孙慎行讨方从哲的奏疏一上，奉旨会议具奏，这原是一个正常的处置办法，谁知所得到的是聚讼纷纭、动荡不安的反效果。东林中激烈的一派，如魏大中等人，申援孙慎行之说；另外方从哲因为久居京师，独相多年，潜势力很雄厚，两派互攻，恰好给了魏忠贤从中取利的机会。因此，对实际政治有了解的人，对明末大局都有言官误国的感想，而推原论始，孙慎行不可恕也！
当“旧辅”方从哲的罪名未定之时，另一个新入阁的辅臣在暗中已为阉人所勾结，这个人就是沈。他早年当过南京礼部尚书；提起此人，熟悉天主教在中国传教的历史者，对他不会陌生。
在孙慎行的想法，今日之事大坏，坏在万历末年，而自万历四十二年叶向高辞官回里开始，方从哲几乎独相六年之久，因此内而三案、外而辽东的失地丧师，方从哲都应该负责。就史笔论是非，方从哲固难逃误国之罪，但就当时实际情形而言，孙慎行的放马后炮不但无益，而且亦有丧忠厚。因为误国为神宗自误，天下有亡国之君始有亡国之臣，神宗让方从哲独相，就是因为他能听话的缘故。其时神宗躲在深宫，沉涸烟霞，不但朝政不理，连家事都懒得过问，如皇五子常浩二十五岁尚未选婚，皇六子常润、皇七子常瀛亦都二十未婚，这可以说是宫闱中从未有过的不正常现象。然则试问：即令有安邦定国之才的臣子，又何可有所作为？至于说方从哲无能作为而贪位不去为无耻，这话也只可责君子，不必责小人，小人原只以禄位为重，谈不到什么责任感。
孙慎行尤其错误的一点是，方从哲事实上在上年年底已经被攻去位。老实说，在明朝中叶以后，像方从哲这样能在正论谴责之下引退，犹不失羞耻之心。同时那时候也不是是非分明的时代，有这样一个结果，得来非易，应该加以珍视护视，不可以把顺风旗扯得太足，激出不必要的纷争——好比久病虚弱的人那样，当有起色之时，需要培元固本，投以清和的滋补之剂；而孙慎行为逞其快意，加用一副全无必要的狼虎药，以致弱者愈弱，引起别样外感，终于搞成虚不受补的棘手局势。