1645年五月初，李自成在湖北通山县牺牲于当地地主团练之手后，大顺政权实际上已处于瓦解状态。这主要表现在：一，曾经统治整个黄河流域和部分江、淮地区的大顺政权管辖区由于清军追击和地主官绅的叛乱已经丧失殆尽，尚存的东、西二路大顺军虽然还拥有大约数十万兵员，却回到了崇祯十四年以前的情况，没有立足之地；二，李自成的牺牲带有很大的偶然性，生前没有指定明确的继承人，在大顺军将领中享有较高威望的大将刘宗敏在李自成牺牲以前就已经被清军俘杀，跟随李、刘南撤的东路大顺军各部将领在屡遭失败后，原来的领导体制被打乱，很难形成一个新的统一指挥核心；三，大顺政权的文职官员纷纷降清或脱逃，如牛金星以丞相之尊在撤至襄阳时同他的儿子襄阳府尹牛佺一道向清军投降，军师宋献策被俘后也靦颜降清，重操旧业以占卜取悦于满洲贵族。大顺朝廷不复存在了。
史籍中常有一种误解，以为大顺军从陕西撤退的时候是全部兵马都随同李自成取道商洛、河南进入湖北的。实际上跟随李自成从西安撤退的只是潼关之战后集中于西安的主力，到达湖北襄阳一带时汇合了镇守这一地区的白旺所统七万大顺军，他们遭到清英亲王阿济格的穷追猛打，连续失利，李自成、刘宗敏直接率领的就是这支军队，在本书内称之为向南撤退的东路大顺军。毫无疑问，李自成的妻子（大顺朝廷皇后）高氏也在这支队伍当中，从一些史料判断她秉性软弱，不是一个能够继承丈夫遗志、在关键时刻重整残局的人。另一路大顺军是清军占领西安以后，由李锦（即李过改名）、高一功带领的陕北榆林、延安地区的驻军汇合宁夏、甘肃、青海的驻防军经汉中南下四川，顺江而下进至荆州一带，形成西路大顺军，即后来的“忠贞营”前身。
东路大顺军主要将领有泽侯田见秀、义侯张鼐、绵侯袁宗第、磁侯刘芳亮、光山伯刘体纯、太平伯吴汝义、将领郝摇旗、王进才、牛万才等，他们在李自成牺牲以后，乘清阿济格军东下随即返京之机，先后进入湖南平江、浏阳一带，如刘体纯在五月间即自湖北武昌南入平江，吴汝义、田见秀、张鼐等翻越九宫山，经江西宁州（今修水县）进入平江县。由于史料残缺，我们不十分清楚李自成牺牲后，东路大顺军当中发生的变故，只知道在1645年五、六、七月这路大顺军大抵均集结于湖南平江、浏阳地区，总兵力多达二十一万余名。然而这样一支庞大的部伍在屡经挫败之后，已无复当年部署，西安时期地位与刘宗敏相等的田见秀曾以“为人宽厚”得众将心，这时仅有部卒七千，泯然普通一将，几无威信可言。原右营制将军袁宗第仅辖部卒三千，他的老部下刘体纯（曾为右营右果毅将军）却有部众三万，其弟刘体统也有兵二万。原先的裨将郝摇旗拥众四万、王进才更多达七万六千。曾独挡一面的左营制将军刘芳亮所部也不过一万。这说明东路大顺军已失去统一的指挥系统，名义上大将们还保存着侯、伯爵位，实际上却是各部为政的松散同盟。
在大顺军进入湖南前一个月左右，明湖广总督何腾蛟正是从武昌左良玉军中脱逃后取道宁州、平江到达长沙。当时湖广北部（即后来的湖北省）已沦入清方之手，何腾蛟即在长沙设置行辕，安官设吏，准备以湖南为基地恢复湖广全省。东路大顺军将领到达平江、浏阳后，由于领袖新丧，基地全失，决定同何腾蛟会商联合抗清。六月初一日至十五日，大顺军迫近长沙，意在同何腾蛟联络。不料，何腾蛟情报不明，以为进入湘东的大顺军只是些不成气候的“土贼”、“山寇”，派长沙知府周二南会同原驻攸县燕子窝的副总兵黄朝宣领兵二千前往“扫荡”。大顺军意在和好，主动退让以表诚意，周二南却误以为“草寇”不堪一击，懵懵懂懂地“乘胜”直追。大顺军忍无可忍，于浏阳官渡一举反击，周二南被击毙，“官兵将佐杀伤无算”。何腾蛟得到败讯，才如梦初醒，知道对手是名震遐迩的大顺军。他曾备受挟制的宁南侯左良玉一听说大顺军入楚，即望风而逃，这时他手下只有黄朝宣、张先璧等为数不多的杂牌官军，根本无法迎敌，在一片惊惶失措之中“婴城为死守计”。幸好，东路大顺军将领本意是通过何腾蛟实现联合南明共同抗清，并无攻灭何腾蛟之意。明末清初人士王夫之记载说：何腾蛟“猝闻平江、浏阳间有贼野掠，意为土寇，遣长沙知府周二南帅黄朝宣部兵二千人往击之。过、一功既欲降，无格斗志，按兵徐退。二南误以为怯，麾兵进薄其营，刃数贼。贼乃合战，俄顷披靡，二南坠马死之。贼追溃卒，呼欲与通语，皆益丧精魄，骛走归长沙。腾蛟知为大贼，惴惴惟婴城守。过等敛兵不欲迫长沙，执土人纵之诣腾蛟所道意，土人得释即走，亦不为通。久之，稍传闻至腾蛟所。腾蛟乃募人持白牌赍手书往。过等大喜，遂举军降，腾蛟以便宜各授总兵官……。”王夫之的叙述大致反映了当时东路大顺军将领主动提出联合南明抗清的情况，但他对大顺军内部情况缺乏真确了解，错误地把李过和高一功视作东路大顺军的首领。
大约在七月间，何腾蛟同东路大顺军达成了“合营”的协议。然而，何腾蛟和他一手提拔的北抚章旷、偏抚傅上瑞对大顺军怀有深刻的敌意和猜忌，合营后“骤增兵数十万”，他们并没有诚意依靠这支久经战阵的抗清队伍；相反，在驻地和粮饷上处处加以刁难。尽管当时湖北绝大部分地方已被清军占领，湖南全境还在明朝廷有效管辖之下。何况，清英亲王阿济格获悉李自成死讯后以为大功告成，在这年六月间就率领大军回北京避暑了。阿济格凯旋前委任了梅勒章京佟养和（即佟代、佟岱、屯代）为“总督八省军门”，带领少量军队驻守武昌，湖北各地的驻防清军主要是刚刚投降过来的原明朝官军和大顺军叛徒，兵力十分有限。换句话说，在武昌的清朝湖广总督佟养和与在长沙的明朝湖广总督何腾蛟处境相当类似，都没有多少实力。然而佟养和比何腾蛟更能面对现实，他在六月间到任之后，派出使者对尚未归附的明朝文官武将和大顺军余部广行招抚，委以重任，力求稳定和扩大自己的地盘；惟一对他不利的是清廷严厉推行的剃发改制遭到汉族军民的抵制，使他的招抚政策未能取得更大效果。何腾蛟、章旷之流却因阶级偏见目光短浅，看不到弘光朝廷覆亡后民族矛盾已上升为国内主要矛盾。他们是主张抗清的，对农民军又怀有深刻的敌意，只是在自己的官军打不过大顺军的情况下才被迫达成联合抗清的协议。因此，他们不仅没有利用湖南全省的地盘和物力给大顺军以充分的休整和补给机会，然后凭借这支武装收复湖北等地区，而是对大顺军实行分化和排挤。在东路大顺军中郝摇旗、王进才原来地位较低，他们乘大顺军兵败混乱之时各自掌握了一支数量可观的军队，难免同大顺军封侯封伯的老将产生隔阂。何腾蛟充分利用了这种矛盾，把郝摇旗、王进才收为亲信，郝摇旗被委任为督标副总兵，不久升任总兵，加封南安伯。至于田见秀、袁宗第、张鼐、刘体纯、吴汝义等大顺政权所封侯伯则备受岐视，既不安置驻地，也不供应粮饷，这些农民军被迫就地打粮，又立即加以掠夺的罪名，目的是使他们在湖南站不住脚。这年八月间，田见秀、张鼐、袁宗第、吴汝义、刘体纯、郝摇旗等在清湖广等地总督佟养和的招罗下，曾派使者至武昌同清方联络，要求安置地方供应粮饷。因清方坚持剃头，没有达成协议。不久，除郝摇旗、王进才二部留在湖南外，田见秀等东路大顺军将领都率部北入湖北，在荆州地区同李锦、高一功等九大头领率领的西路大顺军汇合。
从当时形势来看，东路大顺军进入湖南之时，显然缺乏一个坚强的核心，提出联明抗清的策略是正确的，但过于软弱。在遭到何腾蛟、章旷等南明顽固派官僚的排挤时，本应以抗清大局为重，发挥自己的主力作用，一面迅速接管湖南全省地方，安抚军民，征派粮饷，休养整顿队伍；一面迫使隆武朝廷及其地方高级官员承认其合法地位。这样，在清军主力北撤、何腾蛟等实力极为薄弱的情况下，东路大顺军可以把湖南经营为抗清基地，取得人力、物力等后方保障，再同由四川东下荆州地区的西路大顺军会合，湖广局势以至整个南明局势必将大为改观。可是，田见秀、张鼐、袁宗第等计不出此，局促于浏阳、平江一隅之地，受到排挤后又移师北上，动摇于明、清之间。这不能不说是方针上的重大失误。在后期抗清斗争中，大顺军未能作出较大贡献，最重要的原因是没有自己的具有相当人力、物力的后方基地作保障，长期在南明顽固派势力和清方的夹缝中勉强支撑，这说明在李自成牺牲以后，东路大顺军组织的混乱和领导人的缺乏魄力。