1652年（顺治九年，永历六年）正月初三日，郑成功率领船舰二千余号，直航漳州府海澄港口。清守城参将赫文兴、署海澄县知县甘体垣开城投降，郑成功授赫文兴为前锋镇。初十日，分兵切断由泉州通往漳州的要道江东桥，清漳州总兵王邦俊据守漳州府城（今漳州市）。十二日，郑军占领平和县，漳州“乡民竖旗响应，四面皆敌，孤城单危，势在急迫，万难支吾”。二月初二日，郑军奋勇攻城，清军负隅顽抗，游兵营吴世珍中炮牺牲，强攻未能得手。郑成功下令火器营何明带领士兵挖掘坑道，准备掘进至城墙底下时填塞火药，用放崩法轰塌城墙，乘势突进府城。三月初七日，点燃引线，火药爆发，才发现因测量距离不准，坑道尚未挖到城墙底下，爆破计划失败。郑成功志在必克，改而采取围困战术，“聚集二十七万之悍贼，砌筑八十七座之木寨，环树二层栅木，外挖两重沟濠，棋布星列，浑如铁桶”。
清浙闽总督陈锦见漳州危急，火速抽调两省兵力来援。三月初十日进至马蹄山，与郑军相距五里；十三日两军合战，陈锦部大败，兵员器械损失很多。陈锦退到同安城外扎营。五月，他派浙江金华总兵马进宝统兵援救漳州；郑成功知道城内粮食不多，清援军入城势必增加困难，于是下令对马进宝军不加阻击，任其长驱直入城中，随即发兵切断其后路，继续围困。马进宝军入城后，曾同漳州总兵王邦俊一道开东门出战，被郑军击败，从此闭门固守。
陈锦和福建提督杨名高、右路总兵马得功扎营于同安城外，在马进宝直抵漳州城下时以为已经解围，高兴了一阵子，不久就发现中了郑成功“粮尽自降”的计谋，王、马二部被围在漳州城内，自己手上的兵力又不足以进战解围。陈锦除了向朝廷告急，请派援兵外，弄得一筹莫展。他担心清廷所遣援兵到达之前，漳州可能失守，而漳州一旦失守，郑军乘胜进攻闽浙各地，自己将无力招架。由于心中烦闷，陈锦经常暴躁如雷，对身边服侍人员稍不如意便发怒打骂。他的家奴李进忠、李忠、卢丕昌、陈恩等怀恨在心，暗中商议把陈锦杀了，带上总督印信逃往郑成功处献功，求个一官半职。七月初七日晚上，由李忠下手把陈锦刺杀于同安灌口帐篷中，慌乱当中除李进忠逃至郑军请赏外，李忠等人都被擒获。清廷得报漳州形势危急，总督又遇刺身亡，决定派固山额真金砺为平南将军统兵火速入闽。
这年八月漳州被围已达半年，城中粮食极为紧缺，守军挨家挨户搜括民间粮食，一碗稀粥索价白银四两，接着完全断粜。居民以老鼠、麻雀、树根、树叶、水萍、纸张和皮革等物为食，饿死者不计其数，最后是“城中人自相食，百姓十死其八，兵马尽皆枵腹”。福建巡按王应元后来在题本中说：
八年五月发难之初，属县无恙，军需能应。自十二月后，漳浦、海澄破而东南去矣。至扼江东之桥，断朝天之岭，长泰、南靖失而东北咽喉俱塞矣。城堡村寨尽为贼掠，一城孤注，四顾无援，迁延七月犹搜括仓储，派借绅民以支吾。迨浙闽援兵继进，兵马盈万，刍粮倍前，储蓄告匮，民力罄竭。八、九两月，每石米价贵至五百五十两，草根木叶鼠雀牛马搜索食尽，继之人肉。父子相食，爨不烟火者月余，病死、饿死、投水投缳而死，兵丁威取强夺箠楚而死，日以千百计。尸骨山积，秽闻数里。嗟此残民靡有孑遗矣。虎狼士卒晓夜鼎沸，金帛珠玉，腰缠索满，犹有醉酒酣歌以娱其主将者。前无战气，后无守心，使大兵稍迟数日，则城社不为丘墟，文官不为齑粉者鲜矣。
就在漳州清军已经陷入绝境的时候，平南将军固山额真金砺率领的援兵于九月十九日赶到泉州，二十一日会同福建提督杨名高的军队向漳州推进，由长泰县扎篾过河，九月二十八日进至漳州城外。郑成功被迫解围，把兵力部署在城南东山凤巢山。十月初三日，金砺派骑兵向郑军发起猛攻，郑军以铳炮还击。当时正值西北风，炮火烟尘弥漫于郑军阵地，能见度很低，清军骑兵趁势冲入，郑军大乱，后提督黄山、礼武镇陈俸、右先锋镇廖敬、亲丁镇郭廷、护卫右镇洪承宠都在激战中阵亡。郑成功见败局已定，带领余众退守海澄县。清军趁胜收复南靖、漳浦、平和、诏安四县。