从明末清初到鸦片战争，是中国历史上最后一个封建王朝清朝从兴盛走向衰落的时期，这时官方儒学——朱子学除了反复咀嚼宋人的残羹剩饭，再也拿不出任何新鲜货色。相反，民间的儒学倒还具有相当的活力。清初的知识分子总结明朝亡国的历史教训，认为理学空疏无用，是导致国破家亡的重要原因。他们摒弃理学，提倡经世致用之学，以为这才是真儒学。经学家顾炎武(公元1613—1682年)提出“经学即理学”的口号，说理学讲明心见性，实际是禅学。它们不研究六经之文，不讨论当代之务，不从事修己治人的实学，也就是说在经学之外搞理学，所以走上迷途。其实本没有离开经学的理学，因而真正的学问只有一种，那就是经学。不过顾炎武的经学既与董仲舒式的微言大义之学不同，也与繁琐的考据之学不同，而是经世致用的实学。他的《日知录》、《天下郡国利病书》都是阐发、体现他的实学思想的力作，后一本书就是经过多年的实地调查而写成的，记述各地山川形胜、经济状况、风土人情等等，为反清复明、治理天下做准备。
与顾炎武齐名的大思想家黄宗羲(公元1610—1695年)，受王学自做主宰思想的影响，发展了儒学中的民主性精华，写成伟大的政治哲学著作《明夷待访录》。他批评了以往的君主观，尖锐指出君主是“天下之大害”，在创业时牺牲无数人的性命，守成时搜刮天下人的血汗，以满足一己的私欲。他认为，上古时代人民是天下之主而君是客，三代以后则倒了过来，君是主而人民是客。三代以上之法是“天下之法”，后世之法则是君主“一家之法”。他要求废除“一家之法”，恢复“天下之法”；变君主民客为民主君客，使人民重新成为君的服务对象。这些思想是近代民主意识的萌芽。为改变君主专制，他提出把学校变为议政机关，天子的政策法令要经学校议论通过方可实施。他的学校已经具有资产阶级议会的某些功能，在当时能提出这种设想，的确难能可贵。黄宗羲也是著名的历史学家，熟悉明史，有专著数部，以布衣身份从事《明史》的修撰，其中不少重大疑难问题是由他定下来的。他的《明儒学案》、《宋元学案》，保存了大量珍贵的宋、元、明哲学史资料，以学案体裁系统反映了宋、元、明各个学派的面貌和演变。他用史学之实，反对了理学的空疏。
与顾黄同时的大哲学家王夫之(公元1619—1692年)，继承并发展了张载的学说，他认为，理不在气外，道不在器外，真正的实体是气或器，理或道是气或器的运动规律。否定了程朱的高高在上的天理。在他看来，道随器的变化而变化，不是一成不变的。同样，人性也不是一成不变的，它日生而日成，在学习和实践的活动中形成、变化。他还对宋明儒者“存天理，去人欲”的口号提出批评，认为理离不开欲，理是调节欲求的准则，去了欲怎么会有理呢！王夫之思想深刻，知识丰富，达到了儒家理学的新高峰。
这时提倡经世致用的还有哲学家颜元(公元1635—1704年)，他认为理学家们要人读书、静坐、内省，而不鼓励人们去做齐家治国平天下的实事，一面害了读书人，使他们成为弱人病人无用人，同时也误了国家，使它无人治理，无人保卫，走向灭亡。他提倡“实文，实行，实体，实用，卒为天下造实绩”(《存学编·上陆标亭书》)，用实实在在的践履，代替道学关于理气心性的空谈。
由于清政府用高压手段禁止人们探讨现实问题，鼓励读书人脱离实际搞考据。因此，顾、黄开创的以经世致用为目的的新经学和史学研究，乾、嘉以后逐渐转变成为考据之学。
考据就是从文字、音韵、训诂、名物制度、天文历算、地理史实等各方面的研究入手，对古代典籍进行诠释。清代对古文献的整理和诠释成绩卓著，远胜前人，其中一些成果在思想史上也产生了巨大影响。如胡渭的《易图明辨》论证朱熹等人奉为神明的《太极图》，原本是道教的《太极先天之图》。阎若璩的《古文尚书疏证》证明道学的一本经典《古文尚书》，是晋人王肃编造的伪书。戴震的《孟子字义疏证》通过对天理、人欲等字和词的解释，批评宋明儒把理欲对立起来的观点，认为他们的理是尊贵者压迫卑贱者的工具，是残忍的杀人凶器。他说，酷吏以法杀人，后儒以理杀人，而以理杀人更为残酷。
但是，人毕竟生活在社会生活之中，清代深刻的社会矛盾和经济危机强烈地吸引读书人的注意。为了解决这些问题，许多人抛弃考据，转而研究今文经学，尤其是公羊学。鸦片战争前后，公羊学者龚自珍(公元1792—1841年)、魏源(公元1794—1857年)提出改革朝政和学习外国技艺以制服它们的响亮口号，在当时的政界和知识界产生深刻的影响。这是儒学在封建社会结束时的最后闪光。