小智一行人在前往柑橘岛的途中碰到了去甜柑岛研究鲤鱼王的宝可梦观察家——绿河。不过，小智想要快点进行橘子联盟的比赛，就没有跟绿河去甜柑岛，而是继续向柑橘岛的方向前进。
小智一行人又经过了一段时间的赶路，终于到达了柑橘岛。登岛后，一个黑影从远方经过，小霞看着黑影问道：“啊？那个是什么宝可梦？”小智看向小霞指着的轮廓，回答道：“应该是快龙。”小建则是第一次看到快龙，激动地说：“那就是快龙啊！”
小智一行人来到柑橘岛登记参加橘子联盟信息的地方，将信息做好登记，向工作人员问到比赛的开始时间以及一些基本信息并且参观了胜利者殿堂后，也就离去了。
小智一行人来到了岛上的宝可梦中心，拨通大木博士研究所的电话：“喂，是大木博士吗？”
这次接电话的是大木博士，一见是小智，大木博士就没完没了地说了起来：“是小智啊！你的大比鸟和钻角犀兽都好大啊！还有美丽花，这可是在关都几乎见不到的宝可梦呢！对于我的研究提供了不少的帮助呢！”为了防止大木博士没完没了地说下去，小智赶紧打断了大木博士的话，问道：“大木博士，我的水晶大岩蛇研究得怎么样了？有没有新的发现啊？”
大木博士听到小智的问题后，回答道：“哦！水晶大岩蛇啊！经过我和其它地区的几个宝可梦博士的共同研究，我们发现了这只水晶大岩蛇的地面属性已经被代替了。特性方面和你说的一样，是魔法镜。能力方面和其它的大岩蛇相比除了会水系和冰系的技能之外，和其它大岩蛇差不多，而且特别怕火。对了，还有最重要的一点，这只水晶大岩蛇不能再进化了。”
听了大木博士的报告，小智并没有感到惊讶，直接要求更换宝可梦：“谢了！大木博士，我这次是要交换一下宝可梦，毕竟，我们已经到达柑橘岛了，明天就进行橘子联盟六对六的比赛了。用飞天螳螂交换美丽花和水晶大岩蛇。”
大木博士听到小智即将挑战橘子联盟的首席训练家了，赶紧将宝可梦交换给小智，并且给其加油打气：“哦！你们都到柑橘岛了。好的，马上进行交换。小智，要加油啊！一定要将胜利者杯带回来啊！”
小智信心十足地回应：“嗯，我会的！”接着，又和大木博士聊了会儿后，又拨通了家里的电话，但是这次接电话的却不是妈妈花子，而是爸爸赤虹，赤虹一脸八卦地看着小智，说道：“儿子，到哪了？橘子群岛之旅应该快要结束了吧？听超梦说你和小霞确定关系了，跟你女朋友相处得怎么样？”紧接着，花子也出现了，说道：“小智，你们现在在哪里？”小智见赤虹和花子两人一脸的八卦，瞬间捂脸，但还是回答了他们的问题。就这样，和父母聊了会儿后，小智就将电话挂断了。
晚上，小智一行人吃了晚餐后，就去睡觉了，一夜无话。
时间来到第二天，柑橘岛的柑橘运动场上传来广播的声音：“这里是柑橘运动场，今天，在这个阳光明媚的日子，终于迎接了新的挑战者，他就是——来自真新镇的小智！”广播声音落下，小智就带着皮卡丘一起入场了。接着广播声音继续响起：“导致一直都没有训练家进入胜利者殿堂的强者，被称之为橘子联盟最强南十字星的首席训练家——勇次。”勇次也入场了，只见一个看起来二十多岁的，穿着无袖红色坎肩，脖子上还挂着一颗精灵球的青年出现在小智的对方，小智知道挂在脖子上的精灵球里是一只快龙。
双方上场，先握手示意，随后走到对战位置，裁判宣布比赛的规矩：“双方注意，比赛规则是六对六，宝可梦有三只失去战斗能力的时候就会更换场地。在战斗中，首席训练家是不能交换宝可梦的，但是挑战者的宝可梦是可以随意交换的。”
最初的场地是一个岩石场地，不过，这里的岩石场地的正中央有一处圆形的水池，是专门给水系宝可梦准备的。
“我的第一只宝可梦，去吧！百变怪！”勇次的第一只宝可梦就是低配版梦幻——百变怪！
观众席上，小建看到勇次派出百变怪，担忧地说道：“一开始就是百变怪？这下糟糕了，小智的麻烦来了！”小霞作为小智的女朋友，以及第一个和小智旅行的同伴，一路走来，小智获得的胜利她都知道，所以，对小智充满信心地说道：“小智他是不败的！”
“美丽花，决定是你了！”小智派出了美丽花。
“是在关都地区不常见的宝可梦啊！不过，看样子是草系宝可梦。百变怪，使用变身。”勇次是头一回见到美丽花，只能看到美丽花头上的花朵，以及叶子组成的裙摆，确定这是草系宝可梦。
小智心想：百变怪的变身是可以复制美丽花的绝招和属性等，但是使用绝招的方法，你能复制过去吗？
“美丽花，使用大晴天。”美丽花的特性是叶绿素，所以小智一开场就让美丽花用大晴天来增速，美丽花一阵旋转，一个光球被扔上天空，太阳变得更加耀眼了，到处飘散着光斑，给人们一种身心愉悦的感觉。
解说：“美丽花使用了大晴天的绝招，现在可以看到太阳更加灼热了。”
“既然美丽花是草系宝可梦，那么，百变怪，使出飞叶快刀。”勇次在确定美丽花的属性后，就让百变怪用出绝大多数草系宝可梦都会的飞叶快刀，但变成美丽花的百变怪却是一点动静也没有。
解说：“勇次让百变怪使用飞叶快刀，可是什么都没有发生，看来美丽花没有学飞叶快刀这一技能，勇次这下要怎么办呢？”
一切尽在小智的掌控之中，小智的嘴角微微上扬，笑着下令道：“真是抱歉啊！我的美丽花可没学飞叶快刀这一技能，美丽花，使出蝶舞。”美丽花原地翩翩起舞。
勇次一听，下意识地让百变怪躲开：“百变怪，快点躲开！”当百变怪躲在一边后，发现什么都没有发生，美丽花依旧在跳着舞。勇次要多尴尬，就有多尴尬。
解说：“美丽花使用了名为蝶舞的技能，可是并没有发生任何事情。”
小智并没有让美丽花停下来，美丽花继续在原地不断地跳着舞，蝶舞并不是一次性技能，而是可以持续不断的。
“百变怪，我们也使用蝶舞。”勇次也发觉了蝶舞是强化技能，赶紧让百变怪也使出蝶舞。
小智这边，美丽花已经蝶舞三次了，加上叶绿素特性的作用，美丽花的速度提升了五倍，特攻与特防也都提升了三级。
“美丽花，别让百变怪继续强化，用日光束打断它！”美丽花马上高速移动到百变怪面前，在大晴天下直接发射日光束，虽然没有蓄力，但也直接把百变怪打飞了，百变怪也因此强化失败。
“百变怪，振作一点，使用日光束。”
“抱歉，天气没了。美丽花，使用魔法闪耀。”
勇次见小智不给机会让百变怪强化，只好使用草系大招来进攻，可就在这时大晴天结束了，百变怪的日光束需要蓄力才行，美丽花身上发出耀眼的粉色光芒，成功地命中百变怪，百变怪也因此失去战斗能力。
解说：“百变怪失去战斗能力，美丽花胜！”
“回来吧！辛苦了，百变怪；第二只：上场了，大岩蛇。”勇次的第二只宝可梦是大岩蛇。
“回来吧！美丽花；拉普拉斯，就决定是你了！”小智收回美丽花，派出拉普拉斯。
勇次见小智派出的是拉普拉斯，心说：按照属性来的啊？这下麻烦了！
“拉普拉斯，求雨。”拉普拉斯控制着一颗水球击向空中，乌云迅速聚集，渐渐沥沥地飘起了细雨，小智的拉普拉斯还戴了潮湿岩石，下雨会持续八个回合，也就是说，接下来，大岩蛇会持续难受。
“大岩蛇，挖洞。”
“拉普拉斯，连续使用冲浪。”
勇次见情况对大岩蛇非常不利，便让大岩蛇进入地下躲避，想伺机而动，可拉普拉斯直接卷起风浪，带着海水冲过去，于是，大量的海水灌入大岩蛇挖洞所留下的洞口中，大岩蛇如果不出来就会被水完全浸泡。勇次意识到不妙，大喊：“糟了！大岩蛇，快点出来啊！”
大岩蛇迅速从地底钻出，连攻击都没有造成，不过也防止被海水所攻击，不要忘了，拉普拉斯在场地中不断地来回使用冲浪，大岩蛇从洞中一出来就招到迎头的一发冲浪，这可是四倍的伤害。
解说：“小智太厉害了，一系列攻击，让勇次一直处于被动，毫无还手之力。”
“大岩蛇，加油啊！使用紧束。”勇次现在也没有任何办法，只能让大岩蛇发挥一下余热了，大岩蛇也向拉普拉斯冲了过去。
“拉普拉斯，冷冻干燥。”可惜的是还在半路上就被拉普拉斯一发冷冻干燥拦截了，直接失去战斗能力。
解说：“大岩蛇失去战斗能力，拉普拉斯获胜。”观众席上，观众们开始窃窃私语：“怎么搞的？勇次已经连败两局了？”
“回来吧，大岩蛇。既然你是按属性来对抗的，那么，就让我看看这只你能怎么办！去吧，耿鬼！”勇次的第三只宝可梦是毒加幽灵属性的耿鬼。
解说：“勇次派出了相当难缠的宝可梦，小智要怎么应对呢？”
“回来吧，拉普拉斯；水晶大岩蛇，这次就决定是你了。”小智也交换了宝可梦，水晶大岩蛇一出现，就引发了观众们的骚动：“好漂亮啊！好绚丽啊！是全身由水晶组成的大岩蛇啊……”
“耿鬼，使出奇异之光。”
“水晶大岩蛇，热水。”
耿鬼率先攻击，从眼中发射一颗小光球向水晶大岩蛇攻去，想让水晶大岩蛇发生混乱，可水晶大岩蛇毫不在意，直接从嘴里喷出热水。可就在这时，本该混乱的水晶大岩蛇并没有混乱，反而是耿鬼进入混乱状态。
勇次见状，有些疑惑道：“怎么会……这样啊？”
小智也贴心地解释道：“水晶大岩蛇的特性是魔法镜，因此，它一直处于魔法反射的状态，将对方以它为目标的部分变化招式反弹，而奇异之光正好在列。”
“水晶大岩蛇，使用热水。”解释完的小智继续进攻，不断冒着热气的水柱从水晶大岩蛇的口中发射，耿鬼还在混乱状态中，来不及反应，被热水灼伤了。
勇次见状，感觉相当地辣手：“灼伤？相当辣手啊！催眠术也不能用……”虽然混乱状态的宝可梦在收回精灵球的时候是可以解除混乱状态的，但是勇次被规则限制了。
解说：“小智太厉害了，利用宝可梦的特性，成功反制了勇次，使勇次陷入了被动。”
“既然这样的话，耿鬼，使用隐身消失吧！”勇次知道耿鬼虽然不能长久作战，但是耿鬼通过隐身迷惑敌方，从而伺机而动的作战方式不会变。
“水晶大岩蛇，向一点钟的方向使出热水。”小智利用雨天识破了隐身，水晶大岩蛇向一点钟方向发射热水，耿鬼被打出来了。
解说：“小智好像有超能力一般，一眼就看穿了耿鬼所在的位置。”
对此，小智只能呵呵一笑：虽然自己确实有超能力，但是这个时候还是不屑用超能力。于是，小智开口道：“并不是超能力哦！而是因为现在正在下雨，雨水没有穿过的地方就是耿鬼的位置所在！”
“水晶大岩蛇，再来一发热水！”
“耿鬼，快点避开！”
耿鬼的速度虽然很快，但这时混乱发动，因此停在了原地，并且还攻击了自己，再次被热水击中。
这时，天空放晴了。小智也没办法轻易地发现耿鬼的位置了，而勇次也松了口气。
“耿鬼，先隐身，然后使用黑夜魔影。”
“水晶大岩蛇，用水流环。”
耿鬼在中了四次热水，经过三次灼伤加一次混乱自残后，所剩体力不多了。也就水晶大岩蛇的伤害不高，不然怎么会要这样去磨血。水晶大岩蛇身体周围环绕上水环，本身在阳光下璀璨的水晶大岩蛇在水的折射加持下变得更加七彩斑斓。不过，耿鬼也命中了水晶大岩蛇，绿光闪过，水晶大岩蛇恢复了些许体力，耿鬼这边则是闪过火花，再次受到伤害。
“水晶大岩蛇，使出急冻光束！”
“耿鬼，快避开！”
勇次见小智让水晶大岩蛇使出急冻光束，赶忙让耿鬼避开，可惜，混乱效果再次发动，耿鬼被冻住，失去了战斗能力。
勇次见状也收回了耿鬼：“回来吧，耿鬼，你已经尽力了。”
小智同样收回了水晶大岩蛇：“回来吧，水晶大岩蛇，你做得很好哦！”
解说：“耿鬼失去战斗能力，水晶大岩蛇胜。由于首席训练家的三只宝可梦已经失去战斗能力，现在要改变战斗场地。”
上半场比赛结束了，更换场地，由岩石场地变成了沙漠场地，下半场比赛开始了。
“妙蛙花，去吧！”勇次的第四只宝可梦是妙蛙花，看来这是他的初始宝可梦了。
“水晶大岩蛇，再拜托你一次了！”小智这边再次派出了水晶大岩蛇。
小霞看到后，有些疑惑，因为小智自石英大赛以来，一般都会交换宝可梦的，特别是现在连场地都更换的情况下。
“水晶大岩蛇，用隐形岩。”小智这么做当然有自己的打算了。水晶大岩蛇体内飞出许多小晶块，当晶块落地后，立刻就消失不见了。
“妙蛙花，使出飞叶快刀。”勇次看着消失不见的晶块不知道为什么会感到不妙，但还是让妙蛙花发动了攻击，飞叶快刀命中了水晶大岩蛇。
小智看到水晶大岩蛇受到攻击，马上就将其收回：“水晶大岩蛇，你做得很好！接下来，太阳伊布，就决定是你了！”换上了太阳伊布。
解说：“这个是……伊布的其它进化型？”由于太阳伊布在关都地区和橘子群岛并不常见，一些人并不知道伊布的所有进化型。
“妙蛙花，使用藤鞭。”虽然勇次不知道隐形岩的效果是什么，但心里一直有点不安的感觉。因此，勇次让妙蛙花发起攻击。
“太阳伊布，电光一闪。”太阳伊布一个加速就穿过了妙蛙花的藤鞭，而后就撞到了妙蛙花的身上。
“太阳伊布，就是现在，用精神强念。”小智抓紧下令，太阳伊布发出粉色的能量轰炸在妙蛙花的身上，妙蛙花拥有毒属性，超能力系技能打过去效果拔群。虽然太阳伊布的特攻非常高，但是皮糟肉厚的妙蛙花还是坚持住了。
“妙蛙花，使用飞叶快刀。”
“太阳伊布，再用一次精神强念。”
妙蛙花再次发动进攻，看来是没有变化技能，这种攻击被超能力系所克制，太阳伊布的眼睛发出粉色的光芒，时间仿佛被静止了，叶片完全被精神强念控制住了，无法再进分毫，而后精神强念控制着叶片向着妙蛙花回攻，妙蛙花再次被打中，效果绝佳。
“既然如此，妙蛙花，准备日光束。”
“太阳伊布，精神强念。”
勇次让妙蛙花做最后一搏，让妙蛙花使用日光束，妙蛙花开始吸收阳光能量，小智这时依旧让太阳伊布用精神强念，再次打中妙蛙花。
“日光束，发射！”
“太阳伊布，电光一闪。”
妙蛙花硬接下了攻击，并且发射了日光束，可太阳伊布用电光一闪快速移动到侧面，躲掉了日光束，妙蛙花也因体力不支失去战斗能力。
解说：“妙蛙花失去战斗能力，太阳伊布胜利，太惊人了，到目前为止，勇次已经连输四局了，而小智的宝可梦则除了水晶大岩蛇受了点伤外，没有一只宝可梦失去战斗能力。”
“辛苦了，妙蛙花；接下来就是电击怪，上场吧！”勇次收回了妙蛙花，换上了电击怪。看来这只电击怪是刚收服不久，还没有进化。
“回来吧，太阳伊布；去吧，月亮伊布。”小智也更换了宝可梦，让月亮伊布上场。
这时，隐形岩的效果发动，电击怪一上场就被砸中，使电击怪丢了些体力。
勇次看到隐形岩的效果后，不是很在意：“原来如此，这就是隐形岩的效果啊！”电击怪并没有受到多大的伤害，因此，勇次才轻描淡写地过。
解说：“小智再次派出伊布的进化形——月亮伊布，且之前的隐形岩居然是现在发动。”
“电击怪，使用电击。”
“月亮伊布，剧毒。”
电击怪的脚底出现紫色的毒圈，脸上也出现紫色的痕迹，这是中毒的征兆，体力开始不断地损失着，月亮伊布也被电击打中，不过，本来就是防高血厚的月亮伊布根本没有多大的影响。
“电击怪，十万伏特。”
“月亮伊布，保护。”
勇次让电击怪加强攻击，但是这次月亮伊布的身体被白色光圈包围着，十万伏特被挡下了。而后，电击怪身上紫光闪过，体力又下降了不少。
“电击怪，雷电拳。”
“月亮伊布，使用祈愿。”
电击怪的雷电拳打中月亮伊布后，月亮伊布的祈愿也使用出来了，一道小流星在月亮伊布的头顶上划过，洒下点点光芒，电击怪又被剧毒伤了一下，再加上隐形岩的作用，电击怪只剩余一半的体力了。
“好！电击怪，使出打雷。”
“月亮伊布，继续用保护。”
勇次之前被压制了那么久，终于发现这局可以不断地进攻了，所以再次攻击。
一道黄色电流从空中劈下，但月亮伊布又保护膜给保护起来，电流没有起到任何作用，之后，月亮伊布身上闪过绿光，身上的损伤直接就治愈了，并且恢复了大半的体力。
解说：“电击怪不断地发动攻击，反而月亮伊布在被动防守，明明之前强势的小智这一局要输给勇次了吗？”
“电击怪，再用一次打雷。”
“月亮伊布，继续保护。”
这次月亮伊布直接将电击怪给拖死了。电击怪打雷用出之后就倒地不起了，而月亮伊布依然成功用出保护，隔绝了打雷。
解说：“电击怪失去战斗能力，月亮伊布胜。真是没想到，全程被压制的月亮伊布居然会以这样的方式获胜。”
勇次渐渐接受了这个难以置信的结果：“真是没想到，小智你的月亮伊布硬生生将我的电击怪拖死了，时也，命也。”
小智对于这个结果则是没什么，因为还有更让人恼火的进化奇石吉利蛋没派出来呢！要是派它出场，我估计你会被欺负得崩溃的。
比赛终于到了最后一刻，决定胜负的一局开始。
勇次也收回了电击怪，拿下挂在脖子上的高级球：“去吧！最后一局就拜托你了，快龙！”
小智悠悠开口提醒道：“不要忘了场地上的隐形岩哦！”话音未落，就看到隐形岩打中快龙，快龙被击落，直接掉到地上。
勇次见到快龙受伤严重，惊讶地问道：“怎么可能？”小智解释道：“隐形岩会攻击交换上场的宝可梦，受属性克制的影响，隐形岩是岩石属性技能，对拥有飞行属性的快龙伤害翻倍，快龙受到的伤害当然要比电击怪大得多了。”
小智解释完毕后，收回了月亮伊布，对皮卡丘道：“回来吧，月亮伊布；最后一场，皮卡丘，就决定是你了！”
皮卡丘上场后，脸颊不断地闪烁着电火花，看来斗志十足啊！
解说：“小智选手的最后一只竟然是皮卡丘，不过勇次只剩下快龙一只宝可梦了，而小智还有六只宝可梦，小智的赢面很大呀！”
“快龙，十万伏特。”
“皮卡丘，先用电光一闪，然后使出十万伏特。”
皮卡丘一个加速从快龙的攻击线上离开，而后进行反击，十万伏特的电流成功地打中了还站在地上的快龙，导成的伤害不太大，快龙的龙属性弥补了它飞行属性怕电的这一弱点。
“快龙，飞起来，使出打雷。”
“皮卡丘，电光一闪避开。”
勇次终于想起快龙有空中优势，让快龙飞起来掌控制空权，但快龙的攻击还是被皮卡丘避开了。
“快龙，泰山压顶。”
“好机会！皮卡丘，铁尾。”
勇次见远程攻击不到皮卡丘，便让快龙用泰山压顶来压制皮卡丘，可皮卡丘利用自身的速度，躲开了快龙的攻击，尾巴这时发出了金属的光芒，一下劈在快龙的头上。
“快龙，不要认输！再用一次泰山压顶。”
“皮卡丘，使用十万伏特。”
快龙再次发动了攻击，而皮卡丘迅速跑向远方，拉开了距离，黄色的电流朝正趴在地上的快龙打去，成功命中。
解说：“皮卡丘的游击战术太灵活了，快龙对此毫无办法，找不到任何机会击中皮卡丘，只能陷入被动的局面。”
“快龙，使出龙之怒。”
快龙的龙之怒是以龙卷风的形式出现的，刚好将皮卡丘围起来，并且不断缩小范围。
“皮卡丘，十万伏特接伏特攻击！”
小智见状，让皮卡丘学原剧情中借助电流奔跑起来，而皮卡丘也迅速明白了小智的意思，先用十万伏特，当电弧四散开来的时候，皮卡丘在电弧上奔跑起来。全身充斥着电流冲向空中，直接把使用着龙之怒的快龙撞飞了。
解说：“快龙失去战斗能力，皮卡丘获胜！真是太厉害了！恭喜小智成功打败了首席训练家进入胜利者殿堂！”
小智见赢得了胜利，欢呼起来：“太好了！赢了！”皮卡丘也高兴地跳进小智的怀里，和小智一起欢呼雀跃。
勇次也收回快龙，走到小智面前，将胜利者杯和证书递给小智，说道：“恭喜你了，小智，这是你的胜利者杯和证书。”小智将奖杯和证书接过来，说道：“谢谢，你也很强，期待与你下次再交手！”勇次一听，说道：“好！我就在这里等你下次来挑战。”
小霞跑了过来，给小智一个大大的拥抱，恭喜道：“小智，恭喜你。”随后，小建也跟过来，说道：“恭喜！”
小智得到橘子联盟名誉训练家的称号，和宝可梦们一起拍了照片，印了手模留在胜利者殿堂当中，婉拒了当首席训练家的请求，踏上返回真新镇的旅途。