1648年（顺治五年）三月，甘肃回族将领米喇印、丁国栋等发动反清起义，连克甘州（今张掖）、凉州（今武威）、肃州（今酒泉），清朝甘肃巡抚张文衡、甘肃总兵刘良臣、凉州副总兵毛镔、肃州副总兵潘云腾、甘凉道林维造、西宁道张鹏翼等都被擒杀。接着引兵东进，攻破兰州，杀同知赵冲学、知县赵翀；连克临洮、河州（今甘肃临夏）、洮州（今甘肃临潭附近）、岷州（今岷县），围攻巩昌府（府治在今甘肃陇西），义军声势大振。清“庄浪道范芝失印、失城，潜藏山穴”，肃州道等官下落不明。清政府在甘肃的统治几乎全部瓦解。义军乘胜南下青海，进攻大通，“威胁湟中”（今西宁市），被清军击退。参加米喇印、丁国栋领导的反清运动的回族百姓很多，史载：“临洮、兰、岷、洮、河诸回皆叛应，连陷郡邑”，反映了甘肃等地的回民对清廷的暴虐统治严重不满。米喇印、丁国栋起兵的时候，“拥立伪延长王朱识，煽惑人心”；尽管朱识不久就被清军擒杀，却表明甘肃的反清运动也是以恢复明朝为号召的。从清方奏报文书中还可以看出参加米喇印、丁国栋起义的有不少汉族百姓，因此，不能归结为单纯的回民起义，而是全国抗清浪潮中的一个重要组成部分。
清廷得报后，在这年（1648）四月派固山贝子吞齐（即屯齐）为平西大将军，同固山额真韩岱（即汉岱）领兵前往甘肃征剿。陕西总督孟乔芳“恐道远劳师糜饷，密疏止之”，吞齐、韩岱的军队后来留在山西大同归英亲王阿济格指挥。孟乔芳调部将马宁与驻防西安满军户部侍郎额塞（即额色）统兵进剿。闰四月二十二日清军攻克洮州。二十四日，满、汉兵会集兰州，大举攻城；义军战败，米喇印、丁国栋“率败残人马焚桥西遁”，兰州失守。清军乘胜追击，五月二十七日追及于水泉（约为今甘肃永昌西之水泉子），米喇印领兵迎战，不幸遇难。余众在丁国栋、黑承印率领下退往甘州、肃州。八月，清署甘肃总兵张勇、副将马宁等包围甘州，相持至1649年（顺治六年）正月，清兵攻占甘州，丁国栋等扼守肃州。不久，肃州也被张勇、马宁等部攻破，丁国栋、黑承印等人都被擒杀。震惊关陇的回族首领发动的反清起义遂告失败。