孔子思想的另一个重要观念是仁。这是他中年以后在推行礼乐的实践中反思的结果，是他研究当时社会的新变化、新思潮的结果。
春秋战国时期，战争频仍，社会动荡，民众在政治上显示出自己的力量。一些先进的政治家提出了“民本”思想，认为民为国本，君是为民而设置的，神也要依赖于民。孔子在此基础上进一步反思，认识到民的问题实际是人的问题，要在政治上解决重民的问题，必须首先在思想上树立爱人类、爱他人的观念，亦即仁的观念。仁爱的思想在春秋时期已经出现，但是孔子之前人们只是泛泛而谈。孔子敏锐地把握了时代的脉搏，赋予仁以深刻的含义，不遗余力地加以鼓吹，使它成为越来越受重视的极其重要的社会政治和伦理观念。弟子问什么是仁？孔子答曰：“爱人。”(《颜渊》)爱人就是不仅仅爱自己的家族、亲属、尊长等等，还要爱这以外的别人。孔子提倡“安百姓”(《宪问》)，主张“泛爱众”(《学而》)，赞赏“博施济众”。百姓就不仅仅是一家一姓，它包括自己家族之外的许多家族。众就不仅仅是贵族，而是包括奴隶在内的大众。这就是说，孔子仁爱的对象大大超出了家族和等级的界限，是全人类。在他看来，人不仅是家族、等级的成员，还是人类的一员。人应该把他人当作自己的同类，给以同情与关心。孔子弟子子夏说：“四海之内皆兄弟也。”(《颜渊》)很清楚地表明，仁是一种人类之爱。
当然，孔子的仁还不是，也不可能是无差别的人类之爱。他主张亲亲，所以仁爱必定是有差等的。最爱的是直系亲属，然后是旁系亲属，然后才是九族以外的其他人。孟子说：“亲亲而仁民，仁民而爱物。”(《孟子·尽心上》)爱的深度从亲到民再到物是在层层递减。因此儒家坚决反对墨家的兼爱，孟子认为墨家讲兼爱即是“无父”，即否认宗法，否认父权，而“无父”也就是“禽兽”(见《孟子·滕文公下》)。按照儒家思想，仁爱施于普通百姓身上的已经不是很浓了，但毕竟还是有，比起“刻薄寡恩”的法家是大不相同的。
仁的另一个涵意与人的自我修养有关。孔子在回答颜渊问仁时曾说：“克己复礼为仁，一日克己复礼，天下归仁焉。为仁由己，而由人乎哉！”(《颜渊》)所谓克己，即约束自己，复礼即践行周礼。复礼的具体内容是什么呢？孔子说：“非礼勿视，非礼勿听，非礼勿言，非礼勿动。”(同上)这就是说，约束自己，视听言动一依周礼便是仁。不过，应该指出的是“为仁”是一种“由己”的自觉行动，而不是“由人”的被迫行为。因此仁就是一种道德自觉。它不是出于对刑法的惩处或舆论的非难等外在力量的恐惧，而是出于人格的觉悟。当人认识到道德使人成为不同于禽兽的人，当人履行了道德便觉得心安，反之即感到负罪的时候，他就是一个仁人。如果说仁的第一层意思(爱人)是把别人当作人的话，仁的第二层意思(克己复礼)就是把自己当作人。因此仁就是人的自觉。孔子说：“仁者，人也。”(《中庸》)孟子说：“仁也者，人也。”(《孟子·尽心下》)正是指的这个意思。
从社会政治方面看，礼无疑是重要的，因为它规定了社会的基本结构，这就是宗法等级制的或宗法君主制的社会组织，家族组织与政权组织相结合的社会组织。而仁的地位也是举足轻重的。它作为重要的政治理念，成为这个社会各利益集团之间的调节剂、粘合剂，对于维持社会的正常运转，起着不可替代的作用。
根据仁的观念，既然国家管理的不是牲畜而是必须予以关心爱护的人，那么就要用德政取代苛政。德政即仁在政治上的运用，它应该是怎样的呢？《论语》中孔子与弟子冉有的一次谈话回答了这个问题。孔子到卫国去，冉有为他驾车。见到卫国人民众多，孔子就赞叹道：“庶矣哉！”冉有问，人多了之后应该怎么办？孔子说：“富之。”又问，富了之后又该怎么办？孔子说：“教之。”从这里可以看出，孔子的德政首先是富民政治，就是实行一系列惠民的政策，如国家使用民力要有节制，不违农时，收取租税不可过重等等，从而让人民在经济上富裕起来；其次是教民政治，就是让老百姓接受道德观念、礼节仪式、军事技能等方面的教育，成为文明的民众。
他认为有两种不同的治民方法，和两种不同的结果。一是“道(导)之以政，齐之以刑，民免而无耻”(《为政》)，也就是将百姓当牲口看待，只用行政命令和惩罚对待他们，这样做的结果老百姓虽然免受刑罚，但是却没有基本的道德意识(没有羞耻心)，一旦失去外部控制，他们便会犯罪。另一种是“道(导)之以德，齐之以礼，有耻且格”(《为政》)，在道德上将老百姓当作与贵族一样的人来看待，用道德教化他们，用礼来约束他们，结果是老百姓有道德意识，有自我约束能力，可以自觉地达到儒家德与礼的要求。孔子说：“为政以德，譬如北辰，居其所而众星共之。”(《为政》)统治者实行德政，就会受到民众的爱戴，民众会像众星拱卫北极星一样地拱卫他们。后来孟子接续这个传统，提出了仁政思想，要求统治者克制自己的贪欲，让农民有自己的田产，能生活下去和生活得更好一些。
思想家总是站得高看得远，他们为整个制度和社会的长治久安着想，而帝王们则不是这样，他们往往贪图眼前的荣华富贵，不断增加赋税，残酷榨取民脂民膏，而总是导致官逼民反，政权倾覆。但无论如何，仁政德治的儒家思想限制了他们的贪心(通常是具有儒家思想的大臣们，引用孔孟古训同他们斗争的结果)，因而在一定程度上调节了社会矛盾，尽可能地延长了社会稳定和繁荣的时间。另一方面，仁爱思想，以及后来发展起来的“天下一家，中国一人”的思想，通过历代儒家学者的传播、施教，对于民众思想的影响也是巨大的，培养了对上的顺从敬畏心理，当然易于受统治者支配；但同时也培养了尊老爱幼扶危济贫解难等人道主义的美德。
从伦理道德领域来说，礼与仁也都是十分重要的。在这里，礼代表外在的规范。仁代表内心的自觉。有了社会公认的道德准则，人们的社会生活才能具有秩序，如果否认了这个准则，不承认它所规定的义务，人人各行其是，必然产生混乱。儒家强调一切依礼而行，即使动机是爱，也不能逾越礼的规定。如父母去世，丧礼规定三日不食水浆，届时可以勉强站起走路，如果爱心特别强烈，哀毁逾制，七日不食水浆，届时病倒，也属非礼行为。《韩非子》有一则故事，鲁国执政季孙氏调动民众开掘长沟，孔子弟子子路做郈的县令，用自己的禄米做饭给民工吃。孔子听说立即派另一弟子去禁止，他对子路说：“夫礼，天子爱天下，诸侯爱境内，大夫爱官职，士爱其家，过其所爱曰侵。今鲁君有民而子擅爱之是子侵也，不亦诬乎！”(《外储说右上》)这件事未必属实，但这话却能反映孔子的思想：爱亦不可逾礼。另一方面，有了内心的道德自觉，才能使礼所规定的道德准则具有内在的力量，才能使道德准则与人的人格、生命联系在一起，在任何情况下得到自觉的遵守。孔子说：“人而不仁，如礼何？人而不仁，如乐何？”(《八佾》)又说：“礼云礼云，玉帛云乎哉？乐云乐云，钟鼓云乎哉？”(《阳货》)都是说道德自觉是礼的内在生命，形式的东西如钟鼓玉帛，算不得礼乐，所以不仁的人是谈不上礼乐的。
孔子的礼和仁，既是社会政治概念，又是伦理道德概念，它们是相辅相成、不可分割的。只有仁礼结合，才是孔子的理想：建立有等级但不过分对立，行仁爱但仍有差别的社会，形成从良心出发自觉行礼，以义务为准努力行仁的道德生活。仁是礼化的仁，礼是仁化的礼，因此兼爱不是孔子的仁，杀人殉葬、苛政害民也不合孔子的礼。孔子思想的实质或核心既不是单纯的仁，也不是单纯的礼，而是仁与礼的结合。