正当唐、鲁二藩在福建、浙江争立的时候，分封于广西桂林的靖江王朱亨嘉也不甘寂寞，梦想黄袍加身。明代的靖江王是太祖侄儿朱文正的后裔，在宗室诸王当中谱系最远，按宗法观念他根本不具备继统的资格。然而，自从崇祯帝自缢北都覆亡以后，朱明王朝宗室中不少人心中窃喜，妄图乘乱谋取大位，朱亨嘉正是其中的一个。1645年（明弘光元年、清顺治二年）五月，清军占领南京，弘光帝被俘，七月间消息传到广西，朱亨嘉认为机会来了，“即借勤王为名，有妄窥神器之心”。他对左右亲信孙金鼎等人说：“方今天下无主，予祖向于分封之日以粤西烟瘴不愿就封，马皇后慰之使行，于是以东宫仪卫赐之。目今东宫无人，予不俨然东宫乎！太子监国自是祖宗成宪，有何不可？”广西总兵杨国威、桂林府推官顾奕等人也想以拥立为功，三章劝进，推波助澜。八月初三日，朱亨嘉居然身穿黄袍，南面而坐，自称监国，纪年用洪武二百八十七年。改广西省会桂林为西京。杨国威被委任为大将军，封兴业伯；孙金鼎为东阁大学士；顾奕为吏科给事中；广西布政使关守箴、提学道余朝相等在桂林的官僚都参与拥戴。为了扩大影响，争取多方支持，朱亨嘉还派使者前往湖南、贵州等地颁诏授官，檄调柳州、庆远、左江、右江四十五洞“土狼标勇”，以增加自身兵力。当时，广西巡抚瞿式耜、巡按郑封正在梧州，得到靖藩僭位的消息，立即檄令思恩参将陈邦傅保持戒备，又以巡抚印文通知土司“狼兵”不得听从靖江王调令。朱亨嘉深知广西巡抚的态度直接关系到自己“事业”的成败，企图加以笼络。他先派顾奕为使者，携带诏令任命瞿式耜为刑部尚书，遭到瞿式耜的严词拒绝。八月十二日，朱亨嘉亲自统兵来到梧州，把瞿式耜拘捕，十九日押回桂林软禁于靖江王府，不久移居刘仙岩。
靖藩的自立同当时的两广高级官员态度游移有关。隆武帝在福建即位后颁诏南明管辖区，两广、贵州等地的官员并没有立即表态（即举行开诏宣读仪式和上疏祝贺）。两广总督丁魁楚心怀观望，有的史籍说他同朱亨嘉有秘密联系，对谋立活动故意采取放纵态度。巡抚瞿式耜在弘光朝廷覆亡后，本来打算奉桂藩安仁王朱由榔（神宗的孙子，其父桂王朱常瀛已病死）为帝，在接到福州颁发的隆武监国和即位诏书以后，他认为唐王只是太祖的后裔，世系太远，没有及时上疏表态。被朱亨嘉拘留之后，他才秘密派遣家人携带奏疏祝贺朱聿键即位，并且报告朱亨嘉僭位及其必败之势，请求朝廷派遣军队平定叛乱。
朱亨嘉自立后，感到广西“地方狭小，兵马钱粮件件有限，难以为守，立志要下广东，先到肇庆会同两广商议而行，以观天下形势，以为保守之资”。他命杨国威留守桂林，自己带领兵马由水路出平乐、梧州，以参赞严天凤、范友贤为将军，充当左、右前锋。不料两广总督丁魁楚已获悉隆武即位后，除了浙江的监国鲁王以外，江南明朝各地政权都表示拥戴，而且隆武帝已给他加衔为大学士。因此，他认为这是自己建功立业的天赐良机，立即派出精兵数千名进至广西梧州，同时差官乘船由小路而来，船头打着“恭迎睿驾”的牌子，借以麻痹朱亨嘉。八月二十二日半夜，丁魁楚兵在梧州突然发起进攻，朱亨嘉拼凑的兵马被打得落花流水，自己狼狈不堪地由五屯所、永安、荔浦逃回桂林。“大学士”孙金鼎原是个不齿于士类的充军罪犯，凭借靖江王的宠信同思恩参将陈邦傅打得火热，结为儿女亲家。亨嘉兵败以后，孙金鼎逃往陈邦傅处避难。陈邦傅翻脸无情，将他处死，“把石灰淹了，解到两广识认明白”，立了一功。这件事在屈大均《安龙逸史》中记载得比较详细：孙金鼎逃到陈邦傅处躲避，邦傅密语参画胡执恭等曰：“靖江无谋，动辄败衄，我等若少依违，祸不旋踵矣！幸金鼎自来送死，乘此擒戮，以邀大功，何愁不富贵耶！”合计已定，于是“醉而投之水，仍取其尸，擦灰包扎，即传谕各舡易剿逆旗帜，解功至梧州。广督丁魁楚大喜，叙以首功，官征蛮将军，协东师前赴桂林”。九月初五日，丁魁楚亲自来到梧州，命参将陈邦傅、赵千驷、严遵诰、都司马吉翔等统兵向桂林进发。杨国威同他部下的旗鼓（相当于传令官）焦琏本来就有矛盾，瞿式耜暗中联络焦琏反正，夜间用绳索把陈部将士缒上城墙，一举擒获杨国威、顾奕等。二十五日攻靖江王邸，朱亨嘉被活捉。十月下旬，朱亨嘉和同谋文武官员被押解到广东肇庆。1646年（隆武二年）二月，丁魁楚派马吉翔把朱亨嘉等人押抵福建。隆武帝“命锦衣卫王之臣用心防护，无得疏虞。仍敕刑部侍郎马思理安置靖庶，还要酌议妥当。所刻《靖案》作速颁行，在闽亲、郡各王并令具议来奏，以服天下万世之心，不可草率，亦不许迟误”。同年四月，“安置靖庶人于连江，敕奉新王严加钤束，不许令见一人，透出一字”。“寻命掌锦衣卫事王之臣缢杀之，托言暴疾死。戮杨国威、顾奕、史其文等于市”。
平定朱亨嘉的僭乱后，隆武帝加封两广总督丁魁楚为平粤伯，陈邦傅为富川伯挂征蛮将军印。在给丁魁楚的诰敕中说：“卿有闻檄拥戴之大志，又有迅平逆寇之巨绩。王守仁当全盛之时，无推举之事，以卿比之，功实为过。”这种过誉之词反映了朱聿键渴望得到两广官员的支持。靖江王爵由朱亨歅袭封。瞿式耜却因为有意拥立桂藩，受到隆武帝的猜忌，被解除广西巡抚职务，调任行在兵部添注左侍郎；广西巡抚一职由晏日曙接替。
靖藩之变固然暴露了朱亨嘉觊觎大位的野心，隆武帝为稳定自己的地位而表现出来的私心自用也是很明显的。丁魁楚、陈邦傅仅因为投机有功，就加升伯爵，掌握了两广地区的实权，后来在永历朝廷上争权夺利，紊乱朝政，又先后投降清朝，基本上没有起过积极作用，可谓奖赏失当。真正忠于明室的瞿式耜却因有意拥立桂藩而遭到排挤。《思文大纪》卷六记载，直到隆武二年五月即朱亨嘉之乱平息半年以后，“广西桂林府、全州等州，进贡监国登极表笺四十六通。上虽嫌其迟，然亦念路远阻滞也”。这自然是表面文章，正如瞿式耜自己所说：“然余之不服靖江王而甘受其逼辱者，非为唐王也，为桂之安仁王也。”“六月到广西梧州。八月随遘靖藩之祸，时闽中已立思文矣。弟心心在神宗之孙，故既受靖祸，而又见疏于隆武。比夺西抚与晏公，遂坚意不赴佐枢之命。”瞿式耜卸任后拒不赴闽就任，在广西梧州、广东肇庆一带留连赋闲。
除了靖江王朱亨嘉的争立以外，还有益阳王的自称监国。1646年（隆武二年）二月，朱聿键下诏禁止益阳王在浙江龙游、遂昌一带私授知县。其中说到益阳王“借受慈禧（即弘光太后邹氏）之命，又借勋镇方国安之推奉，近日表奏虽来，公然用监国之宝，不知此宝授自何人？”兵部郎中王期升在太湖奉楚藩宗室朱盛澂称通城王行大将军事，“居然帝制，派饷、卖劄、强夺民女，为两山（指太湖中的东、西洞庭山）百姓不容”，王期升站不住脚才逃入福建。在南明历史上，这类事件多次发生。朱明宗室觊觎帝位者颇不乏人；部分官绅以“定策”为功，内部纷争不已，文官武将的升迁也深受这种风气影响。弘光、隆武、鲁监国等小朝廷以及妄图自立的某些宗室一脉相传，往往以高官显爵酬谢拥戴者。在民族危机日益深重的情况下，爵禄不用于劝奖抗清有功官员，而以是否效忠于己为依据。南明之不竞，与此颇有关系。