其实东厂旂尉、番役如狼似虎，他们失去了“驾帖”，并不如现在法警失去了拘票便不能执行任务。当时的老百姓，一看穿白靴的厂卫人员，便已吓得魂飞天外，哪里还敢问一声：“把驾帖拿出来看看！”只是此时苏州正闹打狗腿子的风潮，旂尉已经挨了揍，倘或没有驾帖去抓人，更得吃苦头，所以不敢找黄尊素。
黄尊素心里有数，逃得了和尚逃不了庙，自己在余姚有一大家子人，倘或潜逃，必定祸延妻儿，所以自己穿了囚服到旂尉那里去报到。在京城镇抚司监狱，一样为许显纯“搒掠备至”，后来预知狱卒将加谋害，“叩首谢君父，赋诗一章”而死，年四十三岁。明朝末代的皇帝，就是这样在不知不觉中，自毁人才，不亡不可得也！
黄尊素有三个好儿子，有“东浙三黄”之称，老大黄宗羲享名更盛，他是古今学人中第一流人物。他看不起程、朱那一派捧着一本“语录”当金科玉律的陋儒，务为博学，兼通经史，又精天算历学，早在康熙朝的梅文鼎之前，就已发古籍中天文的奥秘。这都不去说它，且谈一谈他为父报仇。
据《清史稿·遗逸传》，思宗即位，黄宗羲进京为父讼冤，做了好几件大快人心的事。第一件是与许显纯对质，他预先藏了一把锥子在身上，在公堂上“修理”许显纯，流血被体，又把崔应元揍了一顿，拔了他的须子回家祭父。
第二是追杀狱卒叶咨、显文仲，因为黄尊素就是死在他们两个人手里的。
第三，原任苏州织造太监李实上疏自辩，说参劾黄尊素的原疏不是他自己所上，乃是他人冒用他的空白疏文；同时送黄宗羲三千两银子，希望他不要追究。黄宗羲立刻具疏奏报，说李实在今日之下犹敢行贿，则其所辩能否采信，不言可知。
等这个宪狱平反，黄宗羲率领被害诸家的子弟，在镇抚司狱门设祭，哭声竟达禁中，连思宗亦为之长叹说：“忠臣孤子，甚恻朕怀。”这些被害诸家的子弟，就是有名的所谓“东林孤儿”，学问事功，各有所显，也算是上苍垂怜孤忠之报。