正如古语所说：“螳螂捕蝉，黄雀在后”，当绍武政权在同永历朝廷交战中取得胜利的时候，清军在佟养甲、李成栋统率下正由福建经潮州、惠州向广州急速推进，一路上几乎没有遇到任何抵抗。李成栋等人利用绍武政权的注意力完全集中于同西面的永历朝廷打内战的机会，以迅雷不及掩耳之势从东面直扑广州，进军途中每到一地立即扫除传递军情的塘兵，封锁消息，用缴获的南明地方官印发出太平无事的塘报。十二月十五日，清军前锋以帕包头，伪装成明朝军队，出其不意地闯入广州。朱聿和他的大臣们仍在梦中，预定是日“幸武学，百官咸集”，忽然有人报告清军来袭，苏观生还以妄言惑众把报信人处斩。转眼之间，清军登上城墙，随即去掉伪装，露出辫子，乱箭下射，城中顿时鼎沸起来。苏观生急令关闭城门，调兵作战。可是，精兵都派往肇庆方面去对付永历朝廷，一时调不回来。广州重镇就这样糊里糊涂地被清军占领。绍武帝朱聿见大势已去，拖了一条被子混在乞丐当中，被清军查出，关在东察院。李成栋派人送饮食，朱聿说：“吾若饮汝一勺水，何以见先帝于地下。”自缢而死，总算有点骨气。苏观生在墙壁上写了“大明忠臣，义固当死”八个大字，然后悬梁自尽，从各地逃至广州的明朝亲王、郡王共十六人，大抵被清方处斩。大学士顾元镜、曾道唯等都屈膝投降。顾元镜还替清方起草劝降檄文，其中说：“既不能为首阳之饿夫，即当为识时之俊杰。”
绍武政权从建立到覆亡不过一个多月，它的“业绩”就是打了一场争夺帝位的内战和导致广东一省的陷没。其后果是十分严重的，因为南明残山剩水本已不多，广东又是财赋充溢、人才密集的地方，一旦易手，南明朝廷回旋余地大为缩小，财源和人力更加捉襟见肘。
佟养甲、李成栋占领广州以后，于顺治四年正月十六日向肇庆进发。在这以前，永历朝廷又故伎重演，于1646年（顺治三年）十二月二十六日离开肇庆逃入广西。永历元年正月初一日，朱由榔到达梧州，仍恐不安全，又经平乐府逃到桂林。李成栋部于顺治四年正月十九日由三水进至高明，留守肇庆的明两广总督朱治涧不战而逃，李成栋即命部将罗成耀留镇肇庆，自己领主力进攻梧州。梧州是广西东面重镇，为明广西巡抚驻节地。清军向广西推进时，明将陈邦傅在二十八日夜间弃城而逃，一时风声鹤唳，人无固志。苍梧知县万思夔用木头制作了一个大乌龟，命人拖着沿街大喊：“降敌者似此！”二十九日，李成栋兵接近梧州，明广西巡抚曹烨迎降道旁，口称：“烨不知天命，不早事君。使君怀怒以及下邑，烨之罪也。若以罪不赦俘诸军，惟命；若惠邀天之幸苟保首领，使得自新，君之惠也。”“涕泣不敢仰视。李成栋笑而释之。”清军兵不血刃地占领了梧州，万思夔在木龟上大书“曹烨”二字，自行逃去。清署两广总督佟养甲劄委广东布政使耿献忠为广西巡抚，以总兵徐国栋镇守该地。永历朝廷首席大学士丁魁楚见形势危急，在逃离梧州的时候就脱离永历帝，带着家眷和多年搜刮得来的大批金银财宝，笼络一支为数不多的军队作护卫，私自乘船避往岑溪。为了保护身家财产，丁魁楚暗中派人前往李成栋军中接洽投降，成栋将计就计，许以两广总督的职位。丁魁楚大喜过望，在二月间由岑溪出降，清副将杜永和把他押回广东，半路上杀死，其家产和眷属全部落入清将之手，据说仅白银一项就多达八十余万两。后来有人见到丁魁楚的一个年幼孙子为李成栋部将罗成曜收养，问他姓什么，若回答姓丁，立即遭到一顿毒打。
永历君臣的争相逃窜，给清军以可乘之机。二月间，李成栋占领梧州后，曾经派出一小股清军跟踪追至平乐府，进逼桂林。永历帝依然故我，在二月十五日逃离桂林，准备进入湖南投靠兵力较多的军阀刘承胤。大学士瞿式耜坚决反对，他指出朝廷不组织抵抗，只是一味避敌先逃，“今移跸者再四，每移一次，则人心涣散一次。人心涣而事尚可为乎？”朱由榔根本听不进去，在司礼监太监王坤、锦衣卫马吉翔的怂恿下，向全州逃难。瞿式耜只好请求自己留守桂林，会同思恩侯陈邦傅稳定广西局势，并且推荐礼部尚书吴炳入阁任大学士司票拟之职。永历皇帝勉强同意了他的建议，得旨：“准卿以兵部尚书特进太子太傅，留镇西土。”瞿式耜出于稳定人心的考虑，要求朱由榔无论如何不要离开广西，那怕暂驻于靠近湖南的全州也好。不料永历帝畏清若虎，在四月间还是逃到了武冈。
三月间，一股广东清军经平乐推进，陈邦傅“竞拔营而去”，逃往柳州。清军趁势直犯桂林，十一日前锋数百人突然冲入城中，幸亏明军焦琏部前一天赶到了桂林，把清军击退，桂林才转危为安。五月二十五日，又有一股清军再次经平乐、阳朔突袭桂林，瞿式耜指挥焦琏、白贵等将领分守各城门，并在城头用司礼监太监庞天寿主持铸造的西洋大炮轰击来犯清军。清军见城中有备，被迫撤退。瞿式耜在风声鹤唳之时，能够镇静处之，仿止了桂林地区的瓦解，值得充分肯定。但当时清广东提督李成栋带领的主力在进到梧州后即奉两广总督佟养甲的檄文回救广东，顺治四年春夏间进犯桂林的清军都只是李成栋留在广西的小股武装。瞿式耜多少沾染了明末官场夸张习气，得一小捷则大肆铺张，就实际情况而言保卫桂林的战役规模是很小的。