扬州失守，史可法殉难的消息传到南京，弘光朝廷顿时陷入一片惊惶失措之中，朱由崧等人开初还对长江天险寄于希望。五月初五日，清军进抵长江北岸，初九日多铎命梅勒章京李率泰带领南明降将张天禄、杨承祖等部于黎明时分在瓜州以西十五里处乘船渡江，在金山击败明防江水师郑鸿逵军，随即登上南岸，占领镇江，后续满、汉官兵先后渡江。初十日，弘光帝仅同马士英和少数宦官商议后，连朝廷其他公卿大臣也不告知，更不作任何部署，就在凌晨离城出逃。
天亮以后，南京城内的官绅军民听说皇帝和首席大学士已经逃走，立即乱成一团。一些百姓拥入狱中，把自称“崇祯太子”的少年请出来登武英殿即位，年号仍称崇祯十八年。然而，南京守备勋臣忻城伯赵之龙为首的勋戚大臣却决定降清，派人前往清营接洽。据当时在城中的兵科右给事中吴适记载，十四日午后清军先锋数十骑直抵洪武门外，忻城伯赵之龙、保国公朱国弼赍降表由城墙上缒下往清营接洽投降事宜。十五日，多铎率清军主力进至南京城外，赵之龙、朱国弼同魏国公徐久爵、隆平侯张拱日、大学士王铎、蔡奕琛、礼部尚书钱谦益、左都御史李沾等三十余名高官显贵大开城门，出迎于郊。清兵进城搜索警戒后，十七日多铎才进入南京，随即把南京城中东、北两区汉族居民尽行驱出，供清军居住。
上文已经指出，按明朝永乐以后的两京制度，在南京掌握实权的三个人是南京兵部尚书、守备南京勋臣、镇守南京太监；其他勋臣和六部、都察院大臣不过虚有其名。魏国公虽然是开国第一功臣徐达的后代，只是在各种典礼时排班居首，摆摆样子罢了。决策降清的正是守备南京勋臣赵之龙，他在弘光出逃后，立即派兵驱散拥立伪太子的百姓，同时大张告示宣布向清军献城。张怡记载，崇祯末年“陪京缺守备勋臣，部推忻城伯赵之龙。陛辞日，上赐坐、赐茶，东宫、二王侍。上曰：‘留都根本重地，朕已简用二人，一为司礼太监韩赞周，此人忠诚勤慎，足当守备之任；一为兵部尚书史可法，朕未识面，然人争言其材，朕亦诇得之。今得卿而三，朕无忧矣。然赞周扫除长耳，可法起家孤寒。若卿与国休戚，较二臣更异，知必尽心，副朕委任也。’其后可法、赞周皆竭忠死事，而卖卢龙一道者，即与国休戚者也，伤哉！”明朝的勋臣主要是开国与靖难功臣的后裔，这些娇生惯养的贵族子弟只知托庇祖宗余荫，过着穷奢极侈的生活，一旦国难当头，除个别稍有志节者以外，大抵是身家之念重于国家，卖降恐后势在必然。崇祯帝固然看错了人，但即便另派一名勋臣守备南京也不大可能出现什么奇迹。韩赞周在清军进入南京后自杀，但他的情况同赵之龙不同。弘光既立，他的地位就被深受朱由崧宠信的司礼监秉笔太监卢九德取代。卢九德则投降了清朝，顺治三年底他仍想按明朝旧例督理苏杭织造为清廷统治者效犬马之劳。不料碰了一鼻子灰，清廷谕旨说：“卢九德不当列名疏内，况秉笔太监本朝无此职衔，着削正严饬。”
南京作为朱元璋开国之地、明朝两京之一，自从大顺军攻克北京以后，有的人把它看成复兴的中心，有的人则把它视作苟且偷安之所，仅仅一年就这样糊里糊涂地沦陷了。周在浚作《台城晚眺》一词云：“纵步且闲游，禾黍离离满目秋。玄武湖中风浪起，嗖嗖，虎踞龙盘一夕休。江水不知愁，犹自滔滔日夜流。更有无情天畔月，悠悠，曾照降幡出石头。”江山依旧，人物全非，寄托了几分悲愤、无限哀思。
从1644年三月大顺军攻克北京到次年清军占领南京，明朝的文官武将绝大多数好像蓬草一样随风而转。大抵而言，风云气少，儿女情多。这同明后期吏治的腐败有密切关系。然而，当历史处于大转折时期各种人物的表现往往显得千差万别，很难准确地纳入一定的模式。张怡记载，“清兵入城，百官争投职名求用，前定北来诸臣之罪喙长三尺者，至是膝软于绵，面厚于铁，不自觉矣”。张怡身经两京之变，都未出仕“新”朝，发表一通诛心之论自在情理之中。但是，正如我们不能把大顺军占领北京后投降的明朝官员贬之为“从贼”或赞之为“参加农民革命”一样，降清的官员也不能一概而论。钱谦益就是一个相当特殊的例子。弘光朝兵科右给事中吴适记载，他在五月十三日“晚晤少司马梁眉吾（云构），知文武大臣已修降表赴大清军矣。十四日大雨，访宗伯钱谦益，不晤，但令人传语：‘宜速往浙中择主拥戴，以图兴复。’余笑谢之”。这说明他列名降清时，仍寄希望于兴复明朝。降清后他除了向多铎献上礼物，还亲自写信劝江南士绅归附清朝：“钱谦益首树降旗，素与受兹（中书舍人王介福字）善，谓之曰：娄东汝故土，当疾驰归，以户籍献，大官可得矣。”祁彪佳在日记中也写道：“六月初五日，抄钱牧斋手书数通，称北兵为三代之师，谆谆劝邑中归顺。”同月十一日项下，他又记了这样一条：“先是，钱牧斋有密启上潞藩”，意在拥戴朱常淓。两三个月后，他给臭名昭彰的冯铨（时任清内院首席大学士）写信，“言安辑江南事宜，内有招抚阮大铖之语”。清廷对这封信颇为重视，交给即将出任招抚江南总督军务的内院大学士洪承畴抄录一份。这就是后来清方录用阮大铖的缘由。南明一些史籍（如钱秉镫《所知录》等）都说阮大铖降清是冯铨荐引，却不知道居中引线搭桥的却是这位东林钜子。钱谦益降清后被挟持北上，清廷授予礼部侍郎的官职，一年后告病回籍。这以后长期从事反清复明的活动，屡冒杀身之祸。归庄在《祭钱牧斋先生文》中写道：“先生喜其同志，每商略慷慨，谈从容，剖肠如雪，吐气成虹。感时追往，忽复泪下淋浪，发竖鬔鬆。窥先生之意，亦悔中道之委蛇，思欲以晚盖，何天之待先生之酷，竟使之赍志以终。”这段话是比较公正的。关于钱谦益晚年致力于复明活动下文还将提到，当然不可能全面叙述。