小智一行人继续在橘子群岛中旅行着。昨天在海上认识了在海上开船旅行的小美，并受到小美的邀请，来到了小美的船上，一起朝下一座岛前进。
突然，天空中开始出现大片的乌云，原本平静的海面开始出现风浪，船也因此剧烈摇晃起来。
小智一行人见状，眼疾手快地收回各自的宝可梦：“大家都回来吧！”皮卡丘也跳到小智的怀抱中，波克基古也从空中飞到小霞的怀里。大家只能抱着栏杆，完全控制不了船，也不知道船会飘往何处。
小智已经知道了是哪个剧情，连忙用波导沟通超梦和越梦做好战斗准备。这时，虽然海上还是一副风不平，浪不静的样子，但也稍微平稳了一点，小美站在船的上方，看着远方说道：“居然来到了这里：亚细亚岛，橘子群岛的尽头。”
小智一听，心情复杂起来：果然还是避无可避吗？那就迎接这次的战斗吧！超梦和越梦，这次就拜托你们啦！
然后大家一起登上了亚细亚岛。登岛下船后，小霞松了口气：“终于得救了！我们的运气真好啊！”这时，小建发现突然出现在小智一行人不远处的一群戴着面具的人问道：“真的得救了吗？”
这时，其中一个女人把面具摘下来，对小美说道：“这不是小美吗？”看样子她们俩早就互相认识。小美也跟那个女人打招呼：“是小悠啊！自校园一别，算起来，应该有五年没见了吧？不过……你打扮成这样干什么呀？”小悠回答道：“祭典啊！从今天开始，岛上会举行祭典。”
小美一听，问道：“你还是跟以前一样，当祭典上吹笛子的女巫吗？”小美知道小悠以前都是在祭典上充当吹笛子的女巫。不过，小悠已经退隐了，只见她回答说：“不是啦！我已经隐退了，毕竟我不是小孩子了，担任祭典女孩的是我妹妹。”
然后前方出现一个女孩子，只见她戴着墨镜，穿着现代的衣服，和四周的人显得格格不入。女孩的口中不停地抱怨：“什么妹妹嘛？谁是祭典女孩了？有你这样的姐姐真是大为不幸！”姐姐小悠看着自家妹妹的打扮，不满地开口：“你那是什么打扮？祭典的衣服呢？”妹妹则回答道：“我才不要去穿那些老土的衣服呢！而且祭典是从傍晚开始的。”看来姐妹俩意见不合。
小悠也无奈，向大家介绍自己的妹妹：“这是我的妹妹：芙芦拉。”又吐槽道：“真是没办法，这样也能当圣女？时代真的变了。”
小悠这时才看向小智一行人，向小美问道：“他们是……”小美介绍道：“哦！他们是正在旅行的宝可梦训练家。”大家听了小美说是宝可梦训练家，立刻就激动起来，欢呼道：“哦耶～宝可梦训练家啊！哦耶～”这一举动把小霞和小建整得一头雾水，但小智是知道原因的，所以，小智现在一脸严肃。
之后，人群中的一位老大爷走出来，说道：“传说中，随着世界毁灭，海之神出现，并与优秀的指挥者一起平息诸神的愤怒。而指挥者，也就是宝可梦训练家，你就是那个宝可梦训练家。这是惯例！”说完，用手指着小智，示意小智就是那个训练家，也就是指挥者。
这时，芙芦拉也走了过来，打量着小智：“你是宝可梦训练家？”小智也做了个自我介绍：“我叫小智，你好！”芙芦拉听了小智的话后，自言自语地纠结道：“哎呀，不管了，按照惯例，亲一个。”说完，就要亲了过来。
小智看着马上就要亲过来的芙芦拉，立刻就慌起来，赶忙地说道：“喂！喂！喂！等一下哈！”虽然说美女之吻确实不错，但是自己的女朋友——小霞还在自己的身边看着呢！
小霞此时此刻也反应过来了，立马上前一步，挡在小智的面前，对芙芦拉说道：“你好！我叫小霞，是小智的女朋友。我不知道你们的惯例是什么。不过，你不觉得在我面前亲我男朋友不好嘛！”小霞这时的女王范尽显，要捍卫属于自己的一切，这个时候必须强势起来。
芙芦拉听到小霞的话后，不太确定地看向小智。小智也立刻非常肯定地回答道：“是的，我有女朋友了。”毕竟我们的小智是非常专一的，而且非常宠小霞。当然，你要说是妻管严也行。
芙芦拉吃了一波狗粮后，也只好放弃了小心思。小霞也因此松了一口气，并且决定以后一定要将小智看紧了，像小智这样非常优秀的男生的桃花运应该不会少的。
这时，老大爷宣布祭典开始了，小智一行人也跟着加入到了祭典当中。
突然，从远处传来悦耳的笛声，而后前方的平台上出现了一个头戴白纱，一边跳着舞一边吹着笛子的女孩。原来是芙芦拉。
芙芦拉跳完舞后，就走到小智一行人的面前，对小智说道：“天地愤怒，世界即将毁灭之际，海之神出现，与优秀的指挥者一同平息诸神之怒。小智大人，如果那个优秀的指挥者真的是你的话，请让我们看到证据吧！请小智大人到附近的三座岛上拿到三个宝物，然后将其放到岛上的祭坛上。最后，由我向众神吹奏奉献之笛，这样子就结束了。”
小霞在一旁好奇地问道：“宝物在哪里？”芙芦拉回答道：“在各个岛上的神庙里，而且有船到岛上去，到了神庙还有楼梯，非常简单的。”看来历年的祭典都非常简单。可小智却知道这次不同以往了。
小智想将这件事快点处理完，并打算马上就出发。芙芦拉则告诉小智不要急，明天再出发也没事。小智坚持自己的想法，并叫上了小霞，小霞也觉得快点结束好，不然，真要出事就不妙了，小建想要在原地等待，小智和小霞也没有强求。
这时，芙芦拉走了过来，说道：“那我跟你们一起吧！先去火之岛。”说完，示意小智和小霞上船。小智，小霞，芙芦拉三人向着火之岛的方向前进了。
与此同时，真新镇，大木博士研究所内。赤虹和花子听闻橘子群岛的海底洋流发生了变化，立刻就猜到了是被人们称之为海之神，洋流之神的洛奇亚搞出来的动静。花子有些担忧地说道：“赤，小智应该不会有事吧？”赤虹皱了皱眉，对花子说道：“放心吧，我已经让超梦在暗中关注了，适当的时候超梦会出手的。而且，小智这小子现在已经很强了。”花子听到这话，彻底放心了，也不再担忧小智的安危了。而在常青道馆内的坂木听到橘子群岛的消息，嘴角微微上扬：“哈！真是的，又是跟以前一样……”
小智这边，终于到达了火之岛，小智和小霞立刻抱着皮卡丘与波克基古跑向楼梯。小美突然劝说道：“这个天气，还是不要乱动比较好。”毕竟现在这种暴风雨天气，谁知道会发生些什么事呢。小智则回应道：“你们还是在这里等我们吧。”说完，马上就拉着小霞的手跑去。
到神庙的路上还是安全的，并没有出什么事。小霞看到神庙里有颗散发着红色光芒的珠子，拿下来和小智一起看了一下，问道：“这个就是宝物？”小智回答：“应该就是这个。”小霞将珠子递给小智，小智接过珠子就感受到了红色珠子里有一股火焰在燃烧，温暖的感觉在手掌心中。
小智和小霞打算离开这个地方的时候，火箭队三人组出现了：“……（火箭队经典登场台词）”小智立刻问道：“火箭队，你们又想抓皮卡丘？我今天很忙，没时间跟你们耗！”事态紧急，已经没有时间和火箭队三人组玩游戏了。
就在这时，闪电鸟出现了。随着闪电鸟的出现，闪电到处肆虐。小霞并不认识闪电鸟，开口问道：“那只是……”小智只好解释道：“闪电鸟，关都地区的三圣鸟之一，电系加飞行系的传说宝可梦，”
与此同时，闪电鸟停在神庙上，身体向四周发出电流，把原本的火山口改变了形状。小霞突然感觉自己轻飘飘的，有种要浮起来的感觉，问道：“怎么回事？”小智让小霞放心，对她说道：“放心，是电流的作用，电可以产生磁，这四周都被磁化了。地磁也因此受到影响，不用担心。”
这时，皮卡丘突然向闪电鸟发动攻击。武藏看到这种情况后，不解地问道：“干什么呢？这种程度的电击完全没有任何用处吧？”火箭队的喵喵翻译道：“不是在攻击，是尝试交流啊喵，皮卡丘说这是火焰鸟的岛，闪电鸟为什么会在这里啊？”而闪电鸟也随后给出了回应，喵喵继续翻译着：“闪电鸟说这座岛的主人已经不见了，既然这样，就由我来支配这座岛。”
就在这时，大家的眼前出现了一个庞大的飞行物。小次郎吃惊地喊道：“那个是什么东西？”小霞也开始担忧起来，因为她不知道接下来会发生什么事情。小智紧握住小霞的手，给予支持：“没事，有我在呢！”
突然从远处的空中飞来一个庞大的飞行物，并且发射出四个方形金属。小智见那四个方形金属向这边飞来，迅速说道：“皮卡丘，波克基古，赶快过来！”皮卡丘和波克基古立刻跑到小智和小霞的身边。就在这时，两个方形金属物突然把小智和小霞还有火箭队三人组圈了起来，而后另外两个金属物也将闪电鸟关起来了。
随后，金属物带着大家向飞行物而去。进了飞行物后，就看到了被关在旁边的火焰鸟，小智开口介绍：“火焰鸟！”小霞听了小智的话后。有些惊讶地开口道：“原来火焰鸟是被抓到这里来了啊！”
这时，一个大叔从上方传送下来，对小智和小霞还有火箭队三人组说道：“你们几个是第一批没有收到邀请函就来到这里的人。觉得怎样？雷之神——闪电鸟，火之神——火焰鸟，我的新收藏品。”
小霞听了那个人的话，非常生气地质问道：“等下，大叔，收服宝可梦为什么不用精灵球？这不是对宝可梦们的侮辱吗？”
听了小霞的话，大叔好像听到了什么笑话，哈哈大笑着：“哈哈！小丫头片子，我为什么要收服它们？我可不是宝可梦训练家，我是收藏家吉尔露太！于我而言，能眼睛看到的东西才是收藏品！你们都可以看吧，我的收藏品！不过，不要乱动，这样才是礼貌。”吉尔露太说完，就将小智他们从关着的地方放了出来。这时，吉尔露太的身前出现了一段影像，是急冻鸟！然后吉尔露太又传送上去，完全没有管小智他们，看来是认为小智他们翻不起什么浪花来。
此时此刻，全世界的宝可梦们都开始向亚细亚岛前进。
小霞看着被关的火焰鸟跟闪电鸟，觉得应该做点什么，却不知道该怎么办，于是就问小智：“现在我们怎么办？”
小智也知道事态紧急，但还是看着一旁的石碑解释道：“我们得赶紧将火焰鸟跟闪电鸟救出来，不然世界就会发生大灾难。你们看这块石碑上写的：火之神，雷之神，冰之神不可擅自触及，否则，天地的愤怒将会使世界走向灭亡！”
火箭队三人组明显不相信，问道：“怎么会这么严重啊？”
小智为火箭队三人组和小霞解释道：“不要不相信，闪电鸟的电流可以产生蛋白质等生命所需的有机物，而火焰鸟和急冻鸟则会使海底产生暖流和寒流，暖流和寒流相互混合，就会加速生物的生长，从而带出更多的养料，有利于生命的大量繁殖，这也产生了一种平衡。如今，火焰鸟和闪电鸟被抓住了，平衡已经打破，世界会逐渐走向毁灭。”这些都是小智童年时在大木研究所中学到的。
这时，火箭队三人组也担忧起来：“如果世界灭亡了，就再也没有宝可梦了，我们会失业的！”小智和小霞满头黑线，心说：你们的关注点可真奇怪啊！在这种世界末日来临之时，不关心自己的性命，反而关心失业问题，不过，这也符合三人组乐天派的性格。
随后，小智对小霞说：“小霞，派蚊香君出来帮忙。”小霞点了点头，派出蚊香君，并且让它听小智的指挥：“好！蚊香君，出来吧，听小智的命令！”
“蚊香君，水枪；皮卡丘，十万伏特。”小智让蚊香君和皮卡丘同时攻击关着火焰鸟的笼子。小智立刻把小霞护在身后，然后对火箭队三人组解释道：“皮卡丘的电流会将蚊香君的水电解，产生氧气和氢气，电流会产生电火花，引燃氢气，产生爆炸，所以大家都要小心。”火箭队三人组这次和小智是一伙的，所以他们听到小智的话就立刻跑开了。随着“砰”地一声巨响，产生了爆炸，火焰鸟成功地逃脱了。
火焰鸟逃脱后，立刻使出喷射火焰，救出了闪电鸟，然后两只宝可梦就开始撞击飞行器，由于飞行器被破坏，所以失控了，开始向下坠落，看着渐渐下落的飞行器，火箭队担忧地喊道：“怎么办？要撞上了啊！”
小智派出了巨大大比鸟：“大比鸟，就决定是你了！小霞，来。”小智爬上巨大大比鸟的背，然后把小霞也拉上来，皮卡丘跳到小智的肩膀上，波克基古也飞到小霞的怀中。
小智在小霞坐稳后，看了看下方，指着一座岛屿对巨大大比鸟说道：“大比鸟，飞到前方的岛屿上。”随后巨大大比鸟就向前方岛屿飞去。至于火箭队三人组嘛，小智也管不了那么多了，反正作为“真?主角”他们是不可能出事的。
成功着陆后，小霞指着前方的神庙对小智说：“小智，你看。”小智看着前方的神庙和黄色宝珠，小智就知道这里是雷之岛，立马上前将宝珠拿下来，拿了宝珠后，就立马将其放到口袋中，拉着小霞的手跑开了。
这时，坏掉的飞行物向这边落下来了，也带来火箭队三人组的声音：“它们完全被激怒了啊！”看来，三人组已经安全地着陆了。
不过，闪电鸟和火焰鸟以及不知从何时何地出现的急冻鸟被惹怒了，开始胡乱放着技能。对于现在的处境，小霞不知所措地问道：“我们现在该怎么办呀？”小智拿出两颗大师球，说道：“超梦，越梦，这次就拜托你们了，把我们送到那边的岛上。”小智知道现在不能坐大比鸟了，容易被那三只三圣鸟攻击。
超梦和越梦出来后，超梦看着正打得不可开交的三圣鸟，问道：“需要我和越梦一起去解决那三只鸟吗？”小智知道以超梦和越梦的实力单独派其中之一都能够将三圣鸟击败，不过那并不是解决事情的根本，还是以比较好的方法解决为妙，因此，小智劝阻道：“不用，它们也是无辜的，而且世界还需要它们的能力，你跟越梦一起送我们过去吧。”
小智在确定了祭台所在岛屿的位置后，就让超梦和越梦用瞬间移动将自己跟小霞送过去。
到了岛屿上，芙芦拉立刻就跑过来，旁边还跟着一只呆呆王，问道：“小智，小霞，你们没事吧？”看来她也知道这次事件必须在这座岛屿上才能平息。小智回答道：“没事。”
这时，芙芦拉旁边的呆呆王用心灵感应对小智道：“把宝珠放到对应的位置。”小智立刻向那边跑去，把两件宝物分别放到祭台的对应位置。
越梦这时看着向这边一边飞一边放技能的三圣鸟，对小智说道：“小智，它们过来了。”就在它们到达的时候，从海洋中打出一股激流漩涡，把它们阻碍在海面，而后出现了一只宝可梦，小智在看到后说道：“果然……海之神，不！应该叫你洋流之神：洛奇亚！”
小霞是第一次看到这只宝可梦，问：“海之神？洋流之神？”小智对小霞和芙芦拉以及一旁看到洛奇亚感到威胁的超梦与越梦解释道：“嗯！洛奇亚，是超能力系和飞行系的潜水宝可梦，传说中的宝可梦，被人们称之为海之神……不过，我觉得更准确的称呼应该是洋流之神，毕竟，它不是水系宝可梦，丰源地区的传说中的水系宝可梦——盖欧卡才是真正的海之神！”
就在这时，天空中又出现了一只超梦。小智看到后就知道这里没有他们的事情了，赤虹都派超梦来插手了。于是，超梦将三圣鸟三下五除二地打倒在地。随后，用超能力将三圣鸟和对应的宝珠拿走了。
随后，洛奇亚也潜入水中，离开了这个地方。小智也跟小霞一起找到小建，一行人在和芙芦拉告辞后，就乘坐拉普拉斯向着橘子联盟的最后一家道馆的所在地出发了。