苏轼擢升中书舍人，还不满半年，元祐元年八月间，又蒙太皇太后诏迁翰林学士、知制诰。金马玉堂的翰林学士，位三品，是侍从近臣中的高阶职官，地位超越给事中、六尚书。
翰林故事：学士入朝，有朱衣院吏二人，双双引至朝堂而止；给三省公文，不必用申状，只以尺纸直书其事，品位清华，从可想见。所以，当时的士大夫间，但凡听到有人新任翰林学士，便称“一佛出世”，其于世人心目中的尊荣，竟至如此。
然在苏轼，起自忧患未久，一再升迁，已遭他人侧目而视，现在更有新命，预见必将招来许多嫉妒，转生无穷烦恼。因此一再恳辞，却不蒙太皇太后允准。
宋制，两制以上官，初除之日，须举自代官一人，此亦沿袭唐朝的旧制，唐则常参官视事之三日，令举一人自代，目的是扩大延揽人才的门径，被举的人，只是登记储备，并非真欲进用。
苏轼举以自代者，是他所尊重的朋友——黄庭坚。
庭坚初以秘书省校书郎被召入京，不久，除修神宗实录院检讨官，与王安石门下的陆佃共事，观点不同，时生龃龉，工作甚不愉快，而苏轼举以自代的状文，则推重备至，如曰：
伏见某官黄某，孝友之行，追配古人，瑰玮之文，妙绝当世。……
苏轼始供翰林学士职，官中派遣西头供奉官充待诏董士隆到苏宅来传读圣旨，宣召入学士院。按唐制，宰相以下，初命都不举行宣召礼。唯有翰林学士，则必宣召。那个气派，真所谓已极儒臣的尊荣，故《谢宣召入院状》说：
里巷传呼，亲临诏使；私庭望拜，恭被德音。……伏以朝论所高，禁林为重。非徒翰墨之选，乃是将相之储。
学士院设在宫禁内，非内臣宣召，不能进去。学士院的院门之外，另又设置一道复门，也是因为该院直通宫廷，门禁非得那么森严不可。
宋太宗于汴京西郊凿金明池，简称西池，中有台榭，以阅水戏。地在顺天门外，池九里三十步。每年三月一日起开放，准许士庶入园游览，至上巳日帝驾临幸毕，即关闭。每岁朝廷赐二府从官宴及进士闻喜宴，皆在西池举行。张择端所画《清明上河图》，追摹汴京景物，即是此时此事。
苏轼受任之次年三月十四日，出游西池，宋肇（懋宗）亲见都人聚观翰林公出游之盛，作诗征和，黄庭坚次韵诗曰：
金狨系马晓莺边，不比春江上水船。
人语车声喧法曲，花光楼影倒晴天。
人间化鹤三千岁，海上看羊十九年。
还作遨头惊俗眼，风流文物属苏仙。
遨头，蜀人俗语，谓游乐也。此诗所说金马玉堂人物的威仪之重，以及被社会尊崇的普遍，也是宋代文化的特色之一。
苏轼还朝，不到一年，扶摇直上，忽已身入玉堂，跻位禁林，固非始料所及，而太皇太后对他帘眷之隆，只是使他自感两肩沉重，深为踧踖不安。依照宋朝常例，翰林学士常为宰辅的后备人选，搞政治的人，对这方面最为敏感。诏命既颁，朝士们就纷纷议论起来，认为照这样快的进度发展下去，苏轼迟早会拜相。有一部分人就生怕苏轼拜相，照他这种善善恶恶、毫不假借的脾气，别人还怎么能“搞政治”？他们有意要给他兜头浇桶冷水，以杜后患。
有两个现成的掌故可用，一是从前王安石深膺帝眷，神宗有意大用，咨询韩琦的意见，韩说：“安石为翰林学士有余，处辅弼之地则不可。”现在不是大家都在骂王安石吗？又如孙升曾对司马光说：“苏轼为翰林学士，其任已极，不可以加。如用文章为执政，则国朝赵普、王旦、韩琦，未尝以文称。”
现在，孙升为侍御史奏曰：
辅弼经纶之业，不在乎文章学问。今苏轼之学，中外所服，然德业器识，有所不足。为翰林学士，可谓极其任矣，若或辅佐经纶，则愿陛下以王安石为戒。
苏轼自知生性甚不适于做官，更未期望过辅弼经纶的相业，因为他明白自己缺乏做宰相必需的政治手腕。意识深处，寄望较为实际的苏辙，能够发挥眉山苏氏的政治抱负。所以眼见苏辙同月除起居郎，入侍迩英；十一月又擢升中书舍人，这才是他最大的愉悦。
果然，升迁，在苏轼不啻是一个新的灾难的开头。就职后主办第一次“试馆职”，首由洛学弟子借机发难，随后司马门下的官僚集团也参加了，联合攻击起来。苏轼的预虑没有错，树大招风，是现实政治上必然会发生的风波。
“试馆职”是学士院的职掌。进士候选馆职，必须试而后用。英宗治平二年，苏轼自凤翔任满还朝，也是通过馆职试，才得“直史馆”这个职务的。按照规定，应试的进士经大臣保荐，获得省札通知，方具应试资格。然后，皇帝命太史局择定日期，到考试前一天，内侍省还要差官一员充监门，锁学士院，有如现在的入闱，在院内撰策题三道，送请皇上点定一题。至第二天清晨，才派员引导应试进士入院考试，参加考试的人可领在藏库钱三十缗，充作餐费。试毕，恭录策题，连同试卷，送呈皇帝御批等策。
这次考试的策问题，共拟三道。第一、第二两题，是翰林承旨邓温伯撰的，第三道“师仁祖之忠厚，法神考之励精”题，为苏轼所拟。这三道题目由苏轼亲自缮正进呈，蒙御笔点定用第三道，恰为苏轼所撰。
不料这道题目，却发生了极大的风波。
这场风波，首先发难的是朱光庭。光庭，字公掞，偃师人，与苏轼进士同年，是程颐的得意弟子，以司马光之荐，于元丰八年为左正言，乞罢青苗法，论蔡确、章惇、韩缜等直言耿耿，故苏轼作《次韵朱光庭初夏》诗：
朝罢人人识郑崇，直声如在履声中。
卧闻疏响梧桐雨，独咏微凉殿阁风。
…………
不料现在恶意抨击他的，却是这位老朋友。光庭现任左司谏，他割裂全题中的两段：一是“今朝廷欲师仁祖之忠厚，而患百官有司不举其职，或至于媮。欲法神考之励精，而恐监司守令不识其意，流入于刻”。二是“昔汉文宽仁长者，至于朝廷之间，耻言人过而不闻其有怠废不举之病。宣帝综核名实，至于文理之士，咸精其能，而不闻其有督责过甚之失”。
既从原题中割出这样本不连贯的两段，断章取义，加以“笺注”，便可据以弹劾苏轼为臣不忠，讥议先朝，控他有诽谤仁宗、神宗两代先帝的大罪。光庭的结论说：
臣以为仁宗之深仁厚德，如天之为大，汉文不足以为也。神考之雄才大略，如神之不测，宣帝不足以为也。今学士院考试官不识大体，反以媮刻为议论，乞正考试官之罪。
章上，太后不相信苏轼会有讥议先帝的意思，明白谏官们寻瑕摘疵，只是嫉妒而已，所以下诏：“苏轼特放罪。”放罪即免罪之意。苏轼认为他本无罪，不甘被人平白诬谤，十二月十八日上章自辩道：
臣之所谓媮与刻者，专指今日之百官有司及监司守令不能奉行，恐致此病，于二帝何与焉？至前论周公太公，后论文帝宣帝，皆为文引证之常，亦无比拟二帝之意。
他最后说：“这道策题是经御笔点定的，若有讽讥之意，岂能逃过圣鉴？”这封辩状递上去后，诏又追命放罪。
其时蜀人吕陶为右司谏，颇为苏轼不平，上疏纠弹朱光庭。他说：“苏轼所撰策题，盖设此问以观其答，非谓仁宗不如汉文，神考不如汉宣。台谏当徇至公，不可假借事权，以报私隙。”
于是，他揭发此案的真实背景道：
议者谓轼尝戏薄程颐，光庭乃其门人，故为报怨。夫欲加轼罪，何所不可？必指其策问以为讪谤，恐朋党之弊自此起矣。
吕陶，字元钧，蜀之成都人。蒋堂守蜀，亲自到州学考课，吕陶时年十三，所作为蒋太守所激赏，誉为贾谊之文，故有神童之目。后来成进士，又中熙宁制科，元祐初召为谏官。
本来这件案子，尚属简单，不过是洛学弟子为他们的老师报一箭之仇而已。但在此时，忽然有个谣言说，朝廷以为朱光庭论罪不当，将逐去之，于是司马门下那班正格的官僚，对苏轼，不能不生恐惧心理，趁此机会，群起而攻。十二月二十七日，御史中丞傅尧俞疏论，二十八日侍御史王岩叟又继起上奏，帮朱光庭说话，疏论苏轼“以文帝有蔽，则仁宗不为无蔽；以宣帝有失，则神宗不为无失，虽不明言，其意在此”，乞正苏轼应得之罪。这简直是以讼师们惯用的伎俩，拿来罗织苏轼。苏轼认为洛学弟子以国家赋予的谏权，作为报复私怨的工具，实在可耻；而司马门下的傅尧俞，是他多年好友，王岩叟是韩魏公的幕宾，渊源私交，两皆深厚，现在却为什么也来趁火打劫，他不能理解，只觉得政治上的人情诡变，令他非常沮丧。
二年正月十七日，苏轼再上辩札。十八日太皇太后召傅、王两人入对，目的本在疏解，不料尧俞、岩叟在太后帘前，却又再度强调苏轼策题的不当。太皇太后愤怒了，面诘道：“这是朱光庭的私意，卿等与朱光庭一党吗？”
这话说得太重了一点，弄得傅、王二人下不了台。尧俞、岩叟便同奏道：“臣等蒙宣论，党附朱光庭纠弹苏轼，上辜任使，更不敢诣台供职，伏祈谴斥。”——他们只好自掼纱帽了。
苏轼当朱、傅、王三人联合围攻他的时候，逐渐明白这已不是讲理的事情，也不是那两三个人见解差异的问题。策题的文理，粲若黑白，何尝有丝毫可以疑似议论先朝的地方，只是官僚们排斥异己的阵仗，他就不愿再和他们做毫无意义的争论，一切不过为了做官而已，不做官就没有是非，从此不再辩白，因为辩白还有恋栈的意思，他只接连四上章奏，竭力求去。
苏轼既已决心请辞，便不去翰林院上班，在家等候诏旨。作书致杨绘（元素），略说他的心事道：
某近数章请郡，未允，数日来杜门待命，期于必得耳。公必闻其略，盖为台谏所不容也。昔之君子，惟荆（王安石）是师；今之君子，惟温（司马光）是随。所随不同，其随一也。老弟与温，相知至深，始终无间，然多不随耳。致此烦言，盖始于此。然进退得丧，齐之久矣，皆不足道。……
事情闹得下不了场，宰相吕公著出来疏解。因此再有诏命：
苏轼所拟策题，即无讥讽祖宗之意，然自来官司试人，亦无将祖宗治体评议者。盖一时失于检会，札付学士院知。令傅尧俞、王岩叟、朱光庭速依旧供职。
宋朝的政治传统，对于台谏特别尊重，由此可见。至于苏轼这方面，本已放罪，乞郡不允而已。
苏轼虽然从此保持缄默，然而事情并未就此平息，他们还是继续攻讦吕陶不已，以为朱光庭是为乃师程颐报复嫌怨代表洛派，而苏轼、吕陶都是蜀人，洛蜀二党之说，遂不胫而走。大风起于萍末，朋党分立之势，就是这样在别人心目中形成起来的。右司谏王觌因此上疏道：
朱光庭讦苏轼策问，吕陶力辩。臣谓轼之辞不过失轻重之体耳。夫学士命词失指，其事尚小，使士大夫有朋党之名，此大患也。
太皇太后认为王觌的话很对，同时知枢密院范纯仁也劝太后最好两置不问，而结果是一再下诏，各予安抚，后于五月间，命起居舍人孔文仲为左谏议大夫，吕陶为左司谏兵部员外郎，贾易为右司谏，王岩叟、傅尧俞皆徙官，双方都得了朝廷的安抚，一场风波，才告平息。
虽然苏轼对于这样不辨是非黑白，“和稀泥”的办法甚不满意，但他总也不能使太皇太后为难，只是复职视事，但于复职后才再上自辩的第二道札子，愤然说道：
非独朝廷知臣无罪可放，臣亦自知无罪可谢也。
同时将经过函告张方平，书曰：
某以不善俯仰，屡致纷纷，想已闻其详。近者凡四请郡，杜门待命，几二十日。文母英圣，深照情伪，德音琅然，中外耸服，几至有所行遣，而诸公燮和之。数日有旨，与言者数君皆促供职，明日皆当见。盖不敢兼（坚）卧，嫌若复申前请耳。蒙知爱之深，不敢不尽，幸为察之。褊浅多忤，有愧教诲之素，临书悒悒。
苏轼虽因策问惹起一场风波，横遭冤诬，然而这次考试于应考进士被拔擢馆职的九人中，却有毕仲游、黄庭坚、张耒、晁补之、张舜民诸人在内，却是一大快慰。
毕仲游从游已有多年，原任卫尉丞，这次考了第一，补了集贤校理；黄庭坚本为校书郎，亦迁集贤校理、著作佐郎；张耒为太学录，以范纯仁荐试，迁秘书省正字；晁补之为太学正，以李清臣荐试，迁秘书省正字。苏门四学士中，只有秦观没有参加这次考试，这是因为凡除馆职，必须登进士第，历任完成一定资格，经大臣保荐，才得召试学士院，考试入等，才能除授馆职。秦观当时资历不足，所以未预此选。