李定国在1653—1654年（顺治十年至顺治十一年）以广西为根据地，联络两广义师，竭力邀请郑成功亲率主力实现东西合击，收复广东。这个事关全局的战略计划由于郑成功消极应付，终于功败垂成。到1656年，李定国带领主力赴贵州安龙把永历皇帝迎往昆明，留驻广西的明军只剩下镇守南宁大将贺九义部。当时，永历朝廷同东南抗清势力的联系主要是通过广东沿海（廉州、钦州后划归广西）的义师，李定国主力转入云南，两广局势因而逆转，同东南抗清势力的联系也必然削弱。李定国自然明白形势的严峻，但是他为了挽救南明危局，把永历帝护送入滇，内心是希望秦王孙可望能改弦易辙，俯就臣节，内部安定之后再分路出师。然而，孙可望自以为兵多势众，毫无改悔之意，滇、黔隐成敌国的局面使李定国无暇他顾。等到孙可望公开发动内战，兵败降清后，李定国正着手整顿云南、贵州、四川事宜之际，清朝已部署大规模进攻。永历朝廷一直处于左支右绌的境地，再也没有力量经营两广了。在失去了主力支援的情况下，两广各地复明义师于艰难竭蹶之中各自为战，最后都被占绝对优势的清军击败。
1658年（顺治十五年）冬，贺九义奉李定国的命令率部放弃南宁，返回云南。清朝两广当局乘机向南宁、太平、思恩推进。顺治十六年三月初四日清军由浔州出发，二十七日占领南宁。南宁陷落后，南明将军陈奇策、罗全斌、阁部郭之奇等仍据守上思州（今广西上思）、太平（今广西大新县南）、江州所属土司。闰三月初七日，清广东总兵栗养志攻占上思州，明凌海将军陈奇策带领残部数千人逃往滩宁寨。次日，栗部追至该地，击败明军，陈奇策被活捉。到这年十一月，清方侦报得知罗全斌藏于忠州（这是广西南宁府下属的忠州，今废，约在现地名“旧城”处，与四川忠州非一地），总兵蔡琦藏于龙州，将军周文龙藏于田州（今广西田阳），阁部郭之奇、总兵阎永德、光泽王等人避入交趾，“伏莽棋布，指不胜屈”。清两广当局因为广西官兵主力已在提督线国安率领下奉命进军云南，兵力不敷分配，移檄“谆谆以招抚为先”，栗养志依计而行，选拔“知事能言之官分途招徕”。于是，明威海将军罗全斌和部下兵将纷纷出降，南宁府和太平府的明朝官员也大批具文归顺，其中包括龙州、下石西州（地近凭祥）、凭祥、思陵州（今废）等与越南接境的州县。越南当局曾经同永历朝廷保持联系，后来看到清朝对中国的统治已趋稳固，在政策上作出调整，由支持南明政权改为支持清朝。这样，永历朝廷李定国等同东南沿海的郑成功、张煌言等联络的陆上—海路交通完全被切断，这以后郑成功、张煌言得到的行在消息大抵都是从清方“捷报”和有限的秘密使者口信中获悉。东、西联络的隔绝从下面这个例子可以明显地看出：永历十二年（顺治十五年，1658）正月，永历帝派漳平伯周金汤（字宪洙）、职方司黄事忠（字臣以）由广东龙门（今属广西防城）乘船航海到达厦门，封郑成功为延平王，同时晋升东南沿海坚持抗清的文武官员爵职。郑成功等派左副都御史徐孚远、总兵张自新（字衡宇，挂都督衔）携带大批官、私文书赴昆明复命。途经安南时遇阻，徐孚远被迫返回，张自新、黄事忠（周金汤似在这以前返回广东）从间道入广西，在思忠府（恐系思明府，地近今广西凭祥）被清军栗养志部擒获，携带的大批奏疏、书信等文件全部落入清方之手。
清军占领广西以后，在广东沿海地区坚持抗清的义师完全陷于孤立无援的境地，先后被清军剿灭。其中最著名的是大学士郭之奇、总督连城璧联络的王兴部、邓耀部和李常荣部。
王兴，原名萧嘉音，绰号绣花针，明末起义兵反抗地方当局。清军入广东后，他接受永历朝廷广东巡按连城璧的劝告，决定参加抗清复明的行列，被授予虎贲将军的官衔。他同连城璧（后升任两广总督）一道长期以恩平、新兴（今台山）、阳江一带为据点，坚持抗击清军。1653—1654年（顺治十年至十一年）李定国由广西进攻广东的时候，王兴都曾率部积极配合大军作战。新会战役失败后，李定国主力撤回南宁，不久赴贵州安龙迎永历帝入昆明。王兴部力单势孤，在顺治十二年十一月带领部众退到新兴、恩平地区以文村为中心扼守。文村地形复杂，南临大海，东、北、西三面丘陵连绵，只有一条羊肠小道可以同外界相通。王兴利用地利，挖濠筑寨，修建仓库，准备长期据守，以待时机。王兴和连城璧凭借这一隅之地始终坚奉永历年号，遵用明朝服制，因此，许多明朝头面人物如唐王朱聿钐（隆武帝之弟，隆武即位后封弟朱聿为唐王，朱聿钐续封唐王约为绍武之时）等都迁来文村依居。这里还成为永历朝廷同东南沿海郑成功、张煌言联络的重要通道。1656年（顺治十三年）春，广东清军数万进攻文村，环营十里。王兴临危不惧，率部固守，还不时派奇兵出击，激战两月，清军死伤近万，被迫撤退。次年正月，清军又从新会出军来攻，被王兴事先侦得，派出一支军队在二百里外设下埋伏，击败清军先头部队。清方知道王兴已有准备，再次退回。1657年冬，永历朝廷嘉其忠贞，特派使者敕封为广宁伯。
到1658年（顺治十五年）七月，清平南王尚可喜趁明永历朝廷节节溃败，决定摧毁文村抗清基地，拔除忠于明室的广东据点。由于“王兴所踞地极险阻”，“羊肠鸟道，曲屈丛杂，刺竹与陂塘相间，骑不得驰突，短兵接战，数步一折，多歧而易伏，皆失其所长”。尚可喜乃采取长期围困方针，征调水陆兵和民夫约十万之众，挖掘深沟，筑造高垒，切断文村同外界的联系。围困至次年（1659，顺治十六年）夏秋之间，文村粮食告罄，寨内买一升米要两千文钱（约合白银二两，即一石米价二百两），一只老鼠也索价一百文。王兴下令允许寨中兵民出寨自谋生路，然而多数人却宁愿忍饥挨饿，不肯离去。这年八月，尚可喜又派使者前来招降，首先称赞了王兴的品德和才能，表示如果他能以事明之心转而仕清当委以重任。王兴知道文村外无救兵，内无粮食，陷落已迫在眉睫，对他的弟弟说：“城可恃而食不支，天也。我终不降。弟善抚诸孤以续先祀，我死且不朽。”他一面命人制造了一口巨大的棺材，决心杀身成仁；一面叫自己的五个儿子护送年老的母亲带着永历朝廷颁给的敕书、印信、令箭前往清军大营谒见尚可喜，目的是保护部下将士和百姓的生命安全。尚可喜以为王兴真心投降，非常高兴，又派使者前来致意；王兴避而不见。八月十七日夜间，王兴宴请所部文武官员和依附人士，宣布已经同清政府达成协议，让大家各奔前程、自作主张。席散，王兴先让妻子张氏和十五个妾自缢，接着点燃了事先准备好的火药，葬身于烈焰之中。明唐王朱聿钐也服毒而死；总督连城璧因在外招兵未罹其难，文村陷落后他拒绝接受清朝官职返回故乡（江西金溪）隐居。在文村战役中，明漳平伯周金汤被俘，总兵李常荣则向清方投降。
文村抗清基地覆灭以后，广东清军转而进攻据守龙门（今属广西防城）的邓耀部明军。1660年（顺治十七年）二月，清平南王尚可喜、靖南王耿继茂和两广总督、广东巡抚会商，决定委派韶州副将张玮暂管高雷廉镇务，总统陆师（时栗养志已革职），会合广州、肇庆、高州、琼州、雷州水师和平藩、督标、抚标抽调的官兵大举进攻。四月二十七日攻克龙门，邓耀率领残兵败卒逃入安南。不料，安南不容其存身，“发兵逆击，杀溺贼众无算”，邓耀走投无路，削发为僧躲藏在广西，被清政府查获，遇难。此外，永历朝廷的武英殿大学士兼礼、兵二部尚书郭之奇原来负责联络广东、广西抗清义师，在两广沿边地区被清军占领以后，流亡安南。清政府多次发出檄文招降，郭之奇均不为所动。1661年（顺治十八年）八月被安南当局献给清方，他矢志不屈，于次年（康熙元年）八月在桂林遇难。