圆仁的预感很快得到了验证。宫里长生殿常年供奉佛像，惯例，每天抽调长安城左右街各寺僧侣轮流进宫念经，日夜不绝。很快，长生殿的佛像与供奉被拆毁焚烧。
惯例，每年皇帝的生日都会在麟德殿宴请僧人与道士。在宴会上，僧人讲经，道士讲道，不同宗教彼此切磋。皇帝会向进宫的道士与僧侣赐下表示尊重与地位的紫衣。会昌元年（841年）六月十一日，武宗生日，道士与僧人一道入大内辩论，只有道士得赐紫袍，僧人没有。会昌二年（842年）六月，武宗的生日，道士与僧人再次入大内辩论，依然只有道士得赐紫袍，僧人没有。
会昌三年（843年）皇帝的生日，迟钝的太子詹事韦宗卿按照惯例进献了自己为佛经作的注疏《涅槃经疏》和《大圆伊字镜略》，获得了皇帝一顿大骂：韦宗卿一个朝廷大臣，本该好好学习儒家经典，却沉溺邪说，到处传播妖风。皇帝在斥责韦宗卿的敕书里几乎引用了韩愈二十四年前一样的逻辑：佛本西戎之人，教张不生之说。孔子是中土圣人，经闻利益之言。韦宗卿是儒生，衣冠望族，不能宣扬孔教，反而沉溺浮屠，妄撰胡书。现在聚集妖惑，胡言乱语，位列朝班，应该自愧。皇帝甚至还让中书门下官员去韦宗卿家里把他的草稿和原本追索焚烧，不得传播。
皇帝的生日宴是一颗投向湖面的石子，皇帝对佛教的仇视如涟漪漫开，最先波及的就是京城的寺院。刚开始不允许僧人午后出寺院，后来不允许僧人在别寺借宿，不允许僧人犯钟声。限制寺院和僧人的命令如同一张大网，铺天盖地而来。不久，皇帝再次下敕：不许供养佛牙。五台山、终南山五台寺、凤翔法门寺等供养着佛指舍利的寺院，不许制供，不许巡礼。有人送钱，打二十板，寺院里敢收一枚铜钱，同样打二十板。如果有敢就此劝谏的朝臣，诛身灭族。
依然滞留长安城的圆仁成了一个囚徒：他现在不能回国，也不能出资圣寺。形同囚禁的日常并不能阻止他时刻关注着长安城里瞬息万变的风向，作为一个无权无势的外国僧人，他以记下民间广泛流传的“都市传说”，来表达对皇帝的不满：会昌四年（844年）八月，唐宪宗皇后郭太后莫名去世。这位老太太在圆仁眼里信佛法，有道心。每当皇帝要对僧尼下手都会力谏。长安城里流传着一条关于郭太后死因的小道消息，圆仁深信不疑地记了下来：文宗的生母、穆宗的皇后萧氏美貌，武宗继位之后觊觎这位庶母的美貌，想要纳她为妃。郭太后不许。于是武宗拿起不知从哪里出现的弓，一箭射杀郭太后。
会昌五年（845年）四月初，武宗与李德裕的计划进行到了关键步骤：逼迫宦官交出神策军军权。下敕向左右军中尉索要神策军军印。左右军拒绝交印。皇帝再三下敕，最后说，这是把军印放在中书门下，由宰相监管，有需要用时由宰相与诸将协商。左军中尉这才交印，但右军中尉依然摁住不交。流言在京城流传，禁闭中的圆仁也听说了这件事情：右军中尉上奏说：当年我们迎接军印，是带着兵迎接的，现在要交，我们也要带着兵交。京城里的好事者眉飞色舞地传播着这条小道消息，并心领神会地加以解释：右军中尉的意思是：如果您真的要夺回军印，我们就只好兵戎相见了！神策军中有不少忠诚的佛教徒，圆仁在“囚禁”中听到这则小道消息，爽快地把武宗的失败写进日记：“人君怕，且纵不索。”——由着右军中尉去了。
苦中作乐的小道消息并不能缓解圆仁的困境。一道又一道严苛的敕令不断下发，为了离开长安城回国，圆仁终于积极奔走起来。