南京的功能其实在人民解放军渡江前已经丧失了。“首都”随人而走，没有因为代总统李宗仁的留守而停留在南京，也没有跟随名义上的迁都派们转往广州。它跟着蒋介石去了那个浙江溪口。
“美军联合顾问团”的军事顾问一开始就对他们在作战方案上和国民党军官甚至蒋介石本人之间的沟通不畅极为费解，1948年1月受命负责“顾问团”的陆军少将戴维·巴尔后来发现二者思维方式大相径庭。在国民政府的组织机构中，没什么再比“裙带关系”更为本质和核心的问题，他在离开南京后呈交给华盛顿的最后工作总结中写道，“委员长的思想太中国化了，他所考虑的主要是人事关系和政治上的问题”，“不管一个人多有能力，他要获得一个要职，要办成一件事情，必须有后台。这总后台就是委员长本人”。
溪口只有在蒋介石回来的时候才会如此热闹，蒋介石的来访者络绎不绝。有一天，蒋介石对蒋经国说：“我们要在这儿待3个月。”
溪口与南京的联系通过国民党的设在南京的军台。据南京总统府军务局上校电话监察官王正元回忆，重要军话台上的主要用户有：蒋介石3条专线，宋美龄、俞济时3条专线，在重要专线台上装有直通溪口的长途电路1条。王正元回忆说，“蒋介石宣布退隐后，俞济时侍卫长专门把我叫过去，告诉我他们马上就要离开南京了。‘委员长很器重你，不过他这几天很忙，不打算接见了，今后，凡是李宗仁、白崇禧、黄绍竑3人在通电话中的一切消息，你搜集后，立即通知我。’俞对我说，‘我跟你约定一下，这3人分别用甲先生、乙先生、丙先生来称呼，我们两人通话时，不必称呼什么，互报自己名字就行，你呼正元，我呼济时后，即可通报内容。’”
蒋介石由此对南京时局了如指掌。李宗仁在南京的大小决定和通话记录被事无巨细地汇报给了蒋介石，除此之外，蒋还断掉了这位代总统的经济来源。有一天李宗仁派人到奉化恳求蒋介石授权统管政府财政以构筑长江防线，遭到了断然拒绝。蒋介石一面坚持要广州的孙科支持李宗仁，一面却命令胡宗南带20万军队飞往广州以遏制李宗仁的影响，他向CAT（陈纳德的民用航空运输公司）提供的运输机支付了现金。
蒋介石此时往台湾运送了30万嫡系部队，还有26艘舰艇及空军力量，大约90万国民党军队仍留在大陆，但这些军队中只有白崇禧的12万人听从李宗仁调遣。警察局和情报机构都从陈立夫那里得到指令，而陈立夫是代表引退在幕后的蒋介石的，代总统即便答应共产党一些条件，很多命令也几乎是一纸空文。
到溪口后，蒋介石给他儿子下的第一道命令，就是让他督促空军司令部按时完成定海机场的修建，不得拖延。不久，原因就清楚了：定海位于溪口和南京之间，蒋介石事实上对保住南京以及中国最大港口城市上海已不抱什么希望。4个月后，南京、上海相继失守，国民党守兵靠定海机场撤至台湾。