更直接的冲突，是在土改问题上。
从1950年10月广东土改委员会成立，广东省三分之一的干部、中南局将近四分之一的干部都直接参与到1950年在广东开始的大规模土改运动中，在土改运动结束前，土改工作队的成员大约有12.3万人。“市政官员直接参与到土改运动中，这部分是因为广州市当时还管辖着由73个村组成的相当大的农村地区，还因为珠江三角洲的地主有很大一部分在广州有商业利益。”杨应彬回忆说，广州土改的复杂性，在于它不仅是个农村问题，它还与城市经济的高度交叉。
土改的推进要依靠广州地方干部来执行，土改的试点选择的是兴宁、龙川和揭阳三个革命基础最深厚的县。“把这三个县作为广州土改全面启动前的试点，也是因为这三个县曾是游击队的基地，当地有强有力的共产党组织，这里被普遍看成广东引进新计划最好的实验田。”杨应彬当时担任龙川土改分团副团长，他回忆说，当年的口号是“全省着眼，三县着手”，但土改的方案是依据中南局做出的统一规划，他们对所辖各省土地产权做一个大略的调查后，部署了详细的土改计划。中南局估计，大约3。5%农村人口应划为地主，而这些地主控制着大约30%到50%的可耕地。
然而，广州的城乡结构恰恰跟全国其他地方有着本质的差异，这使得这里的社会结构比北方城市更难划分明确的界线。“广州经济高度商品化，土地占有量明显比北方少得多。典型的地主是小地主，通常很难把他们和非地主严格地划分开，因为许多土地拥有量超过其耕种能力的人本身也耕作土地，这些土地又有很多是族田或祖地，不容易把族长和地主等同起来。”蒲向民说，“另外，从事商业的地主到底划分为地主还是资本家？当时政府为了恢复城市商业，对资产阶级仍是‘劳资两利’的温和政策，这和对地主的严厉政策形成了鲜明的对照，而在广州，这两个阶层很可能就是同一人。”
以中南局的统一标准来推行广州土改显得过于严苛，广州的地方干部也不愿意因为土改伤害到城市亟待恢复的商业秩序，在广州，的确已经有不少隐匿不了财产的工商业地主，逃往香港，把在广州的店铺关门了。
更令中南局失望的是，三个土改的试行县，不仅没有成为“排头兵”，反而成为土改推进最缓慢的地方。客观说，这些从地方上崛起的游击队干部在过去得到乡绅、华侨支持，很难真正对广东的地主们撕开脸面，从他们手里强行收回财产。甚至很多干部家里本身就是华侨，也是土地的所有者。“我们很多团以上的干部都是侨乡出生的，粤中纵队的副政委谢创是开平人，他本人以前就在美国做工，也是在美国加入共产党，后来通过第三国际把关系转过来。”欧初回忆，广东华侨通常第一次回国，都会在家乡购置土地，修建房屋，开平的华侨还修筑了赫赫有名的碉楼用以保护地方利益，这些华侨在广东的家中不光有大量现金，往往还存储有从美国购买的卡宾枪之类的先进武器。“当年我们在解放战争期间，在资金和武器上，得到了不少华侨的帮助。”欧初说，因此，注重保护华侨利益也是南方游戏队的传统之一，但土改期间，广东干部普遍感到了窘迫。
另一方面，处理华侨占有的土地是比处理工商业主、地主更令土改委员会棘手的问题。当时，整个广东保守估计有接近三分之一的家庭有各种各样的海外关系，他们占有全省五分之一的土地。“如何分辨华侨在海外的身份是劳工还是资本家？如何确立从海外财产中获益的华侨家人？”杨应彬回忆他在龙川的土改经历说：“由于我们觉得这是试点，比较稳，没有扩大打击面，后来有人批评三县土改‘和平土改’，总团长李坚贞听了之后很不服气。”
但在中央看来，地方干部显然对地主和富农们过于宽容了，他们并没有坚决执行中央的土改政策。他们遭到来自中央的严厉批评，中南局的机关报《长江日报》发表社论《再论广东的农民运动》认为广东土改是右倾。“中央批评广东、广西、福建三省是三只‘乌龟’，土改里行动最慢的，而1952年，其他两只已经爬上去了，就是广东掉在后面。”杨应彬回忆说。
时任华南分局第三书记、广东省政府第一副主席的方方于是要为广东在土改上的错误承担责任，担任方方政治秘书的杨应彬回忆说：“1952年4月，方方和中央从广西调至广东的陶铸，去北京参加会议，我随行前往，但不列席。我们住在北长安街叶帅的家里。第一天开会后，方方告诉我，会议是毛主席亲自主持的，毛主席在会议一开始就点名批评说：方方，你犯了两个错误，一是农民运动右倾，二是干部政策上的地方主义。”
对广东土改错误路线的整顿开始和对广东“地方主义”的整顿交织在一起。于是，大约有1630名北方军队干部在广东的8个县接受训练，以替代广东本地干部参加下一步的土改工作。“到土改在广东最后结束，大约有6000名北方干部取代了当地干部，一举扫除了土改第一阶段的妥协情绪。”蒲向民说，“强硬的土改是否伤害到了广东旧有城乡关系下的商业系统，这可能是一个潜在的影响；更直接的是，它使广州地方党组织发生了深刻变化。”从1952年开始，广东被重新划分为五大地区，新的组织结构——省区，比以前的行政管理结构——专区要大，使得新任省委书记陶铸对包括广州在内的广东各市县更易做出统一指挥了。