讲述治乱兴衰、邪正得失的缘由，希望这种富有启迪性的教材和方法，易为童龄皇帝所接受。
至于讲述的方法，也很重要，苏轼怎么讲，固无记载可见。但他曾经赞誉范祖禹的讲书：“言简而当，无一冗事，无一长语，义理明白而成文粲然，已得讲书三昧。”推为经筵官第一。他对讲书的理想如此，他的口才本来很好，其动听当亦不在范淳父之下。
讲读的期日，每年分春秋两期，春二月至端午为上期，秋八月至冬至为下期。遇单日皇帝御迩英阁，轮官讲读。
迩英阁在崇政殿西南，前槐后竹，气象幽深。殿前一对古槐，枝干插天，柯叶覆地，状如龙蛇，人称“凤凰槐”。苏辙于元祐元年九月除起居郎，十月入侍迩英，记其所见，作诗曰：
铜瓶洒遍不胜寒，雨点匀圆冻未干。
回首曈昽朝日上，槐龙对舞覆衣冠。
自苏辙之为起居郎，兄弟二人，遂得同时入侍皇帝讲筵。苏轼欣幸老弟的得步青云，他认为宋代大臣，从讲筵间出身的为多，细数当今朝中大老，如仆射吕公著、门下侍郎韩维、尚书右丞刘挚，莫不如此。故为兄弟相继入侍迩英，作绝句四章，其第一首即曰：
曈曈日脚晓犹清，细细槐花暖欲零。
坐阅诸公半廊庙，时看黄色起天庭。
苏轼觉得自己这几年来的经历，很像唐人白乐天。乐天自江州司马除忠州刺史，旋以主客郎中知制诰，拜中书舍人；与他自谪居黄州，起知登州，召为礼部郎中，拜中书舍人，出处老少，大略相同。乐天罢官，悠游林下，所以他也希望：“复享此翁晚节闲适之乐。”诗曰：
微生偶脱风波地，岁晚犹存铁石心。
定似香山老居士，世缘终浅道根深。
是年九月十五日，讲《论语》终篇，皇帝召执政、讲读和史官，举行秋宴于资善堂，以御书唐人诗，分赠与宴的近臣，这是前所未有的“异典”。苏轼所得是一首咏紫薇花的绝句：
丝纶阁下文书静，钟鼓楼中刻漏长。
独坐黄昏谁是伴，紫薇花对紫微郎。
连诗题及款共三十四字。按唐制：翰林学士带知制诰，许缀中书舍人班；唐天宝元年，改中书为紫微省，舍人曰紫微郎，故所赐白居易前诗，恰符苏轼身份。
在这段期间内，苏轼刚正率直的性格，开罪于小人之处很多，举例述之。
馆职试题所引起的那场风波，平息未久，二年五月，朝命秘阁校理诸城赵挺之为监察御史。苏轼听说此人元丰末年任德州通判时，逢迎提举官杨景棻的意旨，大力推行市易法，搞得商市大乱，当时监本州岛德安镇的黄庭坚向他请求道：“德安镇小民贫，不堪诛求，乞稍宽缓一步。”挺之悍然不许。现在因大臣之荐改职，须应馆试，苏轼当众批评道：“挺之聚敛小人，学行无取，岂堪此选。”
又挺之的岳父郭概当西蜀提刑时，本路提举官韩玠违法虐民，朝旨委令郭概调查，他却附会隐蔽，被苏辙弹劾，郭概、韩玠并行黜责。积此怨尤，赵挺之把苏氏兄弟恨入骨髓，等到朋党势成，他便出尽死力，做了攻讦苏轼的先锋。
还有一个张商英，字天觉，是章惇荐与王荆公，与薛向同为新法时期的理财能手。后来被舒亶出卖，宦途一直不很得意。苏轼早在凤翔签判时，就已与他相识。元祐初，司马光曾经有意要用张商英，来问苏轼，轼曰：
犊子虽俊可喜，终败人事，不如求负重有力而驯良服辕者，使安行于八达之衢，为不误人也。
温公因此打消了原意。
现在他任权开封府的推官，眼看苏轼位望日隆，自恃与他相熟，便写信给苏轼说：
觉老近来见解，与往时不同，若得一把茅盖头，老僧欲往乌寺为公呵佛骂祖。
他的意思是要苏轼举荐（所谓一把茅草盖头，暗指荐字），荐他召入台省，他可以台谏的地位助他排斥异己。这种话，只使苏轼对他非常鄙视，吕相也知道了这件事，很不高兴，便将张商英调离中枢，出为提举河东刑狱。从此伏下祸根，到哲宗亲政时，张商英首先疏劾元祐诸臣，其因在此。
自从馆职试题案后，洛学方面的上官均和蜀人吕陶互为攻讦，几无宁日，太皇太后和执政大臣都已非常厌烦。于是把这两人同时调离谏职，出吕陶为京西转运副使，调上官均为礼部员外郎。这个处分，使程颐门人右司谏贾易心甚不平，他看出目前这一形势，对于各派非常不利，单独上言：“吕陶和上官均的互相攻讦，事由苏轼、程颐交恶而起，如朝廷真欲澄清党争，应该并逐苏、程二人。”又说：“吕陶依附苏轼兄弟为党，幕后实由太师文彦博从中主持。”同时又对范纯仁横加指摘，语皆无根。太皇太后认为贾易居然敢于侵犯国家元老，大为愤怒，一定要严加惩处，以肃政风。宰相吕公著奏言：“贾易的话也还正直，不过诋谤大臣太甚而已。”因此才得从轻发落，罢知怀州。
公著退朝，对同官道：“谏官所言，本来不能议论得失。不过主上现在年幼，将来如有谀惑上心的，仍要依赖左右诤臣，不可预使人主轻厌言路。”不错，尊重台谏，是宋朝的政治传统，但是台谏横言，使人人畏避，国家事，有谁敢做呢？
苏轼答慰吕陶外放书，有曰：
中间承进职，虽少慰人望。然公当在庙堂，此岂足贺也。此间语言纷纷，比来尤甚，士大夫相顾避罪而已，何暇及中外利害大计乎？示谕，但悯然而已。
是年八月间，程颐因一细事，烧起了满朝怒火。
有一天，皇帝因患疮痛，不能御迩英阁听讲。恰巧这天程颐轮值，所以先得这个消息，便往见宰相吕公著，当面责问道：“上不御殿，您知道吗？”
公著逊谢未知。程颐道：“人主有疾，而宰相不知，实在令人寒心。”
他再推进一步，搬出礼法来：“二圣临朝，上不御殿，太皇太后不当独坐。”第二天，宰相及其以次大臣，就根据程颐的消息，入宫请安。太后问他们从何得知，他们把程颐的话都据实奏了，太后很不高兴。
于是由御史中丞胡宗愈、给事中顾临首先发难，连章力诋程颐不宜再在经筵。谏议大夫孔文仲奏文措辞非常激烈，他说：“程颐污下𪫺巧，素无乡行。经筵陈说，僭横忘分。遍谒贵臣，历造台谏，腾口闲乱，以偿恩仇。致市井目为五鬼之魁。请放还田里，以示典刑。”此时，司马门下的刘安世、刘挚也都参加进来，攻击程颐。器之说：“程颐、欧阳棐、毕仲游、杨国宝、孙朴，交结执政子弟，缙绅之间，号为五鬼。……方今士大夫无不出入权势，何不尽得鬼名？惟其阴邪潜伏，进不以道，故颐等五人，独被恶名。”孙觉说：“若夫纷纷之论，致疑于颐者，非独臣言也。直以自古以来，先生处士，皆盗虚名，无益于用。若颐者，特以迂阔之学，要君索价而已。”苏轼也上章说：“臣素疾程某之奸，未尝假以辞色。”又指他为“缙绅之所共疾，清议之所不容”。在此千手所指之下，程颐终于被黜，出为管勾西京国子监。
程颐曾说：“天下重位，惟宰相与经筵。天下治乱系宰相，君德成就责经筵。”以程颐当时在思想学术界的地位，年逾五十，才以处士身份出仕，其目的不为功名富贵，而志在“成就君德”，意甚显明。不料一个皓首穷经的人，一旦投身官场，便为政客门人所包围，所利用，竟至被人指为“五鬼之魁”，指为奔走权门，要君索价的角色，狼狈去职，实甚可悲。
洛蜀双方互相攻讦之初，刘挚、刘安世那一班司马门下的官僚集团人物，只是非常冷静地坐在高山看虎斗，一旦胜败之势初分，他们立即发动最强的阵势，参加进来，将弱势一方的首脑，一击倒地。
剩下人数不多的几个蜀人，便易对付，慢慢再来收拾。但是，苏轼声名太盛，帘眷太隆，却千万不能让他再进一步，登上执政的地位。于是有极善投机的谏议大夫王觌上奏曰：
苏轼、程颐，向缘小忿，浸结仇怨。于是颐、轼素所亲善之人，更相诋讦，以求胜势。前日颐去而言者及轼，故轼乞补外，既降不允，寻复进职经筵。今执政大臣有阙，若欲保全轼，则且勿大用，庶几轼不遽及于悔吝。
在举朝汹汹的驱程风潮中，攻击程颐最激烈的孔文仲，次年三月，因病逝世。据《吕申公家传》的记载，吕公著责怪他受了苏轼的唆使和利用，曾言：“文仲本来是个生性亢直的人，而又蠢不解事。他做谏议官，遂为浮薄辈利用以害善良，后来觉悟被人所绐，才愤郁呕血，以致不起。”
这完全不是事实。是年初，苏轼知贡举，文仲奉诏同知，先已染患寒疾，入闱后，力疾从公，终于不支病倒。考试未毕，闱内的人是不许出来的，大家劝他就在闱内好好休息，但是文仲不肯，谢曰：“居官即应负责，岂敢因病自便。”于是病更沉重，勉强撑到出闱，呕血而死，丝毫没有“被绐愤死”的影子。公著门下有很多理学人物，大概是出于此辈的伪造。
苏轼于文仲之丧，拊其柩悼哭道：
世方嘉软熟而恶峥嵘，求劲直如经父者，今无有矣。（《宋史》）
这才是真识孔文仲的知己之言。