五月初十日夜间，朱由崧同马士英等逃出南京后，原来的意图是避往浙江杭州。不料途经溧水县时遭到当地土兵的拦截抢掠，混乱之中，马士英的儿子马銮带领勇卫营兵拥簇着弘光帝奔往太平府（府治在当涂），太平府官不知道是怎么回事，闭门不纳，又转入芜湖投靠靖国公黄得功；马士英则以随身兵力护卫皇太后邹氏辗转赴杭。鉴于各种野史对弘光和邹太后失散情况多有讹误，这里引用黄道周的两段记载以昭信史。
黄道周在奏疏中说：“恭闻皇太后陛下自五月十一日与圣驾分离，南渡溧水，过独松关，遂涉余杭，东至临安。”在另一篇文章里他又写道：“实五月十有一日上与慈禧宫（即邹太后）同出都门，马辅以其母与圣母同为乘舆，渡溧水，为土兵所掠。马辅之子统家兵八千人遽拥上西行。马家父子知之，上与慈禧宫邈然不知也。抵杭之日，诸士民从马辅求圣驾，马辅但云：‘圣驾亲征，早晚奏捷，何皇皇为？’熊给事雨殷就坐中责马辅：‘亲征重事，何首辅不知，而专属之乃子？’俛首无以应也。”可见马士英是同弘光帝、邹太后一道逃出南京，行至溧水后才东西分窜。某些史籍记初十日晚上朱由崧在太监卢九德的唆使下秘密出逃，马士英、阮大铖第二天早晨才得知皇帝跑了，匆忙收拾细软逃离南京，是一种讹传。
黄得功在击败东犯的左梦庚军后领兵屯驻于芜湖，对京城的变故一无所知，皇帝的突然驾到使他大吃一惊。问明缘由后，他不胜感慨地说：“陛下死守京城，以片纸召臣，臣犹可率士卒以得一当。奈何听奸人之言，轻弃社稷乎！今进退无据，臣营单薄，其何以处陛下？”尽管他已经意识到朱由崧张皇失措，无可救药，仍然决定效忠到底，把这位昏愦的皇帝迎接进自己的军营。据说，弘光在芜湖曾下诏“郑彩、黄蜚、方国安、杜弘域、卜从善皆晋伯爵，大铖、大典拜左、右相，共统师扈上回銮，复为守御（南京）计。然已无及矣”。
清军统帅多铎得知弘光出逃，自然不会放过。进南京后即命刚刚投降的刘良佐率领部卒充当向导，派多罗贝勒尼堪、护军统领图赖、固山额真阿山、固山贝子吞齐、和讬等领兵经太平追至芜湖。在刘良佐现身说法的招诱下，加上满洲重兵压境，黄得功部下将领田雄、马得功决定降清。黄得功不知军心已变，把刘良佐派来招降的使者处斩，引兵出战。叛军趁黄得功不备，暗中猝发一箭，射中得功喉部。黄得功自刎而死。弘光帝被田雄等活捉献给清方。有一种记载描写了当时的场面：“田雄负弘光皇帝于背，马唤（马得功的外号）执弘光二足。弘光恸哭，哀求二人。二人曰：‘我之功名在此，不能放你也。’弘光恨，啮田雄项肉，流血渍衣。”
至于朱由崧被俘的时间，据顾景星记黄得功事云：“大清王师奄至，公中流矢，仰天自刭，五月二十八日未时也”，如果记载不误，弘光当在同日被俘。但是，《明季南略》卷四《刘良佐挟弘光回南京》条却说：“二十四日乙巳，刘良佐以弘光到，暂停天界寺。”同书《弘光拜豫王》条内又记：“五月二十五日丙午，……弘光以无幔小轿入城，首蒙包头，身衣蓝布衣，以油扇掩面。太后及妃乘驴随后，夹路百姓唾骂，有投瓦砾者。……”《清世祖实录》卷十七仅依据奏报记“缚福王及其妃来献”，没有具体月日，也未提及太后，事实上邹太后当时在杭州，《明季南略》所记肯定有错误。
弘光朝廷当国的整整一年时间里，正处于内忧外患日益加深之际，君臣上下有可为而不为，朝野人士不仅没有因北都的覆亡而振作起来，反而在腐败、内讧、争权夺利上远远超过了崇祯时期。时人张岱痛骂朱由崧，说：“自古亡国之君，无过吾弘光者，汉献之孱弱、刘禅之痴㾂，杨广之荒淫，合并而成一人。王毓蓍曰：‘只要败国亡家，亦不消下此全力也。’”又说：“弘光痴如刘禅，淫过隋炀，更有马士英为之颠覆典型，阮大铖为之掀翻铁案，一年之内贪财好杀，殢酒宣淫，诸凡亡国之事，真能集其大成。”朱由崧的昏庸荒淫固然是事实，作为皇帝自然要负重要责任，但弘光朝廷继承的是党争、腐败、武将跋扈，忙于权力的再分配导致的内耗才是弘光朝廷土崩瓦解的最主要原因。