顾宪成官只做到“文选郎中”，确切地说，是“吏部文选司郎中”，这个职位相当于目前铨叙部管人事的一个司长，但权柄之大，连人事行政局长也不能比。“吏部文选司郎中”和“兵部职方司郎中”分别主管文武官员的任命调迁，如果想要红包，那是太方便了。严嵩当国，卖官鬻爵，必须经这两个郎中的手，所以特地设法安插了私人，号称“文管家”、“武管家”。
明朝的人事制度原来是相当完善的，循序渐进，不怕好人不能出头。中级以下的文武官员，由“文选”、“职方”两郎中递补；高级官员，包括宰相之任的大学士在内，由吏部主持“廷推”，依资历提出候补人选，朱笔钦点。万历二十二年，廷推阁臣，神宗先有一道上谕，说是“不拘资品”，于是吏部推了七个人，第一名是王家屏。而王原是大学士，因为争立储而为神宗所驱逐，所以神宗大为不悦，下旨诘责，说“宰相奉特简，不得擅专”。吏部尚书陈有年，也是个骨鲠之士，上疏力争，说吏部尚书和左都御史廷推阁臣自有例规，王家屏为宰相有名，既奉上谕“不拘资品”，所以推荐；如果宰相不廷推，将来会开一条捷径，方便了幸进之士。力争不允，陈有年摔纱帽，神宗便把他撵回家。
于是有好些人上疏救陈有年，顾宪成也是其中之一。神宗不纳，而且革了顾宪成的职。顾宪成回到无锡，以当地县官之助，修复了东林书院，在其中讲学。一时罢废为民的直臣，以东林为中心，讲学以外兼论朝政，形成了很有力的舆论。
李三才为了争废矿税不得，便想利用东林来鼓吹，刻意结交顾宪成。李是个所谓“豪杰之士”，行事与嘉靖年间防倭有名的浙江巡抚胡宗宪相差仿佛，清朝末年的张之洞也有些学他们的样，才气迫人，不受绳墨。李三才对于君子人用“欺其以方”的手段及权术来结纳，《明史纪事本末》卷六十六：
三才多取多与，收采物情，用财如流水。顾宪成之左右誉言日至，宪成信之，亦为游扬。三才尝宴宪成，止蔬三四色；厥明，盛陈百味，宪成讶而问之。三才曰：“此偶然耳，昨偶乏，即寥寥，今偶有，故罗列。”宪成以此不疑其绮靡。