身处绝境却能发挥不屈精神，这是尤利乌斯二世性格中积极的一面。侥幸往往帮助他渡过难关，侥幸让他的一生丰富多彩。拯救他于危难之中的常常是他的敌人，而不是自己人。
召集比萨公会议是在恢复基督教世界的和平、进行教会改革、讨论十字军远征土耳其的计划这些冠冕堂皇的名义下进行的。但没过多久，后援国的步调便紊乱了。法兰西人路易十二出于传统的基督徒式的犹豫不想再逼教皇，他首先把特里武尔齐奥召回了米兰，而此时特里武尔齐奥正在博洛尼亚大干一场，风头正健，眼看就要进军罗马。紧接着，路易十二提出与教皇交涉，条件是承认本蒂沃利奥，并与法兰西派的枢机主教们和解。这样便开了个头。接下来，在声明上联署的9个枢机主教发生了分裂。先是加列托、科尔内托、卢森堡的三位枢机主教声称不记得曾在声明上签过字。而后发生了伊波利托·德·埃斯特枢机主教根据其兄费拉拉公爵的深谋远虑也回到了罗马教皇身边。剩下的只有两位法国人枢机主教和卡瓦雅尔、桑塞维里诺、弗朗切斯科·波吉亚这5个人。洞察力敏锐的威尼斯这时已经做出了判断，认为比萨公会议必将流产。
尤利乌斯二世根本不想与企图对教皇宝座动手的人对话。这些人还想要教皇派代表出席比萨公会议，想起来就令人恶心。不彻底打败无视教皇威严的比萨公会议派及其背后的法国，尤利乌斯二世便夜不能寐。挫败比萨公会议的最佳手段就是教皇也召集一个公会议。尤利乌斯二世出手反击了。
1511年7月25日，圣彼得大教堂的大门上贴出了布告，昭告天下翌年4月19日将要召开教皇主持的公会议，地点定在罗马的圣乔凡尼·拉特拉诺教堂。布告的正文言辞激烈，表示只有教皇才有权召集公会议，尤利乌斯二世并未放弃这个权力。布告接着谴责比萨公会议派是在搞分裂活动。布告还列举了会议议题：基督教世界的和平与协调，重建教会道德的办法，研究同意十字军计划。这些都与比萨公会议的议题一致。布告又在其后加上了与异端及分裂活动斗争的条目。比萨公会议开会的日子定在9月1日，在此之前抛出召开拉特拉诺公会议的宣言，明摆着尤利乌斯二世是在挑战。
可是，此后不到一个月，尤利乌斯二世于8月17日突然病倒，病因直到今天也未弄清楚，或许是以前积累下来的身心疲劳所致吧。开始他还在病榻前召见各国大使。到了20日他已经气力全无，连药都不想拿了。25日，传出了绝望的消息。
罗马开始准备应对教皇死后将会发生的混乱。高层神职人员和贵族的宫殿大门紧闭，尤利乌斯二世的亲戚们在宅邸前架起了路障。枢机主教们待在家中等待，当然是在等教皇的死讯。
尤利乌斯二世也做好了死的准备。他接受了涂油礼，解除了对博洛尼亚和费拉拉禁止圣务的处分，谢过了侍从和佣人的服务并给了他们赏钱，原谅了因刺杀阿利多西枢机主教而断绝了关系的乌尔比诺公爵。做完了这一切，教皇仰卧在病榻上不再动弹。白色的长髯盖住了他瘦骨嶙峋的面孔，他眼睑紧闭，半开着干燥的嘴唇。尤利乌斯二世进入了昏睡状态。
礼宾官帕里德写道：“我的日志就此终结了。”
3天就这样过去了。到了第4天傍晚，一直死一样的尤利乌斯二世忽然睁开眼睛，认出了在身边忠心服侍他的帕里德，说想吃点什么。帕里德奔到在隔壁房间待命的医生那里。医生来到病房，在帕里德的耳边说给他吃点他喜欢吃的东西。一大盘水果端了进来。盘中有西洋李子、核桃、草莓、尤利乌斯二世爱吃的桃子，还有醋腌小洋葱。教皇在病榻上微微抬起身子，虚弱地把手伸向水果。他先是嚼出果汁咽下去，吐出渣滓，然后又喝了很多水，再后来他躺下睡着了。过了不久，教皇醒来，又想吃东西。这回他吃了一枚鸡蛋和少量卷心菜，一个苹果和少量腌肉片，还吃了他喜欢吃的桃子。他很虚弱，一点一点地吃完了这些食物。如此重复了好几次。起初，这样的吃法让他很难受，甚至呕吐。但渐渐地，他开始有了精神。
过了两三天，尤利乌斯二世的病已痊愈，至少旁人看上去是这样。
再说比萨公会议，只有4位枢机主教来到比萨。欧洲各国君主派遣的代表和神职人员的到会情况也极其糟糕。是出席尤利乌斯二世宣布召开的拉特拉诺公会议，还是出席由皇帝和法国国王支持的比萨公会议，各国君主和神职人员都为此而感到迷茫。比萨公会议派判断教皇的病已经绝望，认为既然如此也就不要勉为其难地抢时间。他们把开会的日子从原定的9月1日推迟到了11月1日。这又让尤利乌斯二世走了一回运。
大病初愈的教皇首先想到的是怎样才能把法国势力逐出意大利。这件事既关系到能否消灭比萨派，也关系到他赌上教皇权威召开的拉特拉诺公会议能否成功。尤利乌斯二世还没有这么乐观，相信单靠教皇号召的精神力量就能办好所有这些事。他希望自己具有足以对抗法国的力量。但是，教会军已经有名无实，如果威尼斯也改变了昔日的做法，那他就只有一条路，即与其他强国结盟。尤利乌斯二世的目光盯上了新兴国家西班牙。
西班牙国王费迪南多迅速响应教皇，很快向罗马派来特使，协商结盟之事。结盟的理由是拥有天主教徒称号的西班牙国王要保护罗马教会和教皇。但不消说，国王的真正意图在于赶走法国人后实现其对意大利的领土野心。尤利乌斯二世对此十分清楚。但是他明明知道这一点，却还是要以西班牙之毒去攻法兰西之毒。
西班牙国王承诺为实现教皇意愿提供全面的军事援助。作为条件，教皇尤利乌斯二世要承认西班牙对以那波利为中心的南意大利的领有权，而这连波吉亚教皇都未承认过。
皇帝马克西米利安
丢勒画维也纳美术史美术馆© The Bridgeman Art Library p.254
1511年10月4日，“神圣同盟”正式起步，参加的国家有罗马教廷、西班牙王国和威尼斯共和国。两个星期后英国也传话表示参加，瑞士也加入了同盟，只有德皇持保留态度。尤利乌斯二世判断，德皇碍于康布雷同盟无法走出反法这一步，便未再勉强。他知道，皇帝总是会倒向形势有利一方的。教皇自信这次一定会成功。
此时，身在德意志的神圣罗马帝国皇帝马克西米利安的心里充满了一种奇怪的念头。他莫名其妙地产生了一个欲望，想在拥有基督教世界世俗最高统治者神圣罗马帝国皇帝地位的同时，再兼具精神界最高统治者教皇的地位。但从他以往的性格来看，他无疑着意于从各地流进教廷的巨额金钱。皇帝根据尤利乌斯二世两次病情判断他的死期将近，决定等他死后立即动手。皇帝的计划非常远大，但他想出来的实施手段却离奇古怪。
女儿劝丧妻之后孑然一身的父亲再婚，皇帝便给在荷兰摄政的女儿玛格丽塔写了一封信。
为了取得教皇对我晋升三级修士的批准，我想明天把古尔克主教朗派去罗马。如果获批，教皇死后我升登教皇宝座就会方便点。我就要成为主教了，你也得向对待主教那样对待我、尊敬我。……我打算近期开始做枢机主教们的工作。有二三十万达克特大概也就够了。不过，你要对此事绝对保密，尽管这个秘密近几天内也许就不再是秘密。总之，得有很多人在这件事上配合我，我也得为每一个“赞成”付出巨额金钱。
你的好父亲、下任教皇马克西米利安亲笔
9月18日
又及：
教皇又发烧了，可能不久于人世了吧。
如果只有这么一封私信，人们完全可以理解这不过是父亲与劝自己再婚的女儿开个玩笑，给她一个幽默的答复。可是，在写这封信的两天以前，皇帝给心腹部下列支敦士登元帅发去了这样的公文：
高贵、亲爱、忠诚的元帅：
我知道，你已经把我曾经告诉过你的心愿放在了心上。兼任教皇的念头在我的心里已牢牢扎下了根。我认为没有比这更高贵、更卓越、更美好的想法了。
你可能也知道，现任教皇尤利乌斯二世不久前得了濒死之病，罗马甚至有人以为他已经死去。现在机会绝佳，恐怕你也能想象出教皇的死期已近。听说他只能吃少量食物，还都只是水果，而且只想喝水。他快不行了。
我想派古尔克主教去罗马，为得到教皇宝座而去活动。但没有资金他什么也干不成。根据我的测算，要想让选举教皇的枢机主教们和其他罗马实力人物帮助我们实现计划，需要30万达克特。
不过，正像你所知道的那样，如今我在金钱方面并不强大，只好向富杰尔借钱。我命你做的就是这件事。请你尽快面见雅各布·富杰尔密谈此事，让他在罗马富杰尔银行准备30万达克特。利息定为10万达克特，用我的宝石做抵押。这件事一办好，古尔克主教便可行动。
从我拥有的宝石中，包括我最值钱的宝石在内，装上4箱去做抵押，再加些皇帝的饰品。这些都不属于帝国，而是属于我的哈布斯堡家族。等我当上教皇就不需要这些东西了。……如果富杰尔想知道还款方式，请你这样回答：
30万达克特本金加10万达克特利息可按下述方法偿还：下次国会将指定富杰尔为皇帝领地年贡金（包括哈布斯堡家族领地缴纳的税金在内）的收款人，另加西班牙国王每年的缴款。如果这些款项还不足于解押，可以把我当上教皇以后收入的1/3用于还款，直到还清本息。
交涉之事全部交给你了。即使富杰尔不接受我的请求，你也不要灰心，要反复交涉。不要浪费时间，不要坐失良机。一旦交涉成功立即告我。
听说罗马的奥尔西尼家族和科隆纳家族都不希望下任教皇是法国或西班牙人。情况对我有利。机会这么好，我不想向法国开战。
1511年9月16日
这个远大而愉快的计划很快就夭折了，原因实在简单，富杰尔最终并不看好这个计划。对于贷款情况判断的准确性，再伟大的现实主义者都不及富杰尔。富杰尔是一个懂得保守秘密的人，马克西米利安皇帝的黄粱美梦没有成为人们的笑柄。
教皇尤利乌斯二世对此事一无所知。尽管皇帝持保留态度，但这对尤利乌斯二世而言并非致命。他成立了以反法为目的的“神圣同盟”，有了自信。他首先着手破坏会期已经迫近的比萨公会议。
10月24日，尤利乌斯二世宣布，以反教皇阴谋罪对比萨派的5个枢机主教予以开除教籍的处罚。这个处罚与其说对派代表参会的君主和神职人员有什么影响，不如说打击了被定为开会地点的比萨市民。如果他们被定为有罪，那么提供帮助的人也将与其同罪。选中比萨作为开会地点，一是因为这里在一个世纪前曾经召开过公会议，二是因为这里是亲法的佛罗伦萨共和国的领土。然而，这对比萨人来说麻烦至极。
不久，参加公会议的人就开始陆续来到比萨，有4位枢机主教，2位大主教，14位主教，5位修道院院长和几位神学家。弗朗切斯科·波吉亚枢机主教病重缺席，不久后去世。出席者除了卡瓦雅尔、桑塞维里诺两位枢机主教和一位神学家外，全部都是法兰西人，并非来自整个基督教世界。他们都带着法国士兵警卫，反映出形势的严峻。德皇当初与法国国王联名成为比萨公会议的后援国，但来人中竟无一位德皇代表，其原因是富杰尔拒绝了贷款，也不见教皇将死的征兆，皇帝便改变了一直以来的亲法方针，开始接近教皇，禁止德意志人参会。
比萨市民也开始消极对抗这些不受欢迎的客人，不向他们出租旅店和会场，在佛罗伦萨市政府的说和下好不容易才落实了食宿。罗马教皇不失时机地威胁要禁止比萨全市的圣务活动。市民们开始了积极反抗。
11月1日参会者来到作为公会议会场的主教堂（duomo）时却发现，这里已被路障围得铁桶一般。他们只好将会场转移到了卡瓦雅尔枢机主教下榻的圣米开尔教堂。这个教堂很小，比萨市民嘲笑道：“教堂太小，但对比萨公会议来说却又太大。”常驻比萨的神职人员拒绝参加会议。会议需要两位市民代表，但无人愿做。公证人也找不到了，大概都躲了起来。好不容易从附近硬拉来两个人算是市民代表，这会才开起来。神学家介绍比萨公会议主旨的演讲一结束，会议便决定延期到11月5日再召开。
佛罗伦萨政府一筹莫展，派特使马基雅维利去向路易十二世请求，希望把会议挪往别处。但法国国王没有接受这个请求。佛罗伦萨开出条件，比萨市民不必参会，神职人员也一样，这才拿到了主教堂的使用权。会议总算于11月5日在主教堂召开了第二次会议。宽敞的教堂里，算上刚刚够格的侍从，总共也只有50人。到了9日，法国卫队的大兵与比萨市民发生了武力冲突，起因是法国兵欺负了一位市民。愤怒的民众涌到参会者下榻的地方闹将起来。
佛罗伦萨出动士兵暂时平息了骚乱，但参会者面对一片喊杀声心生恐惧，决定把原定于14日举行的第三天的会议提前到12日，并将以后的会场转移到米兰，12月13日终于在米兰召开第四天的会议。
尤利乌斯二世像狐狸逐兔一样紧追不舍。等公会议的参会者到了米兰，迎接他们的是市民满是憎恶的冰冷目光，较之比萨有过之而无不及。尤利乌斯二世已对米兰处以禁止圣务的处分。米兰处在法国的统治之下，虽有统治者的威权，但会议不可能得到常驻米兰的神职人员和民众的配合。违反教皇意志的人和帮助他们的人，如果是俗人则会被开除教籍，如果是神职人员或修道院则不但会被开除教籍，而且还要没收其收入和财产。教皇的这个布告给了比萨公会议派致命一击。参与者们终于离开了意大利，转到法国里昂去了。结局如何，谁都料想得到。
尤利乌斯二世在罗马冷眼看着这一切，投入到拉特拉诺公会议的准备工作中去。为了向世界宣示自己才是拥有主持公会议正统权利的教皇，他必须开好这次公会议。
半年前，尤利乌斯二世被绝望摧垮，于6月底回到了罗马。在此期间，他还得了一场大病，甚至被认为将不久于人世。在这样的情况下，他联合西班牙、威尼斯、英国、瑞士成立了神圣同盟，孤立了法国。且不论他这样做对意大利是否有益，他成功了。等着比萨公会议的只能是自生自灭的命运。德意志皇帝尽管没有迈出加盟这一步，却也没有采取反教皇的行动。那年年底，尤利乌斯二世心满意足地看着自己不屈精神的成果。