1646年（清顺治三年，明隆武二年、鲁监国元年）二月十九日，清廷命多罗贝勒博洛为征南大将军，同固山额真图赖领兵南下，进攻浙江、福建。博洛带领的满洲八旗兵到达南京后，原平南大将军贝勒勒克德浑把东南军务作了交代，就带领本部兵马回北京休息。博洛调集了江南一批明朝降兵降将，积极准备进军事宜。据洪承畴报告，“今钦命行征南大将军贝勒督兵赴浙闽征剿，职会发提督曹存性、总兵李应宗、于永绶、张应梦、贺胤昌、范绍祖、王之纲、苏见乐、冯用等共官兵七千余名”随征。实际上跟随博洛进攻浙东、福建的汉族军队远不止此，例如吴淞总兵李成栋部五千兵马后来也被抽调南下，总数至少在一万名以上。
五月十五日，博洛统率的军队经苏州进抵杭州。这年夏季浙江久旱不雨，钱塘江水涸流细。清军见有人在江中洗澡，水深不过马腹，于是，在五月二十五日分兵两路，一路由主力马步兵组成，从杭州六和塔、富阳、严州一线涉水过江大举进攻；另一路由水师组成，从鳖子门沿海而进，二十九日东西会合，全线出击。方国安等部署的钱塘江防线顿时瓦解，各部明军损兵折将，纷纷逃窜。五月二十九日晚上，鲁监国在张名振等护卫下离开绍兴，经台州乘船逃往海上。次日早晨，博洛过钱塘江，亲自指挥追击。六月初一日，清军占领绍兴。朱以海出逃时，派靖夷将军毛有伦保护宫眷、世子退往台州，毛有伦却改道蛟关以便入海，途中被叛将张国柱截获，送往杭州。鲁监国所封越国公方国安带领马兵五百名、步兵七千名不战而降，先后跟随降清的还有新建伯王业泰、内阁大学士方逢年、谢三宾、宋之普、吏部尚书商周祚、兵部尚书邵辅忠、刑部尚书苏壮，依附于方国安的弘光朝兵部尚书阮大铖、太仆寺卿姜一洪等，武将有总兵陈学贯等十八人，副将以下不计其数。兴国公王之仁见大势已去，流泪说道：“坏天下事者，方国安也。敌兵数万屯北岸，倏然而渡。孤军何以迎敌，惟一死而已。”他率领部分兵员乘船数百艘，携带大批辎重由蛟门航海到舟山，打算同隆武帝所封的肃虏伯黄斌卿会师共举。“斌卿伪许之，且曰：顷张国柱犯鲁宫眷，不义，请合声其罪。乃甫出洋，忽炮反攻之仁，尽有其舟。”王之仁对黄斌卿的背信弃义痛恨不已，把家属九十三人的乘舟凿沉，全部溺海而死，鲁监国颁发的敕印也投进大海，自己留下一条大船。竖立旗帜，鼓吹张盖，直驶吴淞江口。当地清兵以为他是前来投降的明朝高官，在六月二十八日送到松江府，吴淞总兵李成栋不敢怠慢，立即转送南京。王之仁见到招抚江南大学士洪承畴时，慷慨陈词，说自己是“前朝大帅，国亡当死，恐葬于鲸鲵，身死不明，后世青史无所征信，故来投见，欲死于明处耳！”洪承畴开初还希望他回心转意，以礼相待，婉言劝他剃发投降。王之仁断然拒绝，大骂洪承畴“反面事仇，先帝赠若官，立庙祠若、祭若，荫若子；若背义亡恩，操戈入室，平夷我陵寝，焚毁我宗庙，若通天之罪，过李陵、卫律远矣”。洪承畴羞愧满面，无地自容，下令将他杀害。
清军进占浙东府县后，大学士张国维、督师兵部尚书余煌、礼部尚书陈函辉、大理寺少卿陈潜夫等先后自杀。督师大学士朱大典据守金华，誓死不降。博洛亲自统率满、汉军于六月二十三日从绍兴前往金华，二十六日把该城四面包围。由于明军在朱大典指挥下凭城顽抗，博洛从杭州调来红衣大炮，浙闽总督张存仁也奉命带兵参加攻城。清军以绝对优势的兵力猛攻了二十天，直到七月十六日金华才被攻破。朱大典带领家属和亲信将校来到火药局，用绳索捆在火药桶上，点燃引线，轰然一声，壮烈成仁。朱大典在明末官场上以贪婪著称，然而当民族危难之时他却破家纾难，体现了威武不能屈的气节。清军进入金华，借口“民不顺命，因屠之”，又炮制了一场惨绝人寰的悲剧。
关于马士英的末路，诸书记载差异极大。大抵倾向于东林党的人都说他同阮大铖一道投降了清朝，清军追杀隆武帝时在缴获的文书中发现了他降清后给明方的表文，因而处斩。借以证明马士英先为奸臣，继为叛贼，死有余辜。然而，根据比较可信的材料，马士英并没有降清。清实录记载，顺治三年六月二十日，“浙闽总督张存仁疏报：副将张国勋等进剿太湖逆贼，擒获伪大学士马士英、长兴伯吴日生、主事倪曼青等。捷闻，令斩士英等，其有功将士，所司察叙”。蒋良骐《东华录》卷五载，顺治三年“六月，浙闽总督张存仁疏报：副将张国勋进剿太湖逆贼，长兴伯吴日生、主事倪曼青俱被获，伪大学士马士英潜遁新昌县山内，都统汉岱追至台州，士英属下总兵叶承恩等降，并报称马士英披剃为僧，即至寺拘获，并总兵赵体元，令斩之”。时人所作《吴城日记》记同年“八月中，闻吴日生、马士英旨下俱论斩讫”。按时间推算，二书完全符合。当时芜湖抗清志士沈士柱有《祭阮大司马文》，开头就说“丙戌长至（指冬至）之后二日，近故降大司马阮公之丧至自浙东”，下文云：“使公同受戮西市，一生恶迹补过盖愆。天夺其魄，委贽后方糜烂以死，生与马同丑行，死并不得与马共荣名，天实为之也”。可见，沈士柱在当年冬天即已知马士英不屈遇害，晚节“荣名”。在马士英之前殉难的夏允彝论及马士英时稍有恕辞，在马士英之后死难的沈士柱也不掩没其晚节。黄宗羲却一笔抹杀：“今古为君者，昏至弘光而极；为相者，奸至马士英而极，不待明者而知之也，有何冤可理？”平心而论，马士英在弘光朝秉政时毫无作为，弘光垮台后他投奔鲁监国和隆武帝，招来的是一片讨伐声。王思任写的“吾越乃报仇雪耻之国，非藏垢纳污之地”一语脍炙人口，就是直接针对马士英的，责令他盂水自裁。张岱以鲁藩旧臣的身分上疏鲁监国，“恳祈立斩弑君卖国第一罪臣”马士英，“疏入，监国召岱至御榻前，诏以先杀后闻。岱即带兵数百人往蹑之，士英宵遁江上，见其私人方国安，挟制鲁王，斥逐张岱。令士英统兵汛地，协守钱塘”。马士英在唐、鲁两政权中几乎成了过街老鼠，他并没有因此就转投清方，而是尽力以抗清的实际行动改变自己过去的不佳形像。清方档案证明，马士英曾经多次参加渡钱塘江攻余杭、富阳以及会攻杭州之役。1646年六月浙东兵败，马士英逃入四明山削发为僧，被俘就义，实属难能可贵。相形之下，黄宗羲、张岱在鲁监国政权处境艰难时，转入清方统治区遵制剃头，以明朝“遗民”自居，既不能见危授命，也大可不必那样义形于色地痛斥“奸臣”马士英以显示自己才是正人君子。在这方面，张岱还有点自知之明，《自题小像》一文云：“功名耶落空，富贵耶如梦，忠臣耶怕痛，锄头耶怕重，著书二十年耶而仅堪覆瓮，之人耶有用没用？”本书讲的是南明史事，不涉及张岱、黄宗羲等人的文学、学术著作在历史上的贡献。同样，也无意于为马士英当国时期的昏庸辩解。只是由于黄宗羲等人往往出于偏私心理任意歪曲史实，甚至造谣生事，在当时既加剧了南明内部的纷争，对后来的史家又造成了许多人为的困难。在这种情况下，依据可信史料对某些比较重要的人物和事件加以澄清就是必要的了。