永历帝移居昆明以后，李定国、刘文秀仍然希望孙可望能够以大局为重，捐弃前嫌，共图兴复。从刘文秀统兵北上四川可以证明他们没有料到孙可望为了恢复自己独揽大权的地位会不惜动用武力大打内战。刘文秀既受封为蜀王，立即着手部署恢复四川。1656年（永历十年，顺治十三年）春天，刘文秀派部将威宁伯高承恩统兵五千由云南进入四川雅州（今雅安）。大约在同时，归他调遣的另一支主力由征虏左将军祁三升任总理全川军务，会同援剿后将军狄三品、平虏营总兵杨威、怀远营总兵贺天云、监理重庆屯田总兵郑守豹等统率兵马进至嘉定府（府治在乐山）。九月，刘文秀取道建昌（今四川西昌市）、黎州（在今四川汉源县北）、雅州到达洪雅县（属嘉定府），在该县境内的千秋坪建立帅府。在这里刘文秀撰写了《天生城碑记》，其中说：“永历十年，岁在丙申，圣天子厪宸虑，推毂命予秉钺专征，剪桐蜀土，为根本之地。期于水陆分道，力恢陕、豫，略定中原。”可见，这次进军四川是永历朝廷移入云南以后作出的一项重大的军事部署。刘文秀领兵经营四川，有其特定的时代背景。永历帝在李定国、刘文秀等人的拥戴下虽然基本上稳定了云南地区的统治，贵州和湖南西部却控制在孙可望手中，要打开局面只有两种选择，一是东出广西、广东，一是北上四川。东进两广，意味着由李定国统兵出征，这在当时滇、黔对峙的情况下，永历君臣是不敢贸然行事的；剩下的一条路就只能是由蜀王刘文秀出马经营四川了。拨归刘文秀指挥入川的祁三升、狄三品、杨武都是南明著名的将领，兵员有数万当属可信。然而，刘文秀开辟西南抗清第二战场的行动能否成功，又要受到客观条件很大的限制。首先，他入川后的驻节地不能离云南太远，以免孙可望一旦反戈内向，救援不及；其次，他率领大军入川必须选择社会生产破坏较小，基本上能够就地解决粮饷的地区；第三，只有在立足已定，并且没有后顾之忧的前提下，才能逐步向成都、重庆一带推进，实现把四川经营为北攻保宁（阆中），东联夔东十三家出战湖北的战略设想。后来的事实证明，孙可望心怀不轨，蓄意犯滇，迫使永历朝廷召回刘文秀和他带领的主力，经营四川收到的效果相当有限，从战略上说是半途而废。
刘文秀的经营四川从他在永历十年（1656）春派出大批部队到他在永历十一年（1657）二月奉诏返回昆明，首尾不到一年；他自己亲驻四川的时间还不到五个月。当时的四川人士对刘文秀这次出师没有取得多大成果非议甚多，主要是不了解他面临的困难。李蕃在《雅安追记》中写道：“秋九月，刘文秀由建、黎出雅州，至洪雅鱼丘坪，修王城帅府，宫阙壮丽，劳民伤财。统兵数万，不敢节成都，而来鱼丘坪做帅府，使蜀中有司、绅士尽来朝贺，虽假借永历年号，仍是献贼根苗，真鼠贼矣。数月而返。”时人沈荀蔚记：
（顺治）十三年丙申秋，刘文秀引兵入川称蜀王，……帝制自为，官属皆备。又以夹江县之南安壖为己瑞，乃营而居之。十二月十五日复亲至洪雅西南三十余里之乾埧阳，花溪、雅河所汇处，地虽狭而三面阻水，惟西南通黎、雅，呼为天生城。其舍嘉定而规此者，以川东不复有归路，且恐可望袭之也。于此平邱垄，毁室庐，伐大木，烧绿瓦，建造宫殿及百司府署，各营画地而居，均文秀相度之。后至明年二月，已为定国促归，谋与可望决胜负。未几，病死矣。是役也，费民间几许膏汗，竟不得一见，可叹也。此地乃蔚丙戌（1646）以后寄迹之处，有数亩以供饘粥，至是悉为营地，……以身受其害故悉其诞妄无才略云。
欧阳直时在刘文秀营中办事，自记：丙申“五月，论平蜀功升授礼部仪制司主事。”“丁酉（顺治十四年，永历十一年，1657）随蜀王奉调回滇。”又记：“丙申，安西将军李定国奉旨册晋王，自安龙奉永历帝驾入滇。抚南刘文秀迎驾，奉旨册蜀王，领兵入蜀，驻洪雅之天生城。丁酉，孙可望称兵，蜀王文秀奉旨回滇，留高将军镇上南。”就当时实际情况而言，成都平原沃野千里屡经战乱后业已渺无人烟，社会生产几乎完全停顿，重庆一带也大致相似。在清军控制下的川北保宁地区和明军控制的川南、川东地区之间早已形成一片广阔的无人区，解决不了粮饷问题，双方都无法推进。顺治十二年（1655）清四川左布政使庄应会在奏疏中写道：“切川北—隅合计钱粮征额每年止五千一百五十余两，各文官俸薪每年共该银八千余两，一年赋额不足抵各官一年俸薪”，官兵粮饷更是全靠陕西挽运。正因为粮饷困难，顺治九年吴三桂、李国翰部在保宁战役中大败刘文秀军后不仅没有乘胜南下，反而只留下四川巡抚李国英部留守保宁，全军返回陕西汉中就粮。尽管当时清四川巡按郝浴就曾经主张收取成都平原垦荒屯田，以蜀粮养蜀兵，可是垦荒屯田除了需要足够的兵力保障地方安定，还需要先投入大量粮食、种子和耕牛、农具作屯田之本。没有这种兵力和财力无异是画饼充饥。南明刘文秀率军入川面临着同样的问题，从他先派部将入川，自己又亲到夹江、雅州一带巡视，最后确定在洪雅县千邱坪建立帅府，在这里兴建“宫殿”、营房，联络“蜀中有司、绅士”，目的是在四川残存百姓中树立永历朝廷的威望，同时着手屯田发展生产（上引《重修凌云寺记》列名将领有“监理重庆屯田总兵”，沈荀蔚说他的数亩田悉为“营地”都证明了这一点）。如果孙可望同永历朝廷的关系趋于缓和，刘文秀经营四川的规模和成效必然更加可观。清朝吴三桂、李国翰部军队是在孙可望降清以后，才在顺治十五年（1658）由陕西汉中再度入川，会合李国英部南下。若不发生孙可望的叛变，刘文秀有将近三年的时间经营四川，他决不可能株守雅州一隅，必然是北收成都、顺庆（今南充地区），东下重庆与夔东十三家会合，西南战局将是另一种情形。尽管他在永历十一年（1657）二月就奉诏率领主力返回昆明，仍然留下了高承恩都镇守四川雅州地区，成绩是非常明显的。李蕃记：“丁酉（永历十一年，1657）州守钱象坤。是时高承恩驻雅，兵马聚集，几无有司之政。田粮专上谷米豆草，不用民间钱粮，虽夫役征繁，而井里饱暖，民忘其劳焉。”直到1658年（顺治十五年，永历十二年）清军三路入滇时，四川雅州、建昌地区仍在永历朝廷控制之下，这不仅说明刘文秀经营四川功不可没，也表明在平定孙可望叛乱之后，李定国多少显得心胸偏窄，以永历帝名义把刘文秀从贵阳召回，川、黔、湖广（湖南西部）经略无人，加速了全线的崩溃。