次日一大早，铃木特务队长就带着一众日军赶到了南普陀，将南普陀的四周团团围住，限制了人们的出入。外围的日军们个个枪弹上膛，并且带上了小钢炮和山炮多架，一副要血洗南普陀的架势。
和往常一样，寺内几声晨钟之后，南普陀的僧人们开始早晨的诵经活动。在金堂大殿，僧人们分两序排行，跪于蒲团之上，诵经、回向，香烛萦绕梵音不绝，所念的经文为大悲咒，胜似音乐的旋律，让人以心供佛，虔诚则灵。
这时，铃木带着一群日军破门而入，寺庙主持空安急忙迎上前去，翻译上前附耳细语了一番，空安听了勃然色变。
他转身责问众僧：“大日本皇军为打圣战，守卫寺院，站岗放哨，不分晴雨日夜，甚是辛劳，且有宫田司令官前来寺中慰问，并带许多米粮，来寺供养，同时得《全闽新日报》泽重信社长关照，千年古刹，得不毁灭。我佛教同仁理应对大日本皇军表示敬意感念，然却有人坏了良心，暗地里与血魂团勾连，谋杀皇军将士，真有岂有此理。”
空安的话语既出，众僧人纷纷交头接耳，窃窃私语。有的僧人干脆表现出强烈的厌恶之情，在心头大骂着汉奸、卖国贼子。
而空安和尚并不在意，他又冲着众僧人喊道：“保持安静，有什么好议论的，皇军在办理公务，大家要肃静。”
大殿里顿时安静下来。
空安又冲着众僧人喊叫：“谁与血魂团合作的，为我佛门的败类，立刻站出来，否则将会株连众人。”
空安的这一番话，无疑印证了自己是一个投靠日本人的奸僧，在他的诱导下，一些僧侣仅有“持戒之心”，而无民族之意识。
众僧侣听了空安的话，顿时紧张起来，大家你看看我，我看看你，谁都不愿意承认。
几分钟过去了，仍没有僧人站出来。
“阿弥陀佛，罪过罪过。”空安嘴里念叨着。
铃木不愿意再等下去了，他“哗啦”一声，从刀鞘中抽出寒光闪闪的战刀，向上一举，声嘶力竭地说：“再不出来，就将你们统统地杀死！”
他一挥手，日本兵在大殿门口立即架起了机关枪，将子弹上膛。
“我数五个数，再没有人站出来，我就开枪了。一、二、三、……”
铃木快要数到五，眼看一场杀戮即将到来，众僧人将心揪起来。
“住手！”慧远和尚双手合十，挺身走出来，“日本贼寇，休要乱杀人，此事是我为之，与他们无关。”
两个日本兵恶狠狠地扑上来，将慧远捆绑起来。
铃木以军刀的刀尖抵其咽喉，阴险地说：“不可能就你一个，你的同伙呢？”
“在这儿。”随着声音，慧心和尚勇敢地站出来。
“好、好、好，太好了，你们同伙的还有，快说，不说就杀了你。”铃木一脸阴笑说，将刀尖向前推了推。
慧悟和尚又站了出来，他心不惊、肉不跳，大声说道：“联系血魂团是我们三人干的，与其他的僧人毫无关系。”
铃木走过来，将军刀架在他的脖子上，阴沉着脸问：“血魂团现在何处，与你们联系的人是谁，说出来，我可以饶你们不死。”
慧远和尚双手合十，闭目垂首：“我就是血魂团，血魂团就是我。”
“你的欺骗皇军，不想活命了。”
慧远垂首而立，不再理会凶恶的日军。
铃木脸色由白转青，突然举刀劈下，慧远连哼都没哼一声，就被从肩到腰斜着劈成了两半，一股热血激喷而出，喷了铃木一脸，并随着慧远和尚的沉重倒地，鲜血汩汨地流了一地。
一些有气节的僧人看到日军如此残暴，呼喊着冲上去，被日军的刺刀给拦住了。
铃木摸了摸脸上的血，把还滴着血的战刀横在慧心和慧悟的面前。
空安见此情景，双手合十，“阿弥陀佛”，上前劝说：“慧远的下场你们刚才都看到了，如再执迷不悟，就会落得个同样的下场。还不把你们知道的都告诉皇军！”
慧心抬头看了看空安，“呸”了他一脸说：“你这奸僧，佛界的败类，不得好死。”
空安脸色羞白，闭目垂首，不再说话。
慧悟面对铃木面无惧色，怒目以对说：“我们就是血魂团，要杀要刮随你便。”
铃木下令日军，将两位和尚绑于大殿内的圆柱上，扒下他们的衣服，让士兵排成一排，进行比赛射击。
就在这群日军在南普陀残暴肆虐时，他们驻地的哨兵被击毙，一张带血的布告贴在日本人的营房大门前，上面写着“汉奸倭寇一日未除，则本团责任一日未尽。”
南普陀惨杀事件后不久，日伪在厦门岛、鼓浪屿一带发现许多传单，传单上赫然写着“脱除敌人所加于身上的镣铐，从事革命工作”、“杀尽日寇汉奸”等等。