郑芝龙原先是海盗，受明政府招抚后，在崇祯年间曾奉命镇压福建、江西、广东的“山寇”和“海寇”，由参将逐步升到总兵官。弘光时加封南安伯。他的接受招安，既为明王朝效力，使东南沿海地区相对稳定；主要意图却是借用朝廷命官身分，扫除海上异己势力，垄断福建、广东等地的对外贸易。到明朝覆亡的时候，他在福建已经拥有左右地方军事和经济的实力。1645年六月，他的弟弟郑鸿逵拥立唐王朱聿键，在福州建立隆武政权，自然是得到他的同意的。然而，这种结合却难免貌合神离。朱聿键的意向是以恢复明室为己任，具体目标是首先恢复以南京为中心的江南（他称之为“半功”），进而收复北方（他称之为“全功”）。郑芝龙的用心却大异其趣，他以迎立隆武作为定策勋臣第一，借隆武朝廷的名义巩固自己在福建等地区惟我独尊的地位，带有很大的割据色彩。这样，隆武朝廷从建立开始，就处于一种微妙的状态之中。朱聿键得到了除鲁监国据守的浙江东部地区以外南方各省的支持，至少在名义上他是公认的南明第二个正统朝廷。然而，他的政权是依靠郑氏兄弟的支持才得以建立，又处于郑芝龙集团实力控制下的福建，一切作为都必然要受到郑芝龙的挟制。朱聿键即位以后，大政方针基本上是正确的，他为抵制和摆脱郑氏家族的控制也作了相当大的努力。隆武朝廷建立不久，朱聿键和郑芝龙、郑鸿逵之间的蜜月很快就结束了，随之而来的是一系列控制与反控制的斗争。
朱聿键为了提高朝廷的威望，特别注意网罗人才，以礼敦聘各地名声较高的官员入朝任职，延请入阁的大学士名额超过了明代任何时期。郑芝龙却凭借实力根本不把这些文官看在眼里。朝廷建立不久，就发生了朝班事件。郑芝龙自以为帝由己立，朝见时自然应当排于文武诸臣的前面，首席大学士黄道周却以祖制勋臣从来没有位居班首的先例为理由，坚持不让。在隆武帝亲自干预下，黄道周赢得了表面上的胜利。接着在一次朝见群臣的时候，郑芝龙、郑鸿逵当着皇帝的面挥扇去暑，户部尚书何楷上疏劾奏他俩“无人臣礼”；隆武帝嘉奖何楷敢于直言，立即给他加了左佥都御史的官衔。郑氏兄弟怀恨在心，处处加以刁难，何楷被迫请求致仕回籍，隆武帝违心地同意他暂时回乡养病。郑芝龙仍不肯罢休，派部将杨耿在半路上割掉何楷的一只耳朵，借以向朝廷示威。
朱聿键原本希望郑芝龙、郑鸿逵统兵出福建，建功立业。在他的一再训令下，郑芝龙不得不派永胜伯郑彩带兵出杉关，援救江西建昌义师。郑彩到达杉关之后却按兵不动，无论监军给事中张家玉怎样催促，他一概置之不理。不久听说清军将至，拉起队伍就跑，三日夜退到浦城。张家玉极为愤慨，上疏劾奏；隆武帝下诏削去郑彩的伯爵。1646年（隆武二年、顺治三年）正月，又因郑鸿逵部将黄克辉从浙江省江山撤退回闽，隆武帝大怒，指责郑鸿逵“始则境内坐糜，今复信讹撤转，不但天下何观，抑且万世遗耻。未有不能守于关外而能守于关内者”，下诏将郑鸿逵由太师降为少师。这些事实表明隆武帝致力于中兴事业，不愿充当郑氏兄弟的傀儡。
随着双方矛盾的激化，隆武帝明白除了离开福建，摆脱郑芝龙兄弟的控制，不可能有任何作为。于是，他决意亲征，目的是第一步把行在移到江西赣州，然后视情况而定，如果江西用兵得手，局势稳定，可以西连湖南何腾蛟部，东接福建郑芝龙部，南靠广东，收就近指挥之效。即便江西作战不利，还可以西移湖南，南下广东。朱聿键决策移跸明清双方激烈争夺的江西，而不是迁往比较安全的广东，说明他确实是有恢复之志的，和后来的永历帝不可同日而语。隆武元年八月，江西督师万元吉上疏请移跸赣州，疏中写道：“赣（指赣州）居上游，豫（豫章即南昌）不能仰面而攻，且左为楚，右为闽、浙，背为东粤，足以控制三面，宜驻跸。”十二月十六日离开福州，二十六日到达建宁，开始作向西转移的准备。
朱聿键和忠于他的臣僚作的这种战略部署，连当时任清朝江西提督的金声桓也看得很清楚，他在给清廷的奏疏中写道：“以臣今日细观福建（指隆武朝廷）陈兵之势，俨然一常山之蛇，以浙东为首，江西为腹，湖南、广西、云贵为尾，敌畏江南满州，故宿重兵于浙东以拒钱塘之渡（这是指鲁监国政权的兵——作者按），乘臣江西兵力之单弱，意欲夺路而出，以震动江宁；何腾蛟拥重兵从上游而动武昌，满州有数，东南半壁岂不一鼓而复乎？臣计南赣、建昌、广信之贼虽号有三十余万之众，若得满州二万从江西来，合臣兵二万，臣效前驱，立可翦灭无余，随由南赣直捣闽广，凭腰肋之间铲为两断，敌人首尾不能相顾，钱塘可一苇而渡矣。然后合力平定云贵，一统之业岂不易易哉！”可见，明清双方都认识到江西在战略上的重要地位。问题是，南明方面隆武帝既调不动郑芝龙的军队由福建入江西，他寄于厚望的何腾蛟派精兵强将由湖南入江西迎驾也全盘落空；而清方洪承畴却抽调了柯永盛、高进库等部赴江西协同金声桓部作战，先后攻陷吉安、赣州、南安等府。江西战局的逆转，归因于郑芝龙、何腾蛟的私心自用，它不仅直接导致了隆武朝廷的覆亡，而且对后来南明局势的发展影响极大（顺治五年，金声桓、李成栋反清归明时都是在赣州城下屡遭挫败，不能全力北上，详见下文）。