1646年八月，隆武帝在汀州遇害；九月，消息传到湖广和广东、广西等地，在南明各地官绅中又一次引起极大的震动。皇室继统问题再次提上紧急日程。
在大多数官绅心目中，桂藩朱由榔是最合适的人选。这主要是出于血统亲近的考虑。明末宗室中，同崇祯皇帝朱由检最亲的是他的祖父明神宗的子孙，即福、瑞、惠、桂四藩王。瑞王朱常浩原封陕西汉中，1643年李自成军攻入潼关，常浩逃到四川重庆；次年张献忠军攻克重庆，常浩全家被杀。福王常洵之子由崧即上文所述弘光帝。惠王常润原封荆州，当农民革命风暴席卷湖广时，他经长沙、衡州逃到广西，弘光在位时移住浙江嘉兴。1645年六月清军迫近杭州，监国潞王朱常淓投降，常润和周王、崇王也在清军统帅博洛招诱下降清，被押送到北京，后来同朱由崧，朱常淓等一道处死。这样，到1645年六月以后，神宗子孙剩下的只有桂藩了。
桂王朱常瀛是明神宗第七子，原封湖南衡州，天启七年（1627）九月二十六日就藩（即离京前往封地）。崇祯十六年（1643）八月，张献忠部进军湖南，常瀛逃往广西。由于奔窜慌忙，乱兵乘机抢劫，朱常瀛只带着第三子安仁王由楥逃到了广西梧州；第四子永明王由榔在永州被大西军俘获。正在性命难保时，受到一个混入大西政权的明朝官员的暗中保护，又恰逢张献忠决定作战略转移，率领大西军入川，义军北上后，明朝广西征蛮将军杨国威和部将焦琏率领四千多名士卒开进湖南永州等地，朱由榔才得以死里逃生，被护送到梧州同其父聚合。1644年十一月初四日，朱常瀛在梧州病死，安仁王由楥掌府事。次年弘光朝廷覆亡，广西巡抚瞿式耜有意拥戴由楥继位。但当时南明的政治重心仍在东南，支派甚远的唐王朱聿键在郑芝龙兄弟和黄道周等人的支持下捷足先登，由监国而称帝。瞿式耜的愿望不仅没有实现，自己也因受隆武帝的猜忌而被调职。不久，朱由楥一病不起，由榔被册封为桂王。
清军占领浙江、福建以后，客观的形势造成了南明残余势力向西南转移。原任广西巡抚瞿式耜等人再次提议拥立朱由榔即位继统。掌握地方实权的两广总督丁魁楚却心怀观望，拖延不决。直到接到隆武朝大学士何吾驺的亲笔信通知隆武帝、后都已蒙难，建议速立桂藩以后，才决定参加拥立行列。
1646年十月初十日，朱由榔经过照例的三疏劝进，就任监国。朱由榔相貌堂堂，据说很像祖父万历皇帝朱翊钧，可是生性懦弱，瞿式耜说他“质地甚好，真是可以为尧、舜，而所苦自幼失学，全未读书”。父、兄的相继去世，使他成为最有“资格”的朱明皇朝继统人，但他对做皇帝的言谈举止却一窍不通。凑巧太监王坤（又名王弘祖）投入他的府中，这人早在崇祯年间就已经受到皇帝的信任，懂得宫中“故事”，指点仪注，使他知道如何摆出皇帝的架势，不至于出丑，王坤因此深受宠信。丁魁楚参与拥戴稍迟，又惟恐当不上首席大学士，于是同王坤串通结纳，得以如愿以偿。王坤的弄权，使永历朝廷一开始就陷入混乱和矛盾之中。按明朝成例，入阁大学士本应由吏部尚书会同其他高级官员会议推举若干名，呈请皇帝点用；大学士的地位又一般是按入阁先后次序排列。丁魁楚时任两广总督是实权人物，因犹豫不决错过了首先拥戴的机会，桂藩继统的局面明朗后，又急于攫取首席大学士的位置，不得不求助于内官王坤，等于把朝廷用人决策大权奉送给了宦官。朱由榔出任监国前夕，丁魁楚玩弄权术给桂藩上启本请求辞去首辅，桂藩尚在三推三让之时就批示“不准辞”，这在瞿式耜等人眼中就已经视为笑柄。至于崇祯时期已入阁的何吾驺、隆武时入阁的陈子壮等人得知这一消息后，都认为举措不公，有违成例，宁可株守家中也不愿来肇庆。在失去广州人望的情况下，永历朝廷粉墨开场了。丁魁楚当上了首席大学士兼兵部尚书，瞿式耜为东阁大学士兼吏部左侍郎管尚书事，同时任命了各部院官员。不久，在湖广的督师何腾蛟、湖广巡抚堵胤锡也上表劝进，朱由榔得到了拥明派官绅多数的支持。
然而，朱由榔遇事毫无主见，用人又不当，实在承担不起中兴重任。监国七天之后，十六日传来了赣州失守（十月初四日）的消息。尽管广东肇庆距离江西赣州还有相当一段路程，却举朝汹汹，监国的喜庆气氛消失得无影无踪。司礼监太监王坤主张立即逃难，首辅丁魁楚随声附和，大学士瞿式耜等力主镇定，也只推迟了四天。十月二十日，小朝廷终于逃往广西梧州。这种惊惶失措的举动，对于维系广东人心自然是非常不利的。其直接恶果是续封唐王朱聿在广州称帝，又一次演出了朱明宗藩同室操戈的闹剧。
当清军进入福建的时候，隆武帝的弟弟续封唐王朱聿和其他一些藩王乘船经海路逃到广州，本来不过是为身家性命着想，未必有觊觎大宝之心。朱聿的被拥立为皇帝，同桂王监国政权的举措失宜有密切关系。赣州陷落时，广东全省还在明朝管辖之下，朱由榔领着朝臣逃往广西，在广东士人看来无异是放弃封疆，不顾自己的死活。南明官僚的内部矛盾又因桂监国政权处置不当而激化。原隆武朝大学士苏观生奉命援救赣州，踟蹰不进，从南雄退回广州。他得知桂王朱由榔在肇庆监国时，也想参预拥立之列，依旧做大学士。可是，首辅丁魁楚却惟恐苏观生以原任大学士的身分入阁将影响自己揽权；大学士吕大器又从资历的偏见出发，认为苏观生不是科举出身，不具备入阁资格。因此，对苏观生的附名拥戴置之不理。苏观生自觉扫兴，知道在朱由榔政权中不会受重视。但在桂王监国之初，他仍然不甘寂寞，想出了出奇制胜的策略，一是派兵部职方司主事陈邦彦前往梧州劝进，请朱由榔以临时性的监国正式称帝；二是请移跸广州，使朝廷进入自己的势力范围。十月二十九日，唐王朱聿同邓王、周王、益王、辽王乘船由总兵林察护送到广州。苏观生等人觉得与其乞怜于桂藩，不如干脆另起炉灶，援引兄终弟及之义拥立唐藩。
十一月初二日，苏观生同广东布政使顾元镜、侍郎王应华等奉请朱聿监国，并且抢在朱由榔之前，在同月初五日正式称帝，改明年为绍武元年。尽管朱聿的政权在这年十二月即被清军摧毁，绍武年号从来没有使用过，在南明史上仍习惯称之为绍武政权。
十一月初八日，朱聿在广州即位的消息传到梧州，朱由榔和廷臣丁魁楚等人大吃一惊，连夜召见广州派来的使者陈邦彦。陈匆匆登上监国乘坐的龙舟，灯火辉映下见朱由榔居中端坐，太妃垂帘于后，丁魁楚侍立一旁。朱由榔开门见山地说：“闻四王至广州，甚喜。然孤既监国矣，辅臣观生既具启入朝矣，彼胡为者？”陈邦彦并不知道广州政局的突然变化，回答说可能是民间的讹传。丁魁楚告诉他，广州称帝的事已确凿无疑。朱由榔接口道：“今非战则和，二者安出？”邦彦建议“速返肇庆，正大位以属人心”，让绍武政权“代吾受虏，从而乘其蔽”，不要主动进兵广州。十一日晚，朱由榔又召见陕西道御史连城壁，问道：“先生自肇庆来，知广州事否？”连城壁回答：“臣本月初四日离肇庆，未有所闻。至德庆有传说者，臣亦不信。殿下监国，苏观生有表笺来贺，差监纪推官陈邦彦，殿下加以科衔，特旨召用观生及广州诸旧臣，黄士俊、陈子壮、黄（王）应华、关捷先等皆奉旨敦请，广东布政顾元镜加升户部侍郎。岂有如此大事不关白两院，既从一而悖举之理？”朱由榔说：“事多实，奈何？”城璧对曰：“论天命者必推本人心，殿下为神宗皇帝之慈孙，聪明仁寿，恭俭静深，在潜邸人心悦服已非一日，今臣民爱戴，尊贤亲亲，皆仰承天意，谁得以私觊觎，特殿下幸梧，未正大位，或贪人昧理，亦终不能济。”朱由榔等人自知铸下大错，为了收拾广东民心，在十一月十二日东返肇庆，十八日宣布即皇帝位，祭告天地、社稷、祖宗，改明年为永历元年。同时，追尊其父朱常瀛为端皇帝，兄朱由楥为桂恭王；嫡母王氏为慈圣皇太后，生母马氏为昭圣皇太后。这样，在广东一省之内，几乎同时建立了两个南明政权，重演了闽、浙相争的闹剧。它再次说明南明统治集团的极端腐朽，绝大部分官僚仍然因袭了过去朝廷上党争故套，一切都以个人和小集团的利害为转移，国家大局被置于脑后。即便有少数正派官僚以民族大义为重，希望共赴国难，挽救危局，他们的努力也在一片纷争当中化作泡影。
绍武政权的建立，在历史上没有任何积极意义。它只能说明朱聿、苏观生在日暮途穷之时，急于过一下皇帝瘾、宰相瘾罢了。史籍记载了苏观生等人迫不可待地争夺帝位的情况：“且谓先发夺人，宜急即位。遂仓卒立事，治宫殿、器御、卤簿，举国奔走，夜中如昼。不旬日而授官数千。即位之际，假冠服于优人而不给。”绍武政权在很大程度上是苏观生趁朱由榔君臣逃往广西的机会拉拢一部分广东官员建立的，社会基础非常狭窄。连本省的一些著名官绅如曾任大学士的何吾驺、陈子壮、兵部侍郎张家玉等人均持反对态度，陈子壮虽因丁魁楚不择手段自任首辅拒绝入阁，当苏观生拥立朱聿时，他却特派使者请桂监国出兵扫灭。因此，苏观生拼凑起来的广州朝廷基本上是一批官场中的投机分子和不得志的士绅武弁。他自己因拥立有功，被朱聿任命为首席大学士，封建明伯；关捷先、曾道唯、顾元镜、王应华等人都入阁为大学士兼任各部尚书，洪朝钟在十天之内升官三次，当上了国子监祭酒。潮州人杨明兢赤手空拳，凭借三寸不烂之舌自称有精兵十万“满潮、惠之间”，居然被委任为潮惠巡抚。兵力上除广东总兵林察所部以外，苏观生还招来了石壁、马玄生、徐贵相、郑廷球四姓海盗，借以增强绍武政权实力。
桂、唐二藩的争立，给南明残疆剩土的地方官也增添了混乱。湖广的何腾蛟、堵胤锡、章旷以及其他文武官员都先后收到了两个朝廷颁发的“喜诏”，虽然他们基本上都站在桂藩朱由榔一边，唐藩使者处处受冷遇，但事实上既给了他们“择君”的机会，朝廷的威望自然相对削弱，在许多问题上处于被动局面。瞿式耜在一封信中写道：“自唐僭号而广之府库尽为所有，广之属邑并邻郡皆为所煽。我监国之诏未达，而彼登极之诏先颁。凡吊钱粮、征兵马，动辄牵碍。光三（丁魁楚字）乃集议，仍请跸肇庆，登大宝，少司马（兵部侍郎）林佳鼎力佐之，在廷亦遂不敢梗议。十一月十八日正位端州（即肇庆），即行颁诏，兼议攻守之事。”
永历朝廷迁回肇庆以后，派兵科给事中彭燿、兵部职方司郎中陈嘉谟前往广州，劝说朱聿取消帝号，退位归藩。彭燿到达广州后声泪俱下地对苏观生说：“今上神宗嫡胤，奕然灵光，大统已定，谁敢复争？且闽、虔既陷，强敌日逼，势已剥肤。公不协心戮力，为社稷卫，而同室操戈，此袁谭兄弟卒并于曹瞒也。公受国家厚恩，乃贪一时之利，不顾大计，天下万世，将以公为何如人也？”苏观生大怒，悍然下令把彭燿、陈嘉谟拖出处斩，随即派陈际泰为督师，调动军队向肇庆进攻。永历政权见调解无望，也调兵遣将，以广东学道林佳鼎为兵部右侍郎总督军务，夏四敷任监军，会同从韶州调来的武靖伯李明忠带领一万多名士卒迎击。十一月二十九日，内战正式爆发，双方在广东三水县城西交战，绍武政权的军队大败，陈际泰临阵脱逃。林佳鼎初战告捷，踌躇满志，命令士卒昼夜行军，直奔广州，企图一举扫灭绍武政权。绍武方面的总兵林察利用与林佳鼎同族和过去共事关系，采取伪降诱兵深入之计，指使四姓海盗“乞降于佳鼎，察因书请举广州以附”。林佳鼎轻信寡谋，依约率部乘船前往三山，突然遭到四姓兵的攻击。林佳鼎部所乘内河小船无法同四姓海上大船作战，被迫登陆迎敌。又因地理不熟，陷入了三尺多深的泥淖，结果一败涂地，林佳鼎和夏四敷溺死水中，李明忠单骑逃出，部下兵员几乎全军覆没。败讯传到肇庆，永历朝廷又陷入一片惊惶失措之中，大学士瞿式耜自告奋勇，督领招募的义兵前往迎敌。没过几天就传来了清军占领广州、绍武政权覆亡的消息二月二十六日朱由榔又再次登舟离开肇庆，经广西逃往湖南。