朱元璋灭了张士诚后，就剩下最后一个对手了，那就是元朝！
元朝自脱脱被杀后，进入了最混乱，最腐败的统治。
顺帝也彻底堕落，他受哈麻蛊惑，整日里声色犬马，沉溺密宗，修炼所谓“男女双修之术”，还在宫中建清宁殿，绕殿一周建百花宫，每五日一移宫，至于朝政，则交给皇太子爱猷识理达腊掌管。
至正十六年，公元1356年，哈麻企图让顺帝禅让于皇太子，被其妹夫秃鲁帖木儿捅给顺帝知道。
元顺帝大怒，说：“朕头未白，齿未落，遽谓我为老耶？”遂贬斥哈麻。
此后又有朴不花、搠思监等搅乱朝政，史载“是时天下多故日已甚，外则军旅烦兴，疆宇日蹙；内则帑藏空虚，用度不给；而帝方溺于娱乐，不恤政务”。
这时的元朝，已经丧失了半壁江山，就连都城也处于危机之中，然而，元朝的统治者，却仍然沉迷享乐，不知道危险之将至。
至正十八年，公元1358年十二月，元陪都上都被破头潘、关先生所率的红巾军攻破，宫阙被焚。
这样一来，元顺帝停止了每年到上都避暑的传统。
至正十八、十九年，由于农民起义导致漕运断绝，大都发生饥荒，饿死数十万人。
这一状况直到张士诚降元运粮才有所好转。
至正二十年，公元1360年十二月，漠北阳翟王阿鲁辉帖木儿起兵作乱，直逼上都，并遣使告诉顺帝：“祖宗以天下付汝，汝何故失其太半？盍以国玺授我，我当自为之！”
他的话说得很雄壮，可惜，次年就被镇压住了。
这时，奇皇后与皇太子渐萌异心，企图让元顺帝禅位。
他们害死了反对内禅阴谋的左丞相贺惟一，又以宦官朴不花、丞相搠思监为倚靠，赶走直言进谏的陈祖仁、李国凤等大臣，逐渐控制了朝廷。外部则是元廷倚赖镇压红巾军的察罕帖木儿，也就是王保保，以及孛罗帖木儿率领的两支军阀，他们相互争抢地盘，使得中原大地上民不聊生。
至正二十三年，公元1363年，受皇太子一党陷害的顺帝母舅老的沙出奔大同的孛罗帖木儿大营，皇太子一党追索不成，要求元顺帝讨伐孛罗帖木儿。
至正二十四年，公元1364年四月和七月，孛罗帖木儿两度进攻大都，先迫使顺帝交出朴不花与搠思监，将其杀死，后又使顺帝拜他为右丞相，并赶走了皇太子爱猷识理达腊。
皇太子逃到太原的扩廓帖木儿大营中，元朝一度呈现两个朝廷的局面。
孛罗帖木儿当政之初，杀掉了秃鲁帖木儿等教顺帝淫乐的奸臣，赶走宫中的西番僧侣，裁汰宦官，减省钱粮，一度颇有作为，但后来秽乱后宫，酗酒杀人，而且在皇太子一方来攻时，吃了几个败仗，顺帝也对孛罗帖木儿极其不满，当下命威顺王子和尚伺机暗杀孛罗帖木儿。
至正二十五年，公元1365年七月二十九日，孛罗帖木儿入宫时，被杀手徐士等人刺杀于延春阁李树之下。
刺杀行动进行时，元顺帝躲在密室内，约定事成则放鸽铃声。
当他听到鸽铃声后，松了口气，走出密室，下令民间杀尽孛罗帖木儿的部下，同时命人将孛罗帖木儿的人头装进匣子里，送到太原的皇太子处。
至正二十五年，公元1365年九月，扩廓帖木儿护送皇太子还京，顺帝任命老臣伯撒里为右丞相，扩廓帖木儿为左丞相，宫廷内斗告一段落。
之后，顺帝又封扩廓帖木儿为河南王，南下肃清江淮，不料却引发了扩廓帖木儿与李思齐、张良弼等诸多军阀在河南、山西、陕西等地混战的局面。
顺帝怀疑扩廓帖木儿有异志，命皇太子爱猷识理达腊总领天下兵马，开大抚军院，讨伐扩廓帖木儿。
这场军阀混战一直持续到大都失守前夕，极大损耗了元朝的有生力量。
顺帝虽昏庸，亦知国难当头，至正二十七年，公元1367年，他秘密在高丽济州岛建造宫殿，以备将来逃难之用。
就在元朝内乱的期间内，朱元璋坐大于南方，将陈友谅、张士诚、方国珍等群雄次第削平，并在至正二十七年，公元1367年十月发动“驱逐胡虏、恢复中华”的北伐战争。
至正二十八年，公元1368年正月，朱元璋自称皇帝，国号大明，建元洪武。
明军高歌猛进，势不可挡，到至正二十八年，公元1368年闰七月时，元顺帝才意识到内斗只会让朱元璋坐收渔利，当下与扩廓帖木儿和解，但为时已晚。
至正二十八年，公元1368年闰七月二十三日，明军抵达直沽，二十六日，知枢密院事卜颜帖木儿出大都迎战明军，被擒杀，太庙牌位也被收集好，在逃难时一起带走。二十七日，顺帝命淮王帖木儿不花监国，庆童为中书左丞相，自己则做好逃难的准备。二十八日，顺帝驾临大都清宁殿，召见众臣及三宫后妃与皇太子，正式宣布将逃往上都。
知枢密院事哈剌章，也就是脱脱的儿子，他力谏不可。
元顺帝说：“也速已败，扩廓帖木儿远在太原，何援兵之可待也？”
宦官赵伯颜不花跪地痛哭进谏说：“天下者，世祖之天下，陛下当以死守，奈何弃之！臣等愿率军民及诸怯薛歹出城拒战，愿陛下固守京城！”
元顺帝叹息说：“今日岂可复作徽、钦！”
他到了这天夜里，大都健德门开，与皇太子、后妃及一百多名大臣出奔上都。
元顺帝一路上如惊弓之鸟，连山峰塌方都以为是明军到来。
八月十五日，元顺帝一行终于抵达上都。
此前大都已经在八月二日被明军攻占，监国淮王帖木儿不花等殉国。
元朝在中原统治结束，北元开始。
元顺帝在北逃时感慨道：“朕不出京师，安知外事如此！”到上都后又“昼夜焦劳，召见省臣或至夜分”“召见群臣，询恢复之计”，颇有重新振作的姿态。
这时，哈剌章请求顺帝命扩廓帖木儿入援，得到顺帝同意。
扩廓帖木儿不负顺帝希望，于至正二十八年，公元1368年十月初，在韩店与明军打了一个漂亮的胜仗。
远顺帝被这一胜利冲昏头脑，封扩廓帖木儿为齐王，并命令他挥师收复大都。然而，明军趁机偷袭，扩廓帖木儿大败，仅以十八骑逃走。
此后顺帝再度消沉，身体每况愈下，至正二十九年，公元1369年元旦朝贺时，他就托病不出。
此后经常因病缀朝。
这时，元军连战连败。
至正二十九年，公元1369年六月十三日，元顺帝又弃上都奔应昌，其间许多大臣进谏速奔和林，但由于阿鲁辉帖木儿事件的阴影，顺帝都没采纳。
至正三十年，公元1370年，元顺帝病重，由皇太子爱猷识理达腊总军国诸事。
同年四月二十八日，顺帝因痢疾驾崩于应昌，享年五十一岁，太尉完者、院使观音奴奉梓宫北葬。
他死后庙号惠宗，朱元璋以其“知顺天命，退避而去”，给予了“顺帝”的尊号。