方孝孺是明太祖开国文臣第一位的宋濂的得意弟子，两蒙召见，太祖看出他是乱世忠臣的气质，认为一时用不着他，派为陕西汉中的学官。蜀王慕名聘为他的世子——嫡长子的老师，以礼相待，题其书斋名为“正学”，后世尊称他为“正学先生”的出典在此。
建文帝即位，方孝孺奉召入京为翰林院侍讲，这个官衔，顾名思义是侍奉皇帝讲读，实际上就等于建文帝的老师之一，第二年升为侍讲学士，权责也加重了，成为建文帝的最高顾问，凡有大政事裁决，往往先征询他的意见。不久，又成了建文帝的副手或代表：临朝奏事，当面决定了可否，建文帝往往就命方孝孺代为批答章折。一有空，君臣二人便商量如何臻于三代之治，甚至想复行经王莽试验失败了的井田制。建文帝对他的尊敬和信任，已驾乎齐、黄以上。
燕兵内犯，朝廷讨伐，一切诏旨檄令，都出于方孝孺之手，自然也参赞军事。他出的那些计策，道衍一望即知，不会上当。譬如说，仁宗为燕世子时留守北平，方孝孺知道他的弟弟高煦狡诈，曾想夺嫡，于是定了条反间计，在成祖兵次徐、淮时，特遣一名锦衣卫千户携带诏书赐燕世子，想为高煦制造口实，引起燕府的内乱，哪知燕世子不拆诏书，连同那名千户一起送至军前，轻易破了方孝孺的计策。但是那些义正辞严的讨伐诏檄，却引起了道衍惺惺相惜之心，所以成祖最后一次出兵时，道衍特以方孝孺为托。
道衍是这样对燕王说的：“到了京城，方孝孺一定不肯投降，请不要杀他。杀了方孝孺，天下读书种子绝了！”
成祖当时答应了他的要求，等方孝孺被捕下狱，成祖记起道衍的话，同时想借重他的名望及文笔，于是派人把他召入宫内，草拟即位诏书。
方孝孺一进宫就放声大哭，响彻殿庭，成祖亲自从御榻上走下来劝他说：“方先生不必如此悲苦，我不过想效法周公辅成王的故事而已。”成王是指建文帝。
“那么成王呢？”方孝孺问。
“他自己自焚而死了。”
“何不立成王之子？”
“国赖长君。”成祖有些窘了。