离开了平柑岛之后，小智一行人继续坐着拉普拉斯在海上旅行着。
突然，两艘快艇贴着小智的拉普拉斯过去了，小智一行人也被溅起的水淋成了落汤鸡。小霞气呼呼地喊道：“撞到人怎么办啊？”小建有些不解地问道：“船开那么快干什么啊？”小智顺着快艇的方向看去，立即发现了一座岛屿：“那两艘船应该是要去那座岛上的。”小建说道：“我们也去看看吧，说不定是什么有趣的事呢！”小霞也好奇，想去看看。小智见两个同伴都想去看看，也点了点头，对拉普拉斯说道：“那么，就拜托你了，拉普拉斯。”拉普拉斯就向那座岛游去。
小智一行人跟着来到了这座岛，登岛后，小智收回拉普拉斯，放出两只伊布：“拉普拉斯，回来吧，辛苦你了。出来吧，伊布。”皮卡丘和波克基古看到两只伊布出来了，立刻就和伊布们开心地玩在一起。
这时，旁边传来声音：“电视机前的各位观众们，我们现在终于来到了这座有问题的小岛上，探索这座无人岛，相信对于绝种的化石宝可梦——化石盔的迷团将会有进一步的了解，”小智一行人向旁边看去，发现是一群人在进行节目录制。
在那群人走后，小霞好奇地问道：“化石盔的秘密？”小建想去了解一下情况，建议道：“我们也去看看吧？”虽然他当时被小智和小霞的化石盔吓了一跳，但是并不妨碍他对化石盔的化石感兴趣。小智和小霞见来都来了，也就同意了：“好吧！”
于是，小智一行人就向那群人的营地走去。到达营地之后，就听见那个记者说：“为了正式地进行发掘调查，他们已经在此建立了扎营基地。”然后那个记者指着一块化石继续说道：“大家看到了，这个就是造成这次话题的化石盔的化石。几天前，一个渔夫用渔网捕获的。根据宝可梦博士的鉴定，现在已经证实，这就是货真价实的化石盔化石，又经过多方鉴定，终于得知化石是从这座岛漂流出去的。”
听到这话，小建非常兴奋地说道：“太好了！是真正的化石盔化石耶！”小霞在一旁爆出消息：“其实化石盔小智也有，他还有镰刀盔，菊石兽和多刺菊石兽，以及一只化石翼龙呢！”小建听了小霞的话，吃了一惊：“什么？小智，你有这么多化石宝可梦啊！请一定要让我观察。”小智回答道：“它们现在都在大木博士的研究所呢，反正你以后要去，到时候再看吧，你可以好好观察。”
小霞在得知这件事情的真实情况后，就兴趣缺缺地说道：“我们还要待在这里参加挖掘化石吗？”小智想了一下，说道：“反正来都来了，就一起去看一下吧。”
小智一行人就走了过去，看到一个记者正在采访一名乔伊小姐，感到十分惊讶，毕竟，乔伊小姐平时都是坐镇在宝可梦中心的。
面对记者的采访，乔伊小姐说：“这次发掘调查的主要目的：调查化石盔这种绝种宝可梦的生态，并且解开化石盔精髓的秘密。”记者发问：“化石盔精髓的秘密？”
乔伊小姐点了点头，继续说道：“一直流传在各地的传说中，化石盔的精髓能够制造长生不老药。为了解开这个迷团，我们希望找到大量化石盔化石。只要解开了这个迷，对于促进医学的进步肯定有帮助。”说完，就调整好队伍继续出发了，而小智一行人也跟在队伍的后方。
一路上，卡蒂狗走在前探路，豪力在后面背东西。来到了一处丛林中，突然，卡蒂狗叫了起来“wan！wan！”一人问道：“卡蒂狗，怎么了？”乔伊小姐也走过去问道：“出什么事情了吗？”那人说道：“不知道，但是卡蒂狗发现了什么。”乔伊小姐环顾四周，没有任何发现。
就在这时，前方陡坡上一块球形的大岩石滚了下来，大家都开始向后退。小霞也赶紧将波克基古叫到身边：“波克基古，快回来。”波克基古听到后立刻飞回小霞身边。小智对身边的两只伊布下达指令：“伊布，使用挖洞，将地挖松。”两只伊布迅速下潜，巨石到达伊布挖洞的地方的时候，随着一声响，巨石陷了下去。小智摸了摸两只伊布的头，称赞了一番：“辛苦你们了！”
随后，大家在乔伊小姐的带领下继续前进。终于，在走过一段路后，大家到达了乔伊小姐所说的目的地。
于是，那些人开始派出各种大型宝可梦：豪力，钻角犀兽之类，开始挖掘工作。而小智一行人则悠闲地坐在一旁休息。
就在这时，一堆岩石从上面滚下来了。乔伊小姐立刻喊道：“大家快逃！”大家慌忙四散开来。小智则马上反应，让皮卡丘和伊布进攻：“皮卡丘，铁尾；伊布，双重暗影球。”皮卡丘和伊布成功地将落下来的岩石打碎了。
乔伊小姐看到小智用宝可梦将岩石打碎后，迅速反应过来：“钻角犀兽，把岩石破坏掉；豪力，挡下岩石。”立刻就模仿小智用宝可梦来挡岩石。
危机解除，小霞觉得有些不对劲，便说：“现在的岩石崩塌和之前的大岩石，看起来像是有人要对付我们啊。”乔伊小姐听到小霞的话后同样这么觉得，可能这就是所谓的女人第六感吧！小建说出自己的看法：“哪会呢？只是巧合罢了。”他不认为有人想要置这里这么多人于死地。
突然，波克基古像是发现了什么似的，向一个方向飞去。小霞看到波克基古飞了出去，喊道：“波克基古，你要去哪里啊？”小智立刻跟上去，小霞和小建见状也跟了上来。在看到波克基古追着一个人后，小智立刻喊道：“站住！岩石就是被你推下的吧？”前面的人现身了，是一位老大爷，对小智一行人说道：“立刻离开这座小岛！这座小岛不是随便让外人进来的地方！”
这时，乔伊小姐也赶到了，问道：“这么说，刚才的两次岩石也是你推下来的了。”老大爷也大方地承认了：“没有错！”
采访记者对摄像机说：“没想到会碰到这种事情，突然出现的神秘老人企图妨碍调查队的工作。”老大爷则是对着镜头说道：“我叫田所，是住在隔壁岛的老好人。”看来这位田所老大爷对上电视的事还是很感兴趣的。小霞上前对老大爷气呼呼地说道：“你这是什么老好人啊？只会打扰大家的工作。”老大爷不服气地说道：“我之所以那么做，可完全是为你们着想！”
这话小智可太熟了，引起了一些不好的回忆，毫不客气地说道：“你这是什么意思啊？我们都是成年人了，你别在这里倚老卖老！”虽然小智知道剧情，但是这个老大爷说的话做的事确实过分了。
老大爷大声地说道：“这个岛有个传说：小岛一但被破坏，血红色的月亮照耀的时候，海上会被黑暗笼罩，到时候马上就会有大灾难的发生。这是一个迷。总之，破坏小岛，一定会有悲剧发生。”乔伊小姐听了后立刻解释道：“您误会了，我们没有想过破坏小岛，我们只是想找化石盔的化石进行研究而已。”老大爷固执地说道：“那也不行！你们现在就离开这座岛！”
小建看不下去了，开口反驳：“那你呢？你之前几次三番将大岩石推下来，破坏程度比我们要更大吧？”小霞点了点头，赞同小建的说法。
就在这时，一个人拿着几个化石盔化石跑过来，对乔伊小姐说道：“找到了，我们找到了化石盔化石了。”然后都没再管老大爷了，跑去看化石了。来到了一处山洞，进入一看，里面全是化石盔化石。乔伊小姐激动地说道：“一点也没错！这就是化石盔化石啊！”这趟探索没白来。
就在这时，洞内开始震动，好像要发生地震似的，乔伊小姐立刻查看四周，没发现什么，疑惑地说道：“这是怎么回事啊？”
“……（火箭队经典登场台词）”念完登场台词后，武藏率先说道：“本来想追皮卡丘的，没想到会找到有这么多宝贝的宝岛，真是太棒了！”喵喵举着一块化石盔化石说道：“这些化石我们火箭队可拿走了啊喵！”
小智立刻让伊布战斗：“想得美！伊布，双重暗影球！”看到两颗暗影球攻来，武藏和小次郎派出自己的宝可梦来对战：“小鬼头，不要妨碍我们，阿柏怪，出来吧！大食花，你也出来！不要！不是我了！要吃的人在那边啊！”可怜的小次郎，又被大食花吞了。
“阿柏怪，毒针攻击；大食花，溶解液。”小智和火箭队两边的攻击碰到了一起，相互抵消了。
“伊布，使出电光一闪！”两只伊布快速地撞向阿柏怪和大食花，把它们直接撞飞了。
就在这时，喵喵把热气球降了下来，喊道：“快点上来啊！”武藏和小次郎迅速登上热气球，三人得瑟地说道：“哈哈哈！化石盔化石我们就笑纳了！”
不知何时一轮血红色的圆月出现在大家的头顶，天空也变得异常的黑暗，整个景色如同世界末日一般，小智心说：该来的还是来了。火箭队三人组还在得瑟：“哈哈！这个感觉太棒了啊喵！红色的月亮也在为我们加油！”
突然，血月散发血光，化石盔化石全都动起来了。小霞见到这一幕，大吃一惊：“这些化石盔都活过来了！”小建猜测道：“难道……这些化石盔本来就是活的，只是因沉睡变成了化石的样子？”
这时，化石盔开始动起来了，老大爷大喊：“快点离开这座岛！”火箭队那边，复苏的化石盔一下就把气球给捅破了，一声“好讨厌的感觉啊！”火箭队三人组又化作流星飞走了。
大家跑出洞，回头一看，化石盔接连不断地掉落。乔伊小姐大胆猜测道：“难道这座岛是在化石盔化石上筑起来的？”小智心说：你真相了，乔伊小姐。小建也发现了问题：“这么说的话，这座岛马上要沉了？”
田所老大爷向所有人喊道：“所有人，立刻到森林里去，传说中，灾难发生的时候，人类必须进入森林中，然后立刻制作竹筏。”
然后所有人都进入森林里，一起同心协力做竹筏，小岛也在进一步地崩塌，当竹筏完成的时候，大家立刻站到竹筏上，海水也灌了进来。
小智派出拉普拉斯，跳到拉普拉斯的背上，把小霞和小建拉上去，对拉普拉斯说：“拉普拉斯，拜托你了。”小霞也派出宝可梦来帮忙：“大家，出来吧！”杰尼龟，墨海马，玛瑙水母，蚊香蝌蚪出现在众人眼前，小智和小霞异口同声地说道：“大家一起快点把竹筏往前拉。”
最后大家都有惊无险地离开了小岛，那座岛也在这时完全沉没了。看着黑压压的化石盔，小霞心有余悸地说：“跟传说一模一样啊！”
就在这时，乔伊小姐和记者对老大爷道歉：“对不起，田所先生，如果我们一开始就听您的话，就不会发生这种事了。”田所欣慰地说道：“这样就好！这样就好啊！”小霞目送化石盔们向远方前进着，感慨道：“不知道这些化石盔要去哪？”小智猜测道：“我想它们应该是去找新的栖息地了。”
就在这时，小智的其中一只伊布冲着血月叫了起来，身体发出耀眼的白光，小霞和小建震惊地看着这一幕：“这……是进化？”白光散去，一只全身黑色，带有金色的圆圈，红色，不，应该是血色眼睛的宝可梦出现了。小智见自己这只月亮伊布的眼睛是血色的，猜测应该是受血月的影响。
小建不认识这只伊布的进化型，问道：“小智，这只是什么伊布啊？”小智解释道：“月亮伊布，恶属性，月光宝可梦，伊布在和训练家的亲密度达到一定程度后，晚上就会进化成月亮伊布。”
小建兴奋地说道：“太厉害了，没想到除了火伊布，水伊布，雷伊布之外，伊布还有其它进化型。”说完，就开始观察起来。
小智一行人在天亮之后就辞别了乔伊小姐继续踏上旅途。