清军占领包括贵州、昆明在内的黔、滇两省腹心地区以后，南明永历朝廷已经出现瓦解的形势。然而，这种局面的形成并不是南明军队受到毁灭性打击的结果，而是永历朝廷决策失误所致。从当时的战局来考察，清军三路迅速推进，南明军队节节败退，长期经营的大片土地被清军占领，明军在阻击过程中虽然损失了一些兵将，但并没有发生大量主力被清军歼灭的情况。这就说明，明军的全线失利主要是战略部署不当。永历帝仓皇逃入缅甸，李定国在磨盘山战役后领兵转入滇南边境地区，散处西南各地的南明文官武将实际上失去了领导核心，他们既缺乏统一部署，只好自寻出路。
清军入滇以后，多尼、赵布泰、吴三桂、线国安的庞大兵力集中于云南，罗托的军队驻守贵阳，加上原属经略洪承畴、吴三桂的部分军队留守交通要道，南明战败后分驻各地的军队不仅很难组织反攻，而且多处于边境穷荒之地，条件异常艰苦。
相对而言，在吴三桂军由贵州进入云南以后，四川的清军防御力量是相当单薄的。李定国在放弃昆明时决策向滇西撤退，没有带领主力由建昌入川，是一个重大失策。在这以后，四川大部分地区有半年左右时间仍然在明军控制之下。1659年（顺治十六年）七月十一日，清四川巡抚高民瞻依据川陕总督李国英的指示，派出军队由保宁出发，先后收取灌县、绵竹、什邡、汉州、简州等地，二十六日进抵成都，守城的明朝总兵刘耀、杨有才、曹昌祚、陈安国、赵友鄢等杂牌军队自动撤退，清军就在当天进入“满城荆棘”的省会成都。
上文已提及早在这年闰三月间，明庆阳王冯双礼率领进入四川建昌的军队，由于部将狄三品等叛变，活捉冯双礼向清方投降。九月，清“川陕总督李国英疏报，收复嘉定一路，招降伪将军杨国明、总兵武国用，各州县伪官皆缴印投诚”，“芦山伪武义将军杜学率所部伪官六十余员，兵二千余名缴印投诚”。十月，“四川巡抚高民瞻奏报：伪侯郝成裔、伪伯陈建等谋诛首逆高承恩献土投诚，及伪文武官八十员各缴印劄来归，川南底定。”这些事实说明当时四川省内的明朝军队为数尚多，控制的地区也相当可观，主要是因为永历朝廷和李定国统率的主力向滇西撤退，节制无人，才在清方招降下自行瓦解。如果李定国决策奉永历帝由建昌入川，以嘉定、叙府一带为基地，北取成都平原，东攻重庆与夔东十三家会合，只留少数兵力在云南边境联络土司牵制清军，清朝在新定的云南、贵州两省必留重兵镇守，在战略上极易造成被动。即使清方云贵主力回师四川，明军作战不利，顺江而下同郑成功、张煌言会师的可能性也是很大的。
除了四川地区沦入清方之手外，分散在云南边远地方的不少明朝将领也由于群龙无首，同主力联络不上，对前途悲观失望，纷纷投降清朝。其中如叙国公马惟兴、淮国公马宝、将军塔新策、汉阳王马进忠的儿子马自德、公安伯李如碧、宜川伯高启隆等带领兵马六七千人撤到滇西北鹤庆、剑川、丽江、兰州（今云南省兰坪县南）一带，先后向清朝投降。怀仁侯吴子圣于十二月初一日在永昌府（今云南保山）投降。此外，降清的还有岐山侯王会、总兵杨成、赵武、史文、邓望功等率众四千一百余人，杨武伯廖鱼领兵六百名；文官有东阁大学士张佐宸、户部尚书龚彝、兵部尚书孙顺、侍郎万年策、大理寺少卿刘泌、兵科都给事中胡显等；宗室勋戚有岷藩朱企鋘、皇亲武靖侯王国玺等。次年（顺治十七年）正月，明征蛮后将军杨武收得染瘴身死的广昌侯高文贵（即参加磨盘山战役的明军三将领之一）部卒三千余人向清军投降；五月，咸阳侯祁三升率领孟津伯魏勇之子魏君重、总兵王有功等兵员七千九百余人、马一千三百余匹、象三只降清。这年七月，吴三桂奏请朝廷批准，把投降明军分作十营，以马宝、李如碧、高启隆、刘之复、塔新策、王会、刘偁、马惟兴、吴子圣、杨威为十营总兵。从云南边境地区入降的明军兵员总数大约在三万名以上，其中不少拥有相当多的马匹、器械，能征惯战的将领也颇不乏人。何况，撤退到边荒地区之后，因染瘴病死，缺粮饿死，在混乱中逃散的官兵肯定不在少数。如果加上跟随李定国、白文选转往滇缅边境的主力，南明统帅如果能够指挥得当，在清军三路进军时集中兵力歼灭其中一路，整个战局决不致于这样混乱不堪，一败涂地。联系到给予追击清军以沉重打击的磨盘山战役，李定国部署的只是窦名望、高文贵、王玺三将，兵员据一种记载说是六千余人，由此可见，撤退时缺乏统一部署，各部失去联系，是南明军队瓦解的重要原因。
作为全军主帅的李定国在磨盘山战役以后，率领部分军队向南撤退，崎岖于云南边境地区。他曾经在车里（今西双版纳傣族自治州）停留了一段时间，又转移到孟艮（在今缅甸景栋一带）。由于整个局势恶化，内部军心不稳，李定国既指挥不了散处四川、云南的明军，又要防止随从文官武将的变节。1660年（顺治十七年，永历十四年）六月间，广国公贺九义被他下令乱棍打死。原因是贺九义的妻子被清军俘获，清方乘机写信要挟贺九义投降，贺九义尚在犹豫之中，没有向李定国报告。李定国得知此事后，判断贺是心怀两端，决定立即将其处死。贺九义原是孙可望的部将，他从广西南宁带来的近万名兵马又是一支实力比较强的从伍，定国对他怀有戒心，为了防止贺九义率部降清，就采取了这一断然措施。贺九义被杖杀后，他的部下深为不满，“贺营官兵鼓噪逃出”。李定国又耽心逃出的官兵可能充当清军向导，潜来袭击，于是，“于九月初五、六两日将孟艮城里房子尽烧，孟艮彝人少壮者掳去，弱幼小的杀了。初七日，撤营走景迈、景线，奔伪巩昌王白文选一处，……合营走木邦缅甸”。被李定国杖死的还有他的亲信文官吏部侍郎金维新。金维新有《西行永昌旅次题墨牡丹》诗云：“繁华顿谢三春景，尺幅长留冰雪天。玉宇琼楼都似梦，邮亭揽笔意凄然。”吐露了他随军西撤至保山时意气消沉，但被杖死的确切原因则不清楚。