1645（顺治二年）正月，李自成、刘宗敏率部撤离西安，接着李过、高一功会同西北部分地区的大顺军也撤出陕西。清军两大主力分别在三月间由陕西转入河南：多铎部取道归德（今河南商丘市）南下进攻弘光朝廷；阿济格部则紧追由李自成亲自率领的大顺军主力。留在陕西的清军力量自然相当单薄。于是，一些抗清武装乘时而起，其中影响较大的有贺珍、武大定、孙守法等部。
贺珍原是大顺军旧部，当清朝重兵入陕、大顺政权瓦解的时候，他夥同罗岱、党孟安、郭登先以汉中之地投降清朝，由英亲王阿济格劄授汉中总兵。陕北等地大顺军在李过、高一功、李友、田虎等率领下取道汉中入川时，他率部阻击，被李过、高一功等奋力击败，但兵马损伤不少。接着在1645年六月左右，张献忠派军北攻汉中，贺珍又“诈称大清兵威迎敌”，献忠兵不知虚实，退回四川。这年九月，清廷“以汉中投诚总兵贺珍御贼有功，授为定西前将军”。然而，这只是表面文章，实际上对他却是严密监视，处处提防。早在这年五月清陕西总督孟乔芳就在奏疏中说：“惟新招汉中贺珍、罗岱、党孟安、郭登先四总兵，查得此辈原非明朝旧官，俱是流贼起手头目。曩自败遁盘踞汉中，臣屡发谕帖，示以我皇上威德，并陈之利害，方畏威投顺，缴送伪印。罗岱亲至西安，臣已调拨延安住扎，与总兵姜瓖同居一城，以为钤制；贺珍、郭登先亦调凤翔，再为分拨；止留党孟安统兵一万仍住汉中，以为进剿张逆（指张献忠）并防汉中城池。但四将俱系逆闯亲信之人，恐狼子野心反复不定，俱在陕西深为不便。伏乞我皇上将贺珍、郭登先以有功名色升调宣大或山东一带地方安置，实为解散之计也。党类既散，总（纵）有叵测，亦无能为矣。”
孟乔芳阴行解散的方针引起了贺珍等人的警惕。当时多铎、阿济格统领的清军主力都已远离陕西，孟乔芳节制的官兵只有一万二千余名，除四千五百名是他的标兵外，其他如凤翔总兵董学礼部六千名、宝鸡总兵高汝砺部五百名等都是刚刚投降过来的。孟乔芳兵力既不足，妄想以一纸文书解除贺珍等人的兵权，结果适得其反。正如他在闰六月初十日题本中所说：“汉中新招总兵贺珍、罗岱、郭登先、党孟安，臣见蚁聚汉城，行牌调出栈道，欲以弭其逆萌、消其凶势也。其中罗岱乃曹操（即罗汝才）亲信之人，非贺珍族类，臣已调赴延安讫。贺珍等仍驻汉中，肆行屠掠，屡行檄调，借口汉民保留支吾不前。且四川州县既降，残黎皆我赤子，张逆愤恨吴宇英投顺我朝，围攻月余，珍等坐视不救，以致陷毙，大拂来归之望。”接着，他又建议派明朝旧将康镇邦、董学礼领兵前赴汉中，以同镇汉中及入川为名伺机改编贺珍部，接管地方。七月初二日，清兵部侍郎朱马喇题本内引用了孟乔芳所说贺珍等原是“狼子野心，阳顺阴逆”的话，而新委汉中总兵尤可望手中无兵，建议暂驻西安，等待固山额真和罗会（即何洛会）所统清军到达后再“相机进取，以图万全”。事情的发展并没有按照孟乔芳的上述分拨计划进行，长期镇守汉中的贺珍不愿意轻易放弃这块地盘，顺治二年十一月二十八日的一份揭帖表明他已识破孟乔芳的意图，擒杀党孟安、郭登先，借以巩固自己的权势。在揭帖中他自我表功说，清军入陕后“即称顺治年号，具文投诚，蒙英王并督臣孟乔芳嘉与维新，札授汉中总兵。继囗李逆余孽伪侯伯李锦、高一功、李友、田虎等数营之众，蹂躏地方，职复驱剿逃溃。并殄阳顺阴逆、播害地方之党孟安、郭登先，是以汉属地方安堵，民获衽席”。孟乔芳的如意算盘落空，双方矛盾迅速激化。半月后，贺珍就举兵反清。
1645年十二月中旬，贺珍领兵进攻凤翔县城。十七日晚上，该城驻防副将武大定、石国玺率部响应，贺珍一度占领该县。十二月二十二日，武大定杀“本镇总兵何世元、固元兵备道吕鸣夏等”。不久，因清朝援兵赶到，贺珍部才撤离凤翔。贺珍反清后，原地方武装孙守法、胡向宸等主动领兵前来联络，共同抗击清军。孙守法原来是明朝陕西副总兵，1643年（崇祯十六年）冬，大顺军占领陕西后，他逃入终南山中，与大顺军为敌。1645年（顺治二年）清军入陕，他又拥戴明朝秦王的儿子为号召，在五郎山进行抗清。贺珍、孙守法、胡向宸等探听得知陕西清军不多，合议一举夺取省会西安。从十二月下旬起，贺珍等部马、步兵七万进攻西安，一时声势颇盛，清廷委派的陕西巡按黄昌胤以及泾阳知县张锡蕃也向义军投降（后来两人都被清政府捕杀）。清朝陕西三边总督孟乔芳据城扼守，急请固山额真李国翰领兵来援。1646年（顺治三年）正月初五日，清军在西安西郊击败义军，同月二十五日又“歼贼连营于乾州”，稳定了西安地区的局势。随着清廷派遣的定西大将军何洛会带领的满、汉兵的到来，陕西清军不断增强，贺珍、武大定、孙守法等部转移到兴安一带。
贺珍、孙守法、武大定的反清是以复明为号召的。如孙守法以秦王的儿子为“秦王”，在顺治三年“正月内印刷伪示，妄称弘光年号”；这年三月间原大顺军光山伯刘体纯率部由河南进入汉中，同贺、孙等部会合，“四月内抄传伪票，又改隆武年号”，“孙守法自称总督五省总督”。五月三十日，刘体纯、贺珍、孙守法等部攻克兴安州，清守道、参将等官被俘。正当陕西各地抗清运动高涨的时候，清廷先后派何洛会、肃亲王豪格统领大军入陕。1646年六月，守法退回五郎山；八月，武大定败于兴安境内；九月，王光泰败归郧城，又败走房、竹。丁亥（1647）正月，守法奔石子城；二月，走长安石鳌谷。三月朔，守法破宁州，与高勋等据兴安州之乔麦山。（清陕西三边）总督孟乔芳引兵攻之。四月八日，伏甲深林，以轻骑诱守法出，擒之。守法犹执铁鞭格杀数十人乃死，传首西安。大定入蜀”。