施琅在清军登上厦门岛形势极为严峻的时候，曾经率领部卒数十人奋力作战；郑成功回到厦门论功行赏，奖给白银二百两。表面上是赏罚分明，可是，郑成功对施琅的傲慢跋扈却怀有戒心。作为一军统帅，郑成功的弱点在于不能充分任人器使，不能容忍下级对他的不尊重。施琅在明清之际确实是一位出类拔萃的将才，但是他在军旅生涯的前期始终没有受到重视。跟随黄道周率军援赣时所提建议被拒不听用；降清后随李成栋入粤又备受压抑；广东反正后转入郑成功部下本想大显身手，却仍受到部分将领的排挤，郑成功也未能发挥其所长。尽管郑成功肯定了他在厦门迎战清军的功绩，却不肯归还他的兵权。施琅在广东时曾经委婉地提请郑成功注意主力西进后后方兵力单薄的危险，郑成功听不得不同意见，解除了他的兵权。在施琅看来，自己在总的用兵策略上提的建议已经被事实证明是正确的，遣回厦门以后又不顾个人安危，奋勇同清兵作战，满心以为郑成功班师归来将恢复自己的左先锋职务。不料，郑成功回到厦门以后，并不让他官复原职，左先锋仍由苏茂担任，而且提升施琅的副将万礼为镇将（即总兵），施琅依旧落职闲住。施琅大为不满，向成功报告自己心灰意懒，想去当和尚，借以探测成功对他的态度。成功不为所动，叫他另行募兵组建前锋镇。施琅见难以挽回，一气之下剃光头发，不再参见郑成功。这时，施琅的弟弟施显任援剿左镇，也对成功的处置不满，双方的矛盾日益激化。
导致郑、施公开决裂的是曾德事件。曾德原先是郑彩部下的将领，隆武年间随郑彩、张家玉入赣，兵败后改守仙霞岭。隆武二年六月因巡按御史尹民兴劾奏他“淫纵多端”，一度解职回京（福京，即福州），以都督杨耿接替。不久，应郑芝龙的请求仍派曾德回守仙霞岭。郑芝龙降清后，曾德似乎不大得志，在郑成功军中受施琅节制。施琅既被削去兵权，曾德为求出头之日，利用过去在郑氏家族军队中的关系投入成功营中充当亲随，即所谓“恃郑氏亲昵，逃于郑所”。施琅听到消息后，大为愤慨，派人把曾德捉回斩首。郑成功“驰令勿杀”，施琅却悍然不顾，“促令杀之”。许多史籍记载郑、施交恶常把曾德说成是施琅的“亲丁”、“标兵”、“标弁”或“从将”、“逃将”，并且说他是犯了法逃往郑成功处。这看来是不了解曾德原在郑氏军中地位较高，虽一度隶属于施琅部下，无论犯法与否，也无论施琅是否已经解除兵权，施琅都无权擅自将他处斩。正是因为诸书作者未查明曾德的背景，误以为他只是个一般兵弁，才对郑成功的勃然大怒感到不可理解，似乎是意气用事。郑成功见施琅违令擅杀郑氏旧将，断定他是反形已露，就在五月二十日密令援剿右镇黄山以商量出军机宜为名逮捕施琅之弟施显，同时命右先锋黄廷带领兵丁包围施琅住宅，将施琅和他的父亲施大宣拘捕。施琅被捕后，在一些亲信部将和当地居民的掩护和帮助下，竟然奇迹般地逃到大陆。郑成功获悉施琅已经逃入清方管辖区后，怒不可遏，在七月间把施大宣、施显处斩。施琅得知父亲和弟弟被杀的消息，对郑成功恨之入骨，死心塌地投靠清朝，一意同郑氏为敌。史学论著里对施、郑交恶叙述颇多，这是因为他们是明清双方争夺福建沿海地区和台湾起了决定性作用的两个人物。个人的恩怨有时会改变历史的局部面貌。本书无意于纠缠一些细节问题，只想就大的方面分析一下这两位先后咤叱风云的人物分道扬镳的关键。施琅的一生证明他不愧是一位智勇双全的将领，虽不能说他缺乏政治主见，但他忽明忽清表明他总是以个人的立功扬名置于一姓王朝利益之上，也许可以说“士为知己者用”是他信奉的行为准则。恃才傲物是他性格上的弱点，无论在明朝还是在清朝他都表现出得意时踌躇满志，失意时口吐不满。然而，却从来没有看到他有非分之想的政治野心。对于这样一个人物，完全在于驾驭得当，用其所长，制其所短。熟悉清史的人都知道，后来康熙皇帝对施琅就是恩威并用，深得御将之道。郑成功一直坚持抗清，这同施琅在政治上的反复无常有很大的区别。但他少年得志，性格刚毅，遇事容易冲动，往往凭一时的好恶不计后果地处理问题，缺乏作为统帅人物必需的全局观念。施琅叛逃之后，又株连到他的父亲和兄弟，很难说是明智之举。郑氏家族靠的是海上活动起家，清军不习海战，这是郑军能够长期活跃于东南沿海的重要原因。郑成功处置失当，导致施琅这样一位杰出的海军将领投入清方怀抱，使清廷能够建立一支足以同郑军相抗衡的水师，这对后来局势的发展确实是关系匪浅的。