1644年五月，大顺军西撤以后，山东、河北等地的大顺地方政权被明朝官绅颠覆；清军占领了北京附近地区，由于强制推行剃头等政策，京师附近的居民惶惧不宁，许多地方揭竿而起反对清朝的统治。三河县、昌平州、良乡、宛平、大兴、霸州、东安、武清、漷县、天津等地“盗贼”“千百成群”，以至“辇毂近地，几同化外”，连京师所用的西山煤炭也因为道路阻隔无法运入城内。京师内外百姓流言四起，盛传清军将有屠民之举。多尔衮等清廷统治者一再辟谣，安定民心，同时派兵遣将进行扫荡，“辇毂之下，盗贼窃发，及至捕获，少长尽置于法”，连“老稚不能弯弓操刃者”也滥加屠戮。在这种情况下，清廷需要一段稳定自己在京畿地区的统治和养兵蓄锐的时间。何况大顺军尚扼守山西，清廷有所顾忌，不敢轻易以主力南下。因此，畿南、山东和豫东地区在两三个月里处于近似权力真空的局面。
弘光朝廷的按兵不动，给清廷以可乘之机。早在五月十二日，清都察院参政祖可法、张存仁就上言：“山东乃粮运之道，山西乃商贾之途，急宜招抚。若二省兵民归我版图，则财赋有出，国用不匮矣。”同月二十五日，清廷派明降臣方大猷为监军副使招抚山东。六月初四日，又派明降臣王鳌永以户、工二部侍郎名义招抚山东、河南。同月初十日，多尔衮派固山额真觉罗巴哈纳、石廷柱统兵收取山东，十四日派固山额真叶臣领兵收取山西。觉罗巴哈纳、石廷柱先声夺人发出檄文说：“奉摄政王令旨，各调兵马前往山东等处。所过地方官民出郭迎接，违者以抗师治罪。”同时又以平西王吴三桂名义大张文告，云为安抚残黎事称“摄政王简选虎贲数十万南下，牌仰山东等处速速投降”。二十一日，巴哈纳等带领的清军进抵德州。朱帅和参预反叛大顺政权的明朝官绅“仍欲拒命”，不愿归附清朝。只是由于“济王”部下都是些乌合之众，又得不到龟缩于江淮一带南明阁部史可法等人的支援，德州知州张有芳惟恐贻祸地方，到处游说，朱帅等被迫解散部众，拜表归顺清廷。畿南、山东大批州县就这样拱手让给了清朝。
值得注意的是，奉命收取山东的清军不仅兵力有限，而且由于清廷也看出自己真正的对手是大顺军，所以二十九日觉罗巴哈纳、石廷柱报告已平定了霸州、沧州、德州、临清之后，多尔衮并没有叫他们继续南下，而是在七月初三日下令将觉罗巴哈纳、石廷柱部调往山西，会同叶臣部合攻太原等地的大顺军。这两部清军调走以后，王鳌永、方大猷临时拼凑了一些散兵游勇，不仅战斗力单薄，数额也只有几千人。顺治元年七月初三日清兵部右侍郎金之俊报告：“山东全区，并无一贼”，“但目下虽幸无贼，独苦无官”。奉硃批：“□（东）省并无一贼，抚臣亟当推用。这事情吏、兵二部确议速复。”弘光君臣一味偏安江左，毫无进取之意，王鳌永、方大猷仅凭清朝的声威到处接管山东未附各州县。七月十二日王鳌永启本中说：“臣于六月二十九日在德州拜疏后，七月初一日行至平原，值恩县土贼猖獗，恩、平两县相距二十余里，臣因留驻平原二日，遣官安抚。旋以省城（济南）土贼告急，人心汹汹，历城县知县朱廷翰络绎遣人催臣入省。臣随于初四日至禹城，初五日至济南，土贼闻臣至，各望风解散。臣亦分头遣官宣布圣朝德意。即有一二顽梗，地方官自足制之，可以不烦大兵。”下文说第二天（初六日）明权德府事泰安王朱由率领明德藩各郡王宗室具表归降，山东掌印都司苏邦政、济南府推官钟性朴等文武官员、乡绅也纷纷投顺。随后明朝署东昌道事工部主事于连跃以东昌府、临清州归附，青州府通判李懋学、推官彭钦以青州府城归附，而当时“省城营兵尽汰，中原全无，文武佐贰亦缺，无官可遣”。直到八月间山东许多地方仍不愿归附清朝，例如距省会济南仅三百余里的新泰县在大顺政权委派的县令周祚鼎坚持下，六次拒绝王鳌永、方大猷的招降。在这前后山东各地百姓的反清义举此伏彼起，都是一种自发的斗争，从来没有得到南明弘光朝廷的支持。
自从明末以来，山东一省地方性的农民起义连绵不断，明朝廷的统治已经很不稳固。大顺政权接管该省后，由于实行免赋政策，派遣的官员奉公守法，吏治严明，受到当地贫苦百姓的拥护。原先所谓的“土贼”有的自行解散归农，的有改编为大顺政权的地方武装，一度出现了多年未见的平静局面。大顺军主力西撤后，明朝官绅乘机颠覆大顺地方政权，实行反攻倒算，许多地方的农民又自发地组织武装同官绅势力作对。如靠近北直隶的冠县在大顺县令逃跑后，有“土贼裴守政、马瑞恒、刘桐相等蜂起”，两年后才被清政府镇压下去。胶东地区随着大顺政权的瓦解也陷入一片混乱之中，许多地方在当地义军控制之下，原明朝设置在登州的防抚曾化龙也掌握部分兵力，盘踞地方。五月间，灵山卫义军张大雅、张千出、韩继本，高密县义军单之赏、张宇等部围攻胶州。六月初六日，曾化龙派登州守将滕胤玉等统兵击退义军，解胶州之围。昌邑县土豪李好贤率众向曾化龙投降，张大雅、张千出被擒杀。可是，曾化龙得知清军占领京畿以后，却丢下防守地区，同胶州知州郭文祥一道航海南逃。胶东地区处于无政府状态。清廷在这年秋天任命柯永盛为胶镇总兵，轻而易举地接管了该地。这一地区的义军胶州韩继本，高密单之赏、张宇，即墨黄宗贤、周六、丘尚佐、王尔玺，平度搭毛、翟五和尚、张广等部先后被柯永盛部清军扫灭。《即墨县志》载：“无赖贼郭尔标倡众为乱，诸孽附之。贼之在姑密胶东者亦相与为响应，众十余万，号十四营，环围即墨。”当地绅衿先向明朝官员请援，毫无所得，改向清胶州总兵柯永盛求救，才将义军击溃。其时声势特别浩大的是兖州府、济宁州、曹州府以至沂州府属蒙阴县一带的农民起义。嘉祥满家洞有宫文彩“僭称擎天王，拥贼二万有奇”，傅家楼等地还有马应试（大顺政权授掌旅之职）、李文盛、宋二烟、杨鸿升、杨之华、阎清宇等领导的武装，为众不下数万。在大顺军西撤后，他们仍然“坚事逆闯”，“安心附逆，旗帜之上大书闯贼年号”。顺治元年九月，清山东巡抚方大猷在“为塘报事”揭帖中写道：“嘉祥地方满家洞土寇聚众数万攻破冯家等堡二十余处，杀人不计其数，捕官率领乡兵俱被杀伤，势甚紧急，恐该县被陷……。”
面对各地风起云涌的反清运动，清朝委派的官员束手无策，七月间巡抚方大猷在启本中说：“今则无百姓、无官、无兵，而总因无饷。虽奉令旨准免三分之一，部臣王鳌永复推广德意请免新、练二饷。臣又除去荒地，止就成熟者姑征一分。然究竟民无以应也。久已抛弃农业，渐有从贼巢中观望来归，而一旦闻有开征之示，掉臂而返，有以相率从贼为得计者。此开征两字求之一百四州县中不过十数处耳。”方大猷的启本说明了山东百姓留恋大顺政权的免征赋税，才以永昌年号为旗帜奋起抗清，这和当地明朝官绅的动向正好相反。它还清楚地反映了清廷虽然在名义上接管了山东，统治力量却非常单薄。
这年九月二十九日发生了青州之变。事情的经过是，原属大顺政权的一支军队同主力失去了联络，在旗鼓赵应元和投降了大顺政权的明朝官员杨王休率领下来到青州。九月二十九日晨以入城拜会为名，乘机夺门而入。当时清廷委任的招抚山东、河南户、工二部侍郎王鳌永正在城内，赵应元派步兵上城头摆垛，自己带着骑兵直入王鳌永的部堂辕门。王鳌永以为赵应元是率部前来归降，突然看到兵将持刀露刃蜂拥而进，仓皇躲避到上房。后来听见人声鼎沸，“城内震地”，又翻过院墙藏到姓房的乡绅家中。赵应元下令搜捕，“扬言拿获部堂者赏金五十两，拿获部堂下官一员者赏银十两”。王鳌永被军士搜获，赵应元下令把他处斩。
赵应元的收复青州，并不是为了重建大顺地方政权。据文献记载，他自己声称：“我也不愿做皇帝，只是扶立明朝一人。”清山东巡抚方大猷的题本中说他以“拥立衡藩为号召计”，定于十月初八日“扶衡王坐殿”。这位衡王却是个脓包，他在七月间已在王鳌永招诱下向清廷献上降书，惟恐赵应元拥戴复明将召来杀身之祸，只知“涕哭，眼肿如桃”。赵应元为了增强抗清力量，“四门竖旗招兵：有马给银四两八钱，骡兵给银三两八钱，步兵一两八钱，外加一钱”。山东昌乐、寿光等县的抗清武装首领赵慎宽、秦尚行、郭把牌、翟五和尚都派人来青州会商合作事宜。
青州事件发生后，在省会济南的清山东巡抚方大猷惶惶不安，他手头只有兵马六百多人，防守省城还不够，只好请求清廷发“真满洲官兵一万，星夜南驰”。清廷得报知道事态严重，派梅勒章京和讬、李率泰领兵赶赴山东。十月初六日，和讬、李率泰部到达济南，初八日前往青州。早已降清的明青州守备李士元献计智取，他同清廷委任的青州道韩昭宣等官绅暗中勾结，进入青州城内充当说客。李士元对赵应元威胁利诱，劝他转投清方，由巡抚上疏清廷解释青州之变“只以总督虐民诛之，其余不戮一人，今复以全城归命天子，则通侯之赏可立至矣”。赵应元果然受骗，带了甲士数百名出城同清将和讬等会面，双方钻刀歃血对天起誓。当天晚上，赵应元在府城北门的瞻辰楼设筵，大张酒乐。清军按李士元等约定的计划，伏兵城外。席间炮声突发，李士元、韩昭宣和随从当场击杀赵应元、杨王休，赵军大乱。清军拥入城中，格杀招降余党，青州的反清事件遂告失败。