从顺治七年底到顺治八年初，孙可望基本上完成了对永历朝廷残存武装的收编工作。南明政权及其军队实际上已经形成以原大西军为主的抗清实体。在这以后，永历皇帝只是作为用以号召远近的一面抗清旗帜，复明恢汉运动的领导权却掌握在孙可望等原大西军领导人手中。由于孙可望等人已经遵用永历正朔，在他们指挥下的军队又包括了一些原南明参与“会盟”的各种武装，在下面的叙述中不再使用大西军一词，一律改称明军。但是，必须指出，正是由于原大西军的联明抗清，才使业已日薄西山、气息奄奄的永历朝廷增添了活力，汉族和西南少数民族在反对满洲贵族推行的民族征服、压迫政策的斗争中大展雄风，南明历史开始了一个新的阶段。
孙可望在接管了贵州全省后，军事部署是由他自己和李定国东攻湖广，刘文秀等进军四川。
1651年（顺治八年，永历五年）四月，孙可望派冯双礼等率领马兵一万余名、步兵数万、战象十余只，大举由黔入湘：一路由铜仁、麻阳，一路由平溪、便水，一路由大小梭罗，合攻沅州（今湖南芷江）。清沅州守军三营合计只有三千士卒，退入城中，被“围如铁桶”。四月十五日，冯双礼命令明军奋勇攻城，当天就占领了沅州，活捉清将郑一统、知州柴宫桂。冯双礼等攻克沅州后，移兵上攻辰州（府治在沅陵），因清朝辰常总兵徐勇防守甚严，未能得手。清廷委任的挂剿抚湖南将军印续顺公沈永忠领兵二万，竭力支撑，双方在一段时间里呈胶持状态。到1652年（顺治九年，永历六年）四月，李定国率部由贵州进入湖南，会合冯双礼部于五月中旬进攻靖州。清续顺公沈永忠派总兵张国柱领兵八千名往援，在靖州陷入明军重围。经过短暂的交战，清军大败，损失官兵五千一百六十三名（其中满洲兵一百零三名）、战马八百零九匹，几乎全军覆没，张国柱率残部于二十二日“踉跄奔回”。明军趁胜攻克靖州、武冈州。
沈永忠在李定国、冯双礼等部明军的凌厉攻势下，难以招架，派使者前往广西桂林请求定南王孔有德火速派兵来援。孔有德因部下兵马分驻广西各地，又同沈永忠有嫌隙，接到告急信后说：“我旧年借支衡、永钱粮，沈公出疏参我。今日地方有事，向我告援，我三镇分驻各府，如何借发？设警逼我境，自有区处”，拒绝出兵相救。
沈永忠求援无望，被迫带着麾下清军自宝庆北遁，六月初二日退至省会长沙，仍然立脚不住，在湘潭接到清廷“不可浪战，移师保守”的密旨，就在八月初六日放弃长沙，一直逃到岳州。清朝在湖南设置的许多道、府、州、县官也随军狼狈北窜，其中有分巡上湖南道张兆罴、分巡下湖南道郭万象、宝庆知府冯桓、永州知府李策鼎、衡州府署印同知赵廷标、长沙知府张弘猷、郴州知州杨士英、道州知州张学仁、茶陵知州萧汉英、署武冈州事赵继登，以及新化、城步、新宁、零陵、祁阳、东安、宁远、永明、江华、衡阳、衡山、常宁、安仁、宜章、桂阳、攸县、长沙、善化、宁乡、益阳、湘乡、桃源、邵阳、浏阳、酃县知县和署印官共三十五名。这样，除岳州、常德尚在清军控制下以外，只剩下徐勇一镇孤零零地据守辰州（府治在沅陵）负隅顽抗。后来，清兵科都给事中魏裔介劾奏“续顺公沈永忠身为大帅，手握重兵，当孙逆攻围辰、永诸郡，一筹莫展，望风宵遁。乞亟赐罢斥，免误封疆”。由此可见，原大西军联明抗清后，初试锋芒就旗开得胜，收复了湖南大部分州县。