正如羽柴筑前守秀吉所预料的那样，从元龟元年到元龟二年的两年间，对信长来说是田乐狭谷之战以来的厄运之年。
信长已四面楚歌，如果说还有朋友的话，只有德川家康一个。虽然一切都是意料之中的事，但信长和秀吉都忙得焦头烂额。
如果是寻常的凡人，这样的难关未必能闯过去。
除武田、朝仓、浅井、六角等人之外，本愿寺徒众已在伊势的长岛和大坂两地开始行动。更有甚者，叡山的僧徒为阻截信长进京，来到坂本城附近。一直敛声屏气的三好一伙也举兵在摄津修筑野田和福岛两城，与信长为敌。
这样一来，松永久秀的行动更加令人难以测知。
他泰然处之，扬言一旦确认织田势力垮台，他立刻叛变。到元龟二年五月，他果真谋反易旗了。
“信长威风凛凛的时代宣告结束。”
在这个枭雄的眼中一定清楚地映出这一结论。
不，不仅松永久秀认为信长大势已去，甚至连称信长为“恩父”的将军义昭也在幕后策划。秘密地向武田和本愿寺发出“讨伐信长”的指令。
与其说信长四面楚歌，……不如说八方受阻。确实是危机四伏，令人窒息。
但是，信长并没有惶惶不可终日。他本来就是这样打算的。不是夺取天下，就是以尾张的大傻瓜宣告结束一生。他早已将生命置之度外，一切听天由命。他是这样想的，也是这样干的。
“甚么？十个，十五个敌人，各个击破，一个也不能漏掉。”
德川家康对付武田信玄，儿子忠信对付松永久秀。柴田胜家派到近江，他首先亲自去长岛平息农民暴动。
当时，包围长岛的两万人被烧死。那种惊心动魄，令人瑟缩发抖的战斗场面，在此略笔，不多描述。
这一切都是信长的决断，秀吉无能为力。
长岛城内不光是军队，还有老人、妇女和儿童。
“一个不留，全部烧死！”
信长也为失去一个弟弟而恼怒狂暴，但仍按他宣布的那样，严密地封锁出口，一个不漏地烧死了。
他一到近江，立刻作出任何人都作不到的重大决断。
八月二十日攻打了浅井长政，当然一时难以决定胜负。派往坂本城的森三左卫门及其部下五百人都与城同生死共命运。
“火烧比叡山！”信长双目怒睁，下达命令。
明智光秀等人大为震惊。不光是光秀，秀吉也感到十分惊讶，急忙派密使去劝告叡山方面采取中立态度。
不管怎样，比叡山作为镇护王城的圣地，七百年来是不曾有一兵一卒涉足的灵地。
从前，后白河法皇曾说，不尊朕之命者只有贺茂川的流水和山法师……这样一来，比叡山便成为世外桃源，不可侵犯的圣地。这一不成文的规定，成为人们因循的旧习戒律。
当然朝仓、武田也都坚信无人破戒，故将比叡山的僧徒拉去入伙……
信长烧毁那个灵场后还蛮不在乎地解释说：
——以前，比叡山是日本的王立大学，同时也是天台宗这一佛教的总本山（天台宗的总寺院），利用允许自治的特权，以武装暴力介入政治的话，自然就既不是学府也不是殿堂了，是堕为实力主义的证据。所以我是以实力对付实力……
长岛也不例外，信长不承认它是宗教府，因此，反抗者一律视为仇敌格杀勿论。
学府的谨言慎行，宗教殿堂的精神权威统统被信长抛到九霄云外。因为比叡山介入俗世的政治斗争，与朝仓、武田串通一气反抗织田，所以毋须客气，必须立刻严密包围，统统杀死。
秀吉一向深思远虑，他急速派密使劝说对方采取中立，但一向趋炎附势的光秀拜见信长，建议慎重从事。
“恕我不揣冒昧，只这件事请您三思而后行。”
“噢——！为甚么要三思，为甚么要取消这一计划，不这样做，我们必定灭亡！”
“但那里是镇护王城的圣地，如果烧毁将来会落个暴虐无道的罪名。”
“秃顶光秀！”
“是！”
“你认为比叡山现在仍然有镇护王城的实效吗？蠢货！现在真正镇护王城的只有我信长一个人。是信长进京后才使百姓安居乐业，着手修建皇宫的。然而为这一伟大事业设置重重障碍的，……就是比叡山的那帮秃和尚。信长就是神，就是佛！比叡山的和尚是反抗神佛的蛆虫，神佛要蹍死这些蛆虫是理所当然，难道还要讲甚么客气吗？”
信长说罢踏入比叡山，边砍杀僧徒边四处放火烧山。这一事件发生在九月十三日黎明。
社会一般认为比叡山是不可冒犯的圣地。僧兵们也万万没有想到会有暴徒涉入此地。这里的僧徒看风驶舵，局势于己有利时出兵参战，局势对己不利时迅速撤回圣地，为此他们自以为得计。
以前没人敢谴责他们的野蛮无理，信长也是出于万般无奈，忍无可忍。
十三日拂晓，这个以七百年的悠久历史为自豪的延历寺的根本中堂喷射出炽烈的火焰。这时，所有的山谷都浓烟滚滚，天大亮时，数百个堂塔已变成一片火海。
得意忘形的僧兵，竟将朝仓和浅井的军队带到勤行修行的圣地。他们自以为进了保险箱。这时，无忧无虑安心养息的僧兵们都惊叫着跳起来。
不用说，起初他们很想抵抗，但他们做梦也没想到这里会成为战。了如指掌的地理条件也背叛了他们。
熊熊火势不断扩张蔓延，火舌越伸越长，疯狂的火浪从一个山谷滚向另一个山谷，张牙舞爪地扑向古老的森林。
站在琵琶湖对岸眺望火景，山峰、湖泊统统被卷进火焰的漩涡之中。
这时，信长已驱马来到坂本的神社门前，开始发号施令。
“毁灭叡山的是叡山本身！僧俗无别。不分老幼，活着的一个不留统统杀掉。这个世上不允许腐朽的圣地存在。只有这样，才能从那里升起新的太阳。”
听声音不像是人在讲话，简直是革命的罗刹在咆哮。
带着强弓追踪信长飞奔而来的只有山门随一荒法师一个人。他身高六尺四寸，长相酷似金刚，但他的强弓始终未能射中信长。
他的箭是特大型的。一旦射中，定会人仰马翻，粉身碎骨。虽然他射了两箭，但只是马倒下，信长死里逃生。
惨不忍睹的全山大屠杀是在这以后开始的。
对僧兵中的暴徒采取视而不见态度的学者僧，以为不会杀到自己头上，他们纷纷逃离火场，到山中避难。
然而，信长下的是一个不留统统杀光的严格命令。
“我们甚么坏事也……”
“请饶命……”
随着暴乱和屠杀的猖獗，女人的禁区——佛门圣地也出现了妇女和儿童。她们被认为是和僧兵同伙的，自然也被列入砍杀之列。
特别是逃上八王子山的人们，他们东躲西藏，更是悲惨已极。不论男女老少，不管你是僧人、俗人，还是智者、上人，完全彻底，毫不留情地斩尽杀绝，无首尸满山遍野。
第二天，房梁长四十间的根本中堂自不待言，连三王二十一社，灵神、灵社、僧坊、宝塔、佛像、经卷……全部化为乌有。
当时在京都的基督教的传教士们作了如下记载：“——信长的命令部署严密周到，如同猛兽觅寻食物，让士兵躲在洞穴里，发现逃亡者立刻杀掉。他惩治这一大敌（佛教徒）那天，是一五七一年，圣弥赛亚祭日。”
基督教徒见佛教徒遭受惩治幸灾乐祸，京都及其附近的佛教徒无不胆颤心惊。
“——信长的行动我们无法理解……”
信长狠狠地惩治了僧兵，使他们知道当今不是一宗门的僧兵逞威风的世界。
这一恶魔般的决定，终于把信长从自取灭亡中解救出来。他边放心地休整边致力于皇宫的修建，庆祝皇宫竣工时，迎来了元龟三年。