尽管鲁监国政权的建立分散了抗清的力量，但是朱以海等人为了保有浙东，进而恢复失地，还是采取了一些积极措施。除了沿钱塘江布防外，方国安、王之仁等部曾渡江配合当地义师收复富阳、于潜。1645年八月间一度进攻杭州，未能得手。这年九月清浙闽总督张存仁奏报：“叛贼方国安、王之仁从富阳渡江犯杭城。遣副将张杰、王定国督兵往剿，斩首四千级，余贼复盘踞富阳。又令定国往余杭防剿，至关头，遇贼对垒，我师奋勇掩杀，追至小岭二十余里，斩获无算，阵擒国安子士衍等，斩之。”
十一月，鲁监国晋封方国安为越国公、王之仁为兴国公，并且筑坛拜方国安为大将，节制诸军。十二月十九日，朱以海亲自到钱塘江边西兴犒军，每名士兵赏银二钱，“责限过江，攻取杭城”。二十四日，方国安、马士英、王之仁派总兵三员领兵二万多名于五鼓从朱桥、范村、六和塔三处过江，直至张家山、五云山、八盘岭等处，迫近杭州府城。清总督张存仁与梅勒章京朱马喇、济席哈、和托、总兵田雄、张杰等分兵三路迎击，明军大败，被俘的副将有十一人，参将、游击、都司、守备四十八人。这次渡江攻杭战役失败后，鲁监国政权的将领壮志顿消，基本上转为划江扼险的守势。查继佐上鲁监国书中说：“自十二月廿四日之后，我兵一挫，囗骄益逞。乃诸镇养尊，将心万不足恃，而私斗者互见，无所为兵律也。米价腾沸，过常数倍，财竭则内必变，民情已汹汹可虑。……而举朝泄泄，犹然饰太平之容，岂以示囗镇静如谢安之于秦乎？臣未能为之解也。”